genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.36.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13536411--13536587	64	2.8	64	87	10	249	31	8	17	42	1.79
13536707--13536863	41	3.9	41	85	5	185	20	18	27	33	1.96
13537526--13537560	15	2.3	15	90	9	54	25	0	22	51	1.48
13538140--13538169	14	2.1	14	100	0	60	6	13	46	33	1.69
13540545--13540809	18	14.3	18	68	13	117	35	14	13	36	1.86
13540545--13540809	36	7.1	36	66	13	133	35	14	13	36	1.86
13540624--13540743	54	2.2	55	85	5	165	35	13	15	35	1.86
13540630--13540809	72	2.5	72	79	7	188	36	14	13	35	1.86
13562580--13562656	40	1.9	40	100	0	154	42	15	14	27	1.85
13567783--13567889	39	2.7	39	98	0	205	37	5	24	32	1.79
13571400--13571450	25	2.0	25	92	0	84	37	3	15	43	1.66
13578864--13578896	15	2.2	15	100	0	66	15	12	33	39	1.84
13583350--13583409	25	2.4	25	88	0	75	33	18	3	45	1.66
13583362--13583413	25	2.1	25	100	0	104	38	15	0	46	1.46
13584350--13584391	20	2.0	22	86	9	61	26	7	9	57	1.56
13584350--13584393	22	2.0	22	82	8	54	25	6	9	59	1.53
13591579--13591679	51	2.0	51	82	7	125	42	14	0	41	1.53
13591114--13591717	329	1.9	323	87	4	901	45	12	5	36	1.66
13592341--13592375	17	2.1	17	94	0	61	22	14	11	51	1.74
13598805--13598928	30	4.1	30	93	4	205	26	24	6	42	1.78
13598815--13598922	15	7.2	15	67	12	78	26	22	7	43	1.79
13603040--13603288	50	4.8	50	86	4	293	20	28	24	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13603039--13603288	100	2.4	104	87	6	348	21	28	24	26	1.99
13603383--13603414	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
13603626--13603682	30	1.9	30	89	3	89	31	24	3	40	1.72
13608118--13608211	30	3.1	30	89	6	136	25	24	7	42	1.80
13608128--13608205	15	5.2	15	67	11	52	25	21	8	43	1.82
13617517--13617565	25	2.0	24	88	4	71	59	0	2	38	1.09
13622779--13622825	21	2.2	22	92	3	78	21	19	38	21	1.94
13623506--13623817	156	2.0	156	100	0	624	28	12	16	42	1.84
13624615--13624639	12	2.1	12	100	0	50	28	24	16	32	1.96
13632478--13632529	21	2.4	21	93	3	86	53	28	0	17	1.44
13634739--13634785	21	2.2	22	92	3	78	21	38	19	21	1.94
13641655--13641713	26	2.3	26	93	0	100	42	6	10	40	1.65
13649343--13649378	16	2.2	17	95	5	65	58	5	5	30	1.44
13673697--13673757	13	4.5	13	72	23	54	77	1	13	8	1.07
13673699--13673761	17	3.7	18	73	12	53	77	1	12	7	1.05
13683882--13683945	32	2.0	32	100	0	128	21	9	18	50	1.75
13711684--13711764	40	2.0	40	100	0	162	34	19	9	35	1.85
13721249--13721277	8	3.6	8	100	0	58	37	0	0	62	0.96
13721300--13721345	5	9.4	5	95	4	85	41	0	0	58	0.98
13722579--13722635	15	3.9	15	88	2	89	35	0	12	52	1.39
13723023--13723094	21	3.3	23	77	15	80	13	22	25	38	1.91
13724788--13724825	19	2.0	19	94	0	67	44	15	7	31	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13727471--13727495	13	1.9	13	100	0	50	8	0	24	68	1.16
13729032--13729187	41	3.8	41	89	6	235	28	20	22	28	1.98
13729402--13729465	33	2.0	32	90	3	101	26	9	25	39	1.86
13729409--13729482	33	2.3	33	80	2	87	28	8	25	37	1.84
13745227--13745382	41	3.8	41	89	6	235	28	20	22	28	1.98
13745599--13745662	33	2.0	32	90	3	101	26	9	25	39	1.86
13745606--13745679	33	2.3	33	80	2	87	28	8	25	37	1.84
13746738--13746914	50	3.5	50	88	2	257	35	16	21	26	1.94
13746892--13747093	31	6.5	31	90	0	305	28	19	26	26	1.99
13747099--13747127	7	4.1	7	100	0	58	44	13	27	13	1.82
13747131--13747256	47	2.7	48	85	2	157	29	15	25	30	1.95
13755114--13755250	51	2.7	51	86	1	195	27	28	18	24	1.98
13755102--13755249	50	2.9	50	85	1	215	27	28	19	25	1.99
13757240--13757265	6	4.3	6	100	0	52	30	0	0	69	0.89
13768131--13768155	9	2.8	9	100	0	50	0	48	0	52	1.00
13769060--13769102	22	2.0	22	85	0	59	41	11	23	23	1.87
13783221--13783247	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
13785106--13785130	6	4.2	6	100	0	50	16	0	32	52	1.44
13787141--13787183	3	14.3	3	85	0	50	55	0	9	34	1.32
13790561--13790636	35	2.2	35	100	0	152	36	2	14	46	1.59
13790647--13790699	24	2.2	24	86	0	79	35	0	5	58	1.22
13791192--13791225	9	3.8	9	88	0	50	52	8	0	38	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13791223--13791257	16	2.1	16	94	5	61	77	0	0	22	0.78
13795175--13795352	95	1.9	95	89	2	277	38	23	12	25	1.90
13797326--13797365	17	2.4	16	88	8	62	50	2	0	47	1.14
13809617--13809657	21	2.0	21	85	0	55	29	21	4	43	1.73
13815448--13815510	33	1.9	33	83	3	83	38	9	9	42	1.70
13818787--13818845	24	2.5	24	97	0	109	35	5	11	47	1.62
13819316--13819348	13	2.3	15	85	15	52	15	0	54	30	1.41
13819316--13819348	7	4.7	7	88	11	50	15	0	54	30	1.41
13821154--13821195	22	1.9	22	85	9	59	23	52	9	14	1.71
13821262--13821373	22	5.0	22	74	22	90	14	1	28	55	1.49
13821294--13821340	21	2.2	21	92	3	76	6	0	27	65	1.16
13821270--13821339	21	3.2	21	80	15	72	10	1	28	60	1.38
13821671--13821755	3	28.0	3	73	19	63	30	3	1	64	1.17
13821670--13821755	27	3.3	27	71	19	76	30	3	1	65	1.17
13821671--13821751	18	4.2	18	80	12	90	29	3	1	65	1.17
13824115--13824165	5	9.8	5	85	6	66	43	0	1	54	1.11
13825488--13825526	18	2.1	19	90	4	62	41	0	10	48	1.37
13825766--13825900	39	3.4	39	74	6	112	23	20	28	28	1.99
13826023--13826063	19	2.2	19	87	12	59	46	0	24	29	1.53
13830570--13830620	5	9.8	5	85	6	66	43	0	1	54	1.11
13832223--13832357	39	3.4	39	74	6	112	23	20	28	28	1.99
13833810--13833854	15	3.0	15	80	0	54	51	15	2	31	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13835121--13835157	17	2.2	17	90	0	56	18	5	0	75	0.99
13835121--13835161	13	3.2	13	89	6	57	19	4	0	75	0.98
13835156--13835208	23	2.3	23	84	12	65	37	3	1	56	1.28
13839874--13839898	7	3.6	7	100	0	50	16	0	0	84	0.63
13842702--13842735	8	4.1	8	92	3	50	41	0	20	38	1.53
13842987--13843032	16	2.6	19	76	10	53	45	8	0	45	1.34
13843192--13843225	17	2.1	17	88	5	52	35	0	2	61	1.11
13845070--13845122	18	2.9	19	76	17	60	50	0	0	49	1.00
13875680--13875713	5	6.8	5	93	0	50	2	0	11	85	0.71
13882371--13882414	22	2.0	22	83	12	56	40	0	4	54	1.21
13899246--13899287	22	1.9	22	95	0	75	59	2	2	35	1.23
13900877--13900918	20	2.2	20	86	4	59	64	0	0	35	0.94
13900880--13900949	32	2.1	36	84	10	94	64	1	0	34	1.03
13900888--13900944	7	8.4	7	75	21	50	61	1	0	36	1.07
13900968--13901012	21	2.2	20	84	4	54	33	22	13	31	1.92
13904277--13904312	19	1.9	19	94	5	65	72	5	2	19	1.17
13904522--13904590	29	2.4	29	85	4	86	30	11	2	55	1.50
13904551--13904603	19	2.8	18	88	5	61	35	5	1	56	1.34
13904542--13904604	29	2.2	29	82	5	74	38	4	1	55	1.31
13904563--13904611	19	2.6	19	90	0	80	34	4	4	57	1.37
13904580--13904649	29	2.5	28	79	11	81	34	1	2	61	1.20
13904542--13904643	48	2.2	46	83	15	120	37	2	2	56	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13907350--13907483	53	2.5	53	89	2	198	28	26	17	26	1.98
13912857--13912990	53	2.5	53	89	2	198	28	26	17	26	1.98
13916236--13916286	3	17.3	3	77	18	54	62	0	3	33	1.13
13916491--13916599	3	36.3	3	70	14	64	58	1	6	33	1.34
13916827--13916893	33	1.9	33	85	8	89	61	4	4	29	1.36
13916848--13916961	33	3.3	32	73	20	97	57	6	4	32	1.43
13916852--13916948	17	5.5	17	68	16	63	58	7	5	28	1.46
13917074--13917115	14	3.1	14	80	13	52	52	9	0	38	1.34
13917255--13917285	15	2.0	16	93	6	55	58	0	0	41	0.98
13918519--13919158	44	14.7	44	70	4	445	20	23	20	35	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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