genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.282.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90227969--90228136	61	2.7	61	74	6	169	39	3	2	54	1.33
90230014--90230044	16	1.9	16	93	0	53	51	6	16	25	1.68
90236021--90236094	24	3.0	25	78	5	71	37	13	22	25	1.91
90242418--90242448	15	2.1	15	100	0	62	25	12	19	41	1.87
90253827--90253875	20	2.5	20	89	0	71	34	0	6	59	1.22
90261202--90261247	11	4.3	11	76	13	51	82	4	6	6	0.94
90261202--90261247	22	2.1	21	84	11	58	82	4	6	6	0.94
90262592--90262678	18	4.9	17	70	16	61	29	1	4	64	1.21
90262592--90262706	54	2.2	54	90	3	180	29	1	4	64	1.23
90264025--90264090	31	2.1	31	91	0	105	22	25	22	28	1.99
90264289--90264325	18	2.1	18	94	0	65	24	27	8	40	1.83
90270663--90270748	44	1.9	44	88	4	127	31	12	26	29	1.93
90270653--90270786	46	3.0	45	78	4	126	34	13	24	27	1.93
90275329--90275402	27	2.7	27	93	0	121	21	27	29	21	1.99
90279154--90279205	26	2.0	25	85	3	68	44	0	3	51	1.19
90281029--90281211	91	2.0	91	96	0	339	32	24	12	31	1.92
90283730--90283766	18	2.1	18	94	0	65	29	40	0	29	1.57
90285241--90285281	21	2.0	21	100	0	82	19	14	14	51	1.77
90298869--90298918	10	5.0	10	79	13	50	66	2	8	24	1.29
90298869--90298908	20	2.0	20	90	9	64	65	2	7	25	1.32
90305851--90305915	34	1.9	34	93	0	112	33	20	16	29	1.95
90308754--90308811	30	1.9	30	86	6	82	17	31	31	20	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90323134--90323617	205	2.4	205	87	1	675	29	21	18	30	1.97
90323735--90323977	88	2.8	86	83	3	297	20	21	22	35	1.96
90323686--90323973	44	6.6	43	71	5	177	19	21	21	36	1.95
90336165--90336207	22	2.0	20	82	8	50	60	0	6	32	1.23
90337793--90338223	215	2.0	215	98	0	826	18	13	37	30	1.89
90350426--90350587	45	3.7	45	78	6	197	32	26	16	24	1.96
90350366--90350571	86	2.4	86	90	3	308	29	25	18	26	1.98
90350379--90350571	45	4.5	41	75	7	152	29	25	19	25	1.98
90351684--90351712	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
90352515--90352551	15	2.4	16	90	4	58	54	32	0	13	1.40
90352901--90352979	36	2.2	36	86	0	104	22	30	22	24	1.99
90355149--90355198	3	16.7	3	100	0	100	66	0	0	34	0.92
90357198--90357241	13	3.3	13	84	6	61	36	2	0	61	1.09
90357286--90357324	20	1.9	21	89	5	62	48	0	0	51	1.00
90357286--90357330	20	2.2	20	84	7	56	46	0	2	51	1.13
90357791--90357816	10	2.6	10	100	0	52	26	0	0	73	0.84
90372012--90372054	18	2.4	18	84	7	52	6	11	2	79	1.02
90387275--90387357	30	2.8	28	72	18	78	50	8	6	34	1.57
90388595--90389028	88	5.0	85	72	15	327	38	19	16	26	1.92
90388774--90388835	30	2.1	30	90	6	99	41	29	9	19	1.83
90388947--90389201	79	3.3	77	81	6	262	34	16	18	30	1.93
90388986--90389201	79	2.7	78	85	5	265	33	16	18	31	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90389102--90389273	93	1.8	93	85	2	238	31	19	20	28	1.97
90389042--90389366	170	1.9	165	83	5	420	32	18	19	29	1.96
90388606--90389443	255	3.4	247	83	7	847	35	18	17	28	1.93
90389195--90389547	77	4.7	75	86	3	444	32	18	16	31	1.94
90389195--90389547	149	2.4	148	85	3	458	32	18	16	31	1.94
90389501--90389596	49	2.0	49	93	0	165	34	20	14	30	1.93
90389429--90389789	121	3.0	121	95	0	634	33	18	16	31	1.93
90389622--90389717	49	2.0	49	95	0	174	32	20	15	31	1.94
90389671--90389896	72	3.0	72	84	11	285	34	18	16	30	1.94
90389944--90389977	13	2.5	13	90	4	50	58	8	11	20	1.59
90389999--90390104	54	1.9	54	83	9	135	37	18	15	28	1.91
90389816--90391859	140	14.6	140	83	7	1441	37	20	16	25	1.93
90390139--90390244	54	1.9	54	85	9	144	37	19	15	27	1.92
90390279--90390384	54	1.9	54	85	9	144	37	19	15	27	1.92
90390375--90390518	72	2.0	71	91	1	234	38	23	16	21	1.93
90390491--90390596	54	1.9	55	84	5	144	39	17	14	28	1.89
90390576--90390609	13	2.5	13	90	4	50	58	8	11	20	1.59
90390631--90390736	54	1.9	54	83	9	135	37	18	15	28	1.91
90390095--90390794	352	2.0	351	96	0	1301	37	20	16	24	1.93
90390771--90390876	54	1.9	54	85	9	144	37	19	15	27	1.92
90390856--90390889	13	2.5	13	90	4	50	55	8	11	23	1.63
90390911--90391016	54	1.9	54	85	9	144	37	19	15	27	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90390727--90391426	352	2.0	351	95	0	1256	38	20	16	25	1.93
90391007--90391150	72	2.0	71	87	4	209	40	22	14	22	1.90
90389738--90391706	632	3.1	632	96	0	3598	37	20	16	25	1.93
90391123--90391228	54	1.9	55	83	5	135	39	17	13	29	1.88
90391208--90391241	13	2.5	13	90	4	50	58	8	11	20	1.59
90391263--90391368	54	1.9	54	83	9	135	37	18	15	28	1.91
90391403--90391508	54	1.9	54	85	9	144	37	19	15	27	1.92
90390094--90391563	492	3.0	488	91	4	2204	37	20	16	25	1.93
90391543--90391648	54	1.9	54	81	9	126	38	18	13	29	1.89
90391683--90391788	54	1.9	54	83	9	135	37	18	15	28	1.91
90402186--90402269	39	2.3	36	78	11	89	57	4	5	32	1.44
90402751--90402802	24	2.2	23	90	6	86	3	1	21	73	1.10
90403101--90403141	21	2.0	21	85	9	57	36	2	12	48	1.54
90406301--90406349	19	2.4	21	80	10	57	30	34	28	6	1.82
90406312--90406354	22	1.9	23	85	4	61	27	27	34	9	1.88
90413388--90413422	18	1.9	18	88	0	52	51	5	2	40	1.40
90414873--90414903	16	1.9	16	100	0	62	38	3	0	58	1.15
90415378--90415428	26	2.0	26	96	0	93	41	11	7	39	1.71
90415415--90415445	16	1.9	16	100	0	62	45	9	19	25	1.81
90415537--90415595	20	3.0	20	78	7	59	62	0	1	35	1.05
90415586--90415653	28	2.4	29	73	9	70	60	4	4	30	1.36
90415941--90416015	30	2.6	30	75	12	75	33	2	0	64	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90416303--90416354	16	3.1	16	74	15	52	59	5	0	34	1.21
90416511--90416571	25	2.5	24	82	15	63	57	6	4	31	1.46
90425410--90425458	25	1.9	25	83	4	62	63	10	2	24	1.37
90426145--90426301	58	2.7	58	82	3	201	30	9	17	42	1.81
90428707--90429005	149	2.0	149	95	0	535	34	13	12	39	1.83
90429264--90429324	17	3.4	17	65	12	50	32	3	13	50	1.57
90429259--90429333	37	2.0	37	97	0	141	34	5	14	45	1.68
90429332--90429371	9	4.4	9	87	0	53	27	7	20	45	1.78
90429327--90429371	18	2.4	18	77	3	54	26	8	20	44	1.80
90429670--90429703	4	8.5	4	93	0	59	23	2	0	73	0.97
90436672--90436926	138	1.8	138	80	5	300	30	18	20	29	1.96
90436952--90437061	44	2.5	44	80	1	130	33	19	17	30	1.94
90438585--90438627	20	2.2	19	88	12	61	23	9	0	67	1.19
90438809--90438858	25	2.0	24	88	3	73	36	4	2	58	1.29
90442589--90442652	29	2.2	29	88	5	94	42	3	23	31	1.70
90444498--90444622	6	20.3	6	69	16	78	48	14	19	18	1.82
90444524--90444587	19	3.4	19	77	12	78	45	14	21	18	1.85
90444507--90444613	37	2.9	37	83	4	135	47	14	20	17	1.82
90444519--90444622	31	3.4	31	69	15	97	47	14	20	18	1.83
90444555--90444622	25	2.7	25	79	0	82	47	14	19	19	1.83
90444884--90444939	22	2.5	22	77	11	69	33	16	25	25	1.95
90445446--90445560	27	4.3	27	78	8	126	27	20	14	36	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90445448--90445560	54	2.1	53	88	4	172	27	21	15	36	1.93
90447619--90447731	6	18.3	6	67	18	63	48	15	18	17	1.81
90447640--90447731	25	3.7	25	85	0	130	47	15	19	17	1.82
90447993--90448048	22	2.5	22	75	16	62	35	19	25	19	1.95
90448562--90448668	27	4.0	27	82	0	124	26	20	18	34	1.96
90448566--90448668	54	1.9	53	88	2	152	26	21	17	34	1.95
90453298--90453329	16	2.0	16	93	0	55	25	3	18	53	1.59
90456442--90456473	3	10.7	3	100	0	64	31	0	0	68	0.90
90456474--90456659	73	2.5	73	95	0	345	28	5	24	41	1.78
90460880--90460917	3	12.7	3	100	0	76	31	0	0	68	0.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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