genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.235.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74789309--74789338	13	2.3	13	94	0	51	50	0	0	50	1.00
74789699--74789739	14	2.9	14	85	0	55	26	2	19	51	1.59
74799693--74800020	46	7.0	46	86	7	435	38	14	24	22	1.92
74799693--74800020	91	3.5	92	87	5	426	38	14	24	22	1.92
74799865--74799976	55	2.0	55	89	0	170	37	17	24	20	1.94
74799835--74800020	101	1.8	101	86	2	266	39	15	24	20	1.91
74803448--74803573	44	2.9	43	82	6	173	23	16	28	30	1.96
74803448--74803573	43	2.9	44	83	6	177	23	16	28	30	1.96
74807100--74807317	79	2.7	82	79	8	220	26	26	20	26	1.99
74807133--74807317	40	4.6	41	77	11	197	27	27	21	24	1.99
74812198--74812381	93	2.0	93	98	0	359	33	17	23	24	1.96
74815213--74815394	79	2.3	81	83	7	230	25	28	21	24	1.99
74815213--74815394	40	4.6	40	84	6	228	25	28	21	24	1.99
74818578--74818669	46	2.0	46	95	0	166	30	17	23	28	1.97
74821224--74821280	28	2.0	28	100	0	114	40	14	24	21	1.90
74822582--74822707	44	2.9	43	78	2	144	24	15	26	33	1.95
74822582--74822707	43	2.9	44	79	2	148	24	15	26	33	1.95
74833471--74833523	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
74835004--74835068	32	2.0	32	93	0	112	36	23	6	33	1.80
74837684--74837865	39	4.7	39	79	2	170	42	21	4	31	1.74
74839451--74839480	6	5.0	6	100	0	60	33	16	16	33	1.92
74839774--74839850	27	2.9	27	88	3	111	31	18	16	33	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74841572--74841795	40	5.6	39	81	6	193	25	20	27	25	1.99
74841572--74841793	79	2.8	78	81	4	230	25	21	27	25	1.99
74841652--74841827	79	2.2	78	79	5	176	24	21	28	25	1.99
74844316--74844397	41	2.0	41	97	0	155	34	35	13	17	1.88
74863603--74863681	25	3.2	25	92	7	142	36	25	6	31	1.81
74865113--74865193	26	3.2	26	91	3	137	37	27	4	30	1.78
74865805--74865874	26	2.7	26	86	2	88	31	18	10	40	1.84
74870599--74870722	46	2.7	46	81	14	148	29	18	28	24	1.98
74870599--74870767	46	3.6	46	80	5	144	29	18	27	24	1.98
74870785--74870909	49	2.6	49	79	2	135	28	20	27	24	1.99
74875150--74875337	40	4.7	40	87	3	254	27	21	26	25	1.99
74875150--74875372	80	2.8	80	84	4	265	27	21	26	24	1.99
74883240--74883461	40	5.6	40	86	3	270	27	22	27	23	1.99
74887690--74887839	67	2.2	67	81	8	171	32	16	28	22	1.95
74887714--74887897	67	2.8	64	76	8	185	29	16	29	23	1.96
74893414--74893722	48	6.6	47	74	5	252	31	20	24	22	1.98
74893453--74893763	94	3.3	94	88	3	419	31	20	25	22	1.98
74893645--74893822	49	3.6	48	78	8	157	30	21	25	21	1.98
74898798--74898846	20	2.5	20	89	0	71	48	14	24	12	1.77
74898810--74898858	20	2.5	20	86	0	62	53	16	20	10	1.72
74914005--74914112	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
74915664--74915717	22	2.5	22	100	0	108	16	14	18	50	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74916856--74916995	65	2.2	65	86	3	201	25	20	19	35	1.96
74917020--74917101	26	3.2	26	79	8	80	21	20	19	37	1.94
74917020--74917082	24	2.5	25	82	12	76	22	22	20	34	1.96
74917134--74917189	25	2.2	26	78	9	62	19	25	23	32	1.98
74925402--74925801	204	2.0	204	100	0	800	27	14	20	38	1.90
74926738--74926803	31	2.1	31	85	0	87	53	19	10	16	1.72
74927514--74927542	13	2.1	14	93	6	51	55	10	0	34	1.34
74930252--74930283	15	2.1	15	94	0	55	28	6	0	65	1.16
74930306--74930377	7	10.3	7	78	0	72	43	37	1	18	1.59
74930416--74930490	39	1.9	39	86	5	107	38	20	18	22	1.93
74930578--74930818	115	2.1	114	92	1	401	29	19	21	30	1.97
74931139--74931198	21	2.8	21	80	12	68	18	0	43	38	1.50
74931160--74931266	14	7.5	14	71	15	51	20	0	38	40	1.59
74931708--74931742	14	2.4	14	90	4	52	82	2	0	14	0.77
74931708--74931733	7	3.7	7	100	0	52	88	0	0	11	0.52
74931865--74931950	41	2.1	41	82	4	102	45	15	15	24	1.84
74933984--74934207	48	4.7	48	84	3	274	23	29	19	27	1.98
74933946--74934207	96	2.7	96	86	1	373	23	29	19	27	1.98
74939066--74939237	93	1.8	93	96	0	317	27	30	20	20	1.98
74939059--74939234	46	3.8	46	79	12	216	28	30	20	20	1.98
74940743--74940782	20	2.0	20	100	0	80	25	20	15	40	1.90
74941779--74941835	30	1.9	30	92	0	96	26	22	17	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74942028--74942191	23	7.0	23	86	6	224	26	21	22	29	1.99
74942029--74942191	70	2.3	69	91	6	258	26	22	22	28	1.99
74942028--74942191	47	3.5	47	88	5	235	26	21	22	29	1.99
74942239--74942305	20	3.3	20	93	0	116	32	20	11	34	1.90
74942239--74942294	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
74950102--74950263	23	7.0	23	87	6	206	26	22	22	29	1.99
74950312--74950378	20	3.3	20	93	0	116	32	20	11	34	1.90
74950312--74950367	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
74950415--74950462	25	1.9	25	91	0	78	25	14	25	35	1.94
74954456--74955108	141	4.8	129	76	14	537	31	22	18	27	1.97
74954181--74955108	265	3.4	267	78	6	810	31	21	18	27	1.97
74954552--74955133	140	4.2	139	85	2	707	31	22	18	27	1.97
74954552--74955107	141	4.0	139	86	1	700	31	22	18	27	1.97
74957659--74957734	11	6.8	11	70	24	52	55	2	1	40	1.22
74957633--74957699	25	2.6	25	77	15	66	52	4	2	40	1.37
74959181--74959366	41	4.6	41	86	3	234	24	24	24	25	2.00
74959211--74959364	81	1.9	82	89	4	240	26	24	24	25	2.00
74967227--74967326	40	2.6	40	79	4	98	24	27	24	25	2.00
74967262--74967440	40	4.4	41	85	4	213	24	27	24	23	2.00
74973607--74973721	27	4.3	26	86	5	140	36	23	22	17	1.95
74973607--74973721	54	2.1	54	87	3	160	36	23	22	17	1.95
74975339--74975448	26	4.2	26	92	2	168	35	24	4	35	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74977742--74977781	11	3.6	11	87	12	64	32	25	17	25	1.97
74977732--74977786	22	2.5	22	96	0	101	34	21	18	25	1.96
74978001--74978778	37	21.3	35	76	8	488	27	20	14	38	1.91
74978139--74978779	37	17.4	38	80	6	547	28	20	13	37	1.91
74978139--74978778	73	8.7	72	76	8	487	28	20	13	37	1.91
74978109--74978777	148	4.6	146	80	4	634	28	19	13	37	1.91
74984135--74984360	43	5.3	43	86	0	290	27	30	18	23	1.97
74984434--74984477	7	6.4	7	86	5	54	36	9	2	52	1.46
74986221--74986257	18	2.1	18	100	0	74	54	13	5	27	1.61
75005312--75005431	40	3.0	40	76	1	123	32	18	20	28	1.96
75006075--75006219	7	20.4	7	75	10	53	22	0	30	47	1.51
75006075--75006219	14	10.2	14	73	8	78	22	0	30	47	1.51
75006075--75006219	21	6.8	20	70	14	67	22	0	30	47	1.51
75006157--75006198	15	2.9	15	86	13	61	16	0	45	38	1.48
75007028--75007244	116	1.9	116	79	3	249	30	17	19	31	1.95
75007522--75007602	41	2.0	41	95	4	146	7	33	2	56	1.40
75008300--75008324	10	2.5	10	100	0	50	12	12	24	52	1.72
75010280--75010594	43	7.4	43	81	2	352	29	16	24	29	1.97
75010280--75010594	84	3.7	83	85	5	366	29	16	24	29	1.97
75010280--75010594	127	2.5	128	83	3	384	29	16	24	29	1.97
75012831--75012892	30	2.1	30	90	0	97	29	24	6	40	1.80
75017648--75017716	34	2.0	34	97	0	129	39	24	15	20	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75019887--75020062	46	3.8	46	76	12	189	28	27	20	22	1.99
75019897--75020067	93	1.8	93	92	0	288	28	28	21	22	1.99
75019897--75020082	46	4.0	45	73	12	153	29	27	20	22	1.98
75036732--75036868	68	2.0	69	97	1	258	39	14	10	35	1.81
75037442--75037490	26	1.9	25	87	4	71	34	16	22	26	1.95
75037652--75037793	65	2.2	65	81	5	153	35	21	18	23	1.95
75038418--75038459	21	2.0	21	85	0	57	35	9	2	52	1.47
75042346--75042377	16	2.0	16	93	0	55	37	25	15	21	1.93
75057601--75058001	96	4.2	96	93	1	693	28	29	8	32	1.87
75057601--75057995	143	2.8	141	91	2	646	28	29	8	32	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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