genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.264.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84672666--84672792	43	3.0	42	70	19	111	21	22	24	32	1.98
84673704--84673758	7	7.4	7	82	15	58	1	14	0	83	0.73
84673704--84673753	16	3.2	16	86	13	70	0	16	0	84	0.63
84673698--84673753	23	2.4	23	91	8	87	1	17	0	80	0.80
84673704--84673758	15	3.6	16	83	9	71	1	14	0	83	0.73
84676773--84676824	25	2.1	25	100	0	104	21	32	15	30	1.94
84679548--84679673	19	6.9	18	88	5	175	36	15	11	37	1.83
84679548--84679665	35	3.3	35	95	3	200	36	14	11	37	1.83
84679548--84679670	17	6.8	18	87	10	96	36	14	11	37	1.82
84680449--84680486	19	2.0	19	85	10	51	34	5	2	57	1.35
84681058--84681132	14	5.7	14	90	6	90	76	0	24	0	0.80
84681054--84681144	6	14.3	6	89	6	110	75	0	24	0	0.80
84684248--84684330	27	3.2	26	76	11	91	48	10	4	36	1.60
84684226--84684330	51	2.1	51	89	1	158	49	11	3	35	1.57
84690370--84690715	126	2.7	125	84	4	410	29	17	17	35	1.93
84703605--84703665	6	10.5	6	84	7	81	78	0	1	19	0.83
84703606--84703665	29	2.1	29	90	3	95	78	0	1	20	0.84
84703605--84703665	17	3.5	17	90	2	95	78	0	1	19	0.83
84703606--84703665	11	5.3	11	86	6	75	78	0	1	20	0.84
84710160--84710273	44	2.6	45	86	6	144	26	19	25	28	1.98
84710160--84710284	45	2.8	44	86	6	155	28	18	25	28	1.98
84712910--84712955	17	2.7	17	100	0	92	58	17	0	23	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84712910--84712955	10	5.2	10	71	28	50	58	17	0	23	1.38
84721530--84721599	34	2.1	34	100	0	140	31	8	25	34	1.86
84723010--84723331	126	2.5	126	85	3	414	29	17	16	36	1.92
84733665--84733711	22	2.1	22	96	0	85	51	4	10	34	1.56
84735629--84735691	29	2.2	29	97	2	119	34	6	36	22	1.80
84752690--84752737	25	2.0	24	83	4	60	41	14	4	39	1.65
84754837--84754891	26	2.2	26	86	3	76	43	1	7	47	1.41
84758711--84758767	22	2.6	22	77	2	62	36	15	17	29	1.91
84762200--84762250	12	4.2	12	82	7	59	27	1	7	62	1.33
84765687--84766003	49	6.7	49	78	7	282	24	28	19	27	1.98
84765686--84766000	93	3.3	93	77	10	268	24	28	19	27	1.98
84766663--84766701	20	2.0	20	85	10	53	35	20	0	43	1.52
84771848--84771874	10	2.7	10	100	0	54	92	0	0	7	0.38
84772648--84772880	49	4.7	50	80	2	254	24	18	27	29	1.98
84772648--84772926	150	1.9	150	84	1	380	25	17	27	29	1.98
84775011--84775912	44	19.7	44	72	10	419	34	16	18	30	1.93
84775559--84775730	95	1.8	95	83	0	227	30	17	20	31	1.95
84778601--84778656	24	2.3	24	90	0	85	7	19	41	32	1.79
84786262--84786362	53	1.9	53	100	0	202	41	3	21	32	1.72
84786431--84786484	28	1.9	28	100	0	108	37	22	22	18	1.95
84789357--84789395	12	3.2	12	85	0	60	20	15	2	61	1.45
84796159--84796204	22	2.1	22	84	4	58	23	4	2	69	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84799700--84799739	17	2.3	18	86	4	55	20	7	5	67	1.34
84803990--84804255	138	1.9	137	89	0	406	32	20	9	37	1.85
84804498--84804559	16	3.7	16	76	16	63	64	3	0	32	1.09
84810647--84810700	27	2.0	27	100	0	108	51	14	14	18	1.76
84811128--84811167	21	1.9	21	89	0	62	45	2	17	35	1.62
84811128--84811173	21	2.2	21	84	0	56	45	4	17	32	1.68
84828935--84828972	19	2.0	19	100	0	76	52	21	5	21	1.66
84844706--84844736	14	2.2	14	100	0	62	19	45	19	16	1.86
84849487--84849662	38	4.7	38	80	3	169	36	28	19	14	1.91
84850280--84850316	10	3.7	10	100	0	74	18	18	29	32	1.96
84853320--84853364	23	2.0	23	95	0	81	42	0	6	51	1.28
84854739--84854852	34	3.4	34	79	1	122	29	11	16	42	1.83
84854896--84855070	48	3.7	48	81	4	230	22	19	21	36	1.95
84860348--84860426	40	2.0	40	89	0	122	34	30	17	17	1.94
84868996--84869025	12	2.5	12	94	0	51	30	50	13	6	1.67
84870636--84870676	20	2.0	20	100	0	82	60	0	9	29	1.28
84873100--84873143	21	2.1	21	100	0	88	13	18	18	50	1.79
84874205--84874287	33	2.5	33	82	2	94	43	18	10	27	1.83
84875804--84875878	39	1.9	39	83	5	98	33	29	13	24	1.93
84880127--84880196	24	2.9	24	89	0	104	22	12	31	32	1.92
84887792--84887854	24	2.6	24	90	5	92	25	12	31	30	1.93
84889660--84889844	79	2.3	81	82	7	218	24	28	22	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84889641--84889844	40	5.1	40	80	8	220	24	27	22	25	2.00
84897837--84898060	79	2.8	77	82	8	252	24	28	22	24	2.00
84897837--84898060	39	5.7	40	85	6	262	24	28	22	24	2.00
84897818--84898060	40	6.1	40	83	9	229	24	27	22	25	2.00
84912977--84913002	12	2.2	12	100	0	52	57	0	0	42	0.98
84915663--84915701	16	2.4	15	84	16	51	33	0	0	66	0.92
84915663--84915705	17	2.6	16	85	10	52	32	0	0	67	0.91
84930043--84930122	40	2.0	40	95	0	142	22	7	25	45	1.78
84932297--84932332	14	2.6	15	83	16	51	19	2	5	72	1.17
84932336--84932374	19	2.1	19	85	9	53	5	23	17	53	1.63
84933299--84933332	13	2.8	12	86	8	50	44	0	11	44	1.40
84933344--84933405	10	6.1	10	82	1	61	24	4	3	67	1.25
84933350--84933403	20	2.7	19	83	8	72	22	5	3	68	1.26
84937185--84937235	13	3.8	13	71	19	50	23	3	1	70	1.14
84937185--84937248	20	3.2	20	78	13	69	23	4	1	70	1.15
84938789--84938823	17	2.1	17	88	0	52	54	2	20	22	1.58
84938962--84938995	13	2.8	12	86	8	50	47	0	8	44	1.34
84938956--84938990	13	2.6	13	90	4	52	48	0	5	45	1.26
84939007--84939058	10	5.1	10	83	2	59	23	5	1	69	1.20
84943089--84943134	22	2.1	22	88	8	67	60	4	2	32	1.28
84943089--84943148	23	2.6	22	82	12	68	56	3	3	36	1.32
84943249--84943284	3	12.0	3	93	0	63	63	0	0	36	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84943481--84943543	26	2.4	25	79	7	72	47	7	7	36	1.62
84943482--84943531	26	1.9	26	87	0	73	48	8	6	38	1.57
84943606--84943648	9	4.4	10	83	13	54	55	6	0	37	1.27
84943603--84943643	20	2.0	20	90	9	66	60	7	0	31	1.24
84943788--84943873	38	2.2	38	85	10	111	59	3	1	36	1.22
84943786--84943880	41	2.3	43	80	12	117	60	3	1	35	1.20
84943798--84943903	24	4.2	24	80	10	106	58	2	0	37	1.19
84944055--84944088	8	4.2	8	100	0	68	64	0	11	23	1.26
84946012--84946064	21	2.5	21	81	6	63	32	32	9	26	1.88
84946249--84946403	77	2.0	77	86	2	213	32	19	18	29	1.96
84946116--84946666	166	3.3	168	79	10	546	33	18	19	28	1.96
84946326--84946581	89	2.9	89	89	0	386	33	16	19	29	1.94
84946490--84946525	14	2.6	14	90	0	54	52	2	16	27	1.57
84946171--84946664	255	1.9	253	90	3	776	33	17	19	28	1.95
84946504--84946659	78	2.0	79	91	2	251	32	20	16	31	1.94
84954936--84954980	22	2.0	22	95	0	81	46	4	20	28	1.69
84958942--84958988	22	2.1	22	88	7	69	61	4	2	31	1.27
84958942--84959002	23	2.7	22	82	12	70	57	3	3	36	1.31
84959103--84959138	3	12.0	3	93	0	63	63	0	0	36	0.94
84959335--84959421	26	3.4	25	73	7	77	50	5	9	34	1.58
84959460--84959491	9	3.4	10	87	12	50	53	6	0	40	1.26
84959632--84959712	38	2.1	38	86	9	110	60	3	1	34	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84959616--84959748	13	10.9	12	70	17	78	58	3	1	36	1.23
84959645--84959749	23	4.5	22	76	15	86	57	2	0	39	1.20
84959789--84959826	18	2.1	19	90	5	60	63	7	0	28	1.23
84959897--84959930	8	4.2	8	100	0	68	64	0	11	23	1.26
84963754--84963810	29	2.0	29	82	0	69	45	0	14	40	1.44
84967562--84967604	18	2.4	18	92	0	68	44	6	25	23	1.78
84968187--84968217	7	4.4	7	95	0	53	58	12	3	25	1.50
84969114--84969183	10	6.8	11	73	9	51	67	1	0	31	1.00
84969126--84969191	31	2.1	33	88	5	100	69	1	0	28	0.97
84970873--84970948	38	2.0	38	87	5	109	39	14	13	32	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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