genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.142.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44141822--44142000	86	2.1	86	83	6	229	29	29	16	24	1.96
44142751--44142781	15	2.1	15	93	0	53	54	25	0	19	1.44
44147340--44147470	48	2.7	50	87	2	185	22	32	18	26	1.97
44147438--44147652	46	4.7	46	74	9	172	25	29	18	27	1.98
44153280--44153314	9	3.9	9	100	0	70	11	0	77	11	1.00
44155031--44155161	49	2.6	51	85	5	171	27	30	18	23	1.98
44155194--44155351	46	3.4	46	82	9	182	24	28	18	28	1.98
44155214--44155393	46	3.9	45	78	11	168	22	28	18	30	1.98
44157843--44157958	5	23.2	5	87	6	164	41	21	0	36	1.59
44158501--44158538	20	1.9	19	89	5	58	63	5	28	2	1.30
44165166--44165220	29	1.9	28	88	3	83	32	27	18	21	1.96
44165169--44165342	77	2.3	77	87	2	260	33	26	17	22	1.96
44171855--44171888	17	2.0	17	100	0	68	29	29	17	23	1.97
44172408--44172532	47	2.7	45	79	18	132	24	29	17	28	1.97
44192333--44192557	79	2.8	80	81	11	255	26	21	26	25	2.00
44192333--44192557	40	5.7	40	86	5	262	26	21	26	25	2.00
44192333--44192557	119	1.9	120	81	9	282	26	21	26	25	2.00
44192386--44192590	79	2.6	79	82	9	206	27	20	26	24	1.99
44200284--44200508	79	2.8	80	79	11	246	26	21	26	25	1.99
44200284--44200508	40	5.7	40	85	5	253	26	21	26	25	1.99
44200337--44200541	79	2.6	79	81	9	197	27	20	26	24	1.99
44204025--44204059	18	1.9	18	94	0	61	17	25	17	40	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44208168--44208256	44	2.0	44	82	4	108	37	24	19	19	1.94
44209140--44209214	5	15.0	5	100	0	150	40	0	0	60	0.97
44209811--44209863	17	3.1	17	91	2	79	13	28	45	13	1.80
44219850--44219899	25	2.0	25	84	7	66	70	2	6	22	1.20
44220292--44220341	18	2.8	18	85	11	59	34	2	0	64	1.05
44220221--44220320	37	2.6	36	75	17	96	31	6	3	60	1.36
44220292--44220328	18	2.1	19	90	10	60	29	0	0	70	0.88
44220965--44221004	17	2.4	17	86	0	62	62	2	0	35	1.09
44221474--44221499	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
44224425--44224460	17	2.1	17	90	10	56	50	0	30	19	1.48
44224426--44224461	11	3.3	11	92	0	54	47	0	30	22	1.52
44224464--44224488	12	2.1	12	100	0	50	56	0	16	28	1.41
44231224--44231261	14	2.9	13	81	11	51	18	13	10	57	1.63
44234682--44234757	36	2.1	36	82	0	89	19	13	26	40	1.88
44237027--44237202	46	3.8	46	78	12	189	21	19	28	30	1.98
44237023--44237194	93	1.8	93	91	0	281	20	20	29	29	1.98
44239429--44239550	46	2.5	48	84	5	149	26	22	14	36	1.93
44242767--44242822	29	1.9	29	85	7	78	10	16	17	55	1.69
44245554--44245731	46	3.8	46	79	10	191	21	20	28	29	1.98
44245552--44245723	93	1.8	93	89	0	272	21	20	29	29	1.98
44247674--44247711	20	1.9	20	84	10	51	63	0	13	23	1.30
44247959--44248049	7	13.0	7	78	9	51	39	1	29	29	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44248009--44248050	7	6.0	7	97	0	66	28	0	33	38	1.58
44257749--44257789	21	2.0	21	85	0	55	36	41	0	21	1.54
44257745--44257833	36	2.5	36	77	1	99	43	34	0	21	1.53
44257745--44257862	14	8.3	14	67	13	53	44	33	0	22	1.53
44257810--44257884	21	3.6	21	76	8	64	50	25	0	24	1.49
44257882--44257978	7	13.7	7	77	5	79	26	50	1	21	1.55
44257884--44257964	36	2.2	37	86	4	121	23	51	1	23	1.55
44257882--44257959	29	2.7	29	82	6	86	24	51	1	23	1.56
44257875--44257973	22	4.6	21	70	14	58	28	48	1	22	1.57
44258835--44258869	15	2.4	15	90	4	54	45	34	0	20	1.51
44259357--44259650	115	2.5	114	86	1	390	32	18	19	28	1.96
44259083--44259535	155	2.9	155	81	8	564	32	19	19	29	1.96
44259675--44259752	39	2.0	39	82	5	95	25	17	17	38	1.92
44263210--44263253	13	3.5	13	81	6	54	68	6	0	25	1.14
44264663--44264751	9	9.4	10	69	25	52	38	2	3	56	1.29
44264638--44264745	39	2.9	37	78	6	112	35	2	2	59	1.26
44264685--44264751	28	2.4	28	73	11	66	37	1	2	58	1.23
44264654--44264735	20	4.3	19	72	17	62	36	2	3	57	1.30
44265648--44265718	19	4.0	18	78	20	78	56	1	0	42	1.08
44266157--44266203	21	2.3	21	85	3	60	38	2	2	57	1.23
44267805--44267905	27	3.7	27	75	10	71	18	31	18	30	1.96
44267816--44267906	27	3.4	27	76	0	83	17	31	18	31	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44271243--44271321	34	2.3	34	95	0	140	45	17	5	31	1.70
44272250--44272466	43	5.0	43	85	4	267	29	28	16	26	1.97
44276684--44276769	38	2.2	38	95	2	154	24	22	16	37	1.93
44279838--44280012	47	3.7	47	96	0	323	33	8	28	30	1.86
44280019--44280366	47	7.4	47	90	2	531	33	8	29	28	1.86
44280019--44280366	143	2.5	140	90	3	538	33	8	29	28	1.86
44285201--44285229	12	2.4	12	100	0	58	24	34	13	27	1.93
44286018--44286042	5	5.0	5	100	0	50	40	0	0	60	0.97
44287165--44287195	12	2.6	12	89	0	53	16	19	16	48	1.81
44295585--44295948	94	3.9	94	79	9	370	22	29	20	27	1.98
44295586--44295948	141	2.6	140	78	9	346	22	29	20	27	1.98
44295585--44295948	47	7.8	46	72	13	287	22	29	20	27	1.98
44315543--44315624	31	2.7	30	77	7	85	32	2	12	52	1.52
44320003--44320048	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
44320010--44320054	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
44326350--44326393	22	2.0	22	100	0	88	13	27	9	50	1.72
44338815--44338860	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
44338822--44338871	23	2.2	22	82	10	57	40	14	8	38	1.75
44341931--44341974	20	2.2	20	91	0	70	6	20	11	61	1.52
44341977--44342028	20	2.6	20	74	17	54	17	28	13	40	1.87
44345447--44345629	49	3.7	49	86	2	267	30	25	19	25	1.98
44345446--44345626	100	1.8	100	95	0	326	30	24	19	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44351539--44351602	34	1.9	34	90	3	103	31	17	18	32	1.94
44351610--44351749	15	9.5	15	67	9	63	29	18	21	30	1.97
44351622--44351734	28	3.9	28	74	21	99	29	19	20	30	1.97
44353319--44353490	43	4.0	43	75	12	165	27	13	23	35	1.93
44362470--44362541	26	2.7	27	82	6	85	36	23	8	31	1.85
44362646--44362759	27	4.3	26	92	3	156	18	22	22	35	1.95
44363965--44364139	49	3.6	47	76	6	154	25	29	17	28	1.98
44365942--44365984	21	2.0	21	86	4	59	30	6	18	44	1.76
44373117--44373164	18	2.5	19	80	13	53	25	0	8	66	1.19
44373131--44373172	20	2.0	20	86	13	59	21	0	11	66	1.23
44373134--44373168	18	1.9	18	100	0	70	22	0	8	68	1.16
44379069--44379253	92	2.0	94	82	3	230	32	19	21	27	1.97
44380594--44380847	90	2.9	88	80	9	257	24	27	12	35	1.92
44380599--44380847	29	8.3	30	74	11	138	24	26	12	35	1.92
44381806--44381843	20	1.9	20	89	10	60	47	0	5	47	1.24
44382884--44382921	18	2.1	18	85	9	51	52	0	26	21	1.47
44390558--44390818	40	6.6	40	85	5	309	26	19	26	26	1.99
44405824--44405858	11	3.2	11	88	11	54	0	54	0	45	0.99
44406325--44406392	3	22.3	3	73	8	57	30	0	7	61	1.23
44406332--44406403	23	3.1	23	82	11	67	31	1	11	55	1.43
44406493--44406570	3	26.0	3	94	0	138	32	1	0	66	1.00
44406837--44406898	20	3.2	20	80	15	67	33	3	1	61	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44407252--44407347	18	5.1	19	67	20	58	36	11	1	51	1.45
44407253--44407347	38	2.6	36	78	8	93	36	11	1	50	1.46
44419657--44420165	44	11.7	44	74	10	343	31	19	22	26	1.98
44419657--44420121	87	5.3	89	72	10	336	30	20	22	26	1.98
44419828--44420176	177	2.0	178	85	2	479	30	19	22	26	1.98
44421083--44421147	18	3.5	19	79	10	71	76	3	0	20	0.91
44421084--44421145	19	3.2	20	73	11	67	79	3	0	17	0.87
44421254--44421288	11	3.2	11	88	11	54	0	54	0	45	0.99
44423651--44423703	19	3.0	18	77	17	58	77	3	0	18	0.92
44423821--44423855	11	3.0	11	88	12	52	0	48	0	51	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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