genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
665928--665985	30	1.9	30	89	6	91	50	5	1	43	1.35
665916--665985	30	2.4	28	81	13	88	48	4	2	44	1.37
666126--666188	27	2.4	25	79	10	72	68	7	4	19	1.33
666555--666654	18	5.3	18	73	21	80	60	7	1	32	1.30
666566--666667	27	3.4	31	71	13	106	61	5	0	32	1.20
668195--668406	51	4.2	51	91	0	343	31	21	12	34	1.91
668192--668390	102	2.0	102	98	0	389	32	21	13	33	1.92
668514--668561	20	2.3	22	82	13	57	52	14	0	33	1.42
678578--678612	14	2.6	14	86	4	54	20	8	0	71	1.11
680909--680946	19	2.1	19	85	5	51	52	0	2	44	1.14
685763--685801	17	2.3	17	86	0	51	66	2	0	30	1.05
686134--686203	35	2.0	34	94	2	122	38	21	4	35	1.73
696079--696132	26	2.1	26	86	13	76	31	5	0	62	1.18
696153--696204	20	2.6	20	75	6	52	38	1	0	59	1.08
701594--701637	20	2.2	20	84	8	54	47	2	2	47	1.27
702256--702300	18	2.4	18	92	3	72	40	8	15	35	1.79
715502--715671	83	2.0	85	94	3	299	25	17	26	31	1.97
715809--715841	16	2.1	16	100	0	66	30	9	12	48	1.71
726812--726861	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
731451--731500	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
742056--742679	309	2.0	309	100	0	1248	26	16	21	34	1.95
745321--745347	13	2.1	13	100	0	54	29	40	7	22	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
755310--755393	28	3.0	28	87	8	125	19	3	29	47	1.66
755337--755407	23	2.8	24	74	24	74	16	4	32	46	1.67
755597--755683	21	4.1	21	82	7	104	16	21	25	36	1.94
756765--756951	46	3.9	48	75	15	163	25	14	28	31	1.95
767985--768009	12	2.1	12	100	0	50	24	0	0	76	0.80
772755--772802	14	3.2	14	82	11	51	60	8	2	29	1.37
772833--772901	31	2.3	31	83	14	83	46	10	18	24	1.80
783672--783702	16	1.9	16	93	0	53	35	12	0	51	1.40
785799--785849	21	2.4	21	83	0	66	15	31	29	23	1.95
786617--786646	15	1.9	16	93	6	53	53	0	16	30	1.44
793324--793367	22	2.0	21	83	12	54	45	0	2	52	1.13
793847--793898	24	2.2	24	85	0	68	53	5	3	36	1.43
797191--797236	23	2.0	23	100	0	92	39	4	17	39	1.69
797194--797242	23	2.2	23	88	3	73	40	8	14	36	1.75
803450--803486	18	2.0	20	89	10	60	70	10	0	18	1.16
804328--804380	22	2.3	23	81	12	65	33	3	0	62	1.13
807321--807346	13	2.0	13	100	0	52	61	7	0	30	1.24
811021--811066	21	2.1	22	88	8	67	41	0	4	54	1.20
813534--813576	17	2.4	19	85	11	56	69	0	23	6	1.12
814001--814027	3	9.0	3	100	0	54	66	0	33	0	0.92
820864--820919	21	2.6	21	86	10	78	69	3	3	23	1.20
820869--820919	22	2.3	22	93	3	84	70	3	3	21	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
821599--821660	33	1.9	33	83	6	83	53	4	3	38	1.39
822833--822857	12	2.1	12	100	0	50	40	0	0	60	0.97
830419--830496	31	2.6	30	78	8	88	57	10	12	19	1.63
833122--833170	17	2.9	17	79	14	57	42	6	0	51	1.27
833122--833170	16	2.9	16	80	20	55	42	6	0	51	1.27
833765--833820	18	3.3	17	75	12	53	62	5	5	26	1.39
837534--837562	6	4.8	6	100	0	58	17	31	0	51	1.45
837534--837568	18	1.9	18	88	0	52	22	28	0	48	1.51
849967--850000	13	2.4	15	85	14	54	20	2	11	64	1.39
855662--855695	8	4.4	8	96	3	61	35	0	0	64	0.94
867850--867976	63	2.0	63	98	0	245	36	7	24	32	1.82
872648--872678	6	5.2	6	92	0	53	64	16	19	0	1.29
873625--873758	71	1.9	68	80	4	151	33	8	11	45	1.72
883613--883701	45	1.9	46	86	8	128	47	10	8	33	1.69
895777--895810	16	2.1	17	88	5	52	23	0	70	5	1.09
897543--897600	23	2.5	23	78	10	64	51	1	1	44	1.21
899403--899459	24	2.4	24	93	0	96	56	0	26	17	1.41
902388--902471	28	3.0	28	85	1	114	20	4	29	45	1.71
902392--902485	28	3.5	28	84	8	108	17	5	32	44	1.71
902688--902748	21	2.8	21	67	5	50	13	24	27	34	1.93
902886--902930	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
904088--904159	5	14.8	5	74	21	64	38	0	4	56	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
904117--904159	19	2.3	19	92	8	70	41	0	0	58	0.98
904169--904202	17	2.0	17	94	0	59	79	0	17	2	0.86
904169--904202	9	3.9	9	84	7	52	79	0	17	2	0.86
905072--905186	44	2.6	44	85	2	149	35	13	22	27	1.92
905072--905205	46	3.0	45	82	4	153	35	14	23	26	1.93
910234--910305	5	14.8	5	74	21	64	38	0	4	56	1.18
910263--910305	19	2.3	19	92	8	70	41	0	0	58	0.98
910310--910349	18	2.2	19	90	4	64	80	2	15	2	0.93
911218--911332	44	2.6	44	85	2	149	35	13	22	27	1.92
911218--911351	46	3.0	45	82	4	153	35	14	23	26	1.93
915903--915932	14	2.1	14	100	0	60	43	0	26	30	1.55
934806--934869	24	2.8	23	73	20	62	40	1	4	53	1.31
952113--952158	18	2.5	19	75	10	51	45	0	0	54	0.99
952254--952293	13	2.9	14	82	17	57	55	0	0	45	0.99
952634--952684	25	2.0	26	88	3	77	29	0	1	68	1.00
953246--953342	33	3.1	33	70	22	109	35	0	11	53	1.37
953230--953363	60	2.2	61	88	4	200	31	0	11	56	1.35
953643--953695	27	2.0	27	92	7	90	22	28	32	16	1.96
953644--953701	27	2.1	27	87	6	82	24	31	29	15	1.95
956202--956240	18	2.1	19	90	4	62	41	0	10	48	1.37
960133--960206	29	2.5	30	80	4	87	31	5	21	41	1.76
960965--961030	22	3.0	21	70	12	60	37	1	9	51	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
961685--961721	5	7.8	5	85	8	51	83	0	0	16	0.64
976014--976060	17	2.9	16	84	9	51	8	0	14	76	1.01
976024--976060	16	2.2	18	86	13	53	8	0	10	81	0.89
982116--982160	12	3.6	12	84	6	54	57	2	2	37	1.23
983537--983613	28	2.7	29	87	4	111	29	7	18	44	1.78
983809--983848	19	2.0	20	85	9	55	55	7	0	37	1.29
990416--990450	15	2.3	15	95	0	61	82	0	14	2	0.77
1001849--1001882	13	2.4	14	90	9	52	0	47	0	52	1.00
1004279--1004303	11	2.3	11	100	0	50	44	8	28	20	1.79
1018031--1018093	13	4.9	13	83	11	85	31	6	23	38	1.80
1019242--1019294	22	2.4	22	93	0	88	30	52	3	13	1.57
1019565--1019621	26	2.2	25	87	9	80	8	7	3	80	1.00
1019565--1019621	13	4.5	13	75	4	53	8	7	3	80	1.00
1019565--1019621	25	2.2	26	84	9	73	8	7	3	80	1.00
1019565--1019617	20	2.8	18	72	10	52	9	5	3	81	0.98
1020530--1020593	3	20.3	3	78	9	65	29	7	3	59	1.41
1020935--1020965	15	2.1	15	100	0	62	32	6	0	61	1.21
1021048--1021101	3	18.3	3	76	3	56	33	3	0	62	1.12
1023032--1023215	62	3.0	62	95	0	323	41	20	4	33	1.74
1026181--1026358	86	2.1	87	91	1	286	27	23	23	25	2.00
1026417--1027007	46	13.2	46	64	14	250	26	20	23	28	1.99
1026306--1027008	134	5.2	134	96	0	1273	26	21	23	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1027191--1027628	229	1.9	229	91	0	714	29	19	23	27	1.98
1027962--1028014	22	2.4	22	93	0	88	30	52	3	13	1.57
1028285--1028341	26	2.2	25	87	9	80	8	7	3	80	1.00
1028285--1028341	13	4.5	13	75	4	53	8	7	3	80	1.00
1028285--1028341	25	2.2	26	84	9	73	8	7	3	80	1.00
1028285--1028337	20	2.8	18	72	10	52	9	5	3	81	0.98
1029255--1029327	3	23.3	3	80	8	83	30	6	2	60	1.37
1029329--1029380	20	2.7	19	82	11	54	23	13	3	59	1.50
1029678--1029708	15	2.1	15	100	0	62	32	6	0	61	1.21
1029790--1029827	15	2.5	15	86	0	58	34	5	0	60	1.19

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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