genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.228.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72390254--72390574	48	6.7	48	78	9	289	29	24	18	27	1.98
72392690--72392739	22	2.3	22	85	0	64	46	18	18	18	1.85
72392908--72392965	22	2.6	22	76	10	73	34	22	24	18	1.96
72393109--72393230	41	3.0	41	93	0	208	26	29	22	22	1.99
72393476--72393533	27	2.1	27	87	6	82	36	17	15	31	1.91
72397073--72397106	17	1.9	18	88	5	52	17	41	23	17	1.90
72400522--72400635	27	4.2	27	81	9	126	21	22	21	35	1.96
72403651--72403935	43	6.6	43	87	0	381	25	17	27	29	1.97
72418540--72418592	27	2.0	27	96	0	97	39	13	16	30	1.87
72418543--72418603	27	2.3	27	88	0	86	39	9	21	29	1.85
72430299--72430417	42	2.8	42	82	8	143	21	20	25	32	1.97
72433453--72433682	40	5.8	40	90	3	340	26	26	22	23	2.00
72433427--72433682	80	3.2	80	88	4	351	26	26	22	24	2.00
72446391--72446441	26	2.0	26	88	0	75	19	19	23	37	1.94
72446442--72446520	37	2.2	36	93	2	131	12	11	40	35	1.79
72449814--72449997	40	4.6	39	81	11	189	25	22	27	25	2.00
72449814--72450030	79	2.7	79	79	12	232	26	22	26	24	2.00
72457684--72457865	40	4.6	40	81	10	189	25	21	27	25	2.00
72457684--72457865	79	2.3	81	83	9	223	25	21	27	25	2.00
72457734--72457888	79	2.0	79	82	10	192	26	21	26	25	2.00
72467361--72467470	58	2.0	53	84	10	141	45	22	10	20	1.82
72468059--72468104	22	2.1	22	100	0	92	47	8	17	26	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72469444--72469475	12	2.7	12	95	0	55	25	18	12	43	1.85
72469523--72469578	5	11.0	5	75	17	53	1	17	3	76	1.01
72469525--72469585	21	3.0	20	75	15	63	1	16	4	77	1.03
72469523--72469578	15	3.7	14	82	17	60	1	17	3	76	1.01
72473988--72474053	31	2.1	31	81	10	73	1	21	4	72	1.10
72473998--72474060	26	2.5	25	76	19	67	1	17	4	76	1.04
72474000--72474053	16	3.5	14	82	14	54	1	16	3	77	1.00
72474015--72474058	20	2.2	20	84	12	54	0	15	4	79	0.89
72477045--72477090	22	2.1	22	100	0	92	47	8	17	26	1.76
72478494--72478550	5	11.0	5	75	20	55	1	17	3	77	1.00
72478494--72478550	16	3.7	14	82	15	60	1	17	3	77	1.00
72478494--72478555	21	3.0	21	75	15	58	1	16	4	77	1.02
72481551--72481596	22	2.1	22	100	0	92	47	8	17	26	1.76
72483000--72483055	5	11.0	5	75	24	55	1	17	3	76	1.01
72486043--72486088	22	2.1	22	100	0	92	47	8	17	26	1.76
72487428--72487459	12	2.7	12	95	0	55	25	18	12	43	1.85
72487507--72487563	5	11.0	5	76	14	53	1	15	3	78	0.96
72487511--72487559	26	1.9	25	84	12	64	2	14	4	79	0.97
72487520--72487568	20	2.5	20	81	15	57	0	14	6	79	0.91
72489088--72489255	46	3.6	46	77	15	175	21	20	28	29	1.98
72489084--72489256	93	1.9	93	91	2	285	21	20	29	28	1.98
72492149--72492217	15	4.6	15	83	0	84	14	17	11	56	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72492140--72492227	30	3.0	30	80	8	99	12	17	14	55	1.69
72494630--72494805	46	3.8	46	76	12	189	21	21	28	28	1.98
72494626--72494798	93	1.9	93	92	0	292	21	21	29	27	1.98
72497359--72497389	15	2.1	15	93	0	53	32	16	25	25	1.96
72507020--72507191	40	4.3	40	88	2	222	25	27	21	25	1.99
72507022--72507244	40	5.6	39	83	5	216	25	27	21	25	1.99
72507020--72507244	80	2.8	79	80	7	240	25	27	21	25	1.99
72507176--72507253	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
72514965--72515136	40	4.3	40	88	2	222	25	27	21	25	1.99
72514967--72515189	40	5.6	39	83	5	216	25	27	21	25	1.99
72514965--72515189	80	2.8	79	80	7	240	25	27	21	25	1.99
72515121--72515198	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
72518255--72518281	13	2.1	13	100	0	54	14	33	37	14	1.88
72519548--72519718	43	4.0	43	76	8	170	26	14	25	33	1.94
72522180--72522215	16	2.2	16	90	0	54	44	13	27	13	1.82
72522429--72522530	28	3.6	28	86	5	125	23	15	34	26	1.95
72522451--72522546	28	3.4	28	88	0	120	27	16	35	20	1.94
72526567--72526616	25	2.0	25	92	0	82	42	24	4	30	1.73
72536460--72536515	29	1.9	29	85	0	76	37	19	16	26	1.92
72541833--72542026	47	4.1	47	90	0	289	32	10	29	26	1.90
72541862--72541933	22	3.1	22	64	24	58	33	13	29	23	1.93
72541907--72541982	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72541997--72542180	98	1.9	96	89	4	289	36	6	26	30	1.82
72541996--72542180	48	3.8	48	87	5	282	36	6	25	31	1.82
72542329--72542508	37	4.9	37	95	0	306	22	19	31	26	1.98
72543860--72544037	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
72543881--72544036	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
72551924--72552101	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
72551945--72552100	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
72570264--72570535	40	6.8	40	91	0	418	24	21	27	26	1.99
72574521--72574714	47	4.1	47	88	0	262	34	10	28	27	1.89
72574550--72574621	22	3.1	22	64	24	58	36	13	26	23	1.93
72574685--72574868	98	1.9	96	91	4	298	36	6	26	30	1.82
72574684--72574868	48	3.8	48	88	5	291	36	6	26	30	1.82
72575014--72575196	37	4.9	37	95	0	312	24	19	30	26	1.98
72589003--72589040	13	2.7	14	84	8	51	26	23	2	47	1.65
72594014--72594095	34	2.4	34	80	8	87	25	25	21	26	2.00
72594350--72594408	26	2.3	27	76	8	68	35	16	20	27	1.94
72608951--72608987	19	2.1	18	85	14	51	67	2	2	27	1.17
72611816--72611878	26	2.4	26	84	7	74	36	26	11	25	1.90
72611982--72612069	28	3.2	27	88	6	124	20	22	21	35	1.96
72616449--72616510	26	2.3	27	83	10	83	40	29	4	25	1.76
72616614--72616730	28	4.2	28	90	4	168	21	22	21	35	1.96
72616780--72616844	28	2.3	28	86	5	87	24	21	20	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72616795--72616868	28	2.7	28	83	8	82	24	25	17	32	1.97
72618502--72618705	53	3.8	54	77	1	203	20	22	19	38	1.93
72621399--72621548	80	1.9	81	83	8	198	22	19	26	32	1.97
72632222--72632397	46	3.8	46	78	12	198	20	19	29	30	1.97
72636692--72636779	44	2.0	44	93	0	149	32	28	9	29	1.88
72640590--72640665	28	2.7	29	88	8	113	25	28	15	30	1.96
72640754--72640790	19	1.9	19	88	0	56	13	35	18	32	1.90
72640901--72640996	29	3.3	30	81	8	101	27	31	13	28	1.94
72640915--72641000	28	3.0	28	78	13	95	27	31	12	27	1.93
72641069--72641114	19	2.5	19	85	3	58	15	41	19	23	1.89
72642472--72642502	16	1.9	16	93	0	53	6	9	35	48	1.62
72648666--72648805	29	4.9	28	76	8	115	26	34	14	25	1.94
72648891--72648927	19	1.9	19	94	0	65	18	37	13	29	1.90
72656920--72657106	39	4.7	40	81	9	222	25	28	20	25	1.99
72656920--72657106	79	2.4	78	83	5	234	25	28	20	25	1.99
72661188--72661943	206	3.7	206	89	2	1117	31	18	20	29	1.97
72669558--72669739	79	2.3	81	81	7	212	24	21	27	26	1.99
72669557--72669741	40	4.7	40	81	6	216	23	21	27	27	1.99
72669612--72669774	79	2.1	79	81	6	188	25	19	27	26	1.99
72671123--72671344	47	4.7	47	91	0	345	31	12	29	26	1.93
72671225--72671300	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
72671123--72671400	94	2.9	91	81	8	290	33	10	28	27	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72671549--72671697	37	4.1	37	89	1	210	22	19	32	25	1.98
72673411--72673475	34	1.9	34	90	0	103	30	21	21	26	1.98
72676279--72676376	24	4.0	24	93	1	160	35	5	38	20	1.75
72687352--72687451	29	3.5	29	79	6	105	30	25	14	31	1.94
72688731--72688791	21	2.9	21	82	4	79	32	18	11	37	1.86
72688717--72688791	10	7.1	11	73	7	57	33	16	13	37	1.87
72689020--72689047	14	2.0	14	100	0	56	21	28	35	14	1.92
72697222--72697252	16	1.9	16	93	0	53	16	22	22	38	1.92
72699351--72699456	43	2.5	43	84	7	128	25	17	26	30	1.98
72702755--72702917	46	3.6	44	80	12	170	26	30	15	27	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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