genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.297.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94636662--94637233	134	4.3	134	96	0	993	26	21	23	28	1.99
94636942--94637140	46	4.4	46	64	9	113	25	22	24	27	2.00
94636662--94637270	267	2.3	266	91	2	911	26	21	23	28	1.99
94637372--94637542	40	4.2	40	76	7	137	32	19	20	26	1.97
94637396--94637547	40	3.8	40	81	3	196	30	21	20	26	1.98
94637394--94637563	82	2.1	83	88	1	261	34	21	18	25	1.96
94637395--94637563	40	4.1	42	77	6	157	33	21	18	26	1.96
94637789--94637863	37	2.0	38	84	7	100	38	40	5	16	1.71
94638040--94638088	22	2.2	23	85	3	64	12	2	28	57	1.46
94638039--94638089	23	2.2	24	79	10	61	11	1	27	58	1.44
94638420--94638504	3	28.3	3	73	17	63	29	3	1	65	1.16
94638423--94638504	24	3.4	23	74	14	76	29	3	1	65	1.17
94638420--94638504	11	7.4	11	74	10	64	29	3	1	65	1.16
94638710--94638766	17	3.1	19	78	14	66	31	0	7	61	1.23
94638851--94638880	12	2.5	12	94	0	51	46	6	0	46	1.29
94640161--94640199	18	2.2	17	86	4	51	35	2	2	58	1.25
94641221--94641267	21	2.3	21	89	7	71	61	2	4	31	1.27
94641221--94641270	10	5.0	10	83	9	66	64	2	4	30	1.23
94643849--94644190	48	7.1	48	80	10	328	26	13	27	32	1.93
94643954--94644225	96	2.9	94	82	8	330	27	13	27	31	1.94
94644098--94644225	42	3.0	42	87	3	159	30	12	27	29	1.93
94648597--94648780	52	3.7	51	84	6	234	29	28	17	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94652665--94652779	27	4.3	26	87	5	149	36	23	23	16	1.94
94652665--94652779	54	2.1	54	88	3	169	36	23	23	16	1.94
94664830--94664872	21	2.0	20	86	8	59	41	9	11	37	1.74
94665283--94665337	26	2.2	26	84	9	71	10	21	45	21	1.82
94665608--94665637	13	2.3	13	100	0	60	0	60	40	0	0.97
94665691--94665747	20	2.8	20	81	5	62	1	35	0	63	1.05
94665988--94666101	29	3.9	29	82	2	156	39	6	20	34	1.77
94665957--94666087	59	2.2	60	84	8	171	38	4	22	33	1.75
94665979--94666102	59	2.1	59	89	3	187	38	5	20	35	1.76
94666264--94667535	74	17.3	74	85	11	1565	36	19	16	27	1.93
94668377--94668446	1	70.0	1	73	0	59	2	4	5	87	0.75
94668377--94668446	25	2.9	24	83	8	79	2	4	5	87	0.75
94668377--94668446	8	9.9	7	80	14	65	2	4	5	87	0.75
94671674--94671715	15	2.9	15	76	16	52	40	4	0	54	1.21
94671938--94672081	30	4.5	31	79	10	132	11	2	2	83	0.84
94671966--94672092	22	5.5	23	77	8	132	8	0	3	87	0.69
94671938--94672101	62	2.6	62	82	9	174	11	2	2	83	0.84
94671966--94672092	1	127.0	1	74	0	110	8	0	3	87	0.69
94672043--94672101	8	7.6	8	79	14	54	13	3	1	81	0.90
94683771--94684323	44	12.6	44	76	5	483	26	16	26	30	1.97
94683769--94684306	132	4.1	132	96	0	941	27	16	26	29	1.97
94684341--94684574	95	2.4	96	92	1	389	29	19	22	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94687437--94687493	25	2.2	25	96	3	105	56	12	3	28	1.52
94687516--94687546	16	1.9	16	93	0	53	58	0	0	41	0.98
94688148--94688205	16	3.6	16	75	13	57	18	3	1	75	1.03
94688147--94688192	23	2.0	23	83	8	58	19	4	2	73	1.10
94695304--94695368	29	2.2	30	88	5	96	50	13	1	33	1.51
94698176--94698247	36	2.0	36	100	0	144	33	11	16	38	1.84
94705736--94705765	15	1.9	16	93	6	53	20	0	3	76	0.92
94705738--94705794	8	7.5	8	78	9	50	31	1	1	64	1.13
94705755--94705799	16	3.1	15	84	12	58	37	4	0	57	1.19
94705763--94705814	24	2.2	24	83	13	63	44	5	1	48	1.38
94710752--94710798	22	2.2	21	81	11	51	21	2	17	59	1.47
94711173--94711216	20	2.2	20	87	0	61	70	2	6	20	1.21
94720780--94720835	14	4.1	14	76	2	51	53	0	5	41	1.24
94724008--94724087	42	2.0	41	83	11	103	36	1	2	60	1.18
94724022--94724093	20	3.5	20	78	15	76	38	1	1	58	1.15
94727166--94727647	131	3.7	129	79	5	468	27	18	18	35	1.94
94728556--94728626	35	2.0	35	91	0	115	26	25	11	36	1.90
94736458--94736628	46	3.7	46	93	0	279	33	4	14	47	1.63
94736504--94736705	16	13.0	16	70	14	93	34	2	14	48	1.60
94736504--94736702	9	22.4	9	64	19	62	34	3	15	47	1.60
94736562--94736667	30	3.4	30	71	19	99	35	3	13	47	1.61
94736550--94736699	64	2.4	60	88	6	219	34	2	14	48	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94736676--94736710	16	2.2	16	94	0	61	42	0	11	45	1.40
94737086--94737111	10	2.6	10	100	0	52	65	11	11	11	1.48
94737174--94737199	13	2.0	13	100	0	52	69	0	0	30	0.89
94737687--94737739	23	2.2	23	83	6	61	50	3	3	41	1.38
94737974--94738026	25	2.1	25	89	0	79	32	15	45	7	1.74
94737985--94738047	25	2.5	25	89	0	90	31	15	41	11	1.83
94739121--94740190	357	3.0	357	97	0	2007	37	17	12	32	1.87
94740752--94740802	17	2.9	17	77	11	59	25	1	35	37	1.67
94740752--94740804	18	3.0	18	73	13	56	26	1	33	37	1.68
94741577--94741625	22	2.2	22	82	7	64	42	34	0	22	1.54
94741581--94741640	15	3.9	15	74	10	59	41	35	0	23	1.55
94741945--94742014	21	3.7	20	67	23	60	22	2	25	48	1.64
94741929--94742012	36	2.3	36	91	6	134	22	2	27	47	1.63
94742261--94742646	82	4.7	82	85	5	496	24	17	21	36	1.95
94742261--94742643	41	9.4	41	80	7	404	25	17	21	35	1.95
94742261--94742645	163	2.3	163	84	7	485	24	17	21	35	1.95
94757041--94757233	96	2.0	96	98	0	377	14	24	13	47	1.80
94760817--94760962	37	4.0	37	93	1	242	24	21	16	36	1.94
94760926--94761194	46	5.6	46	84	10	340	28	22	14	34	1.93
94760969--94761188	52	4.3	52	85	8	299	27	22	14	35	1.93
94760926--94761194	98	2.7	98	93	0	457	28	22	14	34	1.93
94764148--94764202	25	2.2	26	83	9	69	58	7	9	25	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94766872--94766932	29	2.1	29	96	0	113	29	18	6	45	1.74
94767604--94767643	12	3.4	12	93	3	64	40	0	0	60	0.97
94787269--94787298	14	2.1	14	100	0	60	30	10	13	46	1.75
94793646--94793700	20	2.8	20	94	0	101	23	10	12	52	1.71
94797283--94797308	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
94797781--94797846	31	2.1	31	82	0	78	46	10	7	34	1.67
94798468--94798504	18	2.1	18	89	0	56	51	13	8	27	1.69
94798538--94798594	22	2.6	22	75	10	64	22	35	0	42	1.54
94798708--94798780	30	2.4	30	86	8	103	21	42	0	35	1.54
94801159--94801192	16	2.1	16	94	0	59	20	0	0	79	0.73
94802597--94802625	13	2.2	13	100	0	58	37	13	6	41	1.72
94805620--94805644	11	2.3	11	100	0	50	72	0	0	28	0.86
94808854--94808915	32	1.9	32	83	0	79	43	6	6	43	1.55
94816583--94816620	20	1.9	20	88	0	58	23	0	5	71	1.07
94818071--94818221	26	6.2	24	73	9	117	58	6	7	26	1.51
94818875--94818907	13	2.5	13	90	0	57	36	0	33	30	1.58
94818812--94818879	7	9.7	7	87	6	102	55	1	13	29	1.46
94819336--94819411	31	2.5	30	84	4	89	27	7	10	53	1.62
94819363--94819437	31	2.5	31	84	2	89	24	10	16	49	1.76
94820775--94820913	52	2.6	53	86	8	176	38	3	4	53	1.38
94820811--94820926	52	2.2	50	83	11	137	37	4	4	54	1.40
94821994--94822050	28	2.0	28	100	0	114	31	14	28	26	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94822776--94822805	15	1.9	16	93	6	53	36	20	26	16	1.93
94833137--94833288	45	3.4	45	98	0	277	46	21	15	15	1.83
94848359--94848440	41	2.1	41	84	11	109	52	1	0	46	1.08
94848354--94848414	29	2.1	29	81	6	70	50	1	0	47	1.10
94853077--94853130	23	2.5	22	75	13	60	57	5	5	31	1.45
94853093--94853178	25	3.7	24	79	10	81	55	5	6	31	1.50
94853192--94853257	25	2.5	27	75	9	73	62	0	3	34	1.11
94853199--94853334	25	5.6	25	70	14	88	58	2	3	35	1.28
94853199--94853291	23	3.9	24	78	10	77	58	3	3	35	1.31
94853817--94853930	30	3.8	30	88	1	158	23	4	47	24	1.70

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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