Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   

This is table  81  of  318  ( 38109 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
27711724--27711757
13
2.5
14
85
4
52
73
2
2
20
1.09
27725022--27725053
14
2.3
14
94
0
55
31
0
15
53
1.43
27732915--27732953
6
6.5
6
93
0
69
48
0
17
33
1.48
27739576--27739659
42
2.0
42
88
0
123
20
38
10
30
1.87
27741953--27742069
63
1.9
61
81
10
139
42
4
2
50
1.35
27749320--27749417
33
3.0
33
83
3
108
19
11
16
53
1.73
27764611--27764648
19
2.1
19
85
5
51
34
2
0
63
1.09
27765331--27765414
39
2.2
39
100
0
168
23
4
20
51
1.66
27767580--27767899
46
7.0
46
89
2
439
20
22
13
42
1.87
27767827--27767898
21
3.2
21
65
14
54
26
23
9
40
1.85
27769739--27769786
11
4.2
11
79
10
51
62
2
0
35
1.07
27770391--27770451
22
2.4
25
80
19
74
42
19
1
36
1.61
27776835--27776897
33
1.9
33
93
0
108
38
9
25
26
1.87
27776830--27776900
33
2.2
33
84
0
106
40
8
26
23
1.83
27782592--27782773
87
2.1
87
94
0
319
20
30
19
29
1.97
27785246--27785270
4
6.2
4
100
0
50
48
0
0
52
1.00
27789237--27789363
54
2.3
55
80
17
131
27
18
21
33
1.96
27789987--27790031
24
2.0
23
82
8
56
62
0
8
28
1.25
27795465--27795537
31
2.3
31
83
2
83
43
13
12
30
1.81
27801610--27801675
18
3.7
17
76
9
69
50
1
0
48
1.10
27801689--27801745
20
2.9
20
78
2
71
49
0
0
50
1.00
27801665--27801783
58
2.0
59
80
16
133
49
0
1
47
1.17
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
27804257--27804291
18
1.9
18
88
0
52
37
25
0
37
1.57
27822238--27822386
23
6.5
23
73
17
89
35
21
22
20
1.96
27822240--27822327
22
4.0
22
88
4
115
30
23
22
22
1.99
27822240--27822374
45
3.0
44
79
10
123
34
21
22
21
1.97
27822307--27822423
47
2.5
47
88
0
162
41
17
20
20
1.91
27823118--27823151
18
1.9
18
94
5
61
55
5
11
26
1.58
27823866--27823905
20
2.0
20
90
9
64
70
2
7
20
1.24
27824848--27824881
18
1.9
18
94
5
61
55
5
11
26
1.58
27825622--27825672
23
2.1
26
82
10
63
56
9
1
31
1.43
27826300--27826481
96
1.9
97
87
1
267
31
25
14
28
1.95
27827208--27827272
15
4.5
14
81
14
71
76
1
1
20
0.94
27827213--27827280
11
6.2
11
75
14
61
77
1
1
19
0.92
27827220--27827280
5
11.4
5
78
13
59
78
1
1
18
0.91
27827207--27827280
25
2.9
25
84
11
80
77
1
2
18
0.97
27830244--27830277
17
1.9
18
94
5
61
58
5
8
26
1.51
27831002--27831035
10
3.4
10
92
8
52
70
0
8
20
1.13
27830991--27831034
16
2.8
16
86
10
56
75
0
9
15
1.05
27834755--27834831
34
2.3
34
95
0
136
40
12
11
35
1.80
27837809--27837850
18
2.4
18
84
7
52
45
28
0
26
1.54
27841745--27841769
12
2.1
12
100
0
50
28
0
24
48
1.52
27842940--27842968
13
2.2
13
100
0
58
44
6
17
31
1.75
27850636--27850682
5
9.6
5
95
4
87
19
0
0
80
0.70
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
27854852--27855027
50
3.5
50
88
0
253
35
15
23
25
1.94
27855003--27855151
31
4.8
31
88
3
228
27
16
28
27
1.97
27855251--27855467
42
5.0
41
80
10
202
29
14
27
29
1.95
27855292--27855423
49
2.9
48
85
8
168
28
15
27
29
1.96
27855220--27855432
91
2.4
88
85
4
275
28
14
27
29
1.95
27858259--27858299
19
2.2
20
91
8
68
70
0
29
0
0.87
27858957--27859075
53
2.2
53
89
0
184
18
16
21
42
1.89
27859186--27859463
18
15.1
18
73
10
159
35
12
15
36
1.85
27863665--27864091
208
2.1
208
94
0
741
24
14
19
42
1.87
27866619--27866849
102
2.3
101
82
3
293
34
15
22
27
1.94
27869018--27869056
18
2.2
18
86
9
53
79
0
20
0
0.73
27877739--27877843
53
2.0
53
94
0
183
26
9
16
47
1.77
27880141--27880215
19
3.7
20
78
18
82
58
1
1
38
1.15
27881068--27881147
24
3.3
24
100
0
160
43
11
36
8
1.71
27882122--27882201
39
2.1
39
92
0
133
42
2
6
48
1.41
27882170--27882276
52
2.1
52
98
0
205
41
4
10
43
1.59
27895521--27896211
345
2.0
345
100
0
1382
32
16
21
29
1.95
27898628--27898668
2
20.5
2
84
0
55
48
0
51
0
1.00
27903104--27903143
20
2.0
20
85
4
55
20
7
7
65
1.43
27906993--27907076
42
2.0
42
97
0
159
41
7
27
23
1.80
27909099--27909138
19
2.1
19
100
0
80
22
0
45
32
1.53
27909928--27909989
28
2.2
28
100
0
124
37
0
27
35
1.57
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
27910028--27910123
48
2.0
48
100
0
192
27
4
22
45
1.70
27913933--27913962
14
2.1
14
93
0
51
16
0
36
46
1.47
27914806--27914918
25
4.5
25
74
12
88
34
24
18
22
1.96
27914806--27914918
50
2.3
50
81
6
122
34
24
18
22
1.96
27915229--27915262
16
2.1
17
88
5
52
32
20
0
47
1.51
27916604--27916677
36
2.1
35
94
2
130
29
2
9
58
1.44
27921044--27921093
16
3.2
15
83
8
57
76
0
14
10
1.03
27922448--27922493
23
2.0
23
86
0
65
23
8
13
54
1.66
27923089--27923146
20
2.9
20
86
0
80
22
37
25
13
1.91
27923976--27924136
38
4.2
38
81
1
178
34
24
18
22
1.96
27924232--27924294
31
2.0
31
100
0
126
28
25
12
33
1.92
27929126--27929196
21
3.3
22
84
7
83
39
26
21
12
1.89
27929579--27929636
15
3.8
15
93
2
98
53
13
0
32
1.40
27929785--27929831
2
23.5
2
95
0
85
51
46
0
2
1.13
27935764--27935847
21
3.9
21
74
11
80
35
23
22
17
1.95
27935775--27935834
21
2.8
21
92
5
93
33
28
23
15
1.94
27936217--27936274
15
3.8
15
88
2
89
51
12
0
36
1.39
27937211--27937407
41
4.8
41
98
0
367
29
21
22
26
1.99
27937628--27937691
33
2.0
32
90
3
101
26
9
25
39
1.86
27937635--27937708
33
2.3
33
80
2
87
28
8
25
37
1.84
27944854--27945009
41
3.8
41
97
0
285
29
21
22
26
1.99
27945226--27945289
33
2.0
32
90
3
101
26
9
25
39
1.86
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
27945233--27945306
33
2.3
33
80
2
87
28
8
25
37
1.84
27947225--27947261
5
7.2
5
96
3
65
56
0
0
43
0.99
27950338--27950493
38
4.1
38
88
3
224
32
25
20
21
1.98
27952767--27952793
7
3.9
7
100
0
54
44
14
0
40
1.46
27953540--27953570
16
1.9
16
93
0
53
22
0
12
64
1.27
27957356--27957408
21
2.5
21
87
0
70
33
32
5
28
1.81
27957549--27957630
39
2.1
40
97
2
157
34
2
10
52
1.50
27962435--27962575
70
2.0
70
100
0
282
34
8
19
36
1.83
27969048--27969079
15
2.1
15
100
0
64
25
15
0
59
1.36
27979839--27979870
15
2.1
15
100
0
64
40
25
12
21
1.88
27985779--27985819
14
2.9
14
85
3
55
51
0
0
48
1.00
27985773--27985832
14
4.3
14
77
12
52
48
1
1
48
1.21
27991660--27991693
16
2.1
16
88
0
50
50
14
17
17
1.79
27994495--27994535
21
2.0
21
90
0
64
29
21
29
19
1.98
27996441--27996474
16
2.1
16
88
0
50
50
14
17
17
1.79
28006527--28006606
41
2.0
41
97
0
151
23
23
25
27
2.00
28009845--28009885
18
2.4
17
79
4
55
29
34
9
26
1.88
28018268--28018297
2
15.5
2
93
6
53
50
0
0
50
1.00
28019764--28019816
25
2.1
25
82
6
63
30
0
11
58
1.33
28024045--28024077
2
16.5
2
93
0
57
3
51
0
45
1.16
28029003--28029046
22
2.0
22
95
0
79
9
20
27
43
1.82
28029107--28029250
43
3.4
43
91
3
220
21
31
18
27
1.97
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
28029107--28029311
85
2.4
86
82
3
243
25
31
17
25
1.97
28029341--28029384
22
1.9
24
86
9
65
38
0
4
56
1.20
28033064--28033162
50
2.0
50
93
0
171
42
34
2
21
1.64
28033266--28033310
21
2.1
21
88
8
65
35
42
0
22
1.54
28034025--28034056
15
2.1
15
94
0
55
40
34
0
25
1.56
28034623--28034820
41
4.8
41
92
0
306
32
26
20
19
1.97
28034860--28034997
40
3.5
40
76
9
131
20
18
20
40
1.92
28036457--28036534
38
2.1
38
97
0
147
42
7
11
38
1.70
28037753--28037795
22
2.0
22
81
9
52
25
0
18
55
1.42
28038283--28038426
17
8.4
17
77
8
130
47
10
11
30
1.74

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318