genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.302.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95923306--95923354	24	2.0	24	84	0	62	63	2	4	30	1.24
95931699--95931884	43	4.3	44	90	2	272	25	19	30	24	1.98
95931872--95931906	18	1.9	18	94	0	61	28	34	25	11	1.91
95931993--95932075	31	2.5	33	80	5	89	63	16	3	15	1.44
95937948--95938059	57	2.0	57	89	0	170	29	0	22	47	1.57
95937960--95938072	9	12.2	9	79	5	118	30	0	20	47	1.56
95937948--95938072	57	2.2	57	86	0	169	30	0	20	48	1.56
95938116--95938787	241	2.8	241	96	0	1263	32	14	18	34	1.91
95938920--95938969	23	2.2	23	92	7	84	36	16	14	34	1.88
95940619--95940660	19	2.2	18	84	16	50	54	14	4	26	1.59
95940615--95940675	20	3.1	19	76	19	54	59	13	4	22	1.53
95941010--95941063	19	2.8	19	97	0	99	22	24	31	22	1.98
95941081--95941132	19	2.7	20	81	6	61	34	1	36	26	1.68
95942217--95942260	15	3.0	14	90	6	61	31	2	20	45	1.64
95942428--95942483	29	1.9	29	92	0	94	19	8	35	35	1.83
95943023--95943220	41	4.9	40	84	3	152	25	22	17	34	1.95
95943063--95943222	41	3.9	39	86	5	187	25	20	16	36	1.94
95943068--95943223	82	1.9	81	85	6	217	24	21	16	37	1.93
95946057--95946185	30	4.3	30	93	0	213	25	50	6	17	1.69
95946627--95946672	25	1.9	24	91	8	76	34	2	0	63	1.07
95946713--95946827	29	4.3	28	73	14	100	32	6	4	56	1.46
95946773--95946812	21	1.9	21	89	0	62	30	2	7	60	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95946706--95946877	78	2.2	75	77	12	166	32	6	4	56	1.45
95946903--95946955	23	2.3	23	83	9	63	37	16	3	41	1.67
95958759--95958802	15	3.0	14	90	6	61	31	2	20	45	1.64
95958970--95959025	29	1.9	29	92	0	94	19	8	35	35	1.83
95959566--95959763	41	4.9	40	84	3	152	25	22	17	34	1.95
95959606--95959765	41	3.9	39	86	5	187	25	20	16	36	1.94
95959611--95959766	82	1.9	81	85	6	217	24	21	16	37	1.93
95962601--95962729	30	4.3	30	93	0	213	25	50	6	17	1.69
95963207--95963339	22	5.7	23	65	17	69	34	5	3	57	1.37
95963213--95963412	25	8.2	25	70	14	87	33	6	4	56	1.45
95963478--95963533	25	2.3	24	79	14	62	37	16	3	42	1.65
95975475--95975651	90	2.0	90	86	2	250	23	16	20	38	1.92
95975617--95975664	13	3.5	13	77	8	51	16	10	2	70	1.24
95975560--95975826	101	2.8	96	83	8	289	24	16	19	38	1.92
95975762--95976308	73	7.7	71	84	9	663	29	16	21	32	1.95
95975762--95976323	218	2.6	215	88	5	809	29	16	21	32	1.95
95975762--95976308	146	3.8	143	89	5	747	29	16	21	32	1.95
95976402--95976434	14	2.4	14	90	10	50	21	12	6	60	1.53
95976237--95976781	93	6.0	91	76	9	383	28	15	17	38	1.90
95976531--95976849	85	3.6	86	76	8	247	30	15	18	35	1.92
95976896--95976937	21	2.0	21	90	0	66	33	9	28	28	1.88
95977465--95977563	30	3.3	30	94	0	180	26	47	6	20	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95978106--95978165	25	2.4	26	80	8	79	36	5	1	56	1.31
95978123--95978231	28	4.0	28	75	13	104	31	6	4	57	1.44
95978182--95978244	25	2.5	24	84	7	72	30	4	6	58	1.43
95978305--95978360	25	2.3	24	79	14	62	37	16	3	42	1.65
95981820--95981998	47	3.8	49	79	13	196	29	27	20	22	1.98
95981828--95981998	94	1.8	93	91	1	279	29	28	20	22	1.98
95989371--95989506	47	2.9	46	91	2	218	29	27	20	22	1.98
95991872--95991943	35	2.0	36	94	2	128	50	8	12	29	1.69
95994747--95994798	23	2.3	23	90	6	79	42	9	13	34	1.77
95999128--95999179	23	2.3	23	90	6	79	42	9	13	34	1.77
96005917--96005982	31	2.2	30	83	2	78	43	4	6	45	1.49
96013411--96013539	40	3.2	38	81	9	143	32	23	19	24	1.97
96013591--96013815	113	2.0	115	79	5	251	30	19	20	29	1.97
96013820--96013874	28	1.9	29	82	10	69	34	0	7	58	1.26
96014231--96014309	29	2.8	28	84	9	97	26	1	36	35	1.65
96014724--96014798	26	2.9	27	88	4	109	44	6	4	45	1.48
96014912--96014946	17	2.0	17	88	5	52	34	0	0	65	0.93
96015381--96015410	13	2.3	13	94	0	51	26	33	0	40	1.57
96018535--96019157	242	2.6	242	98	0	1201	35	17	14	32	1.90
96019182--96019298	9	12.3	9	73	10	99	44	22	1	31	1.63
96019184--96019296	57	2.0	57	85	0	154	45	23	1	30	1.63
96021130--96021155	12	2.2	12	100	0	52	34	7	26	30	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96025180--96025246	31	2.2	31	83	0	80	17	4	17	59	1.53
96025320--96025482	43	3.8	43	91	1	274	23	30	18	27	1.97
96025323--96025482	85	1.9	85	96	0	293	23	30	18	28	1.98
96037347--96037489	43	3.3	43	80	8	166	31	27	16	23	1.96
96044253--96044295	20	2.2	20	82	0	50	55	2	4	37	1.33
96056228--96056258	14	2.2	14	94	0	53	61	12	6	19	1.53
96061654--96061766	12	9.4	11	69	21	59	58	3	3	34	1.32
96061682--96061720	17	2.4	17	87	8	55	58	2	2	35	1.25
96061787--96061843	24	2.3	25	81	3	71	50	1	8	38	1.44
96061999--96062062	27	2.4	27	78	5	76	53	4	4	37	1.43
96062123--96062203	25	3.3	26	80	13	82	56	2	7	33	1.40
96062230--96062262	15	2.2	15	89	10	50	66	0	0	33	0.92
96062218--96062325	24	4.3	24	78	14	94	58	4	1	35	1.30
96062321--96062369	23	2.3	20	79	10	53	53	8	4	34	1.50
96064252--96064423	75	2.2	75	86	6	238	36	19	18	25	1.94
96064170--96064557	168	2.4	159	86	7	527	34	21	18	26	1.96
96076166--96076210	22	2.0	22	86	0	63	48	6	15	28	1.70
96079576--96079642	18	3.8	17	76	18	57	61	1	4	32	1.25
96079702--96079755	22	2.5	22	81	0	63	48	1	7	42	1.42
96079853--96079904	15	3.5	15	76	10	61	55	5	1	36	1.35
96079972--96080086	22	5.0	23	74	15	94	57	3	6	33	1.40
96079962--96080160	22	8.7	23	68	22	84	57	4	4	34	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96080069--96080101	15	2.2	15	100	0	66	66	0	0	33	0.92
96080058--96080164	24	4.2	25	77	14	94	57	4	1	35	1.30
96080112--96080168	11	5.0	11	75	8	51	56	5	1	36	1.32
96080058--96080164	13	8.4	13	70	20	57	57	4	1	35	1.30
96080266--96080315	3	17.3	3	89	8	50	56	0	0	44	0.99
96080902--96080941	19	2.1	19	85	4	53	27	0	2	70	1.01
96081525--96081561	10	3.7	10	88	0	56	62	8	5	24	1.44
96082627--96082664	12	3.2	12	88	0	58	34	0	0	65	0.93
96092488--96092547	27	2.3	26	85	2	84	55	6	5	33	1.48
96092498--96092557	27	2.3	26	83	8	70	55	8	6	30	1.55
96092559--96092588	15	2.0	15	100	0	60	60	6	6	26	1.47
96092789--96092821	16	2.0	17	88	5	50	54	3	6	36	1.41
96092880--96092957	24	3.1	24	68	13	66	51	2	10	35	1.50
96093105--96093154	15	3.7	14	80	15	52	60	6	4	30	1.39
96093855--96093908	16	3.4	15	82	10	54	20	0	3	75	0.95
96093861--96093914	14	3.5	16	80	12	60	22	0	3	74	0.98
96102228--96102469	96	2.5	96	87	2	335	19	17	29	34	1.94
96102228--96102457	48	4.8	48	82	4	284	19	17	28	34	1.94
96109954--96110136	96	1.9	96	90	0	294	18	15	28	37	1.91
96109961--96110144	48	3.8	48	80	5	219	17	15	29	36	1.91
96115057--96115081	13	1.9	13	100	0	50	36	0	8	56	1.29
96115611--96115654	21	2.1	21	82	0	52	36	20	22	20	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96124747--96125205	255	1.8	255	87	0	686	40	19	12	28	1.87
96125493--96125555	25	2.5	25	94	2	108	53	7	11	26	1.63
96125493--96125572	25	3.2	25	87	5	90	55	6	12	26	1.61
96128004--96128248	46	5.3	45	77	14	214	35	15	21	27	1.93
96127938--96128210	98	2.8	98	90	2	426	34	15	21	28	1.94
96128184--96128320	37	3.8	37	93	1	224	37	15	22	24	1.92
96129571--96129689	58	2.0	59	98	1	231	23	13	31	31	1.93
96129590--96129680	28	3.2	28	66	22	80	25	15	31	27	1.95
96129631--96129773	49	2.9	49	91	0	223	23	13	30	32	1.93
96132955--96133157	46	4.3	46	84	9	214	35	14	21	28	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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