genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.221.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70110147--70110198	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
70112117--70112168	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
70112921--70113129	53	3.9	53	75	9	199	36	16	24	22	1.94
70113687--70113760	37	2.0	37	97	0	139	37	6	12	43	1.69
70114761--70114807	20	2.3	20	92	0	76	31	23	21	23	1.98
70120598--70120650	23	2.4	22	76	20	56	9	18	1	69	1.25
70120645--70120696	27	1.9	27	88	0	77	7	26	1	63	1.32
70129454--70129574	60	2.0	60	95	0	215	23	13	14	49	1.77
70130013--70130040	3	9.3	3	100	0	56	67	0	0	32	0.91
70131248--70131289	7	6.3	7	83	5	52	59	11	11	16	1.61
70133879--70134182	47	6.4	47	90	3	407	32	9	30	26	1.89
70134033--70134153	22	5.2	22	62	21	59	33	11	29	24	1.91
70138895--70139098	40	5.1	40	92	2	286	27	26	21	23	1.99
70149273--70149622	47	7.4	47	94	1	592	32	8	30	29	1.87
70149738--70149839	37	2.8	37	92	0	168	24	17	30	27	1.97
70150943--70151136	40	4.9	41	88	4	251	25	27	23	22	2.00
70155636--70155690	28	2.0	28	85	7	76	27	1	32	38	1.67
70157891--70157939	22	2.2	22	89	7	73	44	10	4	40	1.57
70158808--70158852	21	2.0	23	87	8	67	42	2	13	42	1.56
70159127--70159222	46	2.1	46	90	3	149	42	14	1	41	1.52
70159364--70159397	16	2.1	16	88	0	50	35	0	2	61	1.11
70159549--70159834	9	33.4	9	73	15	119	47	14	1	36	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70159548--70159848	52	5.9	51	72	15	184	48	14	0	36	1.51
70159609--70159845	33	7.0	35	72	15	178	48	14	0	36	1.50
70159575--70159764	66	2.8	67	80	13	194	48	13	1	36	1.50
70159548--70159789	84	2.9	84	77	11	219	47	14	1	36	1.52
70159738--70159796	17	3.4	17	81	9	75	49	11	1	37	1.50
70164862--70164890	14	2.1	14	93	6	51	34	0	10	55	1.34
70165300--70165344	21	2.1	21	87	0	63	31	22	42	4	1.73
70165309--70165351	21	2.0	21	86	0	59	25	23	48	2	1.62
70165710--70165841	43	3.0	43	79	9	160	32	20	21	25	1.97
70170062--70170119	30	2.1	29	87	12	86	51	6	3	37	1.46
70176233--70176410	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
70176254--70176409	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
70181507--70181634	39	3.3	39	98	1	247	24	28	21	25	1.99
70181507--70181686	78	2.3	79	86	9	253	23	27	22	26	1.99
70203048--70203078	15	2.1	15	100	0	62	41	12	19	25	1.87
70211954--70212259	47	6.5	47	95	0	522	32	8	29	29	1.87
70217372--70217401	13	2.3	13	94	0	51	60	13	6	20	1.55
70224131--70224163	16	2.1	16	100	0	66	27	6	30	36	1.81
70243622--70243752	69	1.9	68	81	4	156	25	16	27	30	1.96
70247148--70247314	43	3.9	43	78	7	162	28	11	24	34	1.91
70249385--70249556	93	1.8	93	92	2	292	27	28	21	22	1.99
70249377--70249552	46	3.8	46	78	14	200	28	28	21	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70256877--70256948	31	2.3	31	92	0	117	27	27	5	38	1.79
70257359--70257394	18	1.9	19	88	5	56	36	2	2	58	1.27
70266504--70266534	15	2.1	14	94	5	53	51	0	0	48	1.00
70267355--70267379	1	25.0	1	100	0	50	100	0	0	0	0.00
70269752--70269784	7	4.7	7	85	14	50	30	24	15	30	1.95
70269752--70269791	14	2.9	14	84	0	53	30	20	15	35	1.93
70274068--70274138	28	2.5	28	90	4	108	28	12	26	32	1.93
70274893--70274917	11	2.3	11	100	0	50	64	8	0	28	1.22
70275596--70275632	15	2.4	15	90	4	56	18	5	0	75	0.99
70278708--70278751	21	2.1	21	83	8	54	63	2	9	25	1.35
70279122--70279155	16	2.1	16	100	0	68	44	11	0	44	1.40
70290811--70290871	32	1.9	32	96	3	115	31	9	21	37	1.86
70293627--70293740	45	2.6	45	86	8	146	25	28	22	22	1.99
70293908--70294152	43	5.7	43	92	1	357	35	20	13	30	1.92
70310684--70310903	47	4.7	45	78	12	214	20	28	21	29	1.98
70310685--70310900	94	2.3	93	86	6	285	21	27	21	29	1.98
70312120--70312173	21	2.5	23	76	11	69	12	20	24	42	1.87
70312349--70312400	6	8.5	6	83	12	61	48	0	19	32	1.49
70313057--70313125	22	3.1	21	75	8	66	20	21	17	40	1.91
70314472--70314514	18	2.4	18	92	0	68	39	20	9	30	1.84
70316367--70316542	46	3.8	46	79	10	169	22	20	27	29	1.99
70316364--70316535	93	1.8	93	87	0	254	23	20	27	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70318706--70318811	27	3.9	27	85	4	124	26	20	18	33	1.96
70318705--70318816	54	2.1	54	86	0	152	25	20	17	35	1.95
70318705--70318838	54	2.5	52	78	9	126	26	20	19	34	1.96
70322065--70322092	10	2.8	10	100	0	56	10	10	7	71	1.31
70332057--70332130	29	2.6	29	86	4	96	25	31	16	27	1.96
70335006--70335137	49	2.7	49	90	0	201	25	15	26	31	1.96
70340124--70340305	49	3.7	49	80	2	229	27	19	24	28	1.99
70340126--70340310	100	1.9	100	94	0	325	27	20	24	28	1.99
70342385--70342430	19	2.4	18	82	10	56	43	4	17	34	1.69
70344647--70344699	27	2.0	27	96	0	97	33	15	18	32	1.92
70350381--70350439	23	2.6	23	83	0	73	16	28	18	35	1.93
70356963--70356989	8	3.4	8	100	0	54	25	0	0	74	0.83
70357866--70357976	41	2.7	41	85	2	143	36	24	22	17	1.95
70357971--70358200	41	5.6	41	90	0	325	23	19	29	28	1.98
70358511--70358560	18	2.7	18	84	9	66	46	4	2	48	1.32
70358962--70358993	15	2.1	15	94	0	55	59	0	9	31	1.29
70358965--70359032	24	2.8	23	76	10	64	57	0	4	38	1.19
70383743--70383918	46	3.8	46	76	14	191	21	19	28	30	1.98
70383740--70383911	93	1.8	93	92	2	292	21	20	29	29	1.98
70385810--70386005	27	7.3	27	80	2	187	36	17	19	26	1.94
70385818--70386005	54	3.5	54	88	0	259	36	17	20	26	1.94
70385837--70386005	81	2.1	81	84	0	221	36	18	19	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70386368--70386413	19	2.4	19	92	0	74	32	19	34	13	1.90
70392661--70392709	11	4.5	11	77	10	55	8	4	51	36	1.51
70392649--70392709	22	2.7	23	80	7	72	11	3	49	36	1.55
70403340--70403520	43	4.2	43	83	8	190	28	25	23	22	1.99
70403358--70403650	86	3.4	85	76	6	241	30	25	22	21	1.99
70403340--70403562	43	5.2	43	79	8	134	27	25	24	21	1.99
70403579--70403663	44	1.9	44	83	4	109	38	25	16	18	1.92
70403536--70403824	157	1.8	157	99	0	569	31	24	20	23	1.98
70403735--70403897	44	3.8	42	78	6	146	33	26	19	21	1.97
70403790--70403913	44	2.9	44	83	7	146	29	32	18	19	1.96
70404220--70404271	21	2.5	21	93	0	86	1	50	21	26	1.59
70409842--70409978	9	14.6	9	72	8	103	32	2	20	45	1.63
70409846--70409978	57	2.3	57	85	0	167	31	2	20	45	1.63
70411883--70411938	25	2.2	26	78	9	62	53	1	7	37	1.39
70413338--70413414	22	3.6	22	76	15	72	44	31	0	24	1.54
70414547--70414572	7	3.7	7	100	0	52	57	26	0	15	1.38
70414591--70414672	35	2.3	35	83	4	94	47	24	2	25	1.64
70414726--70415211	41	11.9	41	86	2	555	23	24	21	30	1.99
70415657--70415754	42	2.3	42	83	0	124	29	15	19	35	1.92
70415863--70415924	24	2.6	24	85	10	74	25	24	16	33	1.95
70418706--70418883	27	6.6	27	83	3	196	26	14	28	30	1.95
70418707--70418862	82	1.9	81	86	3	224	26	14	28	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70418703--70418883	82	2.2	81	82	2	220	27	14	27	30	1.95
70426317--70426343	12	2.2	12	100	0	54	51	7	0	40	1.30
70426826--70427003	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
70426827--70426982	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
70426823--70427003	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
70446131--70446213	27	3.1	25	70	17	60	44	21	13	20	1.85
70446144--70446298	27	5.7	27	79	8	147	41	18	14	25	1.88
70446144--70446298	54	2.9	54	83	0	202	41	18	14	25	1.88
70446145--70446298	81	1.9	81	86	2	220	41	18	14	25	1.88
70451796--70451849	25	2.2	25	93	6	92	27	29	11	31	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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