genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.85.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28928452--28928637	43	4.3	43	90	1	266	26	26	19	26	1.99
28933031--28933156	46	2.7	46	88	3	173	19	19	26	33	1.96
28944338--28944372	9	4.0	9	96	3	63	34	0	0	65	0.93
28947668--28948530	120	7.2	120	98	0	1654	44	2	5	47	1.39
28948479--28948513	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
28948655--28948763	44	2.6	40	74	17	112	33	27	6	32	1.82
28948749--28948800	16	3.2	16	91	0	86	38	32	0	28	1.57
28950738--28950809	33	2.2	33	97	0	135	51	11	13	23	1.73
28952531--28952587	23	2.4	24	77	11	64	63	1	1	33	1.15
28958757--28958786	6	5.0	6	91	0	51	20	63	16	0	1.31
28963276--28963317	20	2.0	22	86	9	61	45	0	0	54	0.99
28963398--28963454	15	3.5	15	71	17	51	49	1	1	47	1.22
28964661--28964708	19	2.5	20	76	13	55	29	0	0	70	0.87
28967541--28967578	15	2.7	14	84	11	51	36	0	5	57	1.21
28981630--28981848	75	2.7	81	81	11	281	34	23	10	31	1.88
28982927--28982973	17	2.5	19	80	10	53	29	2	0	68	1.02
28992297--28992411	38	3.0	38	87	0	158	33	24	9	32	1.88
28992375--28992513	48	2.9	48	81	1	172	30	19	15	34	1.92
28995011--28995227	21	10.3	21	76	1	184	44	15	21	18	1.86
28995011--28995227	42	5.2	42	83	2	249	44	15	21	18	1.86
28997432--28997535	44	2.4	45	83	3	131	28	24	17	29	1.97
28997572--28998055	45	10.6	44	64	15	162	27	20	19	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28997524--28998052	137	3.9	137	90	0	779	28	20	19	31	1.97
29009542--29009858	128	2.5	127	83	2	411	38	19	16	25	1.92
29013637--29013723	43	2.0	43	86	4	122	41	19	0	39	1.52
29016536--29016636	36	2.6	37	87	9	116	52	2	1	42	1.28
29016565--29016636	36	2.0	36	100	0	144	50	2	2	44	1.31
29036010--29036041	10	3.3	10	95	4	57	12	25	0	62	1.30
29041322--29041371	22	2.4	21	78	12	59	22	2	2	74	1.03
29044962--29044986	11	2.3	11	100	0	50	92	8	0	0	0.40
29050572--29050606	16	2.1	17	94	5	63	25	11	0	62	1.28
29050635--29050666	13	2.4	14	85	15	50	34	0	0	65	0.93
29050676--29050755	36	2.2	35	76	10	81	38	8	1	51	1.41
29063400--29063459	18	3.5	18	73	15	56	46	0	0	53	1.00
29063845--29063900	24	2.3	25	90	3	87	50	5	1	42	1.35
29071884--29071923	22	1.9	20	90	10	62	52	7	7	32	1.58
29071995--29072051	29	1.9	30	86	10	82	38	7	12	42	1.70
29073094--29073173	31	2.6	31	82	5	83	51	13	5	30	1.63
29076404--29076440	11	3.5	11	92	3	58	32	0	0	67	0.91
29080076--29080136	30	2.1	29	96	3	113	24	16	22	36	1.94
29087410--29087477	22	3.0	22	79	10	75	39	19	25	16	1.91
29088652--29088703	5	10.0	5	83	8	50	50	0	0	50	1.00
29088653--29088722	12	5.5	13	73	19	51	51	1	0	47	1.09
29095983--29096096	12	8.9	14	70	19	72	47	0	0	50	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29095983--29096044	5	12.2	5	80	10	54	46	0	0	53	1.00
29095992--29096087	37	2.4	37	85	13	113	51	1	1	46	1.14
29097205--29097265	30	2.1	29	93	3	104	26	16	21	36	1.94
29101266--29101323	30	1.9	30	89	0	89	41	3	24	31	1.71
29101535--29101565	13	2.4	13	94	0	53	32	0	12	54	1.38
29101660--29101902	50	4.8	50	90	0	378	26	22	30	20	1.98
29103898--29104021	43	2.9	42	81	1	149	21	30	20	26	1.98
29117485--29118113	314	2.0	314	94	0	1096	24	31	18	25	1.98
29121642--29121683	22	1.9	22	85	0	57	35	4	14	45	1.66
29127809--29127874	18	3.7	18	91	4	107	36	12	15	36	1.84
29127806--29127874	17	3.8	19	88	11	117	37	11	14	36	1.83
29127806--29127897	17	4.7	22	84	13	73	36	9	15	38	1.80
29134510--29134660	52	2.9	52	78	4	160	31	27	14	25	1.95
29139883--29139942	28	2.1	28	100	0	120	41	11	10	36	1.75
29140525--29140724	52	4.0	51	76	11	198	30	28	17	24	1.97
29143476--29143501	11	2.4	11	100	0	52	57	11	23	7	1.59
29145035--29145445	46	9.0	46	90	2	515	41	13	24	20	1.89
29145035--29145445	183	2.2	184	84	3	515	41	13	24	20	1.89
29145045--29145461	229	1.8	228	84	3	568	42	13	23	20	1.88
29145381--29145538	77	2.1	77	98	0	307	47	14	18	19	1.82
29151434--29151487	20	2.7	19	83	11	63	50	1	7	40	1.41
29155054--29155667	203	3.0	203	98	0	1169	42	11	13	32	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29159413--29159456	17	2.5	17	82	13	54	11	4	9	75	1.19
29159400--29159463	28	2.3	28	74	15	69	12	4	14	68	1.35
29167393--29167421	11	2.6	11	100	0	58	48	0	51	0	1.00
29176689--29176741	26	2.0	27	85	3	72	32	7	0	60	1.25
29180785--29180839	22	2.5	23	73	8	60	38	0	0	61	0.96
29185858--29185910	17	2.9	18	86	8	81	35	15	11	37	1.83
29186259--29186532	45	6.1	45	75	10	200	25	26	16	32	1.96
29186472--29186766	78	3.8	78	89	1	448	25	23	18	32	1.97
29186974--29187245	44	6.3	44	80	9	204	27	26	16	28	1.97
29197931--29197969	20	2.0	20	90	5	62	71	0	0	28	0.86
29198226--29198283	22	2.6	22	81	7	64	41	17	5	36	1.72
29198262--29198324	18	3.5	19	87	8	96	36	15	9	38	1.81
29203754--29203806	21	2.5	21	90	0	88	30	0	39	30	1.57
29205191--29205226	14	2.6	14	90	0	63	22	36	33	8	1.84
29206911--29206948	10	3.8	10	86	13	60	39	0	0	60	0.97
29211328--29211373	19	2.4	19	85	3	56	43	13	2	41	1.55
29213773--29213836	15	4.3	15	88	7	76	57	21	10	9	1.61
29220327--29220405	15	5.3	15	89	6	88	58	20	11	10	1.61
29220327--29220405	30	2.6	30	86	4	97	58	20	11	10	1.61
29228386--29228439	23	2.3	24	84	9	76	40	20	16	22	1.91
29239649--29239706	29	2.0	28	93	3	98	24	3	6	65	1.33
29239656--29239714	29	2.0	29	83	6	75	30	3	6	59	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29245332--29245947	137	4.5	138	86	6	852	28	7	6	56	1.54
29245755--29245808	23	2.3	24	78	12	58	33	7	5	53	1.52
29245334--29245947	279	2.2	275	86	5	871	28	7	6	56	1.54
29245992--29246024	11	2.8	12	86	9	50	72	0	3	24	0.98
29249430--29249467	10	3.8	10	83	13	51	23	7	2	65	1.32
29250196--29250270	39	1.9	39	86	7	109	25	10	4	60	1.47
29253190--29253254	19	3.4	18	78	16	69	18	4	0	76	0.95
29254374--29254555	96	1.9	97	88	1	276	27	17	25	29	1.97
29255233--29255280	20	2.4	20	86	6	62	25	6	2	66	1.26
29262632--29262659	4	7.0	4	100	0	56	50	0	0	50	1.00
29266309--29266350	20	2.2	20	87	12	61	66	0	2	30	1.04
29268396--29268426	16	1.9	16	93	0	53	35	9	0	54	1.33
29270980--29271186	77	2.7	75	81	7	222	42	14	14	28	1.86
29271347--29271502	76	2.1	73	81	10	183	42	16	14	26	1.87
29271623--29272298	46	14.4	46	74	9	497	39	12	22	25	1.89
29271677--29272302	94	6.6	94	82	6	653	39	12	21	26	1.89
29271951--29272016	23	2.8	25	73	17	68	40	9	25	24	1.84
29271657--29272302	188	3.4	187	83	5	732	39	13	21	25	1.89
29271656--29272302	283	2.3	282	83	3	793	39	12	21	25	1.89
29272233--29272286	23	2.3	24	78	15	69	46	11	22	20	1.82
29278292--29278317	12	2.2	12	100	0	52	30	0	0	69	0.89
29278291--29278324	10	3.2	10	84	15	50	38	0	0	61	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29278969--29279011	19	2.5	16	82	14	50	62	2	0	34	1.08
29279712--29279761	10	5.0	10	81	13	59	22	8	2	68	1.26
29280241--29280309	30	2.3	30	94	0	120	27	49	5	17	1.69
29280819--29280905	23	3.6	25	78	9	83	35	6	4	52	1.49
29280841--29280982	25	5.7	25	73	14	87	31	7	4	55	1.50
29280853--29281023	77	2.2	73	76	14	162	31	6	4	57	1.43
29281049--29281104	25	2.3	24	79	14	62	37	16	3	42	1.65
29292085--29292111	12	2.2	12	100	0	54	92	0	7	0	0.38
29305298--29305376	28	3.2	24	80	16	81	25	1	2	70	1.07
29305306--29305381	28	2.6	28	91	4	125	25	1	2	71	1.07

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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