genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.183.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57213967--57214011	21	2.1	21	95	0	81	33	8	17	40	1.81
57214099--57214145	17	2.7	19	75	18	50	42	19	17	21	1.89
57215807--57215838	15	2.0	17	88	11	50	43	31	0	25	1.55
57222387--57222522	26	5.3	26	85	3	181	27	22	21	27	1.99
57222392--57222522	52	2.6	51	92	4	214	28	22	21	28	1.99
57222589--57222627	11	3.7	11	80	13	55	33	20	10	35	1.86
57222584--57222646	20	3.2	20	91	8	96	36	19	7	36	1.81
57222589--57222645	9	5.8	10	76	15	57	35	19	8	36	1.83
57232194--57232353	27	6.0	27	83	5	182	38	20	10	31	1.85
57232194--57232353	53	3.0	53	87	2	205	38	20	10	31	1.85
57232194--57232353	54	3.0	52	87	4	205	38	20	10	31	1.85
57232337--57232409	27	2.7	27	80	4	85	39	23	13	23	1.90
57232361--57232422	27	2.3	27	85	0	79	37	19	19	24	1.94
57234671--57234862	40	4.8	40	86	2	278	27	26	22	24	2.00
57239678--57239780	28	3.7	28	84	0	134	23	15	34	26	1.94
57240863--57242120	48	26.0	48	95	1	2084	31	27	6	34	1.82
57248277--57248381	27	4.0	27	83	2	124	40	20	8	31	1.82
57268031--57268126	27	3.4	28	88	5	124	26	12	28	33	1.92
57268059--57268142	27	3.0	27	85	5	87	29	10	25	34	1.90
57276068--57276165	27	3.5	28	88	5	128	25	13	28	32	1.93
57276096--57276179	27	3.0	27	87	5	96	29	11	25	33	1.91
57280353--57280414	31	2.1	31	88	11	94	35	3	14	46	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57282913--57283145	50	4.8	48	84	4	247	21	33	18	27	1.96
57282909--57283145	100	2.4	97	83	4	298	21	32	18	27	1.97
57283166--57283258	44	2.1	44	95	0	168	23	20	12	43	1.86
57284421--57284787	183	2.0	183	100	0	734	39	19	8	32	1.82
57298754--57298851	27	3.5	28	88	5	128	25	13	28	32	1.93
57298782--57298865	27	3.0	27	87	5	96	29	11	25	33	1.91
57300965--57301027	18	3.5	18	91	0	108	25	7	30	36	1.84
57303729--57303780	26	2.0	26	92	0	86	21	17	21	40	1.91
57310213--57310383	93	1.8	93	92	0	288	29	28	19	22	1.98
57310208--57310380	46	3.7	46	78	10	199	30	27	19	22	1.98
57315692--57315862	93	1.8	93	91	0	279	30	28	19	22	1.98
57315687--57315859	46	3.7	46	78	10	190	31	27	19	22	1.98
57322624--57322793	40	4.3	40	90	0	225	27	28	21	23	1.99
57322624--57322770	79	1.9	80	89	1	233	27	27	20	23	1.99
57322622--57322846	80	2.8	79	82	6	222	27	28	20	24	1.99
57322624--57322846	120	1.9	119	82	4	279	26	27	21	24	1.99
57322778--57322855	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
57336059--57336119	30	2.0	30	90	0	95	39	6	24	29	1.80
57343245--57343438	49	3.9	48	78	6	192	27	29	19	23	1.98
57343249--57343324	25	3.2	23	63	17	55	27	27	21	23	1.99
57343254--57343438	50	3.7	49	77	7	167	28	29	18	23	1.98
57343740--57343778	14	2.6	16	88	8	55	35	20	2	41	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57344792--57344818	13	2.1	13	100	0	54	33	22	14	29	1.94
57345573--57345637	15	4.4	15	78	16	73	63	13	13	9	1.53
57345573--57345641	30	2.3	31	83	14	92	60	17	13	8	1.56
57348657--57348782	50	2.6	49	87	3	164	30	30	15	23	1.95
57349128--57349166	14	2.6	16	88	8	55	35	20	2	41	1.66
57350720--57350796	41	1.9	40	86	2	109	27	15	27	29	1.96
57352419--57352456	16	2.5	15	84	12	51	42	0	23	34	1.55
57352917--57352980	32	2.0	32	87	0	92	40	15	17	26	1.89
57355895--57355926	16	2.0	16	100	0	64	50	18	18	12	1.78
57356152--57356229	29	2.7	29	90	2	122	24	17	32	25	1.97
57374141--57374293	27	5.7	27	79	0	162	28	15	16	39	1.89
57374128--57374303	81	2.2	81	76	5	176	27	17	16	38	1.91
57377055--57377101	18	2.6	18	89	0	67	44	14	21	19	1.86
57380319--57380494	46	3.8	46	78	14	200	21	20	28	29	1.98
57380315--57380487	93	1.9	93	93	2	303	21	20	29	28	1.98
57384115--57384264	42	3.5	43	78	9	137	26	20	26	26	1.99
57390555--57390732	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
57390556--57390711	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
57390552--57390732	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
57390637--57390743	27	3.9	27	85	1	70	26	14	28	30	1.95
57408045--57408265	40	5.6	40	82	2	259	26	24	22	26	2.00
57436584--57436610	13	2.1	13	100	0	54	14	29	33	22	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57468233--57468287	20	2.9	18	75	20	58	50	1	7	40	1.40
57468637--57468742	52	2.0	52	98	0	203	38	14	10	36	1.80
57474469--57474519	26	2.0	26	92	0	84	9	25	0	64	1.24
57477260--57477318	23	2.6	23	94	0	100	18	3	49	28	1.64
57477357--57477426	35	2.0	35	86	5	97	27	20	22	30	1.98
57480695--57480862	46	3.6	46	77	13	191	21	20	28	29	1.98
57480692--57480863	93	1.8	93	93	0	299	21	20	29	28	1.98
57507689--57508498	403	2.0	403	95	0	1449	38	20	11	29	1.87
57518146--57518327	41	4.5	41	75	12	176	22	21	29	26	1.99
57520583--57520681	27	3.6	27	83	6	128	16	26	23	34	1.95
57521734--57521767	10	3.3	10	84	8	50	29	8	8	52	1.62
57528431--57528524	26	3.5	26	79	14	111	14	22	21	41	1.89
57540410--57540470	30	2.0	30	87	0	86	39	6	22	31	1.80
57545680--57545857	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
57545681--57545836	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
57545677--57545857	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
57550181--57550335	43	3.6	42	81	7	161	33	26	18	21	1.96
57553648--57553695	25	1.9	25	91	0	78	33	25	16	25	1.96
57553739--57553773	10	3.4	10	84	7	52	34	20	14	31	1.92
57553818--57553875	24	2.4	25	77	11	68	29	20	22	27	1.99
57561375--57561425	25	2.0	25	88	0	75	33	23	17	25	1.96
57561465--57561503	10	3.8	10	93	6	69	33	17	17	30	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57561464--57561503	21	1.9	21	100	0	80	35	17	17	30	1.93
57561548--57561630	25	3.4	24	88	6	114	27	25	24	22	2.00
57561548--57561642	49	1.9	49	83	8	122	26	26	24	23	2.00
57563140--57563176	9	4.1	9	100	0	74	56	0	10	32	1.34
57565117--57565301	40	4.7	40	82	7	209	23	22	28	25	1.99
57565172--57565324	79	1.9	79	84	7	204	25	20	28	26	1.99
57577833--57577896	28	2.3	28	94	0	110	18	15	37	28	1.92
57578213--57578581	81	4.6	81	84	2	411	40	20	8	30	1.83
57578213--57578583	27	13.7	27	83	4	365	39	20	8	30	1.83
57578425--57578621	27	7.3	27	86	4	152	40	18	11	29	1.86
57580599--57580710	27	4.1	27	82	7	129	36	22	25	16	1.94
57580599--57580710	54	2.1	54	84	3	145	36	22	25	16	1.94
57581107--57581136	16	1.9	15	93	6	51	3	20	23	53	1.60
57587688--57587721	18	1.9	18	88	5	52	14	26	44	14	1.84
57587827--57588019	80	2.4	81	83	6	257	27	15	16	40	1.89
57587836--57588019	27	6.9	27	86	2	255	27	14	17	40	1.88
57594530--57594571	17	2.3	19	88	8	61	66	2	2	28	1.16
57598762--57598848	33	2.6	33	92	3	138	24	26	27	21	1.99
57598749--57598863	34	3.5	33	78	15	121	27	22	24	25	2.00
57605959--57606056	28	3.5	28	70	22	89	28	13	30	27	1.94
57605957--57606078	56	2.2	56	92	2	201	26	13	32	27	1.94
57605987--57606078	28	3.3	28	70	17	91	23	13	34	28	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57613687--57613788	28	3.6	28	75	15	111	29	16	27	26	1.97
57613687--57613803	56	2.1	56	91	0	189	28	17	29	25	1.97
57613715--57613803	28	3.2	28	71	17	85	28	16	29	25	1.97
57617082--57617114	14	2.4	14	90	10	50	60	0	0	39	0.97
57618009--57618048	21	2.0	20	85	5	53	42	10	17	30	1.82
57619660--57619718	30	2.0	30	89	0	91	28	15	27	28	1.96
57622490--57622660	93	1.8	93	94	0	306	29	28	19	21	1.98
57622485--57622657	46	3.7	46	75	13	183	30	27	19	21	1.98
57623080--57623139	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
57628050--57628227	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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