genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.65.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22988023--22988051	8	3.6	8	100	0	58	10	0	0	89	0.48
22989214--22989480	87	3.1	86	82	3	322	36	19	16	28	1.93
22989216--22989636	87	5.0	85	73	15	289	37	18	15	28	1.91
22989470--22989636	84	2.0	85	85	5	232	41	16	14	27	1.87
22989299--22989636	161	2.1	159	85	4	470	37	18	15	27	1.92
22990747--22990857	55	2.0	55	98	0	213	23	15	21	39	1.91
23001695--23001738	20	2.1	21	95	4	81	56	4	4	34	1.40
23001707--23001749	11	4.1	11	76	11	54	55	6	2	34	1.39
23001673--23001774	47	2.2	47	81	10	122	59	3	2	33	1.30
23001692--23001854	22	7.5	20	69	23	73	57	7	2	33	1.40
23001850--23001939	27	3.2	27	81	10	94	54	5	5	34	1.47
23001921--23001954	14	2.3	15	90	5	52	55	0	8	35	1.31
23002387--23002530	3	48.0	3	66	16	50	61	4	3	31	1.32
23002381--23002530	23	6.4	22	68	18	63	60	4	3	31	1.33
23002464--23002528	28	2.3	29	76	21	68	61	4	3	30	1.31
23014768--23015010	131	1.9	131	88	1	371	34	18	18	27	1.95
23019006--23019041	17	2.1	17	90	10	56	41	11	2	44	1.54
23020480--23020537	29	2.0	30	89	3	91	32	18	18	29	1.96
23031370--23031517	48	3.1	48	88	0	224	29	24	7	38	1.83
23034278--23034357	41	1.9	42	85	7	110	20	26	33	20	1.96
23036613--23036674	27	2.3	26	78	8	70	51	11	0	37	1.38
23038238--23038267	15	1.9	16	93	6	53	73	0	3	23	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23042000--23042031	10	3.3	10	95	4	57	62	0	6	31	1.20
23050444--23050536	18	5.2	18	85	0	132	31	16	24	27	1.96
23052728--23052793	30	2.2	31	86	8	91	42	6	10	40	1.64
23052804--23052894	34	2.7	34	89	1	130	35	1	13	50	1.48
23054229--23054254	7	3.7	7	100	0	52	46	0	0	53	1.00
23054709--23054858	75	2.0	75	94	0	264	40	14	12	32	1.84
23074936--23075058	62	2.0	62	96	0	228	26	17	18	37	1.93
23076530--23076563	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
23081169--23081202	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
23082748--23082921	87	2.0	88	84	3	226	26	21	14	37	1.92
23086064--23086106	11	4.0	11	81	6	52	30	4	46	18	1.69
23086720--23086794	20	3.7	20	75	8	71	25	10	10	53	1.67
23090199--23090233	4	8.8	4	87	0	52	22	5	22	48	1.72
23090533--23090563	2	15.5	2	100	0	62	51	0	48	0	1.00
23091327--23091376	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
23095966--23096015	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
23101456--23101503	22	2.2	21	85	14	62	29	2	22	45	1.64
23102694--23102840	39	3.8	38	86	2	204	32	21	12	32	1.91
23102694--23102840	77	1.9	77	85	2	206	32	21	12	32	1.91
23102668--23102841	77	2.3	77	81	4	199	33	22	13	30	1.92
23105745--23105781	19	1.9	19	89	10	58	37	0	2	59	1.12
23107656--23107712	20	2.8	20	82	10	71	35	3	0	61	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23107656--23107712	10	5.6	10	74	17	55	35	3	0	61	1.13
23107664--23107712	21	2.4	21	86	3	64	32	4	0	63	1.13
23118998--23119084	3	30.3	3	68	21	53	63	4	1	31	1.22
23119018--23119084	19	3.5	19	72	25	52	65	4	1	28	1.21
23124908--23124943	3	12.0	3	100	0	72	66	0	0	33	0.92
23128630--23128673	20	2.4	18	85	11	54	9	20	2	68	1.28
23129725--23129764	21	1.9	21	85	10	55	30	5	0	65	1.14
23137322--23137505	62	3.0	62	95	0	323	41	20	4	33	1.74
23138737--23138794	23	2.5	22	81	8	62	77	15	3	3	1.04
23140227--23140803	95	6.0	95	97	0	1064	29	20	22	27	1.98
23140608--23141034	231	1.8	231	97	0	818	29	18	22	29	1.98
23140513--23142118	326	4.9	326	91	2	2446	28	19	23	29	1.98
23140839--23141129	95	3.0	95	94	2	528	29	18	22	29	1.97
23140934--23141360	231	1.8	231	98	0	827	28	18	22	29	1.98
23141165--23141457	97	3.0	97	95	2	545	29	18	23	29	1.98
23141262--23141686	231	1.8	229	94	1	760	28	19	23	28	1.98
23141357--23142014	134	4.7	134	71	13	540	28	19	23	28	1.98
23141493--23141880	97	4.0	96	96	0	681	29	19	23	28	1.98
23140513--23142118	654	2.5	653	90	3	2440	28	19	23	29	1.98
23140187--23142109	423	4.6	422	82	8	2260	28	19	22	28	1.98
23141681--23142118	231	1.9	230	94	1	779	28	19	23	28	1.98
23141916--23142109	95	2.0	95	95	0	352	29	19	22	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23145062--23145110	26	1.9	25	95	4	89	44	16	8	30	1.76
23147812--23147881	31	2.2	31	92	2	113	41	4	12	41	1.63
23154920--23154949	14	2.1	14	100	0	60	30	0	13	56	1.37
23157015--23157073	30	1.9	31	86	3	84	47	5	22	25	1.71
23157294--23157353	23	2.7	22	72	20	54	35	0	1	63	1.05
23157284--23157349	31	2.1	31	86	5	89	36	0	3	60	1.12
23164197--23164420	46	4.8	46	81	5	281	22	20	27	29	1.99
23164243--23164413	93	1.8	93	92	0	288	22	20	28	29	1.98
23170986--23171033	19	2.4	20	89	6	62	43	8	10	37	1.69
23170988--23171033	21	2.3	21	92	7	78	41	8	10	39	1.71
23171026--23171050	4	6.2	4	100	0	50	76	0	0	24	0.80
23175699--23175769	3	24.0	3	73	13	58	60	4	4	30	1.35
23182585--23182634	16	3.1	17	80	8	59	42	0	0	58	0.98
23182761--23182825	32	2.1	32	83	11	82	44	1	4	49	1.32
23182773--23182837	32	2.0	32	85	5	87	44	1	3	50	1.26
23186423--23186472	6	8.3	6	75	16	50	76	0	18	6	0.99
23210113--23210145	11	3.0	11	91	8	50	9	27	0	63	1.24
23211395--23211446	25	2.1	25	85	0	68	36	9	15	38	1.80
23213710--23213768	23	2.6	23	79	15	61	44	13	5	37	1.66
23219564--23219631	34	2.0	34	100	0	136	20	5	17	55	1.62
23235260--23235343	26	3.2	26	89	0	132	32	3	26	38	1.73
23241721--23241757	18	2.0	20	89	10	60	51	0	37	10	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23242087--23242128	20	2.2	18	87	8	57	50	2	2	45	1.27
23243191--23243267	18	4.0	18	81	11	73	66	1	0	32	1.00
23243495--23243630	66	2.1	64	81	8	157	31	5	3	59	1.37
23243562--23243623	28	2.2	28	82	8	72	29	3	3	64	1.25
23244025--23244118	38	2.5	39	71	11	88	52	1	3	43	1.24
23247428--23247521	48	1.9	49	87	6	138	43	13	13	28	1.83
23247559--23247800	120	2.0	120	91	3	398	26	30	9	33	1.88
23249992--23250103	37	2.9	39	73	8	111	22	20	27	29	1.98
23250781--23250831	17	3.0	17	83	11	68	39	13	13	33	1.84
23253143--23253198	29	2.0	28	89	3	85	21	16	26	35	1.94
23270687--23270767	31	2.6	31	82	2	90	48	3	7	40	1.49
23274247--23274473	101	2.2	101	96	0	409	30	21	14	33	1.93
23274247--23274473	50	4.5	51	87	1	323	30	21	14	33	1.93
23276086--23276137	21	2.5	21	73	17	54	44	15	5	34	1.70
23277160--23277314	62	2.5	62	87	2	222	30	21	23	23	1.99
23277508--23277673	46	3.9	39	80	17	172	37	16	24	21	1.93
23277550--23277717	46	3.7	46	88	1	230	40	15	24	19	1.90
23277816--23277848	13	2.5	13	100	0	66	27	6	36	30	1.81
23279837--23279939	51	2.0	51	100	0	206	46	13	9	30	1.75
23282349--23282392	3	14.7	3	85	0	61	0	0	61	38	0.96
23293120--23293171	25	2.1	25	82	13	63	50	1	1	46	1.23
23298161--23298194	6	5.7	6	100	0	68	0	64	0	35	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23310308--23310356	17	3.1	16	77	8	55	38	0	4	57	1.18
23330131--23330164	6	5.7	6	100	0	68	35	0	64	0	0.94
23335152--23335204	26	2.1	25	83	16	65	45	1	1	50	1.23
23345015--23345058	23	2.0	21	82	13	52	63	2	6	27	1.31
23345349--23345428	23	3.3	23	70	29	67	57	0	3	38	1.17
23345385--23345474	13	7.2	13	72	22	52	58	2	3	35	1.27
23345454--23345478	13	1.9	13	100	0	50	60	0	8	32	1.26
23345490--23345559	17	4.0	18	76	14	67	64	1	1	32	1.11
23345490--23345546	20	3.0	20	75	19	59	63	1	0	35	1.05
23347174--23348063	411	2.2	411	90	2	1396	27	22	18	31	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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