genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.108.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34673938--34674010	38	1.9	38	88	0	110	31	16	12	39	1.85
34673907--34674037	65	2.0	65	83	0	163	32	18	10	38	1.85
34673977--34674040	27	2.4	27	83	0	83	31	18	9	40	1.83
34674031--34674349	27	11.8	27	78	5	268	41	20	8	30	1.81
34674380--34674471	27	3.4	27	87	3	123	33	19	26	20	1.96
34675280--34675336	25	2.3	25	87	0	78	33	19	24	22	1.97
34675280--34675349	25	2.8	25	84	0	68	30	21	21	27	1.98
34675497--34675588	42	2.2	42	92	0	148	29	14	21	34	1.93
34675612--34675690	31	2.5	31	89	0	131	32	18	21	26	1.97
34679029--34679190	60	2.6	64	85	8	217	43	19	25	11	1.85
34680260--34680976	170	4.2	171	85	5	865	31	18	23	26	1.97
34680260--34681045	346	2.3	344	83	4	974	31	18	23	26	1.97
34686633--34686693	21	2.9	22	76	11	56	16	24	36	22	1.94
34689423--34689553	39	3.4	39	96	1	237	24	24	29	21	1.99
34693359--34693444	42	2.0	43	84	6	113	12	26	36	24	1.92
34693367--34693442	21	3.6	21	74	10	66	11	28	35	23	1.90
34696912--34696986	30	2.5	30	88	0	105	29	20	21	29	1.98
34696935--34697100	66	2.5	66	83	3	210	27	16	25	30	1.97
34698081--34698128	21	2.2	22	81	7	62	41	2	0	56	1.11
34698110--34698146	17	2.1	18	85	14	51	40	0	0	59	0.97
34709221--34709328	26	4.2	26	92	0	180	32	6	24	37	1.81
34710952--34711110	27	5.9	27	81	7	182	19	23	21	35	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34710952--34711110	54	3.0	54	91	2	241	19	23	21	35	1.96
34710952--34711110	81	2.0	80	85	6	214	19	23	21	35	1.96
34713055--34713081	12	2.2	12	100	0	54	33	14	11	40	1.82
34715164--34715303	42	3.4	42	79	3	122	18	20	17	43	1.88
34715230--34715298	21	3.3	21	72	0	66	14	24	20	40	1.90
34719446--34719547	52	2.0	52	92	0	168	28	14	9	47	1.76
34719888--34719955	34	2.0	34	94	0	118	41	11	2	44	1.56
34721300--34721324	13	1.9	13	100	0	50	28	0	8	64	1.22
34725390--34725514	61	2.0	61	92	0	205	40	18	16	24	1.91
34729582--34729620	4	9.8	4	88	0	60	28	2	20	48	1.62
34729616--34729661	23	2.0	23	100	0	92	8	4	4	82	0.93
34732205--34732685	248	1.9	247	91	0	782	34	6	40	18	1.77
34738953--34739097	44	3.3	43	76	13	143	35	21	20	22	1.96
34739667--34739693	5	5.4	5	100	0	54	18	0	0	81	0.69
34742052--34742079	13	2.2	13	100	0	56	78	7	14	0	0.95
34742885--34742910	2	13.0	2	100	0	52	0	0	50	50	1.00
34743066--34743122	15	3.9	15	88	2	89	35	0	12	52	1.39
34743062--34743120	30	2.0	28	93	6	100	32	0	11	55	1.36
34743677--34743717	19	2.2	19	87	12	59	46	0	24	29	1.53
34749384--34749433	15	3.4	15	80	2	57	36	0	10	54	1.34
34749987--34750027	19	2.2	19	87	12	59	46	0	24	29	1.53
34751259--34751284	5	5.2	5	100	0	52	42	0	0	57	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34766628--34766735	26	4.2	26	91	0	180	35	24	7	33	1.83
34773674--34773780	26	4.2	26	89	2	171	37	23	6	32	1.81
34773674--34773780	51	2.1	52	92	1	180	37	23	6	32	1.81
34779904--34779971	30	2.3	30	84	0	91	17	27	29	25	1.97
34791170--34791284	29	4.0	29	79	1	133	25	31	14	28	1.95
34791172--34791284	58	2.0	57	85	5	156	24	30	15	29	1.95
34798046--34798270	40	5.7	40	84	7	280	24	22	27	25	2.00
34798046--34798270	79	2.8	80	82	9	280	24	22	27	25	2.00
34806112--34806336	80	2.8	80	83	6	287	24	22	27	25	2.00
34806113--34806336	40	5.6	40	84	7	253	25	22	27	25	2.00
34806119--34806369	119	2.1	119	81	7	278	26	21	27	25	1.99
34807748--34807816	21	3.3	20	75	18	61	59	2	5	31	1.36
34807757--34807867	10	10.6	10	67	25	61	56	0	6	36	1.31
34809416--34809712	44	6.8	44	81	4	330	28	27	13	29	1.94
34809416--34810205	132	6.1	131	79	6	768	28	26	14	29	1.96
34809684--34809740	28	2.0	28	100	0	114	31	26	14	28	1.94
34809644--34809784	72	2.0	72	89	0	219	27	28	15	28	1.96
34809712--34810219	44	11.5	44	85	1	597	28	26	15	28	1.96
34809597--34809828	116	2.0	116	91	0	374	27	28	15	28	1.97
34809553--34810212	160	3.9	160	76	11	457	28	26	15	29	1.96
34809516--34810138	204	3.0	204	78	9	649	28	26	14	30	1.95
34816293--34816440	76	1.9	76	100	0	296	26	14	18	40	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34821594--34821624	16	1.9	16	100	0	62	38	19	16	25	1.92
34821602--34821685	36	2.3	38	87	4	118	45	22	10	21	1.82
34821630--34821706	36	2.1	36	85	4	102	48	24	9	18	1.77
34822048--34822098	3	17.3	3	81	4	59	1	35	0	62	1.06
34822052--34822091	20	2.0	21	95	5	73	2	40	0	57	1.12
34828112--34828172	30	2.0	30	87	0	86	31	22	6	39	1.80
34833306--34833719	217	1.9	216	82	3	519	36	20	18	25	1.94
34847392--34847424	16	2.0	17	88	5	50	36	0	0	63	0.95
34847473--34847513	9	4.7	9	96	3	75	21	7	9	60	1.52
34852823--34852908	33	2.6	31	79	17	84	45	3	2	48	1.32
34860622--34860677	26	2.2	26	100	0	112	35	26	7	30	1.83
34861569--34861650	42	2.0	42	90	0	128	23	19	6	51	1.69
34862247--34862271	11	2.3	11	100	0	50	28	28	0	44	1.55
34872364--34872662	44	6.7	44	71	12	180	31	17	23	28	1.97
34872544--34872840	89	3.3	88	69	15	234	31	18	22	27	1.97
34872539--34873069	44	11.8	44	69	9	149	31	18	22	27	1.97
34872905--34873079	88	2.0	88	79	4	192	30	18	22	28	1.97
34875035--34875078	21	2.2	20	83	4	52	27	4	2	65	1.23
34876171--34876247	36	2.2	35	83	6	93	68	6	16	7	1.35
34880022--34880059	5	7.6	5	100	0	76	18	0	0	81	0.69
34886131--34886222	39	2.4	39	94	0	157	22	21	30	25	1.99
34900945--34901007	26	2.4	27	78	7	76	30	7	3	58	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34901027--34901115	26	3.5	26	78	4	83	26	6	6	59	1.48
34901101--34901188	24	3.6	23	74	9	77	28	6	5	59	1.46
34901077--34901210	48	2.8	48	82	7	139	26	8	5	58	1.50
34907406--34907430	12	2.1	12	100	0	50	48	8	0	44	1.32
34907504--34909108	779	2.1	782	98	0	3072	34	16	16	32	1.92
34917094--34917158	30	2.2	30	86	5	87	29	26	3	41	1.71
34919180--34919222	21	2.0	21	90	0	68	37	46	13	2	1.57
34919353--34919408	25	2.3	23	77	19	60	44	1	3	50	1.29
34919796--34919839	10	4.4	10	88	0	70	22	11	0	65	1.24
34923527--34923576	25	2.0	25	96	0	91	40	26	8	26	1.83
34926875--34926908	17	2.0	17	88	0	50	70	5	8	14	1.31
34927076--34927105	12	2.5	12	94	0	51	40	0	20	40	1.52
34927114--34927206	48	2.0	47	93	2	159	51	7	8	32	1.60
34928264--34928300	18	2.1	18	100	0	74	43	10	27	18	1.83
34942109--34942139	16	1.9	16	93	0	53	64	3	12	19	1.41
34942612--34942652	19	2.1	20	86	4	57	56	2	9	31	1.45
34943640--34943678	19	2.1	19	85	9	53	20	48	20	10	1.78
34962743--34962789	18	2.6	18	79	0	58	19	34	25	21	1.96
34971294--34971398	45	2.3	45	88	0	147	23	26	15	34	1.94
34971412--34971690	78	3.6	78	86	2	391	25	24	17	32	1.97
34971412--34971705	155	1.9	156	88	2	448	26	23	18	31	1.97
34971787--34971992	78	2.6	78	89	0	322	23	24	19	32	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34971507--34972201	287	2.4	287	92	0	1167	25	23	18	31	1.97
34971873--34972292	209	2.0	209	92	0	705	25	23	18	32	1.97
34987693--34987732	19	2.0	20	85	4	55	42	0	7	50	1.30
34987788--34987817	13	2.2	14	94	5	53	56	0	0	43	0.99
34995942--34996150	104	2.0	104	98	0	400	26	22	22	27	1.99
34998480--34998515	18	2.0	18	88	0	54	11	11	0	77	0.99
34998697--34998743	23	2.0	23	100	0	94	51	8	4	36	1.52
35005529--35006268	44	16.8	44	76	7	655	29	25	16	27	1.97
35005529--35006436	132	6.8	132	87	3	1209	29	25	17	27	1.97
35006520--35006995	46	10.6	45	63	13	162	29	22	20	27	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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