genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.283.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90464148--90464186	21	2.0	21	90	10	64	30	0	5	64	1.15
90464155--90464218	20	3.2	20	82	4	76	31	0	6	62	1.20
90464162--90464217	21	2.9	19	80	17	62	33	0	3	62	1.12
90479063--90479109	24	2.0	24	87	4	69	59	0	0	40	0.97
90507218--90507259	16	2.6	17	85	11	61	47	2	21	28	1.63
90507233--90507268	16	2.2	16	90	0	54	41	5	22	30	1.76
90514875--90514934	27	2.3	26	83	13	70	56	1	3	38	1.26
90515356--90515422	28	2.4	28	82	7	73	58	0	2	38	1.14
90515624--90515856	9	25.0	9	66	22	56	31	4	1	62	1.24
90515624--90515810	10	19.2	10	67	17	65	31	4	2	61	1.29
90515629--90515698	19	3.6	19	70	16	54	28	5	4	61	1.38
90515667--90515766	28	3.5	28	77	5	110	31	6	3	60	1.36
90515624--90515708	38	2.3	37	78	11	93	30	4	3	61	1.33
90515651--90515767	58	2.0	59	89	3	182	29	5	2	61	1.33
90515743--90515809	21	3.2	21	77	6	66	34	1	0	64	1.03
90515765--90515821	29	2.0	29	83	13	73	35	1	0	63	1.05
90515805--90515855	16	3.2	16	78	8	52	29	1	0	68	1.00
90515805--90515849	16	2.8	16	83	10	65	31	0	0	68	0.89
90523205--90523242	18	2.0	20	85	10	53	31	21	26	21	1.98
90532349--90532549	100	2.0	100	98	0	384	52	15	13	18	1.75
90534544--90534570	6	4.5	6	100	0	54	18	51	14	14	1.76
90535401--90535480	29	2.8	28	79	3	106	31	12	17	38	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90536034--90536188	62	2.5	62	84	6	181	45	13	12	28	1.79
90536205--90536262	27	2.2	27	81	9	66	48	31	0	20	1.50
90536265--90536293	13	2.2	13	100	0	58	48	6	6	37	1.57
90541723--90541782	18	3.3	17	86	9	66	73	1	1	23	1.01
90544631--90544697	24	2.8	24	79	16	84	29	20	28	20	1.98
90546891--90547066	46	3.8	45	79	10	194	21	21	29	28	1.98
90546887--90547059	93	1.9	93	93	0	301	21	21	30	27	1.98
90551818--90551937	51	2.4	51	86	0	168	38	11	22	27	1.89
90557839--90557927	45	2.0	45	84	8	119	38	19	20	22	1.94
90557841--90557951	45	2.4	45	79	8	109	37	19	18	23	1.94
90558138--90558223	34	2.5	34	82	3	91	43	13	10	32	1.79
90559184--90559218	17	2.2	16	90	10	54	74	0	14	11	1.08
90562904--90563341	120	3.7	120	98	0	849	43	0	5	50	1.31
90562986--90563293	57	5.1	61	69	21	263	42	0	6	50	1.34
90563047--90563081	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
90563053--90563341	44	7.1	43	63	20	122	43	0	5	50	1.30
90563277--90563584	157	2.0	157	95	0	553	47	4	2	44	1.38
90563444--90563478	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
90563714--90563781	16	4.2	16	98	0	127	38	35	0	26	1.57
90568990--90569016	14	1.9	14	100	0	54	22	7	0	70	1.12
90569046--90569111	7	8.1	8	75	18	57	22	3	0	74	0.96
90569046--90569079	17	1.9	18	88	5	52	23	2	0	73	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90569052--90569111	8	7.4	8	72	10	50	21	1	0	76	0.87
90570087--90570133	21	2.1	22	84	7	60	48	0	4	46	1.21
90570361--90570400	20	2.0	21	90	9	66	75	0	25	0	0.81
90572119--90572163	23	2.0	23	86	0	63	15	28	24	31	1.96
90574973--90575030	30	1.9	30	92	0	98	20	39	24	15	1.91
90577615--90577653	20	1.9	21	89	5	62	43	10	5	41	1.61
90589422--90589514	45	2.0	46	91	2	152	29	24	17	29	1.97
90590344--90590748	46	8.8	46	88	2	557	20	22	14	42	1.88
90592823--90592852	11	2.6	11	94	5	51	73	0	0	26	0.84
90594431--90594516	26	3.3	26	74	9	77	29	34	13	22	1.93
90594444--90594522	26	3.0	26	74	7	79	34	35	11	18	1.87
90595544--90595581	19	2.0	19	85	10	51	44	2	13	39	1.57
90597493--90597548	29	2.0	29	89	10	89	67	5	3	23	1.27
90598406--90598458	28	1.9	28	85	11	74	24	9	3	62	1.42
90599908--90600008	42	2.4	42	81	6	105	31	15	21	30	1.95
90607465--90607578	42	2.7	43	79	4	124	28	21	25	24	1.99
90612687--90612785	3	33.0	3	70	20	57	31	3	3	62	1.25
90612986--90613047	23	2.6	24	76	19	67	32	6	4	56	1.46
90613041--90613078	19	2.0	19	94	0	67	31	13	5	50	1.63
90613453--90613508	27	2.1	28	83	6	71	28	7	3	60	1.40
90619703--90619861	27	5.9	27	78	11	148	35	20	23	20	1.96
90619703--90619864	54	3.0	54	87	4	213	35	20	24	20	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90621459--90621566	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
90629363--90629521	27	5.9	27	78	14	159	35	20	23	20	1.96
90629381--90629523	54	2.6	55	90	4	220	35	21	23	18	1.96
90636369--90636533	27	6.1	27	86	8	221	35	23	24	16	1.95
90636369--90636533	54	3.1	54	92	2	262	35	23	24	16	1.95
90636766--90636798	18	1.9	17	88	11	50	12	36	18	33	1.88
90660006--90660047	17	2.3	19	84	8	52	52	4	4	38	1.44
90660752--90660800	18	2.7	18	93	0	89	4	0	30	65	1.11
90660967--90661007	21	2.0	21	85	9	57	36	2	12	48	1.54
90662786--90662811	13	2.0	13	100	0	52	46	7	0	46	1.31
90682714--90682848	27	5.1	27	75	18	131	36	20	22	20	1.95
90682714--90682842	54	2.4	52	87	7	172	36	20	23	20	1.95
90682714--90682844	52	2.5	54	87	7	180	36	19	22	20	1.95
90689735--90689900	27	6.2	26	88	6	215	36	23	24	16	1.94
90689735--90689900	54	3.1	54	92	1	262	36	23	24	16	1.94
90689735--90689900	81	2.0	81	87	4	237	36	23	24	16	1.94
90699470--90699628	27	5.9	27	84	10	193	18	24	22	34	1.96
90699467--90699628	54	3.0	54	92	2	256	18	24	22	34	1.96
90699470--90699628	81	2.0	80	86	6	223	18	24	22	34	1.96
90706769--90706852	43	1.9	44	90	2	134	46	13	23	16	1.82
90707785--90707816	14	2.3	14	94	0	55	15	9	6	68	1.36
90707799--90708113	73	4.2	74	90	3	474	27	16	20	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90708096--90708129	16	2.1	16	94	0	59	20	8	0	70	1.13
90708096--90708132	14	2.4	16	86	8	51	24	10	0	64	1.25
90708192--90708227	14	2.7	13	83	8	54	30	13	8	47	1.73
90708037--90708296	88	2.9	92	80	9	279	28	15	19	36	1.92
90708136--90708346	88	2.4	87	83	6	239	28	14	22	34	1.93
90710287--90710324	19	2.0	19	89	0	58	31	15	5	47	1.68
90726568--90726706	42	3.3	42	92	2	226	27	26	15	30	1.96
90727938--90728083	53	2.7	53	89	4	204	29	27	15	27	1.96
90746179--90746318	53	2.6	53	88	2	201	29	27	17	25	1.98
90747901--90747927	9	3.0	9	100	0	54	44	11	0	44	1.39
90753296--90753484	50	3.8	50	84	1	236	29	25	19	25	1.98
90753738--90753791	27	2.0	27	85	0	72	38	14	7	38	1.75
90758446--90758482	5	7.6	5	82	17	51	16	0	0	83	0.64
90780742--90780803	9	6.8	9	88	1	88	58	20	0	20	1.40
90782221--90782252	13	2.5	13	94	0	55	43	6	6	43	1.54
90782553--90782600	24	2.0	24	100	0	96	41	8	8	41	1.65
90783076--90783119	22	2.0	22	86	0	61	52	0	0	47	1.00
90783139--90783180	13	2.9	14	80	13	50	54	0	0	45	0.99
90783143--90783179	16	2.3	16	86	13	58	59	0	0	40	0.97
90783206--90783252	21	2.2	22	81	11	62	53	0	0	46	1.00
90783213--90783254	21	2.0	21	90	0	66	52	0	0	47	1.00
90783219--90783263	21	2.1	21	84	8	56	57	0	0	42	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90784154--90784188	8	4.4	8	89	10	54	48	0	0	51	1.00
90784781--90784836	29	1.9	29	85	0	76	23	14	14	48	1.80
90791606--90791658	23	2.4	22	76	20	56	9	18	1	69	1.25
90799310--90799466	46	3.3	46	85	10	140	36	14	21	28	1.92
90799258--90799449	52	3.8	51	86	8	277	33	14	22	29	1.94
90799244--90799467	98	2.3	98	93	0	385	34	14	22	28	1.93
90799429--90799538	37	3.0	37	90	2	170	36	15	22	25	1.94
90806013--90806146	44	3.0	43	80	8	153	34	19	19	26	1.96
90806160--90806297	44	3.1	43	74	7	134	30	18	18	32	1.95
90806159--90806273	43	2.6	44	79	4	126	31	20	19	29	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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