genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.240.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76133927--76134081	27	5.8	27	81	6	145	29	11	20	38	1.88
76133956--76134108	54	2.8	54	83	0	171	29	11	19	39	1.86
76133980--76134113	27	5.0	27	85	0	142	29	10	20	39	1.86
76134101--76134284	81	2.3	81	87	0	260	38	8	22	31	1.83
76134101--76134257	27	5.8	27	83	0	197	38	8	22	29	1.84
76134111--76134284	54	3.2	54	80	0	141	39	8	22	29	1.84
76155369--76155422	21	2.6	21	85	5	65	16	25	35	22	1.95
76161083--76161266	79	2.3	81	80	7	216	25	22	27	25	2.00
76161082--76161266	40	4.7	40	82	6	216	24	22	27	25	2.00
76161135--76161289	79	2.0	79	82	7	190	26	20	26	26	1.99
76164671--76164726	22	2.6	20	75	13	58	51	0	3	44	1.18
76165299--76165331	17	1.9	17	88	11	50	33	0	18	48	1.48
76167853--76167888	18	2.0	18	100	0	72	38	27	22	11	1.88
76169292--76169346	26	2.2	25	83	9	67	47	0	1	50	1.11
76169289--76169344	22	2.6	21	75	8	58	50	0	1	48	1.11
76169922--76169954	17	1.9	17	88	11	50	33	0	18	48	1.48
76173126--76174029	451	2.0	451	98	0	1736	28	19	20	32	1.97
76186435--76186502	22	3.2	21	84	10	86	19	2	5	72	1.19
76187049--76187088	19	2.1	19	95	0	71	32	5	5	57	1.42
76188060--76188111	15	3.7	15	75	15	56	42	0	13	44	1.44
76188084--76188120	15	2.5	15	87	12	51	32	0	10	56	1.34
76194509--76194571	3	22.3	3	76	23	66	33	0	0	66	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76194509--76194571	27	2.4	26	84	10	83	33	0	0	66	0.92
76194499--76194606	5	20.6	5	75	12	67	30	2	0	66	1.06
76197902--76197953	15	3.7	15	75	15	56	42	0	13	44	1.44
76197926--76197962	15	2.5	15	87	12	51	32	0	10	56	1.34
76200868--76200925	15	3.8	15	83	2	80	50	12	0	37	1.40
76200899--76200950	24	2.1	25	82	10	63	48	13	1	36	1.54
76201819--76201882	32	2.0	32	85	8	87	46	7	0	45	1.32
76201811--76202453	142	4.5	142	97	0	1178	41	11	2	44	1.53
76201844--76202453	285	2.1	285	98	0	1184	41	11	2	44	1.53
76202562--76202628	3	21.7	3	74	17	57	58	2	1	37	1.23
76204401--76204444	22	2.0	21	86	4	61	47	0	29	22	1.51
76205335--76205367	16	2.1	16	88	5	50	30	0	0	69	0.88
76207165--76207223	29	2.0	29	80	6	66	33	6	10	49	1.63
76207983--76208025	19	2.3	19	87	0	59	9	2	13	74	1.16
76208800--76208849	16	3.2	15	78	10	55	74	2	2	22	1.03
76209626--76209671	23	1.9	25	83	16	62	45	8	0	45	1.34
76210404--76210455	20	2.6	21	79	14	56	55	7	5	30	1.52
76210927--76210966	14	2.9	14	84	0	53	32	7	17	42	1.77
76210950--76210989	20	2.0	20	90	0	62	27	10	12	50	1.72
76210935--76211001	34	1.9	35	90	3	109	31	8	13	46	1.74
76211565--76211603	18	2.2	18	100	0	78	46	10	0	43	1.37
76213273--76213312	19	2.1	19	90	0	62	50	7	42	0	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76215697--76215748	15	3.7	15	75	15	56	42	0	13	44	1.44
76215721--76215757	15	2.5	15	87	12	51	32	0	10	56	1.34
76216223--76216262	14	2.9	14	84	0	53	32	7	17	42	1.77
76216246--76216285	20	2.0	20	90	0	62	27	10	12	50	1.72
76216231--76216297	34	1.9	35	90	3	109	31	8	13	46	1.74
76216911--76216967	18	3.2	18	100	0	114	45	10	0	43	1.38
76218629--76218668	19	2.1	19	95	0	71	47	7	45	0	1.31
76221262--76221291	14	2.1	14	93	0	51	30	10	0	60	1.30
76221612--76221687	30	2.6	29	78	15	84	57	3	7	30	1.45
76225683--76225774	17	5.4	17	65	23	50	45	3	4	46	1.39
76228709--76228884	46	3.8	46	77	12	189	20	20	29	29	1.98
76228706--76228877	93	1.8	93	92	0	290	20	20	29	28	1.98
76242744--76242887	40	3.6	40	85	5	184	25	24	26	23	2.00
76248799--76248976	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
76248820--76248975	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
76252537--76252562	12	2.2	12	100	0	52	50	7	0	42	1.31
76253044--76253221	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
76253045--76253200	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
76253041--76253221	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
76260132--76260309	27	6.6	27	84	3	196	29	28	15	26	1.96
76260153--76260308	82	1.9	81	86	3	224	28	28	16	26	1.97
76265197--76265372	46	3.8	46	76	12	180	21	20	28	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76265194--76265365	93	1.8	93	91	0	281	21	20	29	28	1.98
76268443--76268544	26	3.9	26	94	0	186	36	26	5	31	1.80
76274760--76274794	7	5.0	7	100	0	70	28	14	0	57	1.38
76275023--76275159	26	5.3	26	85	4	163	28	23	20	27	1.99
76275207--76275263	20	2.8	20	86	0	87	33	19	8	38	1.82
76286710--76286751	12	3.6	12	75	18	52	47	16	9	26	1.77
76286709--76286754	23	2.0	23	100	0	92	43	17	8	30	1.79
76291250--76291451	43	4.7	43	81	5	221	30	25	20	23	1.99
76294438--76294571	50	2.6	50	84	6	173	28	14	24	32	1.95
76294438--76294621	50	3.6	49	76	10	131	26	17	25	30	1.97
76302640--76302696	23	2.5	23	94	0	96	36	3	14	45	1.61
76305308--76305334	14	1.9	14	100	0	54	22	7	11	59	1.56
76314695--76314756	28	2.2	28	91	0	97	35	3	25	35	1.72
76319729--76319875	40	3.7	40	81	3	170	31	21	21	24	1.98
76319519--76319797	116	2.4	113	82	5	355	30	20	21	27	1.98
76320051--76320117	7	9.4	7	77	18	50	49	28	0	22	1.50
76320043--76320110	21	3.2	21	76	12	59	51	23	0	25	1.48
76320055--76320117	14	4.4	14	74	16	58	47	30	0	22	1.51
76320055--76320275	29	7.6	28	74	15	118	46	26	1	25	1.61
76320057--76320117	21	2.9	21	82	7	70	49	27	0	22	1.50
76320101--76320267	59	2.9	58	84	7	189	46	26	1	25	1.63
76320033--76320235	109	1.9	109	82	4	257	46	26	1	26	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76320218--76320262	21	2.1	21	87	0	63	51	24	0	24	1.49
76320144--76320306	86	1.9	87	83	11	219	47	25	2	24	1.64
76320224--76320271	14	3.4	14	79	2	51	50	29	0	20	1.49
76320135--76320311	29	6.1	30	69	16	138	46	25	2	25	1.65
76320770--76321104	114	2.9	115	78	6	276	34	17	17	30	1.93
76323155--76323201	24	2.0	24	86	0	67	29	19	6	44	1.75
76323433--76323463	14	2.2	14	100	0	62	38	25	6	29	1.81
76323751--76323798	15	3.3	15	76	5	53	50	2	2	45	1.25
76323742--76323802	29	2.1	29	96	0	113	49	1	1	47	1.21
76323578--76323941	195	1.9	193	92	2	613	34	10	5	48	1.62
76323947--76324104	9	18.0	9	70	12	62	47	17	1	33	1.56
76323967--76324081	34	3.3	34	86	4	176	48	16	1	33	1.56
76329191--76329225	14	2.6	14	90	4	54	37	2	14	45	1.59
76329939--76330274	43	7.8	43	83	1	404	25	19	25	29	1.98
76330794--76330818	12	2.1	12	100	0	50	16	8	24	52	1.70
76334222--76334276	23	2.4	23	93	0	92	23	7	21	47	1.76
76336136--76336198	26	2.5	23	79	20	65	25	20	22	31	1.98
76336194--76336244	23	2.2	24	82	10	70	39	21	19	19	1.93
76336206--76336295	24	3.7	25	85	7	96	34	20	21	24	1.96
76340828--76340889	31	2.0	31	96	0	115	35	4	16	43	1.69
76348113--76348155	21	2.0	22	86	4	61	41	18	6	32	1.77
76349879--76350098	110	2.0	110	97	0	413	42	18	10	27	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76353566--76353619	20	2.8	19	86	5	72	51	3	0	44	1.19
76353647--76353725	40	2.0	40	83	14	101	60	2	2	34	1.23
76354489--76354540	16	3.4	16	75	20	65	36	3	3	55	1.36
76354479--76354550	30	2.4	30	97	2	135	41	2	4	51	1.35
76354498--76354544	14	3.2	14	72	21	51	42	4	2	51	1.33
76363215--76363392	93	1.9	96	89	7	281	28	29	21	20	1.98
76363208--76363389	46	3.8	46	77	16	183	29	29	20	20	1.98
76365033--76365165	67	2.0	67	95	0	239	34	6	16	42	1.75
76369016--76369071	28	2.0	28	100	0	112	42	10	0	46	1.38
76369131--76369185	29	1.9	28	82	10	67	45	0	7	47	1.30

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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