Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   

This is table  6  of  318  ( 38109 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
1749588--1749622
18
2.0
17
88
5
52
45
0
0
54
0.99
1749708--1749742
18
2.0
17
88
5
52
45
0
0
54
0.99
1749978--1750046
16
4.2
16
92
3
120
37
36
0
26
1.57
1749978--1750046
33
2.1
32
94
2
120
37
36
0
26
1.57
1750594--1750636
21
2.0
21
86
8
61
51
4
0
44
1.22
1759799--1759831
14
2.2
16
89
10
52
24
12
3
60
1.46
1769380--1769406
4
6.8
4
100
0
54
25
22
0
51
1.48
1771833--1771863
5
6.0
5
92
7
53
38
0
0
61
0.96
1773427--1773561
39
3.4
39
74
8
114
23
21
27
27
1.99
1775360--1775409
24
2.0
25
85
11
68
28
14
16
42
1.86
1779247--1779338
40
2.3
39
78
10
96
31
8
27
32
1.87
1783388--1783478
41
2.2
41
96
0
164
21
12
41
24
1.87
1794555--1794605
23
2.3
23
96
3
95
47
3
9
39
1.55
1794624--1794689
31
2.1
32
83
11
82
36
3
3
57
1.29
1796414--1796569
72
2.2
72
89
1
231
30
23
14
32
1.94
1803986--1804027
12
3.4
12
81
15
50
23
4
4
66
1.30
1804140--1804180
17
2.4
19
76
23
54
53
0
0
46
1.00
1810485--1810544
21
2.9
21
87
0
75
13
25
18
43
1.86
1811223--1811327
52
2.0
52
100
0
210
40
5
13
40
1.68
1815485--1815753
40
6.7
40
94
0
457
21
26
20
31
1.98
1829516--1829566
23
2.4
21
79
17
61
52
13
23
9
1.70
1829525--1829570
23
2.0
24
95
4
85
52
15
23
8
1.70
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
1847621--1847704
23
3.7
23
85
0
114
9
7
36
46
1.64
1864448--1864586
38
3.2
46
65
29
115
60
8
10
20
1.55
1864431--1864586
81
1.9
83
87
6
230
60
8
10
20
1.56
1886972--1887117
42
3.2
49
68
28
140
61
8
9
20
1.52
1905682--1905809
42
3.0
42
80
3
141
28
24
14
32
1.94
1905752--1905864
56
2.0
56
87
3
165
30
26
12
30
1.93
1905809--1905942
47
2.8
47
78
7
121
31
24
13
30
1.93
1905975--1906042
31
2.2
31
97
0
127
25
27
17
29
1.97
1908765--1908815
13
3.9
13
76
16
52
72
0
17
9
1.11
1908761--1908814
26
2.1
25
83
13
65
72
0
18
9
1.11
1946718--1946763
24
1.9
24
90
0
74
32
4
2
60
1.28
1951976--1952044
32
2.1
32
89
5
102
37
15
5
40
1.72
1978911--1978946
13
2.8
14
84
16
51
27
25
0
47
1.52
1978898--1978938
18
2.2
19
87
12
59
29
24
0
46
1.53
1979043--1979100
23
2.5
23
91
0
98
44
41
5
8
1.57
1979471--1979517
15
3.1
15
81
0
67
48
12
2
36
1.53
1980199--1980239
19
2.2
19
86
8
57
0
31
0
68
0.90
1980442--1980505
32
2.0
32
85
8
87
46
7
0
45
1.32
1981018--1981046
13
2.1
14
93
6
51
44
3
0
51
1.18
1986587--1986616
15
2.0
15
93
0
51
36
20
20
23
1.95
1993613--1993657
23
2.0
23
86
4
65
24
4
2
68
1.19
1996316--1996340
4
6.2
4
100
0
50
76
0
0
24
0.80
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
2002564--2002609
23
2.0
22
84
12
58
39
2
8
50
1.46
2004600--2004654
22
2.5
22
75
3
56
38
1
0
60
1.08
2010656--2010702
8
6.4
8
87
9
57
31
2
0
65
1.04
2014500--2014547
17
2.8
16
78
9
51
45
0
4
50
1.21
2016999--2017040
13
3.2
13
77
9
50
26
0
0
73
0.83
2017247--2017338
48
1.9
48
84
8
125
39
27
14
19
1.90
2019762--2019855
48
2.0
48
85
4
127
39
25
13
21
1.90
2032928--2032967
14
2.9
14
88
0
53
55
22
0
22
1.44
2039262--2039288
2
13.5
2
100
0
54
51
48
0
0
1.00
2047583--2047607
3
8.3
3
100
0
50
68
0
32
0
0.90
2053743--2053789
24
1.9
25
86
4
69
46
0
2
51
1.13
2053828--2053881
19
2.8
20
68
15
51
48
5
0
46
1.25
2056218--2056250
5
6.6
5
100
0
66
39
0
0
60
0.97
2065647--2065698
19
2.7
19
82
8
61
59
5
0
34
1.21
2065866--2065896
16
1.9
16
93
0
53
35
6
9
48
1.62
2071456--2071500
14
3.2
14
93
0
72
37
6
8
46
1.61
2074615--2074662
21
2.3
21
96
3
89
25
18
8
47
1.76
2090159--2090183
2
12.5
2
100
0
50
52
0
48
0
1.00
2115789--2115980
36
5.5
36
70
20
156
22
4
47
25
1.70
2115791--2116011
69
3.2
69
95
1
379
23
4
47
24
1.71
2116235--2116311
21
3.7
21
84
3
84
15
2
59
22
1.48
2116494--2116590
15
6.5
15
73
2
70
15
1
63
19
1.36
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
2116444--2116556
38
2.9
38
85
3
111
19
1
59
19
1.47
2116418--2116539
38
3.2
38
85
3
147
19
3
58
18
1.53
2116664--2116724
30
1.9
30
83
9
77
27
3
55
13
1.53
2118217--2118412
99
2.0
99
94
0
347
42
5
30
21
1.74
2122765--2122803
19
2.0
20
85
5
53
66
2
0
30
1.05
2130765--2130793
15
1.9
15
100
0
58
55
3
0
41
1.17
2143317--2143354
20
1.9
19
89
5
58
63
2
0
34
1.09
2144523--2144565
20
2.2
20
95
0
77
27
9
9
53
1.63
2152698--2152731
17
2.0
17
94
0
59
44
50
0
5
1.26
2157337--2157370
17
2.0
17
94
0
59
44
50
0
5
1.26
2158845--2158888
23
1.9
23
85
0
61
40
6
11
40
1.68
2158999--2159045
22
2.1
22
84
0
58
27
6
8
57
1.53
2159365--2159435
33
2.2
33
94
0
124
39
18
4
38
1.70
2163901--2163964
30
2.0
31
88
8
94
29
18
23
28
1.98
2170323--2170380
29
1.9
30
82
6
73
51
12
6
29
1.65
2174992--2175030
15
2.5
16
83
4
53
64
2
0
33
1.08
2174999--2175060
24
2.7
24
71
14
58
56
3
0
40
1.15
2176201--2176245
20
2.2
20
88
7
65
42
6
13
37
1.70
2185412--2185496
22
3.9
22
84
6
93
57
3
1
37
1.23
2185982--2186041
30
2.0
30
96
0
111
48
26
15
10
1.76
2190635--2190671
16
2.3
16
90
0
56
59
0
0
40
0.97
2190633--2190692
19
3.1
18
73
22
50
60
1
0
38
1.07
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
2199136--2199190
21
2.7
21
78
15
71
47
3
0
49
1.19
2199241--2199270
14
2.1
14
93
0
51
50
0
0
50
1.00
2201354--2201389
7
5.1
7
93
0
63
41
0
2
55
1.14
2209558--2209809
40
6.3
40
86
1
346
21
21
28
28
1.99
2209540--2209809
79
3.4
79
85
3
328
21
21
27
28
1.99
2209542--2209809
119
2.3
119
90
1
412
21
21
27
28
1.99
2211408--2211564
53
2.9
53
82
5
190
35
18
25
20
1.95
2211522--2211610
46
1.9
46
90
0
142
39
20
24
15
1.91
2214710--2214900
47
3.9
48
84
5
208
24
16
28
29
1.97
2214712--2214919
93
2.1
97
81
8
237
25
16
28
29
1.97
2225911--2226057
50
2.9
50
86
1
204
20
29
23
26
1.99
2226042--2226074
16
2.1
16
94
0
57
18
36
18
27
1.94
2225995--2226119
66
1.9
66
94
0
223
19
33
22
24
1.97
2226214--2226244
13
2.4
13
94
0
53
54
12
0
32
1.38
2226457--2226514
30
1.9
30
85
0
80
31
24
1
43
1.64
2236810--2236965
41
3.8
41
89
6
235
28
20
22
28
1.98
2237179--2237241
33
1.9
32
87
3
90
25
11
25
38
1.89
2241267--2241322
22
2.5
22
100
0
112
28
23
28
19
1.98
2249697--2249759
6
10.8
6
93
6
112
50
14
0
34
1.43
2249688--2249762
18
4.3
18
86
8
102
50
12
0
37
1.39
2261408--2261600
50
3.8
50
87
0
269
20
29
22
27
1.99
2261695--2261725
13
2.4
13
94
0
53
54
12
0
32
1.38
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
2261938--2261995
30
1.9
30
89
0
89
31
24
3
41
1.71
2268521--2268580
30
2.0
30
86
0
84
30
23
8
38
1.84
2271275--2271316
22
1.9
22
85
9
59
64
0
0
35
0.94
2282728--2282803
33
2.3
34
78
17
88
32
17
23
26
1.96
2282708--2282957
103
2.5
97
79
8
248
31
17
25
26
1.97
2282829--2282906
33
2.4
32
83
10
95
32
17
25
24
1.97
2285100--2285215
61
1.9
61
92
0
196
21
14
15
48
1.81
2286281--2286353
23
3.2
23
76
0
74
13
5
36
43
1.67
2307654--2307712
24
2.5
24
80
5
66
10
59
1
28
1.40
2307801--2307892
36
2.6
36
82
0
103
14
48
19
17
1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318