genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.288.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91857967--91858046	29	2.6	30	86	5	99	52	11	1	35	1.45
91860889--91860986	39	2.5	39	91	0	151	41	22	22	13	1.88
91867129--91867160	17	1.9	17	93	6	57	37	15	0	46	1.46
91867440--91867721	46	6.1	46	87	4	334	21	23	13	42	1.88
91867440--91867714	95	3.0	92	85	3	345	21	23	13	42	1.88
91869376--91869432	15	3.9	15	88	2	89	35	0	12	52	1.39
91869798--91869872	21	3.4	23	76	14	86	13	20	26	40	1.89
91873099--91873167	33	2.2	33	80	17	83	49	4	0	46	1.21
91873134--91873183	21	2.5	20	84	9	75	46	4	0	50	1.20
91874689--91874743	17	3.2	18	84	7	78	47	9	12	30	1.73
91875272--91875325	26	2.0	27	82	10	67	64	5	5	24	1.36
91875334--91875387	18	3.1	17	79	12	56	59	1	3	35	1.26
91875445--91875498	3	18.0	3	77	7	56	62	1	3	31	1.23
91875792--91875848	30	1.9	30	82	3	71	57	5	10	26	1.53
91879254--91879358	32	3.2	32	91	1	165	50	4	5	39	1.47
91885857--91885904	24	2.0	24	100	0	96	33	4	16	45	1.67
91899808--91899886	18	4.5	17	73	20	65	45	0	2	51	1.14
91899850--91899882	13	2.4	14	95	5	59	42	0	0	57	0.98
91900105--91900137	8	4.1	8	96	0	57	66	0	33	0	0.92
91901615--91901694	18	4.4	18	85	0	106	35	10	15	40	1.80
91901694--91901742	20	2.5	20	100	0	98	46	4	12	36	1.60
91902579--91902634	21	2.7	21	88	0	85	19	21	33	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91908862--91908922	25	2.4	25	100	0	122	37	3	0	59	1.14
91919926--91919955	9	3.2	9	95	4	51	50	0	0	50	1.00
91921558--91921592	17	2.1	17	88	0	52	65	0	0	34	0.93
91929935--91929983	25	1.9	25	88	12	73	46	0	8	44	1.33
91929978--91930024	24	2.0	23	84	12	60	65	0	0	34	0.93
91929984--91930019	17	2.0	19	89	10	58	66	0	0	33	0.92
91934879--91934919	22	1.9	21	85	5	55	51	7	0	41	1.30
91936606--91936644	17	2.3	16	87	12	60	38	5	0	56	1.22
91949950--91949976	5	5.4	5	100	0	54	81	0	18	0	0.69
91953599--91953649	26	1.9	27	88	4	77	37	0	11	50	1.39
91953938--91953987	3	16.7	3	95	0	91	34	2	0	64	1.05
91960584--91960663	36	2.2	36	91	4	126	31	1	22	45	1.61
91960620--91960688	23	3.0	23	81	12	88	34	0	20	44	1.52
91961657--91961711	25	2.2	26	80	9	69	27	7	0	65	1.19
91967684--91967775	23	3.7	25	81	11	100	27	15	30	27	1.96
91967706--91967775	25	2.8	24	86	8	86	30	14	27	28	1.95
91969973--91970013	9	4.7	9	77	17	50	75	2	21	0	0.92
91972270--91972337	33	2.1	33	100	0	136	25	20	29	25	1.99
91974618--91974642	13	1.9	13	100	0	50	48	0	24	28	1.52
91975128--91975166	19	2.1	18	90	4	60	61	0	30	7	1.24
91977120--91977150	14	2.2	14	100	0	62	38	0	25	35	1.56
91980466--91980496	15	2.0	16	93	6	55	58	6	6	29	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91986381--91986576	22	8.3	24	75	11	165	20	24	17	37	1.94
91986405--91986576	47	3.7	47	92	2	278	20	24	16	38	1.93
91988691--91988758	34	1.9	36	82	11	88	42	0	1	55	1.08
91988714--91988772	29	2.0	29	87	6	84	45	0	1	52	1.10
91989073--91989098	13	2.0	13	100	0	52	76	0	23	0	0.78
91991297--91991353	29	2.0	29	100	0	114	24	24	17	33	1.96
91991301--91991363	29	2.2	29	85	5	83	26	26	14	31	1.95
91992139--91992349	64	3.2	64	63	20	151	30	26	17	26	1.97
91992105--91992528	137	3.1	137	97	0	803	32	25	18	24	1.97
91994314--91994421	26	4.2	26	89	4	173	37	24	7	31	1.83
91994314--91994421	52	2.1	52	94	3	191	37	24	7	31	1.83
92003642--92003709	27	2.5	26	76	9	64	42	2	0	54	1.15
92003840--92003873	13	2.7	13	90	4	52	8	23	0	67	1.18
92005862--92005895	16	2.1	16	100	0	68	32	5	20	41	1.76
92009237--92009276	20	2.0	21	85	9	57	57	2	0	40	1.12
92009247--92009319	29	2.5	28	79	12	85	57	2	1	38	1.22
92015768--92015817	23	2.3	21	86	10	73	64	4	0	32	1.12
92015750--92015848	35	2.8	34	80	13	103	59	3	3	34	1.28
92015823--92015847	13	1.9	13	100	0	50	64	0	0	36	0.94
92016030--92016092	26	2.4	26	81	5	65	68	4	3	23	1.24
92019965--92020004	20	2.2	20	82	13	50	47	2	0	50	1.14
92024588--92024615	14	2.0	14	100	0	56	42	7	0	50	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92025815--92026251	125	3.4	125	81	3	462	39	18	14	27	1.90
92026943--92026985	23	1.9	22	81	13	52	58	4	9	27	1.49
92026973--92027096	60	2.1	60	98	0	239	58	4	9	28	1.48
92026973--92027061	28	2.9	31	65	17	78	57	4	8	29	1.49
92026973--92027068	32	3.1	32	67	15	94	58	4	8	29	1.46
92027750--92027782	2	17.0	2	93	6	59	0	51	0	48	1.00
92036496--92036537	19	2.2	19	87	8	59	45	0	21	33	1.52
92036618--92036675	30	1.9	30	85	0	80	34	12	24	29	1.91
92037016--92037376	47	7.7	45	75	12	311	28	20	29	21	1.98
92037019--92037376	94	3.8	92	80	8	395	28	20	29	21	1.98
92037018--92037376	141	2.6	137	82	10	406	28	20	29	21	1.98
92039034--92039369	35	9.6	35	87	0	422	31	12	24	31	1.92
92041891--92041931	20	2.2	18	86	8	55	29	0	0	70	0.87
92048750--92048799	25	2.0	25	100	0	100	44	12	20	24	1.85
92051871--92051926	27	2.0	27	86	10	78	42	1	5	50	1.35
92052186--92052257	31	2.4	30	83	4	90	34	11	13	40	1.81
92056535--92056572	11	3.5	11	100	0	76	36	0	10	52	1.36
92056775--92056807	17	2.0	17	88	5	50	51	9	3	36	1.49
92064103--92064139	17	2.1	19	85	10	51	48	2	0	48	1.15
92065858--92065943	27	3.1	27	74	21	88	50	12	9	27	1.71
92077940--92077972	16	2.0	17	88	5	50	42	0	21	36	1.53
92077985--92078009	3	8.3	3	100	0	50	36	0	0	64	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92078169--92078232	31	2.1	31	96	0	119	40	3	14	42	1.61
92078804--92078887	44	1.9	44	87	4	125	23	17	23	34	1.96
92090748--92091009	44	6.0	44	70	16	186	38	20	17	23	1.93
92090882--92091266	85	4.5	85	85	3	465	31	22	24	22	1.99
92094955--92095187	54	4.1	54	74	14	234	42	1	7	47	1.42
92094970--92095055	28	3.1	27	65	24	63	46	2	8	43	1.46
92095057--92095108	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
92095009--92095224	120	1.8	120	100	0	432	42	1	6	49	1.38
92095186--92095227	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
92095177--92095218	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
92095338--92095447	45	2.6	43	79	11	120	32	29	5	32	1.80
92095428--92095495	16	4.2	16	98	0	118	35	36	0	27	1.58
92095908--92096250	186	1.8	186	94	1	616	27	7	6	59	1.48
92114698--92114758	21	2.8	23	83	14	85	36	27	22	13	1.92
92114685--92114766	21	3.7	23	77	11	73	39	25	20	14	1.91
92116877--92116909	17	1.9	17	93	0	57	45	6	0	48	1.27
92119621--92119685	21	3.2	21	73	20	75	40	23	26	10	1.87
92119607--92119703	39	2.5	39	94	0	167	36	25	25	12	1.91
92123027--92123086	30	2.0	30	83	6	77	40	0	3	56	1.16
92123252--92123284	18	1.9	17	88	11	50	45	0	0	54	0.99
92125863--92125998	68	2.0	68	95	2	247	33	19	11	34	1.89
92126999--92127030	16	1.9	17	93	6	57	81	0	18	0	0.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92134605--92134683	2	39.5	2	94	0	131	45	0	54	0	0.99
92135670--92135704	3	11.7	3	100	0	70	68	0	0	31	0.90
92136908--92137096	95	2.0	95	100	0	378	32	15	22	29	1.95
92139278--92139356	41	1.9	41	84	0	104	40	21	18	18	1.92
92139356--92139467	39	2.8	40	71	10	104	28	17	24	29	1.97
92139348--92139481	39	3.4	38	70	10	99	28	17	22	31	1.97
92139588--92139628	21	1.9	22	85	5	57	19	0	24	56	1.42
92142181--92142220	17	2.4	17	95	4	73	22	25	15	37	1.93
92159513--92160146	290	2.2	289	79	6	653	26	19	23	31	1.98
92163452--92163493	18	2.3	19	91	4	68	38	0	14	47	1.44

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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