genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.31.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11573530--11573656	47	2.7	47	83	6	150	29	24	15	30	1.96
11573680--11573888	31	6.7	31	89	0	301	26	26	18	28	1.98
11573866--11574042	50	3.5	50	84	2	212	27	20	15	36	1.93
11576047--11576186	43	3.2	42	87	5	190	27	25	18	28	1.98
11576069--11576188	44	2.8	44	87	5	172	28	24	18	29	1.98
11576490--11576530	21	2.0	21	100	0	82	2	53	19	24	1.57
11577089--11577126	19	2.1	18	85	9	51	52	0	7	39	1.31
11581445--11581476	15	2.1	15	94	0	55	31	9	0	59	1.29
11581476--11581534	26	2.2	28	85	8	79	49	18	0	32	1.48
11582344--11582383	14	2.9	14	88	0	53	47	22	0	30	1.52
11582527--11582704	41	4.4	40	79	8	184	17	20	24	37	1.94
11582527--11582725	81	2.5	81	82	4	224	18	21	23	37	1.94
11582527--11582728	40	5.0	39	80	6	190	18	21	23	37	1.94
11585901--11586059	24	6.6	24	72	5	124	32	30	14	22	1.94
11590645--11590721	3	26.3	3	80	10	88	33	0	3	62	1.14
11590961--11591017	23	2.5	22	83	13	71	45	5	12	36	1.64
11591213--11591253	22	1.9	21	85	14	57	75	2	12	9	1.13
11592000--11592031	16	1.9	17	93	6	57	40	0	21	37	1.54
11592136--11592192	20	2.6	22	72	10	64	15	19	22	42	1.89
11593938--11594010	35	2.1	35	100	0	146	43	17	6	31	1.75
11595647--11595686	19	2.0	20	85	4	55	55	10	0	35	1.34
11596599--11596651	15	3.6	14	77	10	52	32	3	0	64	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11596939--11596978	21	1.9	21	100	0	80	30	20	5	45	1.72
11599387--11599427	21	2.0	21	85	0	55	21	29	19	29	1.98
11603097--11603159	27	2.3	27	97	0	117	15	65	0	19	1.28
11604363--11604405	21	2.0	21	100	0	86	20	4	46	27	1.71
11607851--11607896	19	2.4	19	88	3	65	76	8	10	4	1.15
11608020--11608082	25	2.5	24	82	5	72	63	0	33	3	1.10
11608020--11608105	16	5.3	15	70	23	50	65	1	31	2	1.13
11608197--11608254	26	2.2	26	78	0	62	43	5	6	44	1.53
11608787--11608844	29	2.0	29	100	0	116	44	20	13	20	1.85
11614179--11614396	46	4.8	45	80	6	190	25	20	31	22	1.98
11614179--11614390	92	2.3	90	82	4	237	25	20	31	22	1.98
11619035--11619139	50	2.1	50	98	1	203	30	7	21	40	1.81
11620874--11620915	18	2.5	17	78	21	52	38	0	7	54	1.28
11621041--11622238	147	8.2	147	83	7	1409	29	8	6	56	1.53
11621582--11621653	29	2.5	28	77	6	81	25	8	2	63	1.36
11621041--11622238	293	4.1	293	88	5	1663	29	8	6	56	1.53
11621908--11622178	132	2.1	131	80	8	300	29	8	6	55	1.54
11621948--11622225	132	2.1	134	85	4	371	29	8	6	55	1.54
11622714--11622760	19	2.6	18	78	15	51	0	36	0	63	0.94
11622802--11622849	19	2.8	17	82	14	62	0	31	0	68	0.90
11622803--11622858	9	5.7	10	76	17	55	0	28	0	71	0.86
11622804--11622854	22	2.4	22	83	9	61	0	29	0	70	0.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11623019--11623060	19	2.3	18	87	4	57	7	9	7	76	1.17
11629672--11629740	27	2.5	29	81	9	81	50	0	5	43	1.26
11631230--11631266	19	1.9	19	94	0	65	45	0	2	51	1.15
11641375--11641447	18	4.1	18	76	13	71	46	0	2	50	1.15
11641404--11641460	18	3.1	19	85	10	73	38	0	5	56	1.22
11643352--11643429	31	2.4	33	93	4	133	17	15	2	64	1.41
11643352--11643432	33	2.5	31	94	4	135	17	14	2	65	1.38
11652337--11652427	26	3.6	25	76	11	78	45	0	1	53	1.07
11652359--11652421	9	7.2	9	74	12	51	41	0	1	57	1.08
11652339--11652426	35	2.6	34	78	3	95	45	0	1	53	1.07
11652348--11652427	17	4.6	17	74	11	65	45	0	1	53	1.08
11667853--11667886	3	11.3	3	93	0	59	35	35	29	0	1.58
11668863--11669053	95	2.0	95	100	0	382	18	12	13	54	1.70
11672537--11672588	24	2.2	24	82	6	61	44	28	21	5	1.75
11686418--11686461	22	2.0	23	86	13	65	45	2	9	43	1.48
11686588--11686629	18	2.4	18	80	11	52	42	4	2	50	1.36
11687384--11687423	19	2.2	18	86	8	55	60	7	5	27	1.45
11687981--11688029	22	2.2	23	85	3	64	34	6	2	57	1.35
11693169--11693213	19	2.4	19	81	7	56	60	0	2	37	1.09
11694562--11694608	22	2.2	21	84	3	58	65	0	8	25	1.20
11695576--11695603	3	9.3	3	100	0	56	32	0	0	67	0.91
11710100--11710132	12	2.8	12	86	4	50	6	21	6	66	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11724298--11724381	32	2.5	32	83	11	89	42	3	1	52	1.26
11728077--11728133	30	1.9	30	96	3	107	57	10	3	28	1.48
11738109--11738337	112	2.0	111	88	3	334	36	14	13	34	1.86
11741806--11741843	8	4.6	8	84	15	51	78	0	2	18	0.86
11741804--11741848	18	2.6	17	89	3	72	77	0	2	20	0.87
11742267--11742339	22	3.1	24	73	11	78	41	15	17	26	1.89
11742241--11742339	47	2.2	46	87	7	150	39	14	17	29	1.88
11742258--11742337	22	3.6	22	73	12	74	37	16	18	27	1.92
11746559--11746726	84	2.0	84	100	0	336	50	16	10	22	1.76
11750008--11750052	9	4.9	9	82	12	56	62	2	0	35	1.08
11750008--11750052	17	2.5	17	89	10	63	62	2	0	35	1.08
11750678--11750757	31	2.6	31	84	7	92	50	6	3	40	1.46
11754415--11754456	18	2.3	19	80	12	52	38	2	4	54	1.34
11757560--11757929	183	2.0	183	88	0	542	25	24	18	31	1.98
11766188--11766257	27	2.6	27	77	9	70	54	2	0	42	1.15
11766227--11766252	13	2.0	13	100	0	52	53	0	0	46	1.00
11766715--11766901	93	2.0	93	88	0	275	47	11	10	30	1.73
11768248--11768393	75	2.0	75	90	5	237	47	2	6	43	1.41
11769596--11769634	21	2.0	21	85	10	55	53	0	10	35	1.35
11774667--11774703	19	1.9	19	100	0	74	10	10	29	48	1.72
11797296--11797352	27	2.1	27	83	6	71	50	10	0	38	1.37
11797722--11797793	35	2.1	35	89	5	110	38	12	22	26	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11802880--11802951	35	2.1	35	89	5	110	36	12	25	26	1.91
11803918--11803951	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
11806751--11806791	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
11808697--11808730	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
11810900--11811014	40	2.9	39	87	5	151	26	20	27	25	1.99
11819800--11819855	20	2.8	20	83	0	76	55	0	3	41	1.17
11820808--11820852	22	2.0	23	82	4	56	53	2	4	40	1.33
11823580--11823624	22	2.0	22	100	0	90	13	26	4	55	1.57
11827177--11827203	4	6.8	4	100	0	54	51	0	0	48	1.00
11827222--11827269	23	2.0	25	84	15	66	60	6	6	27	1.45
11830697--11830729	16	2.1	16	100	0	66	36	0	6	57	1.23
11831117--11831177	31	2.0	30	84	9	79	22	4	4	67	1.30
11831740--11831791	21	2.5	21	96	0	95	44	0	7	48	1.31
11852743--11852805	30	2.1	30	82	14	76	46	1	3	49	1.27
11862393--11862467	31	2.4	30	86	0	87	50	6	8	34	1.58
11863867--11863908	22	1.9	22	85	0	57	28	0	28	42	1.56
11866444--11866594	53	2.8	53	89	4	214	29	27	16	25	1.97
11868463--11868497	5	7.0	5	93	0	61	37	0	0	62	0.95
11868521--11868594	4	18.0	4	76	18	64	71	4	21	2	1.15
11868508--11868593	34	2.5	34	78	12	97	73	3	18	4	1.16
11868882--11868919	18	2.1	19	85	5	51	44	0	21	34	1.52
11870673--11870721	20	2.5	20	76	6	55	28	0	10	61	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11870829--11870869	19	2.1	20	90	4	66	46	0	2	51	1.14
11873513--11873546	12	2.9	12	86	4	52	32	0	0	67	0.91
11873669--11873730	30	2.1	30	90	0	97	59	9	0	30	1.29
11874567--11874601	18	2.0	18	88	5	54	37	0	14	48	1.44
11876446--11876497	26	2.0	25	88	3	77	48	3	7	40	1.50
11885458--11885505	17	2.8	18	81	15	57	14	6	6	72	1.24
11887480--11887835	193	1.8	193	87	0	523	25	26	14	32	1.95
11888828--11888876	20	2.5	20	80	6	55	30	2	6	61	1.32
11893574--11893617	21	2.1	21	87	4	63	50	2	0	47	1.13
11898242--11898281	20	2.0	21	85	5	55	40	15	30	15	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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