genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.128.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39734010--39734042	13	2.5	13	90	9	50	51	0	0	48	1.00
39734556--39734589	12	2.9	12	86	4	52	32	0	0	67	0.91
39734711--39734771	30	2.0	30	93	0	104	55	13	6	24	1.61
39735504--39735531	7	4.0	7	100	0	56	0	57	14	28	1.38
39742474--39742542	36	1.9	36	100	0	138	55	5	5	33	1.48
39742823--39742881	29	2.0	29	100	0	118	32	10	13	44	1.77
39747531--39747572	10	4.3	10	75	6	50	21	9	0	69	1.17
39748367--39748437	38	1.9	36	86	11	99	33	14	4	47	1.63
39754068--39754114	15	3.1	16	79	11	55	59	10	2	27	1.42
39754310--39754337	3	9.3	3	100	0	56	64	0	0	35	0.94
39755760--39755831	11	7.1	11	74	17	57	33	1	5	59	1.29
39755816--39755866	23	2.3	22	83	6	66	37	3	1	56	1.29
39756260--39756284	13	1.9	13	100	0	50	24	8	0	68	1.16
39760161--39760219	9	6.7	9	90	1	93	22	25	11	40	1.88
39771613--39771652	3	14.3	3	80	15	50	35	0	0	65	0.93
39771615--39771716	18	6.2	16	72	17	61	30	3	2	62	1.28
39771699--39771723	13	1.9	13	100	0	50	24	8	0	68	1.16
39783565--39783953	43	8.9	43	71	13	213	36	21	20	21	1.95
39783759--39783991	43	5.3	45	67	12	146	36	20	24	19	1.95
39783626--39784016	87	4.5	86	81	5	444	36	20	21	21	1.95
39785777--39785802	11	2.4	11	100	0	52	38	0	7	53	1.30
39785731--39785823	30	3.1	30	77	12	93	31	3	4	61	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39785787--39785836	23	2.2	22	82	6	64	38	4	2	56	1.30
39786234--39786258	13	1.9	13	100	0	50	24	8	0	68	1.16
39787331--39787384	3	18.0	3	100	0	108	66	0	0	33	0.92
39792845--39792956	53	2.1	53	100	0	224	30	10	7	51	1.63
39792859--39792941	26	3.2	26	63	10	69	32	12	8	46	1.71
39793249--39793273	13	1.9	13	100	0	50	32	12	0	56	1.36
39793724--39793783	23	2.7	23	69	20	56	65	0	5	30	1.14
39799122--39799173	21	2.5	22	75	9	56	67	5	0	26	1.13
39801086--39801267	43	4.3	42	79	8	165	30	28	16	24	1.96
39801269--39801350	42	2.0	42	82	4	103	24	15	25	34	1.95
39801623--39801756	66	2.0	65	82	5	162	12	26	18	42	1.86
39803525--39803580	5	10.6	5	96	3	85	37	0	0	62	0.95
39804273--39804307	18	1.9	18	88	0	52	17	25	17	40	1.90
39807466--39807783	46	7.0	46	90	1	444	23	23	14	38	1.91
39809731--39809776	14	3.4	14	82	11	51	6	28	0	65	1.17
39811484--39811546	30	2.1	30	91	5	101	58	11	4	25	1.51
39814826--39814868	5	8.6	5	100	0	86	39	0	0	60	0.97
39815500--39815524	12	2.1	12	100	0	50	16	24	20	40	1.91
39815502--39815608	45	2.4	45	84	3	135	21	16	18	42	1.89
39829602--39829639	19	2.0	20	85	15	53	42	5	7	44	1.56
39833081--39833130	22	2.3	22	96	0	91	42	10	10	38	1.72
39835725--39835754	15	2.0	15	100	0	60	13	6	13	66	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39835728--39835762	15	2.3	15	90	5	52	14	5	17	62	1.49
39835929--39836105	52	3.5	51	82	4	191	27	27	14	30	1.95
39840327--39840485	27	5.9	27	82	11	184	35	22	23	18	1.96
39840345--39840485	54	2.6	54	92	2	239	35	24	23	17	1.95
39842073--39842180	26	4.2	26	92	0	189	36	25	6	32	1.81
39849521--39849585	34	2.0	34	81	6	80	32	23	15	29	1.95
39849893--39849945	26	2.0	27	85	7	74	28	15	18	37	1.91
39851387--39851468	26	3.2	26	96	0	155	36	26	6	30	1.81
39852221--39852292	33	2.1	36	82	10	87	40	8	2	48	1.48
39852257--39852320	27	2.4	27	87	10	87	37	1	4	56	1.30
39852462--39852504	21	2.0	21	81	0	50	37	11	6	44	1.68
39858273--39858375	46	2.3	45	80	6	127	32	20	23	24	1.98
39858273--39858382	23	4.8	23	83	9	111	32	20	23	23	1.98
39858287--39858373	46	1.9	45	88	2	129	35	19	24	20	1.96
39861369--39861423	28	2.0	27	82	10	67	54	5	16	23	1.63
39861409--39861504	29	3.2	29	72	14	79	56	7	8	28	1.56
39861390--39861504	60	1.9	59	87	1	167	55	6	9	27	1.58
39861978--39862048	19	3.7	19	78	1	70	67	1	1	29	1.07
39863053--39863104	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
39865021--39865072	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
39869069--39869121	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
39870600--39870654	26	2.2	25	96	3	101	36	23	7	32	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39882528--39882580	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
39884060--39884115	26	2.2	26	100	0	112	35	26	7	30	1.83
39885025--39885057	2	16.5	2	100	0	66	51	0	48	0	1.00
39888520--39888555	15	2.4	15	100	0	72	47	16	13	22	1.82
39891088--39891160	36	2.0	36	89	5	112	35	21	9	32	1.86
39891585--39891624	22	1.9	22	90	10	66	7	17	5	70	1.30
39891777--39891822	14	3.1	15	78	18	51	50	2	0	47	1.13
39897225--39897334	26	4.2	26	97	0	184	36	24	5	33	1.79
39900976--39901034	22	2.7	22	89	5	84	3	18	8	69	1.28
39901187--39901232	14	3.1	15	78	18	51	50	2	0	47	1.13
39902674--39903018	179	1.9	179	93	2	595	33	16	8	41	1.80
39913176--39913215	21	1.9	21	89	0	62	52	25	7	15	1.68
39916884--39917012	69	1.9	68	82	7	163	33	4	24	37	1.76
39916920--39917032	23	4.9	22	79	8	93	34	5	23	37	1.77
39920330--39920366	15	2.4	16	82	13	51	43	13	16	27	1.85
39921692--39921750	28	2.1	28	87	0	82	54	5	15	25	1.61
39921799--39921853	28	2.0	26	86	6	74	54	9	14	21	1.68
39923135--39923192	21	2.6	22	72	5	55	36	1	1	60	1.17
39924171--39924258	43	2.1	40	83	6	104	48	5	12	32	1.64
39926131--39926155	11	2.3	11	100	0	50	32	0	0	68	0.90
39926123--39926154	16	1.9	17	93	6	57	34	0	3	62	1.11
39927576--39927679	55	1.9	53	83	11	131	34	3	6	54	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39927646--39927720	23	3.0	24	76	14	71	34	9	4	52	1.53
39927733--39927847	3	38.7	3	79	8	119	33	6	0	59	1.30
39927793--39927850	23	2.5	23	86	5	73	32	6	0	60	1.23
39930110--39930155	19	2.4	19	85	7	58	19	17	13	50	1.78
39932792--39932834	3	14.3	3	100	0	86	67	0	32	0	0.91
39934557--39934688	66	2.0	66	90	0	210	32	21	10	35	1.88
39934746--39934961	89	2.5	88	85	4	276	35	24	23	17	1.95
39935016--39935535	45	11.5	44	69	12	232	34	18	20	27	1.96
39935048--39935596	137	4.0	137	91	0	846	34	18	19	26	1.95
39937186--39937288	3	34.7	3	77	9	95	33	7	0	58	1.33
39937243--39937287	23	2.0	23	86	8	65	33	8	0	57	1.30
39946272--39946522	125	2.0	125	97	0	475	24	9	31	34	1.88
39951677--39951741	24	2.7	25	83	11	82	60	1	7	30	1.34
39951793--39951834	17	2.5	17	88	7	59	71	4	0	23	1.05
39953409--39954610	205	5.8	206	83	3	1517	28	21	19	31	1.97
39953409--39954580	411	2.8	411	88	3	1642	28	21	19	31	1.97
39957953--39958008	28	2.0	28	96	0	103	23	32	1	42	1.64
39962634--39962683	15	3.5	15	82	15	61	42	10	24	24	1.85
39963299--39963323	13	1.9	13	100	0	50	20	24	8	48	1.76
39966708--39966746	19	2.1	19	85	9	53	71	0	5	23	1.05
39966835--39966949	24	5.0	24	75	18	95	62	0	2	34	1.09
39966982--39967019	15	2.5	15	87	12	51	68	5	0	26	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39968506--39968533	12	2.3	12	100	0	56	21	17	7	53	1.67
39969203--39969252	11	4.3	11	76	14	55	16	4	8	72	1.24
39979738--39979786	20	2.5	20	86	0	71	51	0	4	44	1.20
39979874--39979913	20	2.0	20	100	0	80	45	10	10	35	1.71
39986954--39986992	20	2.0	20	84	0	51	35	2	2	58	1.25
39987482--39987515	16	2.1	17	88	5	52	23	11	8	55	1.63
39991310--39991609	128	2.3	128	85	2	388	38	19	16	25	1.92
39996451--39996504	26	2.1	26	100	0	108	38	25	0	35	1.57
39996911--39996945	15	2.3	15	90	9	54	31	11	5	51	1.61
39999828--39999865	19	2.0	19	90	10	60	63	0	0	36	0.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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