genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.173.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54608981--54609147	80	2.1	80	87	0	235	22	20	29	27	1.98
54610029--54610061	16	2.0	17	88	5	50	51	3	12	33	1.54
54611566--54611668	46	2.3	45	79	1	116	38	16	19	25	1.92
54611839--54611901	32	2.0	32	84	6	83	34	20	20	23	1.96
54612393--54612467	27	2.8	27	89	0	114	28	14	17	40	1.89
54615265--54615378	25	4.6	25	77	6	115	31	20	25	22	1.98
54618071--54618119	24	2.0	24	84	11	64	40	6	10	42	1.63
54619096--54619122	14	1.9	14	100	0	54	51	25	14	7	1.68
54619176--54619204	2	14.5	2	100	0	58	0	51	0	48	1.00
54620553--54620743	83	2.4	79	79	11	224	18	13	20	47	1.82
54620958--54621014	3	19.0	3	100	0	114	33	33	33	0	1.58
54625153--54625185	17	1.9	17	93	0	57	51	3	0	45	1.16
54625156--54625207	25	2.1	25	86	10	72	48	3	0	48	1.20
54636399--54636923	143	3.7	142	84	2	685	29	17	23	29	1.97
54636870--54637055	96	1.9	96	80	4	214	30	21	22	26	1.99
54636969--54637209	44	5.4	45	73	5	202	29	21	18	30	1.97
54636964--54637305	179	1.9	179	84	2	463	31	21	18	28	1.97
54638668--54638701	17	2.0	17	88	0	50	23	5	0	70	1.09
54638976--54639016	21	1.9	22	85	14	59	24	7	4	63	1.40
54639094--54639137	12	3.5	13	84	9	56	27	6	0	65	1.17
54639093--54639145	24	2.2	24	80	6	63	30	5	0	64	1.17
54639504--54639538	19	1.9	17	88	11	52	45	11	22	20	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54642451--54642538	27	3.3	27	80	3	97	30	23	11	34	1.90
54643771--54643848	39	2.0	39	97	0	147	42	14	12	30	1.83
54644681--54644740	28	2.2	26	77	11	66	28	25	11	35	1.91
54644688--54644757	28	2.5	28	85	0	104	30	22	10	37	1.87
54649739--54649800	14	4.3	15	71	20	60	27	40	17	14	1.89
54649783--54649939	28	5.6	28	69	6	120	28	35	19	16	1.93
54649716--54649855	71	2.0	71	91	2	228	30	35	17	16	1.92
54649783--54649941	57	2.8	57	89	2	241	28	35	18	16	1.93
54649810--54649907	29	3.4	29	70	5	92	30	38	15	15	1.88
54650681--54650706	12	2.2	12	100	0	52	19	23	19	38	1.93
54651849--54651908	28	2.2	26	77	11	66	26	26	11	35	1.91
54651863--54651924	28	2.2	28	91	0	97	29	29	11	30	1.91
54663328--54663432	42	2.5	42	89	6	151	33	15	24	26	1.95
54663338--54663491	42	3.6	42	75	12	111	33	15	24	27	1.95
54665875--54665925	24	2.1	24	85	0	66	41	1	1	54	1.22
54672433--54672633	41	4.9	41	80	1	215	35	16	26	21	1.95
54672433--54672633	82	2.5	82	84	3	253	35	16	26	21	1.95
54675257--54675290	16	2.1	16	94	0	59	20	11	2	64	1.39
54677485--54677533	23	2.1	23	96	0	89	38	16	24	20	1.92
54678572--54678780	104	2.0	104	97	0	391	45	8	17	28	1.77
54679263--54679328	25	2.6	25	90	0	105	33	10	22	33	1.89
54684590--54684707	43	2.7	43	94	0	200	25	33	16	24	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54710378--54710455	38	2.1	37	85	2	102	19	21	23	35	1.96
54710427--54710480	24	2.2	24	86	3	72	16	24	22	37	1.94
54710392--54710518	62	2.0	63	87	1	184	18	23	24	33	1.96
54710454--54710558	38	2.8	38	97	2	194	20	21	24	32	1.98
54715256--54715311	24	2.3	24	96	0	103	14	23	39	23	1.91
54715543--54715577	18	1.9	18	88	0	52	51	31	0	17	1.45
54717146--54717278	56	2.4	56	96	0	239	36	25	12	25	1.92
54719468--54719508	22	1.9	21	85	5	55	14	43	24	17	1.86
54732298--54732475	27	6.6	27	83	3	187	27	15	27	29	1.96
54732299--54732454	82	1.9	81	86	3	224	27	15	27	29	1.96
54732295--54732475	82	2.2	81	82	2	220	27	15	27	29	1.96
54737971--54738043	18	4.1	18	81	0	92	42	10	20	26	1.85
54738363--54738566	27	7.5	27	75	14	163	37	17	13	31	1.88
54738386--54738566	54	3.4	54	78	13	187	36	18	13	32	1.89
54738389--54738545	81	1.9	82	90	1	253	37	18	13	30	1.89
54738366--54738566	81	2.5	82	81	9	252	37	17	13	31	1.88
54741890--54742083	27	7.2	27	84	4	230	38	19	13	29	1.89
54741886--54742083	81	2.4	81	88	3	308	38	19	13	29	1.89
54746474--54746500	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
54747813--54747951	40	3.5	40	95	0	242	28	17	23	31	1.97
54748945--54749141	27	7.3	27	79	4	191	36	18	16	28	1.93
54748941--54749142	81	2.5	81	82	3	246	36	18	15	28	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54750972--54751153	77	2.4	77	86	1	258	35	26	18	19	1.95
54757230--54757323	42	2.2	42	84	1	116	29	24	18	27	1.98
54757211--54757367	43	3.7	43	75	7	131	29	24	18	26	1.98
54759074--54759103	12	2.5	12	94	0	51	33	40	20	6	1.78
54766257--54766338	29	2.8	29	94	0	137	36	15	24	23	1.94
54779679--54779716	18	2.1	18	95	0	67	42	47	2	7	1.46
54779693--54779717	13	1.9	13	100	0	50	40	48	0	12	1.40
54779742--54779768	6	4.5	6	100	0	54	85	0	0	14	0.61
54779824--54779864	18	2.3	18	82	0	55	29	4	17	48	1.67
54779788--54779855	27	2.5	27	79	9	75	29	7	19	44	1.77
54783821--54783971	28	5.4	28	91	1	214	33	28	12	25	1.92
54788166--54788217	27	2.0	26	88	3	77	32	19	26	21	1.97
54795556--54795619	33	2.0	32	84	3	83	37	20	21	20	1.94
54795635--54795686	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
54801132--54801174	19	2.3	19	100	0	86	44	4	16	34	1.68
54801854--54801899	11	4.5	11	78	13	53	32	19	13	34	1.90
54805418--54805532	40	2.9	39	82	1	140	36	16	26	20	1.93
54809926--54810055	50	2.6	49	88	1	179	30	28	16	23	1.97
54811025--54811057	11	3.0	11	100	0	66	63	0	0	36	0.95
54811738--54811791	15	3.7	15	75	20	51	59	18	14	7	1.58
54814791--54814986	50	3.9	49	79	3	212	29	26	17	26	1.98
54814847--54814928	26	3.2	26	64	19	73	34	28	12	25	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54814804--54814987	101	1.8	99	85	2	260	29	26	17	26	1.97
54820038--54820076	20	2.0	20	85	5	53	58	5	7	28	1.47
54820351--54820391	19	2.2	18	91	4	64	56	4	2	36	1.34
54820762--54820826	21	2.9	22	81	9	78	58	3	0	38	1.14
54820883--54820924	15	2.6	16	77	11	50	64	2	9	23	1.35
54822561--54822855	86	3.4	85	80	7	258	37	19	14	28	1.92
54822790--54822951	75	2.2	75	92	5	274	32	20	16	30	1.95
54822862--54823128	89	3.0	86	82	9	315	37	19	15	27	1.92
54823049--54823292	74	3.4	69	87	8	276	33	21	18	26	1.96
54823067--54823292	72	3.1	73	88	5	318	33	21	19	26	1.97
54824180--54824637	27	17.0	27	84	5	543	27	23	9	39	1.85
54824647--54824841	27	7.2	27	84	2	248	36	17	18	26	1.94
54824647--54824842	54	3.6	54	86	2	277	36	18	18	26	1.94
54825041--54825123	27	3.1	26	84	5	85	20	21	20	37	1.95
54825211--54825269	22	2.7	22	81	0	64	20	25	22	32	1.98
54825434--54825507	27	2.8	27	85	6	89	17	24	21	36	1.95
54825625--54825780	6	25.8	6	77	15	153	19	17	14	48	1.81
54825625--54825780	30	5.4	30	84	9	207	19	17	14	48	1.81
54834475--54834751	42	6.7	42	77	12	254	31	23	19	25	1.98
54834558--54834750	43	4.5	43	84	2	244	30	23	18	27	1.97
54834558--54834751	86	2.3	84	90	4	316	30	23	18	27	1.97
54835631--54835668	19	2.1	18	85	9	51	52	0	7	39	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54835787--54835888	41	2.5	41	86	0	141	30	22	23	23	1.99
54835790--54835902	41	2.8	40	83	4	136	31	23	22	22	1.98
54835875--54836023	41	3.6	41	93	0	253	22	21	30	25	1.98
54836327--54836375	18	2.8	18	84	9	66	44	4	2	48	1.33
54836798--54836829	15	2.1	15	94	0	55	59	0	9	31	1.29
54836801--54836868	24	2.8	23	78	10	73	55	0	4	39	1.20
54841053--54842327	371	3.4	371	98	0	2471	36	14	10	38	1.81
54842421--54842488	24	2.8	24	89	8	111	27	20	7	44	1.78
54842665--54842720	15	3.8	15	80	20	73	46	0	0	53	1.00
54842825--54843050	9	25.6	9	76	7	142	48	12	0	38	1.48

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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