genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.42.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15726473--15726531	29	2.0	31	83	6	77	33	0	8	57	1.29
15726625--15726673	21	2.3	21	92	0	80	48	0	6	44	1.27
15726883--15726927	19	2.4	18	82	13	56	64	0	35	0	0.94
15730116--15730218	46	2.2	48	87	3	147	35	14	24	25	1.93
15730852--15730891	19	2.1	19	100	0	80	50	5	20	25	1.68
15731984--15732045	27	2.3	26	76	13	63	38	1	11	48	1.49
15738135--15738194	28	2.1	29	81	9	70	70	0	3	26	1.03
15742616--15742713	12	8.2	12	71	8	56	9	8	50	32	1.64
15742598--15742668	36	2.0	36	94	0	124	5	12	49	32	1.64
15742588--15742761	24	7.2	24	77	6	93	7	8	50	33	1.61
15742600--15742728	60	2.2	60	88	0	186	8	10	48	33	1.67
15742660--15742737	36	2.2	36	83	0	93	8	6	50	34	1.60
15742696--15742794	48	2.1	48	88	0	144	10	11	47	31	1.72
15742600--15742761	60	2.7	60	83	3	166	8	9	50	32	1.64
15742696--15742794	24	4.1	24	84	0	117	10	11	47	31	1.72
15742823--15742876	12	4.4	12	81	11	56	12	0	64	22	1.27
15745734--15745813	42	1.9	42	97	0	151	31	30	8	30	1.87
15749793--15749826	9	3.8	9	96	0	59	76	0	23	0	0.79
15750216--15750286	30	2.3	31	87	2	99	56	4	2	36	1.34
15750734--15750769	18	2.0	18	100	0	72	38	11	16	33	1.84
15751907--15752036	65	2.0	64	93	1	224	35	6	9	49	1.60
15760367--15760399	17	1.9	17	88	11	50	21	6	0	72	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15760528--15760585	31	1.9	31	82	6	75	51	6	0	41	1.28
15763017--15763095	28	2.8	28	86	0	104	34	11	25	29	1.91
15763853--15763931	28	2.8	28	86	0	104	34	11	25	29	1.91
15762733--15764395	836	2.0	836	97	0	3177	34	11	21	32	1.89
15780515--15780553	19	2.1	19	95	0	69	51	10	5	33	1.58
15781403--15781452	15	3.4	15	86	2	75	36	0	12	52	1.39
15781956--15781996	19	2.2	19	87	12	59	46	0	24	29	1.53
15781944--15781983	13	3.2	13	80	19	50	50	0	25	25	1.50
15784056--15784087	14	2.2	14	94	5	55	0	9	0	90	0.45
15789515--15789561	4	11.8	4	84	8	60	2	27	0	70	0.99
15799885--15800385	167	3.0	167	100	0	1002	26	20	17	35	1.94
15816857--15817208	176	2.0	175	85	6	478	16	33	18	30	1.93
15828193--15828237	23	1.9	24	81	4	56	20	8	8	62	1.51
15836170--15836310	53	2.9	46	78	12	115	28	28	17	26	1.97
15836205--15836354	53	2.8	53	90	3	221	29	28	16	26	1.97
15867222--15867262	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
15870110--15870134	5	5.0	5	100	0	50	80	0	20	0	0.72
15870781--15870832	26	2.0	27	88	11	81	57	0	1	40	1.10
15880249--15880312	30	2.1	30	82	8	76	43	1	3	51	1.26
15889585--15889625	21	2.0	20	90	4	64	21	19	12	46	1.82
15890866--15891130	103	2.6	104	90	3	417	29	29	20	19	1.97
15891458--15891522	30	2.2	29	81	8	76	30	27	6	35	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15891465--15891522	30	1.9	30	85	0	80	31	24	6	37	1.82
15893655--15893704	26	1.9	26	95	0	91	12	24	34	30	1.91
15893576--15893840	103	2.6	103	89	3	408	20	20	29	30	1.97
15893754--15893830	27	2.6	27	82	12	82	18	18	33	29	1.94
15897335--15897600	103	2.6	104	89	3	410	19	20	29	30	1.97
15905252--15905290	16	2.4	16	100	0	78	71	5	10	12	1.28
15908234--15908271	20	1.9	20	84	10	51	42	13	23	21	1.88
15910464--15910503	20	2.0	20	100	0	80	50	0	5	45	1.23
15910718--15910758	19	2.2	18	91	8	64	70	0	29	0	0.87
15912531--15912556	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
15912486--15912602	59	2.0	59	94	0	207	35	14	23	25	1.93
15912546--15912685	46	3.0	46	85	2	174	40	15	23	21	1.91
15915326--15915389	33	2.0	32	84	3	83	14	10	9	65	1.47
15916221--15916347	41	3.1	40	82	2	128	36	22	21	19	1.95
15916412--15916486	22	3.4	22	67	0	60	14	22	12	50	1.76
15916407--15916510	44	2.3	46	90	3	167	11	29	9	49	1.71
15918440--15918464	12	2.1	12	100	0	50	16	24	36	24	1.94
15920662--15920709	6	8.2	6	84	15	57	16	0	2	81	0.79
15920750--15920798	23	2.1	23	88	7	73	36	2	0	61	1.08
15920766--15920809	23	1.9	23	86	9	63	36	0	0	63	0.95
15924535--15924584	21	2.3	22	89	6	75	34	28	24	14	1.93
15924510--15924596	21	4.0	23	75	10	74	37	24	20	17	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15924966--15925023	15	3.8	15	88	2	89	51	12	0	36	1.39
15926218--15926259	5	8.2	5	97	2	75	57	0	0	42	0.99
15926282--15926310	8	3.6	8	100	0	58	62	0	0	37	0.96
15928894--15928941	23	2.1	23	100	0	96	37	8	25	29	1.85
15931836--15931871	17	2.1	17	100	0	72	36	27	30	5	1.80
15933951--15933985	17	2.1	17	88	0	52	60	0	0	40	0.97
15937615--15937676	31	2.0	31	83	0	79	37	0	16	46	1.47
15938650--15938689	21	1.9	21	85	10	55	42	2	7	47	1.45
15938658--15938709	20	2.4	21	79	17	54	38	3	5	51	1.44
15938803--15938891	31	3.0	29	75	8	79	32	12	15	39	1.85
15941851--15941949	42	2.4	42	77	6	101	41	19	26	13	1.87
15945562--15945613	25	2.1	25	85	7	70	42	13	7	36	1.73
15946823--15946847	11	2.3	11	100	0	50	64	0	28	8	1.22
15949759--15949854	45	2.3	41	82	10	106	17	21	21	38	1.93
15953177--15953211	18	2.1	17	89	10	54	45	2	14	37	1.59
15960612--15960697	22	3.7	22	78	14	93	27	0	4	67	1.10
15961414--15961917	46	11.0	46	91	0	740	22	23	14	38	1.92
15961414--15961916	138	3.6	138	93	0	837	22	23	14	38	1.91
15969388--15969425	9	4.2	9	83	9	51	21	2	0	76	0.91
15971220--15971257	15	2.4	17	86	8	53	26	10	5	57	1.53
15971822--15971866	21	2.0	23	87	8	67	53	2	0	44	1.13
15972184--15972223	3	13.3	3	100	0	80	67	0	0	32	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15972943--15972982	15	2.6	15	85	14	55	60	7	0	32	1.25
15973439--15973475	17	2.1	19	85	10	51	51	2	0	45	1.15
15975054--15975113	28	2.1	28	84	0	75	33	6	28	31	1.83
15980401--15980463	28	2.2	28	88	0	90	30	6	31	31	1.83
15980649--15980681	13	2.5	13	85	14	50	75	0	9	15	1.03
15982293--15982331	20	2.0	20	90	5	62	56	5	5	33	1.43
15988315--15988345	3	10.3	3	92	0	53	3	29	0	67	1.06
15993865--15993900	18	2.0	18	100	0	72	50	11	0	38	1.38
15994678--15994890	118	1.8	118	92	0	363	28	30	16	23	1.96
15995653--15995743	43	2.1	43	84	6	114	20	9	34	35	1.86
15995851--15995915	16	4.0	15	82	11	76	78	0	3	18	0.88
15995857--15995906	20	2.5	20	87	12	77	78	0	4	18	0.91
16002372--16002407	18	2.0	18	100	0	72	50	11	0	38	1.38
16008001--16008057	30	1.9	30	89	7	89	38	5	14	42	1.68
16008411--16008463	21	2.6	20	83	16	65	66	0	33	0	0.92
16011764--16011931	33	5.1	33	81	0	174	29	10	41	19	1.83
16014489--16014550	27	2.4	28	79	17	71	59	9	0	30	1.29
16014601--16014638	3	12.3	3	88	5	58	2	28	0	68	1.03
16028910--16028970	31	1.9	32	86	3	88	34	9	11	44	1.74
16033552--16033599	22	2.2	22	85	7	62	29	6	6	58	1.47
16034549--16034603	19	2.8	20	80	2	67	27	1	1	69	1.09
16034549--16034603	10	5.6	10	75	12	51	27	1	1	69	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16036552--16036576	8	3.1	8	100	0	50	52	0	0	48	1.00
16036626--16036674	25	2.0	25	83	0	62	46	6	8	38	1.58
16039723--16039802	31	2.6	31	80	9	92	60	3	0	36	1.15
16039729--16039788	23	2.7	23	71	16	56	63	1	0	35	1.05
16052380--16052428	16	3.1	15	77	13	53	34	0	0	65	0.93
16052897--16052955	30	2.0	30	86	0	82	62	5	0	32	1.17
16053020--16053057	18	2.0	20	85	10	53	31	0	0	68	0.90
16063325--16063363	20	1.9	21	89	5	62	38	2	12	46	1.56
16078616--16078660	23	2.0	23	90	0	72	33	4	0	62	1.15
16079884--16079925	15	2.8	15	75	13	50	38	2	4	54	1.34

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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