genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.207.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65509347--65509415	32	2.2	32	97	0	129	26	11	17	44	1.82
65514999--65515030	10	3.2	10	95	0	55	53	15	12	18	1.73
65527362--65527469	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
65537908--65538118	48	4.4	48	79	7	191	35	27	19	17	1.95
65542512--65542567	26	2.2	26	96	0	103	30	7	25	37	1.82
65551682--65551771	45	2.0	45	95	0	162	51	13	6	28	1.66
65554265--65554363	51	2.0	50	85	2	135	32	25	17	25	1.97
65554322--65554490	43	4.0	43	79	1	151	31	28	16	23	1.96
65555624--65555674	16	3.2	16	72	8	50	50	3	0	45	1.20
65564377--65564703	129	2.5	129	81	2	370	28	16	19	35	1.93
65565962--65566107	37	3.9	37	95	0	256	26	30	19	23	1.98
65566251--65566341	46	2.0	46	86	0	128	26	31	8	32	1.87
65566315--65566850	47	11.1	47	88	4	685	26	29	12	31	1.93
65566772--65566849	25	3.2	25	65	23	67	29	34	10	25	1.89
65569776--65569981	40	5.2	40	92	0	313	26	29	21	22	1.99
65571233--65571378	37	3.9	37	93	0	247	27	30	18	23	1.97
65571522--65571612	46	2.0	46	88	0	137	26	30	8	34	1.87
65571586--65572068	47	10.1	47	88	4	687	26	30	11	31	1.92
65571586--65572046	245	1.9	241	92	1	769	26	29	12	31	1.92
65575573--65575606	16	2.0	18	88	11	54	58	5	29	5	1.45
65582669--65582724	24	2.3	24	79	14	62	48	16	0	35	1.46
65583336--65583371	15	2.3	16	95	4	65	0	22	0	77	0.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65583336--65583371	16	2.3	15	90	4	54	0	22	0	77	0.76
65588310--65588356	24	2.0	24	84	16	62	51	14	0	34	1.43
65589160--65589198	20	2.0	20	95	5	71	41	5	2	51	1.38
65590467--65590570	22	4.6	23	80	4	122	21	17	20	41	1.90
65590499--65590579	22	3.6	22	77	1	81	20	19	23	35	1.96
65593219--65593275	29	2.0	29	93	3	98	31	22	22	22	1.98
65595620--65596021	209	1.9	209	96	0	741	36	19	16	27	1.94
65602278--65602395	39	3.0	38	78	9	130	31	24	21	22	1.98
65603401--65603573	49	3.6	48	82	7	194	24	28	19	27	1.99
65603403--65603715	49	6.6	47	69	15	191	24	29	19	27	1.98
65603359--65603718	142	2.5	143	76	11	344	24	28	19	26	1.99
65604361--65604411	20	2.7	18	82	14	59	37	21	0	41	1.54
65611182--65611408	45	5.1	45	82	6	225	33	25	16	25	1.96
65615857--65616058	84	2.4	82	82	6	237	39	8	18	33	1.81
65616127--65616307	82	2.2	83	88	3	258	39	7	19	32	1.81
65616211--65616428	121	1.8	121	83	4	296	43	7	17	31	1.77
65618077--65618124	17	2.8	17	81	6	53	66	2	0	31	1.03
65618087--65618146	17	3.7	15	76	17	50	66	1	0	31	1.01
65624215--65624362	48	3.1	48	87	0	215	39	7	23	29	1.82
65627458--65627613	43	3.6	43	90	0	231	32	31	23	12	1.91
65632718--65632821	50	2.1	50	96	1	192	28	10	23	37	1.88
65636544--65636614	34	2.1	34	81	5	81	53	14	18	14	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65638172--65638226	22	2.4	24	87	6	78	38	5	9	47	1.58
65638383--65638503	42	2.9	43	82	4	131	20	16	33	29	1.95
65639950--65639996	20	2.3	20	88	0	67	29	36	25	8	1.86
65641527--65641655	55	2.3	57	82	6	156	49	6	16	27	1.71
65646242--65646460	46	4.7	45	79	8	185	23	29	18	28	1.98
65653917--65654125	46	4.6	44	77	12	174	23	28	19	28	1.98
65653911--65654133	94	2.4	91	79	10	240	23	29	19	27	1.98
65655177--65655281	53	2.0	52	98	1	201	38	15	9	37	1.80
65662419--65662564	37	3.9	37	94	0	247	26	31	19	23	1.98
65663119--65663317	40	5.0	40	86	0	272	27	29	20	23	1.98
65664573--65664681	37	2.9	37	93	0	182	27	31	18	22	1.97
65664830--65664921	48	1.9	48	93	0	157	29	27	7	35	1.84
65689367--65689588	46	4.8	45	75	14	168	25	20	30	23	1.99
65692862--65692921	10	6.0	10	83	11	70	23	6	1	68	1.22
65692864--65692921	30	1.9	30	86	13	84	22	6	1	68	1.22
65693637--65693670	18	1.9	18	88	5	52	26	14	5	52	1.64
65695757--65695791	16	2.2	16	89	0	52	45	14	25	14	1.82
65696028--65696093	29	2.3	29	89	0	96	27	19	25	27	1.99
65703672--65704221	47	11.6	47	93	3	818	28	29	8	33	1.87
65703672--65704221	96	5.8	94	92	3	818	28	29	8	33	1.87
65703672--65704221	143	3.9	142	90	3	822	28	29	8	33	1.87
65705491--65705669	85	2.1	85	97	0	340	26	27	8	37	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65712479--65712600	22	5.3	22	62	21	61	25	29	11	33	1.91
65712451--65713331	47	18.6	47	91	2	1265	27	29	9	33	1.88
65712451--65713331	143	6.2	141	91	3	1247	27	29	9	33	1.88
65715206--65715325	56	2.1	56	98	0	231	22	23	9	45	1.81
65717811--65718072	39	6.7	39	92	0	427	19	21	29	30	1.97
65720748--65720852	26	4.0	26	91	0	165	32	8	22	36	1.85
65720748--65720852	52	2.0	52	94	0	183	32	8	22	36	1.85
65725076--65725186	39	2.8	38	76	10	116	23	22	24	29	1.99
65734559--65734622	31	2.1	31	90	0	101	25	23	14	37	1.92
65734831--65734960	24	5.4	24	92	0	206	30	20	18	30	1.97
65735018--65735074	9	5.9	9	75	15	51	35	21	8	35	1.84
65735011--65735096	20	4.3	20	93	0	145	32	19	11	36	1.88
65735011--65735085	11	7.4	11	71	17	72	32	20	12	36	1.89
65735133--65735180	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
65752338--65752391	27	2.0	27	85	0	72	40	7	12	38	1.72
65760010--65760214	55	3.8	53	79	5	205	35	17	24	23	1.95
65760017--65760214	108	1.8	110	84	4	276	35	16	24	23	1.95
65760453--65760483	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
65767516--65767767	55	4.8	53	79	6	219	35	17	24	22	1.95
65767523--65767720	108	1.8	110	85	4	285	34	17	24	23	1.96
65767964--65767994	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
65773548--65773736	55	3.5	53	81	5	209	22	25	16	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65773537--65773744	54	3.9	54	81	4	222	23	25	15	35	1.94
65773723--65773885	47	3.5	47	92	0	247	23	24	15	36	1.94
65780118--65780200	40	2.1	40	90	0	130	30	15	21	32	1.95
65780134--65780310	40	4.4	39	85	7	196	24	19	25	29	1.98
65780192--65780314	40	3.1	40	92	2	203	22	18	27	30	1.97
65789490--65789712	39	5.7	40	85	8	257	25	27	21	25	2.00
65789490--65789712	79	2.8	79	84	9	244	25	27	21	25	2.00
65791463--65791574	40	2.8	40	86	2	145	27	19	24	28	1.99
65791479--65791659	40	4.5	40	85	6	224	23	18	28	29	1.98
65794758--65794934	55	3.3	54	84	3	232	23	24	16	35	1.95
65794735--65794942	54	3.9	54	82	4	231	24	25	15	35	1.94
65794920--65795083	47	3.5	47	89	2	242	26	23	12	37	1.91
65795087--65795171	44	1.9	44	83	4	109	24	22	14	38	1.91
65797484--65797650	55	3.0	56	91	1	273	27	13	25	33	1.94
65799227--65799311	40	2.2	38	79	8	98	17	14	32	35	1.90
65802889--65803199	47	6.7	45	75	12	213	24	27	18	28	1.98
65804775--65804816	22	2.0	21	86	13	59	28	4	7	59	1.44
65811567--65811602	15	2.4	15	100	0	72	19	25	22	33	1.97
65813162--65813196	16	2.1	16	89	5	52	31	5	5	57	1.46
65816075--65816108	10	3.1	11	87	12	52	26	5	8	58	1.51
65823880--65824055	46	3.8	45	78	10	185	22	20	28	28	1.98
65823876--65824047	93	1.8	93	91	0	281	22	20	29	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65828241--65828449	53	3.9	53	82	3	256	37	17	23	21	1.94
65841348--65841475	45	2.9	45	83	5	156	24	28	21	25	1.99
65845281--65845321	8	5.1	8	96	0	73	24	29	21	24	1.99
65857783--65857844	21	2.9	21	74	11	63	48	25	1	24	1.60
65857948--65857987	20	2.0	20	85	0	53	47	30	0	22	1.52
65858349--65858398	3	16.7	3	87	0	73	70	0	4	26	1.05
65862499--65862593	14	7.2	13	70	17	63	41	0	4	54	1.20
65862500--65862593	19	4.9	18	71	15	73	41	0	4	54	1.20
65862499--65862613	39	2.9	39	90	1	176	41	0	3	54	1.17
65862518--65862613	20	4.9	19	70	11	77	42	0	2	55	1.11

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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