genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.190.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59538327--59538365	19	2.1	19	85	9	53	35	25	20	17	1.95
59543186--59543251	34	2.0	32	83	13	82	56	1	1	40	1.18
59545142--59545186	21	2.1	21	100	0	90	33	13	4	48	1.62
59554402--59554438	14	2.8	13	88	11	58	21	5	10	62	1.48
59571373--59571402	9	3.3	9	90	0	51	56	6	0	36	1.26
59575902--59575958	21	2.7	21	83	0	69	12	26	38	22	1.89
59581340--59581491	66	2.3	66	86	1	205	29	11	20	38	1.87
59585779--59585829	22	2.2	24	79	6	61	68	3	3	23	1.23
59590644--59590700	29	2.0	28	83	10	71	26	26	26	21	1.99
59593561--59593695	66	2.0	66	97	0	252	47	15	8	28	1.75
59602408--59602461	25	2.2	25	93	0	90	29	11	25	33	1.91
59604882--59604938	22	2.7	21	73	10	62	21	3	12	63	1.43
59605141--59605178	16	2.4	16	86	4	51	34	0	18	47	1.49
59606171--59606215	17	2.6	16	86	13	63	35	8	6	48	1.61
59607194--59607229	18	2.0	18	88	0	54	36	25	16	22	1.94
59612698--59612785	28	3.1	28	96	0	167	28	22	10	38	1.87
59618275--59618307	15	2.3	15	89	5	50	54	18	3	24	1.57
59618649--59618693	20	2.2	20	92	0	72	35	15	0	48	1.45
59623373--59623397	12	2.1	12	100	0	50	8	24	0	68	1.16
59625807--59625933	48	2.6	49	82	3	150	22	25	22	29	1.99
59626912--59627009	49	2.0	49	100	0	196	22	12	14	51	1.75
59628543--59629271	64	11.2	63	67	13	314	35	13	14	35	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59628539--59629330	131	6.1	131	85	1	944	35	13	14	35	1.86
59633260--59633484	80	2.8	81	86	6	282	26	27	20	25	1.99
59633260--59633430	40	4.3	40	95	1	290	26	28	19	25	1.99
59640377--59640405	14	2.0	15	93	6	51	31	0	0	68	0.89
59646203--59646249	21	2.2	22	92	3	78	21	38	19	21	1.94
59654717--59654763	24	1.9	25	82	4	60	51	0	2	46	1.13
59663473--59663527	27	2.0	27	100	0	110	34	14	21	29	1.93
59675623--59675793	40	4.3	40	95	1	290	26	28	19	25	1.99
59683599--59683771	40	4.3	40	95	1	294	27	27	20	24	1.99
59689941--59690131	96	2.0	96	94	0	337	26	18	19	36	1.94
59692401--59692572	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
59692394--59692569	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
59704705--59704735	6	5.2	6	92	0	53	80	0	19	0	0.71
59704707--59704753	18	2.7	18	86	3	60	70	0	29	0	0.88
59704705--59704738	12	2.8	12	95	0	59	79	0	20	0	0.73
59705185--59705213	14	2.1	14	100	0	58	55	0	0	44	0.99
59705734--59705790	30	1.9	29	89	3	87	68	7	3	21	1.29
59705209--59706519	285	4.6	287	88	5	1874	58	7	5	27	1.49
59706155--59706229	30	2.8	25	76	18	78	68	4	5	22	1.28
59705209--59706519	145	9.1	145	89	5	1879	58	7	5	27	1.49
59706452--59706487	12	2.8	13	91	4	56	69	2	2	25	1.15
59716671--59716844	46	3.8	46	77	13	176	22	21	27	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59716667--59716838	93	1.8	93	89	0	272	22	21	29	27	1.99
59722172--59722347	46	3.8	45	76	10	167	21	21	28	28	1.99
59722168--59722339	93	1.8	93	88	0	263	21	22	29	27	1.99
59724044--59724101	27	2.1	27	93	0	98	10	39	27	22	1.86
59730186--59730257	36	2.0	36	100	0	144	27	22	19	30	1.98
59733360--59733395	18	2.0	18	94	0	63	27	8	30	33	1.86
59734202--59734240	19	2.1	18	90	4	60	28	15	0	56	1.40
59736098--59736129	16	2.0	16	100	0	64	43	6	18	31	1.75
59737484--59737534	19	2.7	19	74	14	52	49	1	0	49	1.12
59737948--59737986	21	1.9	20	94	5	69	66	2	5	25	1.25
59739015--59739057	17	2.6	17	80	20	56	53	2	4	39	1.34
59739190--59739587	158	2.4	164	82	7	436	31	15	14	38	1.87
59739306--59739581	79	3.5	79	88	3	403	32	16	13	38	1.87
59739583--59739857	86	3.2	86	87	2	381	35	7	12	44	1.71
59739706--59739940	79	2.9	79	80	8	215	33	8	11	45	1.71
59743507--59743558	23	2.4	21	83	6	59	57	1	7	32	1.38
59746112--59746343	40	5.8	40	85	3	315	25	28	21	24	1.99
59746112--59746343	80	2.9	80	90	1	358	25	28	21	24	1.99
59746083--59746342	120	2.2	120	85	2	353	26	28	21	24	1.99
59748952--59749001	25	2.0	26	84	11	68	40	12	2	46	1.52
59750566--59750618	26	2.0	27	85	3	72	43	9	11	35	1.73
59751283--59751330	12	4.2	11	80	15	53	22	4	4	68	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59755606--59756534	44	20.4	44	71	13	364	33	17	19	30	1.94
59755606--59756103	89	5.6	90	73	10	290	34	17	18	29	1.94
59755592--59756119	133	4.0	131	75	8	451	34	17	18	29	1.94
59755724--59756084	184	2.0	184	80	4	406	35	16	18	29	1.93
59756278--59756401	51	2.4	51	91	0	194	33	16	17	32	1.92
59758102--59758129	4	7.0	4	100	0	56	25	0	0	75	0.81
59758156--59758195	12	3.4	11	83	16	53	25	2	5	67	1.23
59760657--59760686	3	10.3	3	92	7	53	33	0	0	66	0.92
59761549--59761582	15	2.1	15	89	10	50	64	0	35	0	0.94
59761548--59761586	17	2.3	18	82	13	55	66	0	33	0	0.92
59762253--59762295	18	2.4	19	80	11	54	16	25	20	37	1.93
59762397--59762440	18	2.4	18	88	0	61	31	11	15	40	1.83
59762432--59762471	17	2.3	18	86	4	55	27	12	15	45	1.82
59764800--59764857	23	2.6	23	79	17	68	41	1	0	56	1.09
59764792--59764844	11	4.9	11	82	13	65	41	3	0	54	1.18
59767847--59768294	156	2.9	154	85	3	577	35	14	20	29	1.92
59771381--59771546	59	2.8	59	92	2	264	53	7	5	33	1.53
59771921--59771957	18	2.1	18	94	0	65	48	10	18	21	1.78
59782190--59782274	37	2.3	39	77	8	95	28	37	16	17	1.92
59783191--59783237	17	2.8	17	80	6	51	80	10	6	2	0.96
59786206--59786277	36	2.0	36	100	0	144	27	13	19	38	1.90
59790793--59790837	17	2.6	17	85	3	54	44	0	2	53	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59795414--59795566	44	3.5	44	78	5	141	26	25	18	29	1.98
59798674--59798702	6	4.8	6	100	0	58	82	0	0	17	0.66
59802244--59802276	13	2.5	13	95	0	57	39	0	0	60	0.97
59802473--59802505	9	3.7	9	95	0	57	51	6	0	42	1.26
59803627--59803665	20	2.0	20	89	0	60	51	0	5	43	1.24
59804398--59804468	18	3.7	19	83	14	69	26	4	0	69	1.07
59804398--59804459	18	3.3	18	86	11	72	27	4	0	67	1.10
59804427--59804468	10	4.4	10	79	8	52	28	0	0	71	0.86
59804888--59804948	29	2.1	29	100	0	122	50	3	9	36	1.52
59809581--59809750	46	3.7	44	74	9	153	30	19	26	24	1.98
59828109--59828224	42	2.8	41	76	13	110	28	25	19	25	1.99
59836041--59836076	19	1.9	19	88	5	56	44	16	5	33	1.71
59837860--59837907	21	2.3	21	88	0	69	20	27	4	47	1.68
59839057--59839095	6	6.5	6	82	11	53	82	2	12	2	0.89
59845548--59845664	43	2.8	42	77	2	119	25	16	25	32	1.96
59850706--59850771	33	2.0	33	100	0	132	33	27	9	30	1.88
59851881--59851995	42	2.7	42	89	4	169	28	26	13	30	1.94
59851924--59852091	93	1.9	91	80	10	202	28	25	16	29	1.96
59851966--59852091	47	2.7	46	81	4	155	27	26	17	28	1.98
59852094--59852122	7	4.1	7	100	0	58	13	27	13	44	1.82
59852121--59852300	31	5.8	31	92	2	290	25	27	20	26	1.99
59852276--59852398	51	2.6	45	84	8	149	26	22	16	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59852290--59852396	51	2.1	51	94	0	187	27	23	14	35	1.93
59858835--59859011	55	3.2	55	87	0	237	31	28	13	26	1.94
59858835--59858986	27	5.6	27	91	3	223	30	28	13	27	1.94
59866385--59866526	42	3.4	42	83	2	169	30	25	13	30	1.94
59875439--59875478	21	2.0	20	85	5	53	25	0	27	47	1.52
59875981--59876035	29	1.9	28	88	3	83	20	18	29	32	1.96
59879945--59879983	20	1.9	21	85	15	55	28	5	15	51	1.64
59882822--59882887	32	2.1	32	100	0	132	34	30	13	21	1.92
59899120--59899255	41	3.3	41	84	4	168	35	25	19	19	1.96
59901108--59901161	22	2.5	22	96	0	99	16	22	33	27	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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