genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.73.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   

This is table  73  of  318  ( 38109 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25254857--25254881	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
25265477--25265622	37	4.0	37	91	1	233	24	22	16	36	1.94
25265586--25265802	46	4.6	46	86	6	272	29	22	13	35	1.92
25265675--25265788	52	2.2	52	87	4	158	28	22	12	35	1.91
25277312--25277403	44	2.1	44	87	4	132	36	25	20	17	1.94
25287821--25287864	8	5.5	8	84	10	63	38	0	0	61	0.96
25287821--25287867	16	2.9	17	87	9	71	40	0	0	59	0.97
25287825--25287872	24	2.0	24	84	15	64	41	0	2	56	1.11
25303091--25303130	21	1.9	21	85	10	55	60	30	2	7	1.38
25304583--25304672	45	2.0	45	88	0	135	34	17	12	35	1.87
25309046--25309109	19	3.4	18	74	8	56	32	1	1	64	1.13
25320559--25320709	75	2.0	75	93	0	257	32	25	23	19	1.97
25330239--25330278	14	2.8	15	85	11	57	5	20	0	75	0.99
25330242--25330280	13	2.8	14	84	11	53	7	20	0	71	1.10
25330303--25330346	18	2.5	17	79	20	54	11	13	0	75	1.06
25332714--25332863	74	2.0	74	94	0	264	42	5	23	28	1.76
25334103--25334132	10	3.0	10	95	0	51	40	13	26	20	1.89
25342219--25342277	29	2.0	29	96	0	109	38	8	11	40	1.72
25342219--25342290	29	2.5	29	90	0	90	43	6	9	40	1.65
25342666--25342732	11	5.0	14	77	20	63	37	0	4	58	1.19
25343635--25343689	17	3.2	17	78	14	60	23	12	7	56	1.61
25344806--25344900	48	2.0	48	83	6	120	23	17	30	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25350075--25350181	20	5.3	20	69	22	64	58	5	2	32	1.35
25350114--25350183	22	3.2	22	69	23	58	58	4	4	32	1.37
25350615--25350655	3	14.0	3	84	5	57	63	0	4	31	1.15
25350615--25350655	17	2.4	17	83	4	55	63	0	4	31	1.15
25351133--25351186	21	2.8	19	81	13	58	50	0	50	0	1.00
25351133--25351168	19	1.9	18	88	5	54	52	0	47	0	1.00
25359076--25359118	21	2.1	21	84	16	56	37	25	13	23	1.92
25362652--25362695	22	2.0	21	83	12	54	15	9	9	65	1.45
25364247--25364276	14	2.1	15	93	6	53	23	3	6	66	1.30
25373875--25373966	40	2.2	41	82	5	114	26	17	16	40	1.90
25378381--25378419	20	2.0	20	100	0	78	46	10	0	43	1.37
25384794--25384831	18	2.1	18	95	0	67	42	47	2	7	1.46
25384808--25384832	13	1.9	13	100	0	50	40	48	0	12	1.40
25384889--25384957	18	3.8	18	75	12	70	27	8	18	44	1.79
25384889--25384957	27	2.6	27	81	4	86	27	8	18	44	1.79
25387975--25388012	20	1.9	20	100	0	76	55	13	15	15	1.70
25400536--25400593	18	3.2	18	87	0	80	50	1	0	48	1.11
25401612--25401708	39	2.5	40	80	11	119	25	16	17	40	1.90
25412926--25412991	14	4.3	15	73	19	55	45	0	1	53	1.09
25413010--25413046	16	2.3	16	86	13	58	40	0	0	59	0.97
25413058--25413113	22	2.6	22	83	5	62	51	0	0	48	1.00
25417802--25417851	20	2.5	21	90	6	77	36	2	2	60	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25417807--25417887	35	2.2	37	82	10	105	34	1	3	60	1.22
25418797--25418830	15	2.3	15	89	0	50	35	2	11	50	1.54
25418777--25418837	21	3.0	20	73	22	56	34	4	8	52	1.53
25422687--25422722	16	2.2	16	95	0	63	25	19	2	52	1.59
25431025--25431207	68	2.6	74	85	6	234	32	15	20	31	1.94
25431096--25431408	171	1.9	164	84	6	412	27	16	20	35	1.94
25432506--25432556	21	2.4	21	83	9	59	3	58	0	37	1.16
25433346--25433542	20	10.6	19	66	25	86	34	2	5	57	1.34
25433322--25433404	22	3.6	23	77	11	89	37	1	2	59	1.19
25433351--25433433	36	2.3	36	84	14	109	34	2	2	60	1.23
25433457--25433543	27	3.1	27	68	19	63	34	2	4	58	1.31
25434323--25434374	19	2.6	19	84	6	68	34	1	7	55	1.39
25434345--25434378	15	2.3	15	94	0	59	35	0	11	52	1.38
25434323--25434385	21	3.1	19	81	9	72	33	1	9	55	1.42
25434579--25434644	34	1.9	34	84	6	89	22	9	9	59	1.56
25438923--25439291	3	121.7	3	68	14	134	27	8	4	59	1.47
25439382--25439415	17	2.0	17	94	0	59	35	8	0	55	1.31
25439627--25439691	13	4.7	14	73	14	55	18	7	4	69	1.31
25442413--25442443	15	2.1	15	93	0	53	48	0	0	51	1.00
25442541--25442571	16	1.9	16	93	0	53	74	0	3	22	0.96
25446379--25446458	29	2.8	29	82	1	99	43	7	32	16	1.76
25446371--25446441	28	2.5	28	86	2	97	45	7	32	15	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25446371--25446463	29	3.2	28	80	7	98	43	6	33	17	1.74
25448039--25448094	26	2.2	26	83	3	69	23	1	3	71	1.11
25448050--25448088	18	2.2	18	90	4	62	25	2	0	71	0.98
25450899--25450940	19	2.2	19	83	8	50	50	14	19	16	1.79
25451426--25451497	32	2.2	32	82	0	81	27	26	30	15	1.96
25452077--25452127	12	4.2	12	82	0	57	37	9	41	11	1.75
25452083--25452126	6	7.3	6	84	0	52	38	11	36	13	1.81
25461328--25461364	2	18.5	2	100	0	74	51	48	0	0	1.00
25468363--25468410	15	3.3	15	72	16	55	35	14	2	47	1.56
25472588--25472658	37	1.9	37	88	8	110	50	14	11	23	1.74
25480429--25480529	39	2.6	39	91	0	139	37	23	25	12	1.91
25480448--25480511	21	3.2	21	73	13	80	40	21	25	12	1.88
25484300--25484389	25	3.6	25	77	5	92	24	3	5	66	1.28
25484296--25484390	50	1.9	50	91	0	154	25	3	5	66	1.28
25484419--25484545	28	4.5	28	73	15	102	30	4	1	62	1.25
25484419--25484686	26	10.2	26	72	15	162	29	4	4	61	1.36
25484503--25484686	50	3.7	48	75	12	165	28	5	5	60	1.41
25488445--25488479	15	2.2	17	90	10	56	22	0	5	71	1.07
25511541--25511609	18	3.7	18	74	11	66	34	24	28	11	1.91
25511510--25511609	38	2.6	38	90	1	146	37	24	26	13	1.91
25515117--25515198	24	3.4	24	76	8	85	25	3	6	64	1.33
25515105--25515213	48	2.3	47	80	7	112	25	5	4	64	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25515191--25515493	26	11.7	26	71	14	162	30	5	4	60	1.39
25515310--25515493	50	3.7	48	75	12	165	28	5	5	60	1.41
25519222--25519256	15	2.2	17	90	10	56	22	0	5	71	1.07
25532462--25532515	22	2.5	21	84	3	63	29	20	18	31	1.96
25537930--25537977	13	3.6	13	75	5	51	4	29	0	66	1.10
25539388--25539563	46	3.8	45	79	12	205	21	21	28	28	1.98
25539384--25539555	93	1.8	93	94	0	308	21	21	29	27	1.99
25550475--25550521	21	2.3	20	89	7	69	48	19	21	10	1.78
25554616--25554660	22	2.1	21	84	12	56	40	4	0	55	1.20
25554783--25554833	20	2.5	21	90	6	79	21	27	29	21	1.99
25555569--25555620	25	2.1	25	92	0	86	34	5	1	57	1.33
25558316--25558374	22	2.6	22	75	15	59	62	3	5	28	1.32
25564179--25564242	23	2.8	23	80	4	76	45	15	3	35	1.62
25566136--25566184	17	2.8	18	72	9	57	73	2	10	14	1.18
25571221--25571250	15	1.9	16	93	6	53	30	0	0	70	0.88
25573709--25573829	40	3.0	40	90	1	181	26	21	25	26	1.99
25573726--25573853	39	3.3	39	88	1	175	26	22	25	25	2.00
25573779--25573863	39	2.2	39	91	0	134	25	23	28	22	1.99
25576251--25576325	21	3.5	21	75	3	69	38	25	21	14	1.91
25576625--25576682	15	3.8	15	88	2	89	51	12	0	36	1.39
25577029--25577067	8	4.8	8	83	3	51	61	5	0	33	1.18
25582430--25582479	24	2.0	25	96	3	93	22	8	12	58	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25583848--25583980	40	3.4	39	91	1	176	28	22	24	24	1.99
25583868--25583992	39	3.2	39	90	1	178	28	22	24	24	2.00
25585516--25585553	18	2.1	18	85	9	51	23	5	13	57	1.56
25586203--25586240	6	6.3	6	88	11	60	52	0	0	47	1.00
25590154--25590192	18	2.1	19	86	13	55	56	2	0	41	1.13
25591261--25591318	28	2.1	28	93	0	98	24	18	5	51	1.66
25596981--25597027	24	1.9	24	86	4	67	61	17	8	12	1.55
25598317--25598375	28	2.1	28	87	6	84	50	5	6	37	1.51
25599166--25599209	3	14.7	3	85	0	61	59	2	4	34	1.30
25599812--25599863	13	3.8	13	78	14	52	23	0	3	73	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318