genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.171.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54046396--54046515	17	6.8	17	70	17	59	26	5	3	64	1.32
54046547--54046589	19	2.3	19	87	0	59	37	0	4	58	1.19
54047595--54047660	16	4.1	16	77	14	55	75	3	0	21	0.93
54047612--54047659	24	2.0	23	84	11	62	83	2	0	14	0.74
54050000--54050034	17	2.1	17	100	0	70	31	5	5	57	1.46
54050541--54050610	20	3.6	19	81	14	81	60	2	0	37	1.12
54050557--54050613	28	2.1	27	87	9	80	57	3	0	38	1.16
54050580--54050617	20	2.0	20	89	5	60	60	2	0	36	1.11
54050590--54050644	25	2.1	27	90	6	87	54	1	0	43	1.10
54050580--54050667	45	2.0	45	82	13	110	55	2	1	40	1.20
54057892--54057916	12	2.1	12	100	0	50	20	0	16	64	1.30
54067545--54067628	41	2.0	41	100	0	168	27	22	14	35	1.93
54068898--54069018	43	2.8	43	80	5	138	26	21	25	26	1.99
54072398--54072743	184	1.9	185	94	0	613	37	6	24	31	1.81
54072742--54072792	21	2.4	21	83	3	57	17	15	27	39	1.90
54080516--54080571	26	2.2	26	83	6	69	46	0	3	50	1.19
54088363--54088482	38	3.1	38	85	4	152	23	23	24	29	1.99
54088399--54088519	38	3.1	38	86	2	143	20	20	24	33	1.97
54098521--54098559	18	2.2	18	86	9	53	28	5	12	53	1.60
54099988--54100021	18	1.9	17	88	5	50	55	2	35	5	1.39
54100838--54101074	90	2.6	90	86	5	304	32	20	16	29	1.95
54104229--54104279	26	2.0	26	92	0	84	54	0	13	31	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54104234--54104304	26	2.6	25	78	12	70	56	0	12	30	1.37
54105862--54105905	23	1.9	23	81	9	54	9	15	18	56	1.65
54109724--54109767	9	4.4	9	81	18	52	38	0	0	61	0.96
54117141--54117194	27	2.0	27	92	0	90	37	22	14	25	1.93
54118632--54118656	13	1.9	13	100	0	50	36	8	0	56	1.29
54119058--54119095	20	1.9	20	88	0	58	44	2	10	42	1.52
54119037--54119160	52	2.4	49	74	13	124	41	4	8	45	1.54
54118984--54119424	147	2.9	150	86	6	602	43	4	10	41	1.59
54119449--54119491	22	2.0	21	86	4	59	46	0	6	46	1.30
54121598--54121711	42	2.7	41	90	2	165	28	26	14	30	1.95
54121682--54121805	47	2.7	46	83	2	158	29	26	16	28	1.97
54121830--54121978	31	4.8	31	88	0	217	27	28	17	26	1.98
54121954--54122082	50	2.5	51	85	5	181	26	23	15	34	1.94
54124224--54124589	42	8.7	41	80	6	358	26	18	22	31	1.97
54124226--54124590	84	4.3	85	81	4	418	26	18	22	31	1.97
54138524--54138669	40	3.6	41	81	9	167	24	22	26	26	2.00
54138524--54138702	80	2.2	80	80	6	186	26	21	26	25	2.00
54146346--54146531	40	4.7	40	86	5	225	25	22	26	26	2.00
54146346--54146564	80	2.7	79	80	7	203	26	21	26	25	1.99
54148223--54148255	15	2.1	16	88	5	50	30	9	12	48	1.71
54151339--54151424	27	3.2	26	80	6	91	39	19	11	29	1.87
54151378--54151438	27	2.3	27	85	5	79	40	11	16	31	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54151960--54152017	26	2.2	25	82	11	71	22	13	18	44	1.85
54153093--54153266	94	1.9	93	92	1	294	49	4	9	36	1.55
54153222--54153347	49	2.7	47	83	10	150	52	0	5	42	1.25
54154787--54154823	19	1.9	19	88	0	56	21	40	0	37	1.54
54158473--54158580	45	2.4	45	84	0	135	31	28	16	23	1.96
54158862--54158891	15	2.0	15	93	0	51	50	13	0	36	1.42
54162159--54162197	10	3.8	10	86	6	60	30	17	15	35	1.91
54162159--54162198	21	1.9	21	94	0	71	30	17	15	37	1.90
54165878--54165989	27	4.2	26	84	7	134	37	22	24	16	1.93
54165878--54165989	54	2.1	54	86	3	154	37	22	24	16	1.93
54167851--54168070	40	5.6	40	82	5	259	25	26	23	25	2.00
54170722--54170792	24	3.0	24	91	0	106	25	35	2	36	1.71
54179886--54179916	14	2.2	14	100	0	62	12	19	25	41	1.87
54181665--54181783	48	2.5	48	83	6	134	25	28	21	24	1.99
54185508--54185583	30	2.6	29	81	12	75	31	14	5	48	1.66
54185758--54185867	43	2.6	43	83	1	150	33	27	15	23	1.95
54188687--54189166	48	10.0	48	93	0	771	35	6	26	31	1.81
54188697--54189166	144	3.3	144	97	0	877	35	6	27	30	1.81
54189219--54189318	37	2.7	37	93	0	173	25	19	32	24	1.98
54213834--54213999	46	3.6	45	75	11	156	30	27	19	23	1.98
54213834--54214004	93	1.8	93	88	0	261	30	26	19	23	1.98
54213828--54214021	46	4.2	46	70	18	134	30	27	19	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54218215--54218247	17	1.9	17	100	0	66	6	24	0	69	1.10
54219161--54219218	26	2.2	27	78	12	66	34	27	12	25	1.91
54219323--54219431	28	3.9	28	84	1	139	19	23	20	36	1.95
54220730--54220927	50	4.0	50	76	3	202	26	17	27	29	1.97
54222325--54222364	21	1.9	21	94	0	71	20	22	17	40	1.92
54222588--54222616	13	2.2	13	100	0	58	27	0	10	62	1.28
54224295--54224324	14	2.1	15	93	6	53	30	0	20	50	1.49
54224980--54225144	45	3.8	43	76	6	120	26	15	26	32	1.96
54227944--54228000	6	9.5	6	92	0	87	14	49	3	33	1.60
54230816--54230878	6	10.5	6	92	0	99	33	3	49	14	1.59
54232425--54232469	14	3.3	14	78	6	56	35	0	15	48	1.45
54233446--54233505	29	2.1	29	93	0	102	41	30	0	28	1.56
54233452--54233499	15	3.3	15	73	5	53	43	27	0	29	1.55
54240576--54240618	14	3.0	14	78	15	52	4	18	4	72	1.20
54242688--54242716	10	2.9	10	100	0	58	17	0	10	72	1.11
54249737--54249802	20	3.3	20	85	6	82	13	4	6	75	1.14
54249737--54249802	10	6.7	10	89	3	73	13	4	6	75	1.14
54253688--54253734	20	2.4	20	85	3	69	36	14	25	23	1.93
54256852--54257265	47	8.8	46	76	9	311	27	18	29	25	1.98
54256852--54257266	94	4.4	94	80	10	438	27	18	29	25	1.98
54256896--54257258	141	2.6	143	78	6	384	27	17	29	25	1.97
54258030--54258158	55	2.3	55	86	0	186	20	22	34	22	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54259229--54259300	18	3.9	19	80	14	80	8	20	1	69	1.22
54259267--54259314	12	4.2	11	78	5	51	4	20	0	75	0.97
54259936--54260023	36	2.4	36	96	0	158	18	29	12	39	1.87
54261455--54261502	19	2.8	17	81	9	53	47	4	12	35	1.60
54261529--54261678	49	3.0	50	93	1	241	56	10	5	28	1.54
54263296--54263350	20	2.8	20	88	0	83	25	29	16	29	1.97
54266612--54266782	43	4.0	43	77	8	161	29	16	23	29	1.97
54267565--54267612	15	3.3	15	73	5	53	29	0	27	43	1.55
54267559--54267602	14	3.1	14	74	6	52	27	0	34	38	1.57
54267559--54267618	29	2.1	29	93	0	102	28	0	30	41	1.56
54270853--54270908	30	1.9	28	85	7	76	12	30	3	53	1.55
54272213--54272260	15	3.3	15	73	5	53	31	0	25	43	1.55
54272207--54272266	29	2.1	29	90	0	93	30	0	28	41	1.56
54285906--54286040	50	2.7	50	81	1	162	28	27	18	25	1.98
54292040--54292083	14	3.2	14	78	18	56	6	11	11	70	1.33
54293541--54293566	11	2.4	11	100	0	52	53	19	0	26	1.45
54302072--54302254	40	4.6	40	92	0	294	27	22	27	22	1.99
54307941--54307965	13	1.9	13	100	0	50	64	8	0	28	1.22
54308190--54308238	10	4.8	10	80	14	55	40	22	22	14	1.90
54308190--54308238	21	2.4	21	89	3	73	40	22	22	14	1.90
54314985--54315063	6	12.8	6	77	15	81	48	15	18	17	1.82
54314973--54315063	19	4.9	18	74	15	69	49	13	18	18	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54314985--54315063	31	2.5	31	93	0	131	48	15	18	17	1.82
54314990--54315036	25	1.9	24	95	4	85	44	17	21	17	1.86
54315209--54315350	67	2.1	67	85	5	185	30	21	28	19	1.97
54315280--54315331	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
54315568--54315758	27	7.1	27	89	2	240	40	7	22	29	1.81
54315568--54315788	81	2.7	80	80	1	235	38	7	23	30	1.82
54317790--54317840	6	8.3	6	77	12	50	45	13	21	19	1.85
54317790--54317848	31	1.9	31	92	0	100	45	13	22	18	1.84
54317792--54317862	31	2.3	31	85	4	90	46	12	18	22	1.82
54318367--54318557	27	7.1	27	83	2	231	40	7	21	29	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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