genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.256.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81674131--81674194	25	2.5	26	94	5	121	34	10	15	39	1.83
81676439--81676534	36	2.7	35	82	6	122	23	17	16	41	1.89
81677875--81677927	21	2.5	22	84	6	72	18	30	20	30	1.97
81677891--81677962	22	3.3	22	74	1	56	19	29	16	34	1.94
81684432--81684479	19	2.6	19	83	3	62	33	2	14	50	1.55
81684493--81684585	43	2.2	43	92	3	152	27	6	13	51	1.66
81689157--81689204	19	2.6	19	83	3	62	33	2	16	47	1.58
81689218--81689310	43	2.2	43	92	3	152	27	6	13	51	1.66
81693014--81693092	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
81697867--81697930	23	2.8	23	83	4	76	20	26	20	32	1.97
81700361--81700516	48	3.2	48	87	0	213	23	18	30	28	1.98
81700497--81700532	17	2.1	17	89	0	54	22	19	25	33	1.97
81700449--81700574	65	1.9	65	91	0	207	24	19	27	27	1.99
81700544--81700662	43	2.8	42	75	8	114	28	20	26	25	1.99
81708456--81708504	20	2.5	20	77	9	55	20	26	0	53	1.46
81710376--81710429	27	2.0	27	85	0	72	42	5	12	38	1.67
81710682--81710906	49	4.5	50	78	6	242	26	18	24	30	1.98
81712864--81712898	18	1.9	18	88	0	52	14	11	8	65	1.46
81714197--81714226	15	2.0	15	93	0	51	40	30	13	16	1.87
81721026--81721082	27	2.1	27	84	12	73	40	28	0	31	1.57
81721770--81721822	16	3.3	15	74	10	52	33	7	24	33	1.84
81723089--81723190	42	2.4	43	80	9	120	27	20	19	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81723506--81723544	8	4.8	8	84	6	51	35	25	0	38	1.56
81733750--81733818	34	2.0	33	83	13	86	56	2	24	15	1.53
81741241--81741406	40	4.2	40	91	0	262	27	26	22	23	2.00
81749271--81749473	40	5.1	40	87	2	286	25	26	23	24	2.00
81749271--81749485	80	2.7	79	86	2	315	25	26	23	25	2.00
81765982--81766186	79	2.6	78	89	3	311	27	25	22	24	2.00
81765982--81766186	40	5.2	40	90	1	315	27	25	22	24	2.00
81768374--81768593	110	2.0	110	90	0	350	38	10	23	27	1.88
81770372--81770413	20	2.1	20	86	0	57	47	0	7	45	1.30
81771013--81771084	36	2.0	36	100	0	144	27	8	5	58	1.50
81774802--81774826	6	4.2	6	100	0	50	16	0	68	16	1.22
81777223--81777247	6	4.2	6	100	0	50	48	16	0	36	1.46
81780186--81780212	12	2.2	12	100	0	54	40	25	7	25	1.82
81783301--81783945	47	13.6	47	91	2	1020	29	29	8	32	1.87
81783301--81783938	192	3.3	190	94	1	1082	29	29	8	32	1.87
81783301--81783945	239	2.7	235	92	3	1040	29	29	8	32	1.87
81797034--81797071	17	2.2	17	100	0	76	63	10	5	21	1.46
81804055--81804087	13	2.5	13	95	0	57	24	48	21	6	1.72
81804178--81804216	20	1.9	20	89	5	60	7	25	15	51	1.70
81804567--81804661	44	2.2	44	88	3	138	14	34	20	30	1.92
81804655--81804698	16	2.8	16	78	0	52	22	25	22	29	1.99
81807642--81807757	39	3.0	39	96	0	205	21	20	30	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81807642--81807794	39	3.9	39	89	1	155	20	21	30	26	1.98
81807642--81807785	78	1.8	78	83	2	191	21	21	29	27	1.99
81807642--81807805	78	2.1	78	82	5	190	21	21	29	27	1.98
81814262--81814418	39	4.0	39	86	3	192	21	19	29	29	1.97
81818227--81818272	22	2.0	24	84	16	62	39	6	0	54	1.26
81831540--81831617	31	2.5	31	93	0	129	20	15	11	52	1.73
81840593--81840650	3	19.7	3	89	3	91	0	27	0	72	0.85
81840933--81840981	25	2.0	25	100	0	98	51	24	0	24	1.49
81845160--81845247	39	2.3	38	82	2	104	59	2	5	32	1.34
81845740--81845799	23	2.6	24	79	12	72	48	1	1	48	1.21
81846307--81846346	18	2.2	19	86	4	55	65	0	10	25	1.24
81860003--81860084	42	2.0	42	85	0	110	35	23	13	28	1.92
81866167--81866219	26	2.0	26	82	7	63	26	15	20	37	1.92
81867706--81867813	26	4.2	26	92	0	180	37	23	7	32	1.82
81868640--81868775	61	2.2	61	89	1	211	37	14	5	41	1.70
81868674--81868780	31	3.5	31	69	7	101	38	15	7	38	1.76
81885060--81885098	12	3.2	12	81	0	51	30	7	41	20	1.80
81896372--81896411	19	2.1	19	100	0	80	47	10	15	27	1.77
81903370--81903475	42	2.5	42	83	3	142	32	12	25	30	1.92
81903322--81903490	42	3.9	43	75	10	130	31	13	26	29	1.93
81912121--81912150	13	2.3	13	94	0	51	16	26	36	20	1.93
81920683--81920725	21	2.0	21	100	0	86	39	13	9	37	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81922838--81922899	23	2.7	23	84	0	88	11	25	33	29	1.91
81926925--81926980	25	2.2	25	83	0	76	25	23	21	30	1.99
81926936--81926987	25	2.1	25	88	0	77	25	21	23	30	1.99
81929802--81929854	26	2.2	25	83	10	65	39	1	13	45	1.54
81930745--81930799	29	1.9	28	85	3	74	21	16	29	32	1.95
81931299--81931342	23	1.9	23	85	0	61	29	4	18	47	1.68
81944695--81944866	93	1.8	93	91	0	281	28	29	20	21	1.98
81944688--81944863	46	3.8	46	78	10	196	29	28	20	21	1.98
81947247--81947296	15	3.4	15	83	2	57	60	10	20	10	1.57
81950242--81950413	93	1.8	93	91	0	281	28	29	20	21	1.98
81950235--81950410	46	3.8	46	78	10	196	29	28	20	21	1.98
81955711--81955917	53	3.8	53	75	8	184	38	16	24	20	1.93
81958536--81958713	27	6.6	27	82	5	162	28	29	15	26	1.96
81958557--81958712	82	1.9	81	85	3	215	28	29	16	26	1.96
81963081--81963148	17	4.0	17	73	7	75	51	16	7	25	1.70
81967275--81967329	29	2.0	28	89	7	85	52	18	0	29	1.45
81967370--81967446	32	2.3	33	84	6	102	44	18	5	32	1.72
81967434--81967491	22	2.5	24	86	5	75	46	18	0	34	1.50
81973101--81973153	26	2.0	26	100	0	106	37	3	15	43	1.64
81974434--81974500	29	2.3	29	75	14	66	46	2	20	29	1.66
81975021--81975118	41	2.4	41	84	3	135	18	20	27	33	1.96
81981930--81981987	30	1.9	31	92	3	100	43	3	24	29	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81995868--81995976	6	17.8	6	74	14	89	47	16	16	19	1.83
81995900--81995957	19	3.4	19	65	30	58	46	17	17	18	1.84
81995888--81995991	31	3.4	31	97	0	190	48	16	17	18	1.82
81996136--81996209	27	2.8	27	89	2	105	36	21	24	17	1.95
81996368--81996432	22	3.0	22	82	8	78	32	23	24	20	1.98
81996821--81996878	27	2.1	27	80	0	62	39	18	18	22	1.92
81996858--81997294	27	16.3	27	89	1	443	25	20	19	34	1.96
81996887--81997240	54	6.6	54	90	1	541	25	22	19	33	1.97
81996887--81997240	81	4.4	81	89	1	541	25	22	19	33	1.97
81997225--81997784	54	10.4	54	77	6	208	32	8	21	37	1.84
81997225--81997350	27	4.7	27	81	0	117	29	7	20	42	1.78
81997252--81997364	27	4.2	27	80	0	73	29	6	23	41	1.78
81997343--81997485	27	5.3	27	87	0	196	39	7	22	30	1.82
81997315--81997473	81	2.0	81	82	2	194	38	8	22	30	1.83
81997497--81997805	27	11.6	27	80	7	308	29	9	21	40	1.84
82003793--82003859	29	2.3	29	75	14	66	47	1	19	31	1.58
82004633--82004676	23	1.9	23	81	9	54	27	2	22	47	1.63
82006111--82006146	7	5.3	7	86	6	56	30	38	27	2	1.71
82008110--82008263	40	3.9	40	80	6	156	23	27	24	24	2.00
82017474--82017563	30	3.0	30	80	7	103	58	15	15	10	1.62
82017474--82017553	15	5.4	15	83	4	92	60	13	16	10	1.59
82017474--82017563	15	6.1	15	79	8	87	58	15	15	10	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82020073--82020171	39	2.5	39	93	0	162	30	30	18	21	1.97
82026614--82026677	15	4.3	15	76	7	76	56	14	17	12	1.68
82043158--82043244	39	2.2	39	97	0	165	20	22	28	27	1.99
82043158--82043257	39	2.6	39	91	3	157	21	22	29	28	1.99
82048912--82048952	18	2.3	19	79	12	50	21	43	21	12	1.85
82052621--82052675	7	7.9	7	80	8	67	1	14	1	81	0.85
82053934--82053959	3	8.7	3	100	0	52	0	34	0	65	0.93
82056844--82056944	12	8.6	12	72	16	77	48	6	4	39	1.52
82056849--82056951	18	5.3	19	86	9	129	49	5	5	38	1.51
82056847--82056941	20	4.6	22	84	10	130	49	6	5	38	1.51

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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