genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.222.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70451969--70452111	43	3.3	43	84	0	178	33	31	20	13	1.92
70452100--70452260	40	4.0	40	96	0	286	26	31	22	19	1.98
70464281--70464804	47	10.9	49	92	3	847	32	8	29	29	1.87
70464281--70464804	96	5.5	96	94	0	881	32	8	29	29	1.87
70466187--70466529	40	8.6	40	91	0	479	24	21	27	26	1.99
70469350--70469971	49	12.9	49	93	3	1052	32	8	29	29	1.87
70469350--70469971	96	6.5	94	94	2	1001	32	8	29	29	1.87
70469350--70469971	145	4.3	143	95	1	1068	32	8	29	29	1.87
70485058--70485325	54	5.0	54	84	1	313	23	24	15	36	1.93
70485282--70485506	47	4.8	46	74	8	177	22	24	18	35	1.96
70485512--70485595	44	1.9	44	82	0	105	28	23	9	38	1.86
70486133--70486193	30	2.0	30	87	0	86	32	21	8	37	1.83
70502705--70502824	43	2.8	41	77	7	132	28	24	15	31	1.96
70508249--70508315	17	3.9	17	68	27	52	41	31	1	25	1.64
70508249--70508316	18	3.9	17	71	19	59	42	30	1	25	1.64
70509798--70509954	43	3.7	42	79	10	158	31	26	17	23	1.97
70520702--70520740	6	6.5	6	81	0	51	15	7	0	76	0.99
70528869--70528933	27	2.4	27	89	5	96	15	24	24	35	1.94
70528888--70528980	27	3.5	25	77	15	80	18	23	19	38	1.93
70530680--70530712	16	2.1	16	100	0	66	30	21	30	18	1.97
70535138--70535241	40	2.6	40	93	0	181	25	28	23	22	1.99
70542938--70543121	40	4.6	40	85	6	221	27	27	21	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70548256--70548920	40	16.6	40	95	0	1143	27	19	27	24	1.99
70551413--70551443	16	2.0	15	93	6	53	51	25	19	3	1.62
70551838--70551947	27	4.1	26	78	10	105	17	24	21	36	1.94
70553511--70553628	55	2.1	55	98	0	227	24	33	24	16	1.96
70555060--70555155	29	3.3	29	89	1	149	29	31	14	25	1.95
70557257--70557474	47	4.6	48	76	11	168	24	28	17	29	1.97
70557302--70557474	94	1.8	94	86	2	249	23	28	19	28	1.98
70557302--70557434	46	2.8	48	80	6	164	21	30	18	28	1.97
70567459--70567497	20	1.9	21	89	5	62	12	17	33	35	1.88
70568422--70568502	40	2.0	40	100	0	162	30	9	22	37	1.87
70571538--70571710	46	3.7	45	82	7	204	21	29	21	27	1.99
70571538--70571710	94	1.9	92	86	7	251	21	29	21	27	1.99
70579223--70579334	43	2.6	43	82	9	131	30	25	16	27	1.97
70579519--70579546	14	2.0	14	100	0	56	50	14	0	35	1.43
70586823--70586995	93	1.9	93	92	0	292	28	28	20	22	1.99
70586816--70586991	46	3.8	46	76	7	185	29	27	20	22	1.98
70589211--70589239	15	1.9	15	100	0	58	48	24	0	27	1.51
70595397--70595437	20	2.0	20	90	0	64	29	14	4	51	1.63
70601166--70601239	26	2.8	27	91	4	123	31	22	8	37	1.84
70601155--70601279	27	4.7	27	78	4	92	34	24	8	33	1.84
70601243--70601437	27	7.2	27	84	3	232	40	22	8	28	1.83
70601456--70601618	27	6.0	27	86	0	218	33	20	21	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70601821--70601890	25	2.8	25	89	4	97	28	22	22	25	1.99
70604299--70604558	27	9.6	27	78	5	174	39	21	8	30	1.84
70604389--70604560	27	6.4	27	83	2	202	40	22	8	28	1.82
70608039--70608148	28	4.0	27	76	12	107	23	29	19	28	1.98
70608065--70608172	56	1.9	56	92	3	182	25	31	16	26	1.97
70608072--70608172	28	3.6	28	80	10	134	25	32	14	26	1.95
70612667--70612776	28	4.0	27	78	12	116	22	29	20	28	1.98
70612675--70612800	56	2.2	56	90	2	191	24	30	18	26	1.98
70612700--70612800	28	3.6	28	83	10	143	24	32	15	26	1.96
70618883--70618944	30	2.0	31	90	3	99	29	24	6	40	1.80
70630293--70630318	13	2.0	13	100	0	52	30	0	15	53	1.42
70630493--70630552	22	2.6	23	73	7	59	23	16	26	33	1.96
70638523--70638642	43	2.8	44	76	10	124	33	25	16	24	1.96
70639478--70639507	10	2.8	11	90	10	53	10	10	6	73	1.25
70642683--70642729	20	2.3	21	85	10	71	38	10	19	31	1.86
70642777--70642908	25	5.4	24	89	4	167	28	21	21	28	1.98
70642777--70642908	49	2.7	48	86	6	167	28	21	21	28	1.98
70643117--70643203	38	2.6	31	77	22	111	35	17	25	21	1.95
70645785--70645957	46	3.8	45	76	14	165	21	18	28	31	1.97
70645782--70645951	93	1.8	93	89	2	270	20	18	30	30	1.97
70653363--70653530	46	3.7	46	75	14	175	21	19	29	30	1.97
70661057--70661107	20	2.5	20	93	6	86	39	9	15	35	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70661068--70661105	11	3.6	11	79	13	53	39	10	15	34	1.82
70661150--70661244	25	3.9	24	87	4	104	25	22	22	30	1.99
70661464--70661527	31	2.1	31	85	5	85	37	18	21	21	1.94
70665271--70665416	48	3.0	47	80	7	159	30	28	19	21	1.98
70665408--70665437	15	2.0	15	100	0	60	33	26	6	33	1.83
70670138--70670166	14	2.0	15	93	6	51	27	0	20	51	1.47
70676296--70676485	27	7.0	27	76	4	148	22	17	16	43	1.88
70676382--70676426	15	3.1	15	87	3	65	8	28	13	48	1.72
70680999--70681309	27	11.7	26	78	7	225	38	20	11	29	1.88
70681007--70681283	54	5.2	53	80	6	292	37	20	11	30	1.87
70681007--70681283	80	3.5	79	85	4	367	37	20	11	30	1.87
70681268--70681515	27	9.3	27	86	1	329	34	18	20	25	1.96
70682157--70682208	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
70682247--70682305	27	2.2	26	84	3	73	22	23	18	35	1.96
70697210--70697259	11	4.8	11	80	11	61	34	18	12	36	1.87
70697210--70697247	20	1.9	20	100	0	76	34	18	10	36	1.85
70697296--70697342	24	1.9	25	86	4	69	31	14	19	34	1.92
70706151--70706213	20	3.0	21	66	13	58	52	11	26	9	1.67
70706151--70706235	41	2.1	41	93	0	143	52	10	25	10	1.68
70717798--70717875	40	2.0	40	94	0	138	29	29	19	21	1.98
70723997--70724026	11	2.6	12	94	5	53	16	6	0	76	0.99
70729037--70729138	35	2.9	35	82	0	132	25	8	21	44	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70732031--70732069	21	1.9	21	84	5	53	20	23	43	12	1.86
70732339--70732386	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
70732423--70732489	20	3.3	20	91	0	107	35	11	19	32	1.88
70732538--70732730	24	8.0	24	90	4	273	29	21	21	27	1.99
70733208--70733245	9	4.3	9	96	3	69	10	18	0	71	1.14
70740683--70740730	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
70740778--70740833	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
70740767--70740833	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
70740882--70741050	24	7.0	24	89	4	234	30	22	20	26	1.98
70742925--70743072	43	3.5	42	81	3	161	31	25	17	25	1.97
70744554--70744726	93	1.9	93	92	0	292	28	31	20	19	1.97
70744547--70744722	46	3.8	47	80	12	202	29	30	20	19	1.97
70744555--70744741	46	4.0	45	73	12	137	29	30	20	19	1.97
70747395--70747495	46	2.2	46	90	0	157	42	28	2	25	1.70
70764708--70764891	40	4.6	40	83	6	205	23	21	27	27	1.99
70764708--70764888	80	2.3	81	84	9	230	23	21	27	27	1.99
70773871--70773949	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
70774067--70774224	49	3.2	48	95	2	273	30	31	7	31	1.85
70774495--70774552	24	2.5	23	81	16	66	32	5	0	62	1.18
70777708--70778085	40	9.4	40	84	1	411	25	27	21	25	1.99
70778392--70778470	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
70780713--70780936	40	5.6	40	83	7	251	25	22	28	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70780712--70780969	119	2.2	119	81	6	292	25	21	27	24	1.99
70783709--70783787	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
70783905--70784013	49	2.3	47	93	4	182	30	31	7	31	1.85
70784284--70784341	24	2.5	23	81	16	66	32	5	0	62	1.18
70794864--70794949	31	2.8	31	87	1	138	26	26	15	31	1.95
70795345--70795392	25	1.9	25	86	0	69	29	16	22	31	1.96
70797589--70797844	40	6.4	39	90	2	318	25	28	22	24	2.00
70802446--70802738	27	10.9	26	84	3	271	39	22	9	28	1.85
70802440--70802787	108	3.2	108	77	8	264	38	22	8	29	1.85
70802770--70803366	27	22.2	27	86	3	749	36	17	20	25	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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