Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   

This is table  49  of  318  ( 38109 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
18125873--18125995
30
4.1
30
88
0
174
22
21
27
28
1.99
18134670--18134698
2
15.0
2
92
7
51
0
48
0
51
1.00
18141371--18141461
41
2.2
41
96
2
164
28
12
13
46
1.79
18148303--18148741
18
24.6
18
69
19
117
44
10
11
33
1.74
18148309--18148374
16
3.9
16
78
13
53
48
10
13
27
1.75
18148512--18148577
21
3.0
22
86
8
91
40
7
7
43
1.61
18148574--18148627
16
3.2
16
75
14
56
40
9
14
35
1.78
18148556--18148632
34
2.3
34
88
4
111
46
7
12
32
1.71
18148701--18148749
18
2.6
19
77
6
55
46
16
12
24
1.81
18148745--18148795
18
2.9
17
77
8
57
47
7
9
35
1.66
18149301--18149350
7
6.9
7
93
6
82
0
16
0
84
0.63
18149292--18149367
14
5.1
15
84
9
93
0
18
0
81
0.69
18149301--18149362
22
3.0
22
86
9
69
0
17
0
82
0.67
18149291--18149367
23
3.3
22
76
16
84
0
18
0
81
0.68
18149498--18149523
12
2.2
12
100
0
52
0
7
7
84
0.77
18149504--18149536
17
1.9
17
93
0
57
3
6
12
78
1.04
18149501--18149566
19
3.5
19
72
12
64
1
7
12
78
1.01
18149658--18149703
3
15.0
3
82
13
58
0
36
0
63
0.95
18149672--18149700
10
2.9
10
100
0
58
0
37
0
62
0.96
18149658--18149703
13
3.7
13
81
18
62
0
36
0
63
0.95
18149759--18149808
10
5.2
10
80
7
59
0
30
0
70
0.88
18149763--18149805
19
2.3
19
88
11
63
0
30
0
69
0.88
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
18150052--18150168
30
3.9
29
77
11
94
44
3
21
30
1.69
18150067--18150168
30
3.4
30
83
2
125
44
3
21
30
1.70
18150443--18150692
53
4.7
54
89
6
377
35
18
16
30
1.92
18150705--18150737
13
2.4
14
95
5
59
69
9
9
12
1.36
18150698--18150745
14
3.5
14
85
5
62
62
8
10
18
1.52
18150821--18152578
72
24.1
72
93
2
2917
33
18
17
31
1.94
18150821--18152578
145
12.1
144
94
2
2919
33
18
17
31
1.94
18150821--18152582
217
8.1
216
94
2
2936
33
18
17
30
1.94
18152043--18152206
83
2.0
82
97
1
310
34
15
16
32
1.91
18153508--18153621
47
2.5
47
78
4
117
13
24
15
46
1.82
18160812--18161252
18
24.6
18
69
20
103
44
10
11
33
1.74
18160818--18160883
16
3.9
16
78
13
53
48
10
13
27
1.75
18161022--18161088
22
3.0
22
87
10
93
40
7
7
44
1.61
18161085--18161138
16
3.2
16
75
14
56
40
9
14
35
1.78
18161067--18161143
34
2.3
34
88
4
111
46
7
12
32
1.71
18161212--18161260
18
2.6
19
77
6
55
46
16
12
24
1.81
18161256--18161306
18
2.9
17
77
8
57
47
7
9
35
1.66
18161800--18161865
7
8.4
8
90
10
84
0
18
0
81
0.68
18161802--18161878
14
5.1
15
83
10
86
0
18
0
81
0.68
18161811--18161861
15
3.4
15
91
5
77
0
15
0
84
0.63
18161807--18161878
23
3.2
22
86
7
92
0
18
0
81
0.68
18162009--18162033
12
2.1
12
100
0
50
0
8
8
84
0.79
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
18162014--18162046
17
1.9
17
93
0
57
3
6
12
78
1.04
18162011--18162076
19
3.5
19
72
12
64
1
7
12
78
1.01
18162168--18162204
14
2.8
13
91
4
56
0
35
0
64
0.94
18162159--18162203
21
2.1
22
87
4
65
0
31
0
68
0.89
18162260--18162309
10
5.2
10
80
7
59
0
30
0
70
0.88
18162264--18162306
19
2.3
19
88
11
63
0
30
0
69
0.88
18162554--18162670
30
3.9
29
77
11
94
44
3
21
30
1.69
18162569--18162670
30
3.4
30
83
2
125
44
3
21
30
1.70
18162668--18162706
18
2.1
19
90
4
62
17
0
2
79
0.84
18162666--18162695
15
1.9
16
93
6
53
20
0
0
80
0.72
18162668--18162706
19
2.1
19
90
0
60
17
0
2
79
0.84
18167772--18167811
16
2.3
19
87
12
59
10
2
17
70
1.27
18175197--18175228
3
10.7
3
100
0
64
68
0
31
0
0.90
18181115--18181225
47
2.4
47
84
6
154
25
16
23
35
1.95
18187994--18188225
47
4.8
50
81
7
230
20
23
18
37
1.94
18188043--18188243
47
4.2
47
86
5
287
19
23
18
38
1.93
18187994--18188225
97
2.4
97
87
6
337
20
23
18
37
1.94
18187994--18188223
25
9.4
25
82
7
237
20
23
18
37
1.94
18189236--18189338
46
2.2
47
77
10
111
26
14
28
31
1.95
18201338--18201374
20
1.9
20
88
5
58
40
0
8
51
1.32
18203534--18203806
46
6.0
46
89
1
352
39
15
24
20
1.91
18203632--18203702
21
3.2
21
64
24
56
38
14
25
22
1.92
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
18203534--18203806
91
3.0
92
87
2
361
39
15
24
20
1.91
18203534--18203806
137
2.0
137
85
1
368
39
15
24
20
1.91
18205976--18206213
131
1.8
132
82
0
307
28
20
16
33
1.95
18206093--18206587
131
3.8
131
74
5
383
26
21
17
34
1.95
18213780--18213816
18
2.1
18
100
0
74
27
16
5
51
1.66
18218941--18218970
15
1.9
16
93
6
53
53
6
20
20
1.67
18226528--18226565
17
2.1
19
90
9
62
0
23
0
76
0.79
18227921--18228082
42
3.7
43
82
9
168
29
27
14
29
1.95
18227989--18228172
49
3.8
49
81
10
193
30
27
13
28
1.94
18228004--18228172
47
3.6
46
83
3
185
30
27
14
27
1.95
18228194--18228342
31
4.8
31
93
0
235
24
28
20
26
1.99
18228318--18228494
50
3.5
50
90
0
282
25
22
15
36
1.94
18232335--18232394
29
2.1
29
90
6
95
25
15
21
38
1.92
18241078--18241117
19
2.1
19
86
9
55
40
0
0
60
0.97
18243916--18243945
15
2.0
15
93
0
51
30
0
6
63
1.20
18244657--18244692
15
2.6
13
91
8
54
50
0
0
50
1.00
18244569--18244800
118
2.0
116
84
9
303
40
7
2
49
1.45
18250807--18250850
19
2.5
17
92
7
70
79
0
18
2
0.83
18250811--18250850
13
2.9
14
88
7
55
80
0
17
2
0.83
18265473--18265497
6
4.2
6
100
0
50
68
0
0
32
0.90
18280158--18280201
22
2.0
21
83
12
54
36
6
27
29
1.83
18280852--18280894
14
3.0
14
79
3
50
30
2
6
60
1.35
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
18289479--18289532
21
2.6
21
80
13
58
11
20
9
59
1.59
18291742--18291768
3
9.0
3
100
0
54
33
0
0
66
0.92
18295317--18295392
5
15.4
5
80
12
70
43
0
1
55
1.08
18295318--18295400
8
9.9
9
73
21
74
43
0
1
55
1.07
18296476--18296630
45
3.4
45
84
5
197
20
16
19
43
1.87
18296608--18296642
18
1.9
18
88
0
52
17
25
17
40
1.90
18303793--18303817
12
2.1
12
100
0
50
16
24
20
40
1.91
18303798--18303938
45
3.1
45
91
2
221
20
17
19
41
1.90
18311650--18311716
35
2.0
32
82
8
80
41
16
5
35
1.73
18314415--18314522
26
4.2
26
92
0
180
36
23
7
33
1.83
18314415--18314522
52
2.1
52
98
0
207
36
23
7
33
1.83
18317021--18317057
6
6.2
6
96
0
65
51
13
16
18
1.76
18317092--18317131
6
6.7
6
88
0
62
50
15
17
17
1.79
18318429--18318464
9
3.9
9
85
7
54
0
27
0
72
0.85
18318425--18318465
19
2.2
19
100
0
82
0
34
0
65
0.93
18318639--18318685
24
2.0
24
86
0
67
55
2
0
42
1.12
18320147--18320180
6
5.7
6
92
0
59
70
11
0
17
1.16
18320147--18320186
18
2.2
18
86
0
53
75
10
0
15
1.05
18322458--18322514
19
2.9
18
80
19
62
49
7
0
43
1.29
18333647--18333743
39
2.5
39
86
0
131
38
22
23
15
1.92
18344941--18345000
28
2.2
26
80
11
75
26
25
11
36
1.90
18344948--18345007
28
2.1
28
93
0
102
30
23
10
36
1.87
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
18349729--18350026
57
5.2
57
90
0
452
28
34
18
17
1.94
18349784--18349995
29
7.4
29
71
3
178
28
36
17
16
1.93
18350787--18351060
46
6.0
46
90
0
406
22
24
15
37
1.93
18350787--18351060
137
2.0
138
88
3
410
22
24
15
37
1.93
18351044--18351087
23
1.9
23
100
0
88
27
25
13
34
1.93
18350998--18351133
69
2.0
69
95
0
245
24
25
14
36
1.93
18351067--18351173
46
2.3
46
88
4
173
23
24
14
38
1.91
18350957--18351173
115
1.9
114
93
2
373
23
24
14
37
1.93
18353317--18353357
19
2.3
18
80
15
50
53
7
0
39
1.29
18353322--18353357
19
1.9
19
88
5
56
50
8
0
41
1.33

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318