genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.215.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67995292--67995402	27	4.1	27	81	7	120	17	22	23	36	1.94
67995292--67995402	54	2.1	53	86	1	150	17	22	23	36	1.94
68000907--68001446	181	3.0	179	87	3	778	20	24	25	30	1.99
68001893--68002008	58	2.0	58	89	0	178	29	21	24	25	1.99
68004368--68004409	20	2.1	20	100	0	84	23	16	30	28	1.96
68008882--68009033	43	3.6	43	82	2	182	19	28	32	19	1.96
68009007--68010686	43	39.5	43	79	5	1346	17	30	31	20	1.96
68008968--68010713	341	5.1	340	78	5	1557	17	30	31	20	1.96
68010768--68010815	24	2.1	22	92	7	78	12	27	39	20	1.89
68033267--68033381	58	2.0	59	84	5	153	34	20	20	25	1.96
68037380--68037451	35	2.1	35	86	0	99	36	9	25	29	1.88
68037921--68038784	43	20.3	43	79	6	742	18	30	30	19	1.96
68037921--68038783	85	10.1	86	79	5	774	19	30	30	19	1.96
68037923--68038768	213	4.0	214	78	5	813	19	30	30	19	1.96
68043889--68044443	182	3.0	183	90	3	827	19	24	25	30	1.98
68051447--68051476	15	2.0	15	100	0	60	20	13	40	26	1.89
68051449--68051487	15	2.5	15	87	8	51	17	15	46	20	1.84
68056835--68057907	85	12.3	86	73	13	567	17	30	31	20	1.95
68056812--68058034	43	28.2	42	73	13	362	16	30	31	20	1.95
68057222--68057357	69	2.0	69	88	0	200	21	27	29	21	1.98
68057328--68058034	43	16.6	43	81	6	744	15	31	32	20	1.94
68057291--68058034	128	5.8	127	83	5	858	16	30	32	20	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68057328--68058034	85	8.3	87	81	6	736	15	31	32	20	1.94
68061622--68062202	43	13.7	43	78	10	495	17	31	31	18	1.95
68061881--68062190	82	3.7	82	77	11	245	16	31	33	18	1.93
68061622--68062202	125	4.5	127	78	9	472	17	31	31	18	1.95
68061992--68062245	84	3.0	83	77	9	192	16	29	34	19	1.94
68076297--68076521	42	5.3	42	76	13	185	16	27	34	21	1.95
68076270--68077339	43	25.1	43	80	5	916	17	31	31	19	1.95
68076270--68077339	85	12.6	86	79	5	916	17	31	31	19	1.95
68076270--68077339	128	8.4	128	81	4	910	17	31	31	19	1.95
68076331--68077324	171	5.8	172	79	6	906	17	31	32	19	1.95
68090213--68090346	42	3.2	41	84	8	164	18	29	32	19	1.96
68093924--68095123	43	28.6	43	76	9	861	20	31	30	17	1.95
68093924--68095123	85	14.3	86	76	10	861	20	31	30	17	1.95
68094601--68094736	69	2.0	69	88	0	200	21	29	27	21	1.98
68094715--68095190	86	5.6	85	79	7	418	19	30	30	18	1.96
68100470--68100508	15	2.4	16	83	12	53	20	46	15	17	1.84
68100481--68100510	15	2.0	15	100	0	60	26	40	13	20	1.89
68107383--68107932	180	3.0	187	86	8	789	30	25	24	20	1.98
68127235--68127311	24	3.2	24	79	0	91	9	37	32	20	1.84
68127590--68127696	42	2.6	42	83	4	119	17	27	33	21	1.96
68127675--68128174	43	11.8	43	86	3	595	17	34	31	16	1.93
68127675--68128174	85	5.9	85	85	5	609	17	34	31	16	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68135634--68135738	41	2.5	42	83	6	126	17	27	35	20	1.94
68136169--68136480	43	7.3	43	78	12	276	15	31	33	18	1.93
68135602--68136480	127	7.2	124	78	14	702	15	32	33	18	1.92
68135675--68136503	170	5.1	166	80	12	718	15	32	33	18	1.92
68135602--68136503	42	22.1	42	80	12	577	15	32	33	18	1.93
68164922--68165027	42	2.5	42	83	7	128	16	27	34	20	1.95
68164900--68165715	43	19.2	43	83	4	881	16	32	32	17	1.93
68165007--68165715	128	5.5	128	85	5	871	16	34	32	16	1.92
68165007--68165715	85	8.3	86	85	4	864	16	34	32	16	1.92
68165690--68165787	43	2.3	43	85	1	126	13	29	36	20	1.91
68164900--68165807	128	7.1	125	82	6	850	16	32	32	18	1.93
68168806--68168928	46	2.7	46	92	0	201	19	19	29	31	1.96
68177801--68177860	24	2.5	23	83	5	75	6	36	35	21	1.80
68178157--68179424	42	29.8	43	79	8	1012	17	32	31	18	1.95
68178157--68179424	85	14.9	86	76	8	1028	17	32	31	18	1.95
68188193--68188804	43	14.6	43	88	6	832	16	34	32	16	1.91
68188196--68188804	127	4.9	127	89	6	859	16	34	32	16	1.91
68196028--68196379	174	2.0	180	87	5	511	18	26	26	28	1.98
68196735--68196777	23	1.9	23	85	4	61	18	34	30	16	1.93
68197705--68197808	40	2.5	41	83	9	124	17	28	33	20	1.95
68197788--68198639	41	20.8	42	85	9	1008	16	34	32	16	1.91
68197788--68198639	42	20.8	43	85	9	1015	16	34	32	16	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68197747--68198697	84	11.6	85	83	9	724	16	33	33	16	1.92
68211593--68211666	37	2.0	37	94	0	130	50	6	6	36	1.56
68212326--68212369	19	2.5	18	82	13	56	36	2	15	45	1.59
68213946--68214113	43	3.9	43	86	1	203	24	18	17	39	1.91
68213953--68214197	86	2.8	86	79	3	260	25	16	16	41	1.89
68213969--68214197	43	5.3	43	82	2	226	25	16	17	41	1.89
68214173--68214222	25	2.0	25	92	0	82	28	16	20	36	1.93
68214087--68214300	111	1.9	111	82	5	263	28	14	16	40	1.88
68214198--68214323	43	2.9	43	81	0	162	27	15	18	38	1.90
68216295--68216471	40	4.4	40	87	5	225	25	27	23	23	2.00
68217999--68218066	29	2.3	29	82	5	84	27	29	14	27	1.95
68218173--68218275	29	3.6	29	90	7	165	28	29	14	28	1.95
68228960--68228994	17	2.0	18	94	5	63	5	40	31	22	1.78
68234890--68234995	42	2.5	42	84	4	135	18	28	33	19	1.96
68234975--68235766	43	18.6	43	86	3	996	16	34	32	17	1.92
68234975--68235766	85	9.3	86	85	3	996	16	34	32	17	1.92
68234975--68235796	128	6.4	130	85	3	1007	16	34	32	17	1.92
68247394--68248112	80	8.9	82	82	13	747	15	34	32	16	1.91
68247394--68248112	41	17.8	42	84	10	800	15	34	32	16	1.91
68247394--68248112	161	4.5	164	83	11	884	15	34	32	16	1.91
68262141--68262825	43	16.6	43	78	10	445	17	31	32	17	1.94
68262310--68262936	42	14.8	42	84	4	608	18	31	31	18	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68262310--68262936	85	7.4	85	79	7	591	18	31	31	18	1.95
68263241--68263318	24	3.2	24	83	0	102	20	35	37	6	1.78
68263867--68263913	24	2.0	24	91	0	76	21	38	34	6	1.79
68268082--68268435	177	2.0	178	87	3	507	29	26	24	19	1.98
68279142--68280008	42	21.6	42	82	12	858	17	33	32	16	1.92
68279142--68279891	196	3.7	202	83	12	878	16	33	33	16	1.92
68279119--68279886	85	9.6	82	82	14	843	17	33	33	16	1.92
68321897--68321955	26	2.3	26	96	0	109	13	35	35	15	1.87
68321927--68322089	43	3.8	42	72	10	116	19	34	28	17	1.94
68321972--68322914	43	22.6	43	79	8	828	18	31	33	17	1.94
68322247--68322914	42	15.8	43	84	5	706	17	31	33	17	1.94
68321972--68322797	85	9.9	86	79	9	827	17	31	34	16	1.93
68333391--68333722	85	3.9	84	81	4	387	14	31	35	17	1.90
68333394--68333742	43	8.2	43	82	4	327	14	30	36	18	1.90
68333391--68333742	128	2.7	127	80	5	379	13	30	36	18	1.90
68341645--68341852	42	4.9	42	75	12	169	17	28	33	20	1.95
68342062--68342140	24	3.3	24	85	5	106	6	37	35	20	1.78
68342158--68343017	43	20.2	43	79	5	729	15	31	34	17	1.92
68342145--68342994	85	10.0	85	83	3	992	15	32	34	17	1.92
68342145--68342994	256	3.3	254	86	3	1075	15	32	34	17	1.92
68365216--68365251	5	7.2	5	96	0	54	5	41	33	19	1.75
68365830--68365876	24	2.0	24	86	0	67	17	36	29	17	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68365914--68366035	58	2.1	59	87	1	183	32	23	19	23	1.97
68366607--68367306	85	8.2	85	81	4	693	15	31	34	19	1.93
68366937--68367006	23	3.2	23	64	15	67	22	31	27	18	1.97
68366930--68366995	19	3.3	19	64	15	51	21	31	28	18	1.96
68366631--68367306	212	3.2	212	82	6	645	15	31	33	18	1.93
68366950--68367018	23	3.2	23	64	16	65	21	33	28	15	1.95
68366607--68367306	42	16.5	43	83	4	662	15	31	34	19	1.93
68366995--68367342	43	8.2	43	81	7	246	14	28	36	19	1.92
68372258--68373052	47	16.6	47	91	4	1180	32	8	29	30	1.86
68372258--68373052	145	5.5	141	94	2	1261	32	8	29	30	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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