genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.71.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24873536--24873608	37	2.0	37	94	0	128	19	20	6	53	1.67
24873908--24873954	7	6.4	7	80	9	58	70	2	0	27	0.99
24873908--24873954	15	3.2	14	82	8	58	70	2	0	27	0.99
24873914--24873970	22	2.6	20	79	17	60	64	1	1	31	1.13
24874009--24874070	28	2.1	29	85	5	81	58	6	3	32	1.40
24874974--24874998	12	2.1	12	100	0	50	32	0	0	68	0.90
24875030--24875197	63	2.6	65	78	13	152	36	1	4	58	1.25
24875555--24875593	3	13.3	3	94	5	71	30	0	0	69	0.89
24879358--24879408	6	8.5	6	93	0	84	19	1	13	64	1.37
24879438--24879519	42	2.0	42	82	0	101	24	6	14	54	1.62
24879492--24879544	22	2.4	22	69	15	54	16	3	16	62	1.47
24880024--24880069	15	3.1	15	87	0	74	23	6	30	39	1.80
24881719--24881861	40	3.5	40	94	0	232	20	9	22	47	1.79
24882301--24882340	20	2.0	20	90	0	62	12	27	37	22	1.90
24884087--24884141	3	18.3	3	75	14	51	40	1	0	58	1.09
24884090--24884140	8	6.1	8	84	6	66	41	1	0	56	1.10
24885837--24885960	38	3.3	38	86	2	171	43	23	10	22	1.84
24886966--24887166	41	5.0	41	82	4	189	36	22	21	19	1.95
24886990--24887166	41	4.4	41	85	2	225	36	22	21	19	1.95
24886990--24887166	82	2.2	81	88	4	259	36	22	21	19	1.95
24887324--24887368	14	3.2	14	80	0	54	26	0	24	48	1.51
24887335--24887419	21	3.7	21	71	19	71	28	1	28	42	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24887889--24887917	8	3.6	8	100	0	58	37	0	0	62	0.96
24889221--24889277	15	3.9	15	88	2	89	35	0	12	52	1.39
24889649--24889735	21	4.0	23	80	10	92	14	21	25	37	1.92
24895060--24895179	43	2.8	43	90	0	195	22	16	35	25	1.95
24899159--24899221	31	2.0	31	87	0	90	44	1	7	46	1.42
24899169--24899238	31	2.2	31	87	5	95	45	5	5	42	1.51
24901418--24901462	4	11.2	4	95	0	81	24	0	24	51	1.49
24904226--24904596	131	2.8	132	79	6	324	36	18	18	25	1.94
24904230--24904765	132	4.1	131	83	3	558	35	18	18	27	1.95
24905180--24905243	32	2.0	32	100	0	128	50	12	12	25	1.75
24905161--24905243	32	2.5	32	88	5	94	50	10	14	24	1.74
24906121--24906188	33	2.1	33	100	0	136	47	5	14	32	1.69
24907059--24907098	13	2.8	15	85	14	66	65	0	0	35	0.93
24911361--24911400	20	2.0	20	90	0	62	45	5	2	47	1.38
24912734--24912762	12	2.3	13	94	5	51	41	0	0	58	0.98
24912758--24912823	31	2.2	31	86	8	91	30	6	13	50	1.66
24913433--24913460	11	2.5	11	100	0	56	32	0	0	67	0.91
24917123--24917196	36	2.1	36	100	0	148	58	8	2	31	1.41
24922968--24923053	42	2.0	42	84	8	113	43	10	18	27	1.83
24925390--24925429	15	2.5	17	80	19	59	57	0	0	42	0.98
24925379--24925423	15	3.3	15	71	28	55	55	0	0	44	0.99
24925426--24925492	11	6.6	10	74	19	59	50	1	1	46	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24925426--24925511	40	2.1	41	85	8	115	45	2	1	51	1.21
24925709--24925748	16	2.5	16	87	0	53	35	25	2	37	1.69
24926177--24926215	21	1.9	20	84	5	51	30	2	10	56	1.46
24926601--24926665	30	2.3	27	84	7	76	52	0	3	44	1.16
24926817--24926864	9	5.6	9	81	18	50	39	0	0	60	0.97
24927027--24927099	31	2.4	31	81	4	85	45	0	4	50	1.20
24927767--24927829	23	2.9	22	75	15	76	15	20	25	38	1.92
24937159--24937250	46	2.0	46	89	0	139	27	23	22	26	2.00
24937205--24937263	31	1.9	31	100	0	118	25	25	20	28	1.99
24937243--24937469	50	4.5	50	91	0	355	26	22	15	34	1.94
24941896--24941945	9	5.8	8	80	15	55	36	0	0	64	0.94
24941904--24941964	9	6.7	9	76	16	63	36	1	0	62	1.05
24941896--24941954	9	6.4	10	76	23	51	37	0	0	62	0.95
24941920--24941972	19	2.8	18	78	13	54	35	1	0	62	1.06
24942110--24942176	31	2.3	30	85	10	86	49	4	1	44	1.31
24943809--24943848	3	13.0	3	89	5	53	32	5	0	62	1.17
24944131--24944166	15	2.4	15	85	0	54	36	0	8	55	1.30
24949661--24949708	19	2.6	18	90	9	78	72	0	10	16	1.10
24950598--24950645	15	3.1	16	83	16	57	70	2	0	27	0.98
24950589--24950659	11	6.5	11	76	12	58	66	2	1	29	1.15
24971698--24971804	53	2.0	53	90	3	171	28	14	18	38	1.90
24971575--24971891	139	2.3	135	86	6	433	27	16	18	36	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24971763--24972020	93	2.9	87	83	6	327	25	17	19	37	1.93
24971909--24971946	20	1.9	20	88	0	58	15	7	2	73	1.17
24971929--24972095	73	2.3	73	85	0	226	26	16	21	35	1.94
24972076--24972109	14	2.4	14	90	0	50	20	17	2	58	1.51
24972003--24972182	87	2.1	87	89	1	281	28	17	17	36	1.93
24972090--24972291	72	2.8	71	85	5	271	30	16	19	32	1.95
24972089--24972291	73	2.8	72	85	2	282	30	16	19	33	1.94
24972345--24972448	44	2.4	44	90	0	154	27	19	23	29	1.98
24974162--24974196	17	2.1	17	94	0	61	31	0	2	65	1.07
24974167--24974208	3	14.0	3	80	9	50	30	0	2	66	1.04
24974493--24974528	15	2.4	15	85	0	54	36	0	8	55	1.30
24976926--24976996	31	2.3	31	80	14	83	46	0	1	52	1.09
24977013--24977069	19	3.2	19	76	16	59	59	1	0	38	1.08
24978680--24978740	21	3.0	20	79	11	61	26	0	13	60	1.33
24978680--24978734	22	2.6	21	82	8	58	25	0	14	60	1.35
24979162--24979194	6	5.8	6	89	10	52	18	0	9	72	1.10
24979161--24979194	17	2.1	16	94	5	59	17	0	8	73	1.08
24979162--24979204	11	3.8	11	90	3	59	18	4	6	69	1.29
24982232--24982517	137	2.1	136	94	0	500	31	25	18	24	1.98
24982765--24982817	26	2.0	27	85	7	74	26	11	22	39	1.88
24984303--24984412	26	4.2	26	95	0	175	35	24	6	33	1.81
24986013--24986056	18	2.6	18	82	7	56	61	15	13	9	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24986821--24986874	15	3.7	14	79	13	56	31	5	3	59	1.38
24986928--24986956	15	1.9	15	100	0	58	34	0	0	65	0.93
24987057--24987278	23	9.2	25	77	12	191	33	5	5	55	1.45
24987076--24987210	52	2.8	47	81	15	143	31	3	5	59	1.37
24987065--24987278	77	2.9	71	76	15	186	33	5	5	56	1.45
24987321--24987454	25	5.1	25	70	11	99	32	6	5	54	1.51
24999709--24999744	14	2.6	14	95	0	63	25	11	5	58	1.54
24999642--24999895	90	2.9	90	89	2	390	26	16	19	37	1.93
24999799--24999828	14	2.1	14	100	0	60	13	13	6	66	1.43
24999723--25000439	164	4.5	164	84	6	939	26	17	21	34	1.96
24999813--25000128	75	4.2	75	84	1	400	25	18	22	33	1.96
25000057--25000219	89	1.8	89	86	2	238	25	15	21	36	1.93
25000146--25000293	74	2.0	74	86	0	206	26	18	22	33	1.97
25000276--25000306	15	2.1	15	93	0	53	16	9	6	67	1.39
24999738--25000439	239	2.9	238	75	12	745	27	17	21	33	1.96
25000220--25000384	90	1.8	90	86	0	240	27	17	19	35	1.94
25000991--25001109	36	3.3	34	70	20	98	32	3	4	59	1.33
25000988--25001195	23	8.4	25	76	16	154	34	5	4	56	1.42
25000983--25001381	48	7.8	49	69	20	187	32	5	5	56	1.46
25000993--25001205	24	8.7	25	76	14	128	33	5	4	56	1.42
25001161--25001207	25	2.0	23	87	8	67	34	2	4	59	1.29
25002243--25002268	8	3.2	8	100	0	52	38	11	0	50	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25002557--25002599	21	2.0	22	81	9	52	27	2	18	51	1.59
25003188--25003234	21	2.3	21	85	3	60	21	0	34	44	1.52
25003208--25003282	7	11.0	7	85	5	109	16	0	40	44	1.47
25003308--25003339	15	2.1	15	94	0	55	65	0	6	28	1.16
25006848--25006957	26	4.2	26	97	0	184	36	24	5	33	1.79
25011127--25011179	26	2.0	26	82	7	63	26	15	20	37	1.92
25012663--25012772	26	4.2	26	97	0	184	36	24	5	33	1.79
25025792--25025841	22	2.2	24	86	13	70	56	8	0	36	1.29
25025792--25025841	11	4.4	11	76	18	57	56	8	0	36	1.29
25025792--25025841	13	4.2	13	82	14	63	56	8	0	36	1.29

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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