genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.227.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72094910--72095113	40	5.1	40	80	8	220	25	27	22	25	1.99
72095804--72095856	22	2.4	22	76	20	56	37	18	9	33	1.83
72095811--72095852	22	1.9	22	85	9	59	38	19	4	38	1.73
72104782--72105044	40	6.6	40	88	3	363	27	28	21	22	1.99
72112933--72113195	40	6.6	40	88	3	363	26	29	21	22	1.99
72114611--72114755	37	3.9	37	90	0	227	26	31	17	24	1.97
72114874--72115247	47	7.8	47	92	3	577	29	29	8	32	1.86
72114874--72115354	94	4.9	94	85	11	622	29	29	8	32	1.87
72114874--72115354	141	3.2	141	86	9	622	29	29	8	32	1.87
72115232--72115261	14	2.1	14	100	0	60	33	36	0	30	1.58
72115183--72115308	63	2.0	61	96	3	234	30	30	6	31	1.83
72115246--72115354	47	2.3	47	92	3	175	28	30	9	32	1.88
72124950--72125013	27	2.4	27	81	0	74	23	23	20	32	1.98
72124969--72125148	27	6.7	27	83	1	218	25	18	19	36	1.95
72124969--72125148	80	2.2	81	87	1	254	25	18	19	36	1.95
72126175--72126220	24	1.9	24	95	0	83	17	17	28	36	1.92
72133118--72133148	13	2.4	13	94	0	53	19	9	16	54	1.68
72135413--72135535	39	3.2	39	83	2	149	26	27	22	23	2.00
72144441--72144496	12	4.7	12	82	8	69	12	25	0	62	1.30
72144436--72144496	24	2.5	24	83	0	77	16	24	0	59	1.37
72144594--72144635	14	2.9	15	79	10	52	0	19	4	76	0.96
72145525--72145556	11	2.9	11	90	0	55	18	3	6	71	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72146874--72146949	40	1.9	39	84	7	100	28	26	1	43	1.63
72153304--72153482	40	4.5	40	82	2	207	22	23	27	25	2.00
72153304--72153482	80	2.2	80	88	2	252	22	23	27	25	2.00
72161611--72161827	40	5.5	40	84	8	257	22	23	28	25	1.99
72161611--72161787	79	2.2	79	91	3	284	20	24	28	25	1.99
72162664--72162688	9	2.8	9	100	0	50	32	12	20	36	1.89
72188284--72188461	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
72188305--72188460	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
72190803--72191006	40	5.1	40	89	4	279	21	24	28	25	1.99
72193066--72193151	16	5.4	16	91	0	136	37	5	24	32	1.79
72193307--72193357	26	2.0	25	88	3	75	45	0	3	50	1.20
72194704--72194761	28	2.1	28	96	0	107	51	20	6	20	1.70
72196650--72196674	13	1.9	13	100	0	50	36	0	0	64	0.94
72197063--72197100	18	2.1	18	95	0	67	42	47	2	7	1.46
72197077--72197101	13	1.9	13	100	0	50	40	48	0	12	1.40
72197126--72197166	6	6.5	6	83	10	55	78	4	0	17	0.93
72197185--72197243	9	6.6	9	78	0	55	30	8	16	44	1.78
72197185--72197243	27	2.2	27	84	0	73	30	8	16	44	1.78
72197997--72198053	27	2.2	25	84	6	69	50	10	3	35	1.54
72202083--72202148	9	6.5	11	75	18	54	68	0	0	31	0.90
72202598--72202639	15	2.7	16	75	17	52	30	2	0	66	1.04
72205476--72205516	21	2.0	21	85	0	55	26	36	12	24	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72211436--72211482	9	5.3	9	84	5	51	46	2	2	48	1.25
72211473--72211505	17	1.9	18	88	11	52	42	12	0	45	1.41
72212326--72212361	13	2.7	13	91	4	54	41	27	11	19	1.85
72215467--72215497	9	3.4	9	100	0	62	0	0	19	80	0.71
72220862--72221083	40	5.6	40	88	3	306	26	22	26	24	2.00
72232068--72232201	53	2.7	49	78	11	141	29	26	17	26	1.97
72232113--72232215	53	2.0	52	86	5	145	30	25	16	28	1.97
72242430--72242496	21	3.2	20	76	19	73	40	2	4	52	1.37
72242417--72242487	21	3.4	21	73	24	69	38	2	2	56	1.29
72242748--72242776	14	2.0	15	93	6	51	86	0	0	13	0.58
72250618--72250779	60	2.7	58	81	2	171	24	16	11	48	1.79
72254163--72254198	5	7.4	5	93	6	65	41	0	0	58	0.98
72254722--72254755	5	6.8	5	100	0	68	20	0	20	58	1.39
72255173--72255260	22	3.9	22	77	7	70	19	21	18	40	1.91
72255349--72255419	31	2.3	31	82	2	90	49	1	18	30	1.56
72256596--72256637	21	2.0	20	86	4	57	64	4	0	30	1.14
72257335--72257361	5	5.4	5	100	0	54	37	0	44	18	1.50
72262941--72262980	10	4.0	10	81	12	55	67	2	7	22	1.28
72263007--72263036	13	2.4	12	94	5	51	46	13	0	40	1.43
72274272--72274323	21	2.6	19	81	9	59	36	3	11	48	1.58
72277340--72277534	68	2.8	67	91	3	275	32	15	29	22	1.95
72277374--72277571	68	2.9	67	85	8	201	33	15	29	21	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72279534--72279625	44	2.1	44	89	4	141	21	20	23	33	1.97
72280429--72280503	38	2.0	38	100	0	150	45	12	13	29	1.79
72282535--72282568	17	1.9	18	88	5	52	44	8	0	47	1.34
72282596--72282632	15	2.5	16	83	16	53	45	2	0	51	1.15
72284206--72284238	10	3.1	11	86	8	50	72	0	0	27	0.85
72284212--72284240	12	2.5	12	94	5	51	79	0	0	20	0.74
72286147--72286261	57	2.0	57	96	0	212	32	13	20	33	1.92
72288658--72288688	16	2.0	15	93	6	53	35	0	0	64	0.94
72288746--72288889	5	30.0	5	69	20	76	34	2	1	61	1.16
72288711--72288825	52	2.1	54	81	13	132	31	2	3	62	1.25
72288746--72288864	34	4.0	30	73	19	99	35	1	1	61	1.16
72288748--72288872	22	5.8	22	71	15	93	34	1	1	62	1.15
72288750--72288883	37	3.8	34	75	16	96	34	2	1	61	1.17
72288799--72288894	24	4.0	25	68	23	64	34	4	1	60	1.23
72289033--72289077	19	2.3	20	81	14	58	40	6	0	53	1.27
72289093--72289143	22	2.3	23	80	12	61	33	3	13	49	1.61
72294909--72294940	6	5.3	6	100	0	64	15	0	50	34	1.45
72295240--72295636	199	2.0	198	99	0	785	23	11	19	46	1.82
72297189--72297219	3	10.3	3	100	0	62	32	32	35	0	1.58
72300908--72300958	24	2.1	24	96	0	93	23	31	19	25	1.98
72300986--72301046	21	2.9	21	80	4	61	57	11	11	19	1.64
72305358--72305484	50	2.6	50	79	1	139	29	26	16	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72306955--72307015	27	2.3	26	75	13	61	29	11	22	36	1.90
72309375--72309482	50	2.2	50	98	0	207	28	26	17	26	1.98
72312355--72312532	96	1.9	96	90	0	284	35	18	35	10	1.85
72315548--72315587	15	2.7	15	88	7	55	57	17	10	15	1.64
72316163--72316195	6	5.5	6	100	0	66	48	18	0	33	1.48
72323336--72323507	93	1.8	93	93	0	299	28	29	20	21	1.98
72323329--72323504	46	3.8	46	76	12	198	29	28	20	21	1.98
72326264--72326309	24	1.9	24	86	0	65	34	26	13	26	1.92
72326488--72326688	40	5.0	40	94	0	348	25	30	23	19	1.98
72332617--72332785	51	3.6	50	69	23	166	28	23	20	27	1.99
72332646--72332827	90	2.0	90	96	0	337	26	21	21	29	1.99
72339368--72339539	79	2.2	79	84	3	220	25	21	27	25	1.99
72339315--72339537	40	5.6	39	81	8	209	25	21	27	25	1.99
72339395--72339572	79	2.2	80	80	3	191	25	21	28	24	1.99
72350520--72350566	21	2.3	21	88	3	69	57	14	8	19	1.63
72353582--72353646	25	2.6	25	75	18	71	30	20	16	32	1.95
72353799--72353854	30	1.9	28	86	13	78	42	7	19	30	1.78
72362104--72362654	47	11.6	47	92	1	859	29	29	8	33	1.86
72362104--72362654	192	2.9	192	94	1	939	29	29	8	33	1.86
72375273--72375488	39	5.5	39	90	1	342	27	27	24	20	1.99
72375481--72375613	39	3.4	39	89	2	187	27	25	18	29	1.98
72375275--72375605	78	4.2	80	83	5	306	27	26	22	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72375271--72375537	117	2.3	118	83	6	344	26	26	22	23	2.00
72378344--72379047	47	14.6	47	89	4	1066	28	29	8	33	1.86
72378344--72379047	96	7.3	96	96	1	1250	28	29	8	33	1.86
72378344--72379047	194	3.6	194	96	0	1272	28	29	8	33	1.86
72381244--72381422	85	2.1	85	98	0	349	26	27	8	37	1.85
72383119--72383504	40	9.6	40	93	0	610	25	29	21	23	1.99
72384933--72385536	47	12.6	47	91	3	938	28	29	8	33	1.86
72384933--72385536	96	6.3	96	95	1	1045	28	29	8	33	1.86
72387734--72387912	85	2.1	85	98	0	349	26	27	8	37	1.85
72390254--72390519	142	1.9	141	82	8	324	29	26	18	25	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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