genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.203.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64075829--64075902	38	1.9	38	94	0	130	17	13	9	59	1.60
64078550--64078694	53	2.7	55	86	4	206	33	18	24	22	1.97
64078933--64078963	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
64081052--64081090	12	3.5	12	86	13	57	25	5	7	61	1.44
64081901--64081940	21	1.9	21	100	0	80	32	20	10	37	1.85
64089451--64089500	25	2.0	25	84	7	66	26	0	10	64	1.25
64092823--64092884	32	1.9	32	100	0	124	32	0	9	58	1.31
64094194--64094510	47	6.6	47	88	5	463	32	8	30	29	1.87
64094206--64094455	51	5.1	51	89	7	417	32	8	28	30	1.87
64094194--64094510	98	3.3	98	93	1	516	32	8	30	29	1.87
64094629--64094707	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
64105255--64105315	30	2.0	30	96	0	113	24	21	16	37	1.93
64132234--64132394	38	4.2	38	84	4	173	20	18	26	34	1.96
64132234--64132431	76	2.5	78	80	4	195	19	18	26	35	1.95
64134110--64134142	12	2.6	13	85	9	50	9	45	0	45	1.35
64135210--64135274	28	2.3	28	86	0	94	32	26	9	32	1.88
64135380--64135441	27	2.2	29	85	5	83	17	25	25	30	1.97
64141909--64141941	12	2.6	13	85	9	50	9	45	0	45	1.35
64142992--64143051	27	2.2	27	90	0	93	33	25	10	31	1.89
64143167--64143241	24	2.9	27	82	11	102	18	24	22	34	1.96
64155687--64155832	40	3.7	39	94	3	247	21	22	29	26	1.99
64155687--64155851	40	4.1	40	91	6	246	21	23	28	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64159335--64159367	12	2.6	13	85	9	50	9	45	0	45	1.35
64160434--64160498	28	2.3	28	91	0	103	32	27	9	30	1.88
64160614--64160704	27	3.2	28	78	4	85	19	26	21	31	1.98
64162081--64162345	43	6.2	43	87	1	388	12	23	32	31	1.92
64162477--64162608	57	2.4	55	81	10	153	24	17	28	29	1.97
64162524--64162599	29	2.7	28	74	8	73	23	19	28	27	1.98
64166738--64166926	38	4.9	38	81	8	195	21	22	26	29	1.99
64166767--64166926	76	2.1	78	86	2	225	20	21	27	31	1.98
64168764--64168947	40	4.6	40	87	5	237	23	16	27	32	1.96
64171012--64171092	42	1.9	42	97	0	153	43	16	6	34	1.72
64174535--64174596	28	2.3	28	86	5	83	43	12	14	29	1.83
64175459--64175527	31	2.2	31	84	0	93	14	21	17	46	1.84
64178217--64178379	46	3.5	44	77	9	141	26	18	30	24	1.98
64179380--64179434	28	1.9	29	88	3	85	16	20	45	18	1.86
64188332--64188377	22	2.1	22	88	4	67	47	10	0	41	1.38
64192491--64192565	26	2.9	26	88	7	116	18	13	24	44	1.85
64193794--64193852	28	2.1	28	96	0	109	54	5	16	23	1.62
64195689--64195729	22	1.9	22	90	5	66	19	21	43	14	1.87
64198826--64198880	22	2.6	21	82	2	65	16	30	34	18	1.93
64201246--64201288	22	2.0	21	82	13	52	55	0	4	39	1.20
64212723--64213162	35	12.6	35	84	2	562	18	14	28	39	1.89
64212806--64212865	21	3.2	21	62	37	55	16	13	28	41	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64215217--64215286	20	3.5	20	78	0	86	12	30	21	35	1.91
64215218--64215346	40	3.2	40	82	4	161	14	29	20	35	1.92
64215327--64215425	39	2.5	40	82	8	114	14	32	19	34	1.91
64217229--64217275	20	2.3	20	96	0	85	36	12	19	31	1.89
64217223--64217275	9	5.4	10	78	17	58	35	11	18	33	1.87
64217321--64217379	24	2.4	24	83	11	75	28	20	23	27	1.99
64217321--64217384	23	2.7	24	83	9	60	28	21	25	25	1.99
64217586--64217669	31	2.7	31	92	1	134	33	17	23	25	1.97
64225295--64225341	20	2.3	20	92	0	76	36	10	19	34	1.86
64225289--64225336	9	5.1	9	82	9	60	35	10	18	35	1.85
64225387--64225470	25	3.4	25	88	6	127	29	22	19	28	1.98
64225387--64225482	49	1.9	50	83	10	126	28	23	19	28	1.99
64225677--64225817	31	4.5	31	95	0	255	34	18	24	22	1.96
64233737--64233908	46	3.7	45	77	11	186	27	20	30	21	1.98
64233737--64233917	94	1.9	94	86	4	258	27	20	30	22	1.98
64233737--64234089	46	7.5	49	72	9	166	26	20	29	23	1.99
64237002--64237031	14	2.1	14	93	0	51	46	36	0	16	1.47
64239850--64239958	30	3.6	30	96	0	191	12	24	33	28	1.92
64245056--64245082	12	2.2	12	100	0	54	85	0	14	0	0.61
64246737--64246815	25	3.0	24	81	13	86	72	2	2	22	1.09
64246753--64246812	15	3.8	15	72	10	57	71	1	1	25	1.04
64246732--64246806	37	2.0	37	82	5	89	70	2	2	24	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64248418--64248680	136	1.9	136	93	0	454	25	11	25	36	1.90
64254441--64254588	59	2.5	58	78	5	154	27	32	19	20	1.97
64255445--64255486	14	2.8	16	86	13	54	45	0	2	52	1.13
64265299--64265343	23	2.0	22	87	12	65	62	0	4	33	1.15
64265964--64265994	11	2.8	11	100	0	62	9	0	9	80	0.90
64267749--64267787	18	2.2	18	90	0	60	20	0	5	74	1.01
64269426--64269655	127	1.8	124	87	6	338	48	8	15	27	1.73
64272236--64272289	27	2.0	26	82	3	63	27	11	1	59	1.42
64272878--64272904	4	6.8	4	100	0	54	77	0	0	22	0.76
64275040--64275069	15	1.9	16	93	6	53	6	13	3	76	1.11
64286759--64286869	42	2.7	42	86	6	163	19	17	24	38	1.92
64294029--64294086	30	2.0	29	93	3	98	25	17	24	32	1.96
64304320--64304487	42	4.0	42	77	6	155	20	16	23	39	1.91
64304455--64304521	33	2.0	33	100	0	134	26	14	14	43	1.85
64307137--64307220	34	2.5	34	92	1	143	22	11	16	48	1.79
64307142--64307197	17	3.3	17	68	26	55	17	10	14	57	1.65
64308292--64308357	25	2.7	24	76	2	69	28	19	19	31	1.97
64309404--64309460	30	1.9	30	88	0	87	31	7	28	33	1.84
64309801--64309920	46	2.6	46	86	2	152	32	20	26	20	1.97
64315689--64315849	42	3.7	42	87	6	207	27	27	16	28	1.97
64315764--64315861	48	2.0	48	96	0	178	29	28	15	26	1.96
64315902--64316003	53	1.9	53	86	4	143	31	26	16	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64322562--64322786	40	5.7	40	86	5	296	24	22	28	25	2.00
64322562--64322819	119	2.2	119	81	6	283	25	21	27	24	1.99
64330586--64330810	40	5.7	40	86	5	296	24	22	28	25	2.00
64330586--64330843	119	2.2	119	81	6	283	25	21	27	24	1.99
64333180--64333248	30	2.2	30	82	5	75	26	8	7	57	1.54
64333640--64333673	16	2.0	16	88	11	50	29	2	0	67	1.05
64333643--64333706	26	2.4	27	78	14	71	34	3	0	62	1.11
64333670--64333708	15	2.5	15	87	4	51	35	2	0	61	1.10
64333686--64333772	42	2.0	42	80	10	97	32	4	4	58	1.39
64333827--64333876	24	2.0	25	84	3	66	36	6	4	54	1.44
64334571--64334620	21	2.4	21	96	0	91	46	20	0	34	1.51
64341525--64341569	18	2.5	19	82	10	58	22	13	28	35	1.92
64345986--64346147	89	1.8	87	80	5	191	30	18	22	28	1.97
64345885--64346411	220	2.4	220	91	1	820	32	17	21	27	1.96
64348178--64348211	16	2.0	18	88	11	54	29	2	0	67	1.05
64348181--64348244	26	2.4	27	78	14	71	34	3	0	62	1.11
64348208--64348246	15	2.5	15	87	4	51	35	2	0	61	1.10
64348224--64348310	42	2.0	42	80	10	97	32	4	4	58	1.39
64350275--64350307	17	2.0	16	94	5	57	6	39	0	54	1.25
64354512--64354612	29	3.5	28	89	1	139	29	29	13	26	1.94
64355982--64356033	17	2.8	18	80	11	61	36	11	0	51	1.38
64366414--64366486	21	3.4	21	76	12	69	30	20	32	16	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64367149--64367184	16	2.2	16	90	5	54	69	5	0	25	1.10
64374905--64375174	95	2.8	97	81	6	298	22	27	21	28	1.99
64374896--64375183	145	2.0	148	80	6	336	22	27	21	28	1.99
64374905--64375185	50	5.8	49	74	9	234	22	27	20	29	1.99
64377068--64377104	10	3.5	11	85	10	51	51	24	8	16	1.71
64379049--64379107	22	2.6	22	84	7	66	52	3	1	42	1.28
64385498--64385679	40	4.6	40	93	2	287	25	28	21	24	1.99
64390720--64390758	12	3.2	12	92	0	60	20	38	25	15	1.92
64410652--64410807	68	2.2	68	77	13	149	20	28	16	34	1.94
64420255--64420294	13	3.1	12	86	13	53	20	32	32	15	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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