genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.293.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93327912--93328220	169	1.8	170	98	0	602	42	9	5	42	1.60
93330222--93330257	4	8.8	4	93	6	63	0	2	22	75	0.94
93334777--93334809	14	2.3	15	89	5	50	63	6	0	30	1.18
93340954--93341037	42	2.0	42	100	0	168	38	21	0	40	1.53
93361802--93361829	5	5.6	5	100	0	56	82	0	17	0	0.68
93366713--93366795	42	2.0	42	90	0	130	46	12	8	32	1.71
93366823--93366866	19	2.4	18	88	7	70	43	13	2	40	1.57
93370681--93370724	19	2.4	18	88	7	70	43	13	2	40	1.57
93378021--93378066	22	2.1	22	83	0	56	47	4	6	41	1.49
93378357--93378413	22	2.7	22	85	15	77	66	0	1	31	1.02
93378371--93378413	13	3.7	12	84	15	63	62	0	2	34	1.08
93378391--93378417	13	2.1	13	100	0	54	62	0	0	37	0.95
93378539--93378571	5	6.6	5	92	0	57	21	0	0	78	0.75
93378539--93378582	15	2.9	15	89	0	61	25	2	0	72	0.96
93382237--93382312	37	2.1	37	97	0	143	40	6	10	42	1.65
93387853--93387989	61	2.2	62	75	11	136	45	9	3	40	1.54
93392319--93392359	21	2.0	21	90	0	64	41	14	9	34	1.79
93395839--93395869	12	2.6	12	94	0	53	32	41	9	16	1.80
93396188--93396274	24	3.6	24	78	3	77	35	5	41	17	1.73
93398482--93398551	34	2.1	34	89	5	106	37	0	17	45	1.48
93398540--93398585	7	6.6	7	97	0	83	23	0	32	43	1.54
93402452--93402494	18	2.4	18	88	0	68	44	9	27	18	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93403078--93403102	7	3.6	7	100	0	50	60	12	0	28	1.32
93404055--93404093	20	1.9	21	84	5	53	66	2	2	28	1.18
93404070--93404153	18	4.7	18	65	24	52	64	3	2	29	1.23
93404046--93404157	54	2.1	54	93	0	188	62	3	2	31	1.26
93406849--93407253	207	2.0	204	79	7	444	30	21	13	34	1.91
93410446--93410510	31	2.1	31	88	5	96	27	15	7	49	1.72
93410457--93410524	31	2.2	31	81	5	75	39	13	2	44	1.59
93412054--93412154	30	3.4	30	81	2	114	41	32	9	15	1.81
93413479--93413597	21	6.0	20	68	18	61	36	5	0	58	1.20
93419311--93419677	46	7.6	49	86	8	422	34	14	21	29	1.93
93419311--93419677	98	3.8	94	83	10	431	34	14	21	29	1.93
93419325--93419677	196	1.8	196	91	0	589	34	14	21	29	1.93
93419641--93419750	37	3.0	37	94	1	195	37	16	21	24	1.93
93419311--93419666	150	2.4	149	88	4	449	34	14	21	29	1.93
93420584--93420620	15	2.5	16	87	12	53	21	24	10	43	1.84
93420584--93420633	15	3.5	15	79	15	52	22	24	12	42	1.87
93428631--93429099	205	2.3	205	86	2	665	30	19	21	28	1.97
93428966--93429218	118	2.1	118	97	0	470	30	20	21	27	1.98
93428761--93429418	323	2.0	324	89	1	998	31	19	21	27	1.98
93429742--93429850	30	3.6	30	93	0	182	40	33	11	14	1.83
93429732--93429864	60	2.2	61	87	4	198	41	35	10	12	1.78
93431207--93431326	7	17.1	7	66	19	54	36	5	0	58	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93431191--93431238	21	2.3	21	85	7	62	37	2	0	60	1.09
93434987--93435060	37	2.0	37	91	0	121	21	14	18	44	1.86
93436159--93436199	20	2.1	20	90	4	66	29	0	0	70	0.87
93437057--93437135	41	2.0	40	82	7	97	68	1	2	27	1.10
93438534--93438773	128	1.9	129	90	2	385	44	6	12	36	1.68
93439737--93439769	15	2.3	15	89	5	50	54	3	0	42	1.15
93441842--93441894	11	4.9	11	83	2	63	75	9	3	11	1.16
93441853--93441893	21	1.9	22	90	5	66	73	12	2	12	1.20
93451341--93451434	40	2.4	39	77	8	102	37	35	12	14	1.85
93451359--93451435	40	1.9	40	86	0	109	37	32	14	15	1.88
93456799--93456847	20	2.6	18	87	12	64	22	0	2	75	0.90
93456806--93456847	20	2.1	20	91	8	68	21	0	2	76	0.90
93459984--93460022	20	1.9	21	94	5	71	64	2	0	33	1.08
93459966--93460028	18	3.5	17	81	14	65	63	1	1	33	1.13
93466205--93466310	40	2.7	40	78	0	131	31	20	19	28	1.97
93467605--93467635	16	1.9	16	93	0	53	9	6	6	77	1.12
93467830--93467854	10	2.5	10	100	0	50	0	0	12	88	0.53
93468459--93468507	25	2.0	25	88	8	73	18	4	8	69	1.30
93468464--93468513	25	2.0	24	84	3	64	20	4	8	68	1.32
93471829--93471934	7	15.0	7	69	9	63	40	34	3	20	1.71
93471825--93471898	21	3.5	21	80	14	89	41	33	2	21	1.67
93472545--93473052	261	1.9	262	89	1	786	28	16	20	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93478275--93478315	18	2.3	19	83	8	50	75	4	2	17	1.08
93482895--93482958	20	3.2	20	72	2	56	23	6	4	65	1.35
93487669--93487735	9	7.2	9	80	6	71	83	0	7	8	0.81
93487654--93487735	29	2.9	28	83	5	103	80	1	8	9	0.96
93487677--93487747	25	3.2	20	69	27	54	81	0	11	7	0.86
93492578--93492664	37	2.2	40	88	6	126	37	20	14	26	1.92
93494595--93494645	25	2.0	26	88	3	77	39	23	19	17	1.92
93508803--93509057	131	1.9	131	88	0	384	28	16	18	36	1.93
93520392--93520680	133	2.2	133	87	1	418	27	20	24	27	1.99
93520559--93520760	88	2.3	88	92	0	332	27	21	21	29	1.99
93521945--93522233	133	2.2	133	86	1	400	28	19	24	28	1.98
93522112--93522313	88	2.3	88	91	0	323	27	21	21	29	1.98
93524650--93524680	14	2.2	14	94	0	53	22	16	6	54	1.64
93525057--93525384	131	2.5	128	84	2	415	28	15	19	35	1.93
93525973--93526006	13	2.6	13	95	0	59	82	0	17	0	0.67
93527894--93527918	12	2.1	12	100	0	50	76	0	0	24	0.80
93527888--93527916	15	1.9	15	100	0	58	75	0	0	24	0.80
93530033--93530170	27	5.1	27	89	5	199	18	25	22	34	1.96
93530030--93530191	54	3.0	55	82	11	194	19	25	21	33	1.96
93530030--93530191	81	2.0	80	88	5	238	19	25	21	33	1.96
93533232--93533340	18	6.1	18	86	5	132	33	15	15	35	1.89
93533232--93533340	36	3.1	35	86	6	148	33	15	15	35	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93533346--93533402	18	3.2	18	78	9	62	36	5	19	38	1.74
93534438--93534480	23	1.9	22	85	4	59	65	4	18	11	1.42
93547139--93547171	14	2.2	16	89	10	52	21	21	12	45	1.84
93555141--93555694	204	2.7	204	88	1	775	31	18	20	29	1.96
93557333--93557378	20	2.3	19	85	14	58	30	4	2	63	1.26
93557333--93557378	19	2.3	18	85	14	56	30	4	2	63	1.26
93557492--93557560	13	4.8	15	73	21	67	33	2	0	63	1.09
93557493--93557601	38	2.9	38	80	10	91	32	3	0	63	1.18
93557492--93557620	57	2.2	61	80	15	157	31	4	1	62	1.25
93557512--93557601	19	4.8	18	71	21	69	32	3	1	63	1.18
93561389--93561439	21	2.5	20	84	12	68	25	9	0	64	1.24
93561402--93561445	21	2.1	21	87	4	63	29	6	0	63	1.20
93561717--93561751	3	11.3	3	87	6	52	28	2	2	65	1.21
93561830--93561860	7	4.4	7	100	0	62	29	0	0	70	0.87
93567488--93567528	9	4.6	9	81	0	55	85	7	7	0	0.75
93567492--93567542	27	1.9	26	88	4	75	80	5	13	0	0.89
93569200--93570179	44	22.0	44	69	9	304	32	21	18	28	1.97
93568977--93570127	223	5.2	223	89	0	1640	32	21	18	28	1.97
93571621--93571679	21	2.9	20	82	5	73	28	8	0	62	1.24
93571943--93572057	3	38.7	3	74	14	96	28	7	0	62	1.29
93573006--93573068	31	2.0	31	96	0	117	42	7	22	26	1.81
93585119--93585306	49	3.8	49	84	2	259	26	18	26	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93585114--93585301	100	1.9	100	95	0	340	25	19	26	28	1.99
93593224--93593345	55	2.2	55	77	0	127	17	28	27	27	1.97
93593478--93593976	247	2.0	247	98	0	953	28	16	19	35	1.94
93609596--93609629	15	2.2	16	89	5	52	32	11	14	41	1.82
93612031--93612064	17	2.0	17	100	0	68	35	23	5	35	1.79
93624531--93624595	28	2.3	28	91	0	103	32	27	9	30	1.88
93624701--93624790	28	3.2	27	82	7	101	21	23	22	33	1.97
93664279--93664458	90	2.0	90	97	0	342	50	11	10	27	1.72
93665521--93665600	6	13.3	6	86	5	90	75	7	1	16	1.10
93665503--93665577	30	2.5	30	82	4	89	73	6	5	14	1.22

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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