genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.69.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24384153--24384230	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
24403021--24403050	12	2.5	12	94	0	51	20	26	30	23	1.98
24416500--24416572	35	2.1	35	82	12	87	20	4	4	71	1.20
24416527--24416579	18	3.0	17	76	13	54	30	1	1	66	1.13
24417839--24418042	49	4.0	50	83	10	241	32	29	13	24	1.94
24417923--24418041	58	2.0	59	98	1	231	31	31	13	23	1.93
24417932--24418022	28	3.2	28	66	22	80	27	31	15	25	1.95
24419056--24419124	28	2.5	29	73	19	76	53	0	0	46	1.00
24419088--24419129	21	2.0	21	90	4	68	45	0	0	54	0.99
24419264--24419327	25	2.5	26	82	12	78	53	3	0	43	1.16
24419326--24419395	32	2.2	32	86	0	95	17	5	4	72	1.20
24419899--24419950	18	2.9	18	80	5	61	67	0	3	28	1.08
24419973--24420021	12	4.3	12	79	10	59	75	0	10	14	1.04
24433642--24433719	29	2.7	28	84	11	104	25	15	30	28	1.96
24433672--24434172	174	2.9	174	96	0	923	29	14	24	30	1.95
24442029--24442200	40	4.3	40	88	2	222	25	27	21	25	1.99
24442031--24442253	40	5.6	39	83	5	216	25	27	21	25	1.99
24442029--24442253	80	2.8	79	80	7	240	25	27	21	25	1.99
24442185--24442262	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
24449546--24449585	21	1.9	21	84	0	53	22	57	15	5	1.57
24449765--24449801	18	2.0	19	89	5	58	13	8	5	72	1.24
24450455--24450507	25	2.2	23	83	12	63	26	11	3	58	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24450575--24450623	23	2.1	23	85	7	64	18	6	10	65	1.43
24453119--24453162	19	2.3	20	84	7	56	27	20	11	40	1.86
24457367--24457867	46	11.2	46	65	11	214	26	21	22	28	1.99
24457256--24457907	134	4.9	134	97	0	1205	27	21	22	28	1.99
24457915--24458651	132	5.6	132	90	1	994	28	16	25	29	1.97
24457915--24458771	176	4.9	177	83	4	903	28	16	25	29	1.97
24458537--24458771	128	1.8	129	85	2	330	29	16	25	28	1.97
24459220--24459259	21	1.9	21	84	0	53	22	57	15	5	1.57
24459439--24459475	18	2.0	19	89	5	58	13	8	5	72	1.24
24460129--24460181	25	2.2	23	83	12	63	26	11	3	58	1.49
24460249--24460297	23	2.1	23	85	7	64	18	6	10	65	1.43
24465543--24465583	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
24467489--24467522	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
24471862--24471925	28	2.4	27	76	12	78	57	10	3	28	1.48
24482348--24482382	5	6.8	5	90	3	52	57	0	2	40	1.14
24485779--24485843	28	2.3	28	86	0	94	38	9	23	29	1.85
24485916--24486177	39	6.7	39	91	1	400	19	22	29	29	1.98
24495779--24495815	19	1.9	19	88	0	56	18	2	24	54	1.57
24505192--24505232	21	2.0	21	85	0	55	31	34	2	31	1.71
24509986--24510280	128	2.3	128	81	7	325	53	8	3	34	1.47
24510973--24511031	30	2.0	30	96	0	109	27	10	20	42	1.84
24512610--24512697	41	2.1	41	100	0	176	45	20	9	25	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24514242--24514470	112	2.0	112	99	0	449	33	22	10	34	1.87
24524219--24524294	35	2.2	35	83	9	93	52	5	1	40	1.32
24539125--24539195	3	24.0	3	84	8	92	32	0	4	63	1.14
24544146--24544289	58	2.5	56	83	6	171	42	0	3	54	1.17
24544550--24544595	11	4.2	10	82	17	56	52	4	0	43	1.21
24544550--24544603	23	2.3	23	100	0	108	50	5	0	44	1.25
24544560--24544602	12	3.7	12	82	17	63	53	2	0	44	1.13
24561973--24562000	14	2.0	14	100	0	56	42	7	21	28	1.79
24562027--24562051	6	4.2	6	100	0	50	84	0	0	16	0.63
24565562--24565604	18	2.4	18	88	7	61	46	0	0	53	1.00
24567707--24567746	20	2.0	20	100	0	80	55	15	5	25	1.60
24569848--24569883	16	2.2	16	100	0	72	63	5	5	25	1.38
24577319--24577344	13	2.0	13	100	0	52	30	7	15	46	1.74
24580032--24580090	30	2.1	27	84	9	73	30	3	5	61	1.34
24581609--24581633	13	1.9	13	100	0	50	40	0	0	60	0.97
24587999--24588113	57	2.0	57	96	0	212	46	9	9	33	1.69
24601821--24601908	26	3.4	24	73	14	68	31	6	3	57	1.41
24604758--24604795	20	1.9	20	94	0	67	28	28	2	39	1.70
24611334--24611547	46	4.6	46	90	3	313	41	14	23	20	1.89
24611331--24611547	93	2.3	92	89	2	319	41	13	23	20	1.89
24624129--24624183	23	2.6	21	80	13	60	56	7	0	36	1.27
24627841--24627886	23	2.0	23	100	0	92	21	21	17	39	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24628130--24628178	25	1.9	26	87	4	73	51	4	6	38	1.46
24628193--24628283	46	2.0	46	89	2	139	48	15	1	35	1.52
24628510--24628638	40	3.2	38	77	14	118	34	20	23	21	1.96
24628527--24628642	40	2.9	39	81	9	130	36	20	20	22	1.95
24628696--24628898	41	5.0	41	91	0	316	19	23	29	28	1.98
24629532--24629583	7	7.4	7	82	0	50	23	0	42	34	1.54
24629532--24629591	21	2.9	21	80	5	68	25	0	41	33	1.55
24629526--24629591	14	4.7	14	73	14	55	27	0	39	33	1.57
24633728--24633818	43	2.1	43	87	2	130	35	10	9	43	1.73
24634090--24634294	42	4.8	43	85	3	254	21	17	32	27	1.96
24634365--24634409	22	2.1	21	91	4	72	44	26	17	11	1.82
24636028--24637849	120	15.2	120	98	0	3414	43	2	6	48	1.39
24636838--24636872	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
24637078--24637112	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
24637558--24637592	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
24637798--24637832	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
24637997--24638087	45	2.0	45	85	2	121	37	28	6	27	1.82
24638068--24638136	16	4.2	16	92	3	111	34	37	2	24	1.71
24638072--24638135	33	2.0	32	93	3	110	32	39	3	25	1.71
24641196--24641250	22	2.6	21	80	11	58	36	3	3	56	1.34
24641701--24641751	20	2.5	20	93	0	84	47	11	1	39	1.52
24643158--24643324	25	6.8	24	70	16	60	35	19	23	20	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24643235--24643324	25	3.6	26	83	8	91	35	17	23	23	1.95
24647295--24647324	14	2.2	13	94	5	51	30	0	0	70	0.88
24647640--24647673	16	2.0	18	88	11	54	29	0	0	70	0.87
24653452--24653543	41	2.2	41	90	0	139	47	4	6	41	1.49
24653652--24653719	29	2.5	26	76	23	77	50	2	0	47	1.16
24664901--24664952	25	2.1	25	85	7	70	46	1	1	50	1.23
24674799--24674834	11	3.4	11	96	3	65	30	25	0	44	1.54
24674799--24674840	22	1.9	22	85	9	59	28	26	0	45	1.54
24674798--24674846	20	2.3	22	82	6	66	28	26	0	44	1.54
24676003--24676038	7	5.0	7	89	3	54	25	5	13	55	1.60
24677439--24677538	44	2.2	45	84	7	123	31	22	12	35	1.90
24680311--24680489	39	4.6	39	89	0	268	35	21	27	14	1.93
24683026--24683066	6	6.5	6	89	10	64	80	4	0	14	0.87
24686184--24686246	17	3.7	19	76	22	59	65	0	9	25	1.23
24686232--24686314	14	5.8	14	75	18	64	66	1	6	26	1.22
24686232--24686317	29	3.0	27	72	24	79	66	1	5	26	1.22
24686259--24686323	23	2.8	23	74	23	64	64	1	6	27	1.26
24687272--24687732	44	10.5	44	70	15	282	23	21	21	33	1.97
24687313--24687634	131	2.4	131	81	9	334	23	22	21	32	1.98
24687567--24688152	251	2.3	254	87	5	837	18	21	22	37	1.94
24687457--24688150	167	4.1	170	85	5	829	19	21	21	37	1.95
24687457--24688152	84	8.2	84	86	3	812	19	21	21	37	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24688282--24688377	45	2.1	45	82	3	113	28	23	18	29	1.98
24688172--24688892	89	8.1	89	68	15	432	28	20	20	30	1.98
24688393--24688533	44	3.2	44	64	6	122	30	19	24	25	1.98
24688280--24688713	134	3.2	133	70	7	324	28	21	20	29	1.98
24688503--24688599	45	2.2	44	85	7	124	27	17	17	37	1.92
24688462--24689163	178	3.9	178	86	4	957	28	21	19	30	1.97
24688680--24688823	45	3.2	43	83	5	173	29	24	18	27	1.98
24688213--24688890	223	3.0	223	69	7	627	29	20	20	29	1.98
24688326--24689080	89	8.5	88	67	14	397	28	21	19	29	1.98
24688415--24689133	356	2.0	357	91	0	1170	28	21	19	30	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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