genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.201.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63485015--63485082	9	7.6	9	77	6	57	26	10	19	44	1.82
63485015--63485082	18	3.8	18	78	3	66	26	10	19	44	1.82
63488567--63488608	18	2.3	19	87	4	59	33	0	0	66	0.92
63495069--63495113	21	2.1	21	91	0	72	48	13	8	28	1.72
63498649--63498810	45	3.6	44	82	5	175	22	21	14	41	1.89
63498648--63498855	89	2.3	90	82	2	240	23	20	14	41	1.89
63498694--63498859	45	3.7	44	83	4	147	22	19	13	43	1.86
63499046--63499264	109	2.0	109	95	0	393	44	21	1	32	1.63
63501110--63501172	17	3.9	16	78	15	60	58	7	1	31	1.36
63502093--63502144	25	2.1	25	100	0	104	57	19	3	19	1.55
63504633--63504693	30	2.1	29	93	3	104	36	22	14	26	1.93
63510806--63510842	19	1.9	19	88	0	56	40	16	8	35	1.78
63511892--63511952	30	2.1	29	96	3	113	36	22	16	24	1.94
63517578--63517620	18	2.4	18	88	7	61	44	0	2	53	1.13
63518262--63518327	3	22.0	3	100	0	132	33	33	0	33	1.58
63518952--63519023	36	2.0	36	84	7	94	40	4	0	55	1.19
63518976--63519055	28	2.8	30	81	12	105	38	1	1	58	1.14
63519060--63519099	21	1.9	21	90	10	64	27	0	7	65	1.20
63524312--63524542	35	6.6	35	84	0	291	19	12	27	40	1.88
63524435--63524488	16	3.2	16	72	23	56	25	12	20	40	1.88
63527421--63527461	22	1.9	21	85	5	55	56	2	7	34	1.40
63529500--63529578	37	2.1	37	88	0	113	24	31	20	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63529697--63529932	47	5.0	47	93	1	382	28	30	9	31	1.88
63530833--63531054	39	5.6	39	81	8	193	25	21	27	26	1.99
63530888--63531019	40	3.3	39	85	6	158	25	20	28	26	1.99
63530873--63531054	79	2.3	78	79	8	199	25	21	27	25	2.00
63537495--63537664	40	4.3	39	85	6	191	24	21	27	25	1.99
63539060--63539400	49	7.1	49	95	2	604	29	29	9	32	1.88
63539060--63539400	96	3.5	95	95	2	594	29	29	9	32	1.88
63544578--63544655	30	2.6	30	89	0	111	23	24	12	39	1.89
63544640--63544802	30	5.5	30	79	4	161	23	28	11	35	1.90
63544610--63544826	60	3.7	60	72	7	192	24	29	11	34	1.91
63544718--63544801	29	2.9	29	87	0	114	22	33	14	29	1.93
63544788--63544856	29	2.4	29	85	0	93	26	27	13	33	1.93
63553301--63553368	35	1.9	35	100	0	136	19	23	29	27	1.98
63564758--63564909	58	2.7	57	83	5	184	42	0	3	53	1.22
63564867--63564907	14	3.1	14	79	10	50	41	0	0	58	0.98
63568183--63568358	46	3.8	46	79	10	214	21	19	29	29	1.98
63568179--63568350	93	1.8	93	94	0	308	20	20	30	28	1.98
63575659--63575690	7	4.6	7	96	0	55	37	12	0	50	1.41
63575823--63575896	3	24.7	3	100	0	148	67	0	32	0	0.91
63575983--63576041	31	1.9	30	83	10	75	40	3	15	40	1.64
63575983--63576041	30	1.9	32	86	6	86	40	3	15	40	1.64
63584864--63584930	35	1.9	35	93	0	116	37	11	10	40	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63592896--63592931	13	2.8	13	91	0	54	2	25	47	25	1.65
63593802--63593832	16	2.0	16	93	6	55	19	25	0	54	1.44
63598101--63598213	46	2.5	44	84	7	138	26	16	30	25	1.97
63598005--63598317	94	3.3	94	77	14	258	27	17	29	25	1.98
63598186--63598312	49	2.6	49	80	10	143	25	15	29	28	1.96
63606313--63606391	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
63606510--63607114	47	12.7	47	95	2	1043	29	29	8	32	1.87
63606510--63607093	143	4.1	143	95	2	1052	29	29	8	32	1.87
63610932--63611243	40	7.8	40	89	0	480	25	25	21	26	2.00
63612460--63612537	37	2.1	38	87	2	113	26	29	17	25	1.98
63612654--63613025	47	7.7	47	89	5	539	28	30	8	32	1.87
63612654--63613004	149	2.4	143	88	6	535	28	29	8	32	1.87
63623023--63623157	40	3.4	39	73	7	130	31	24	17	26	1.97
63623952--63623984	12	2.8	12	95	4	59	0	21	0	78	0.75
63623959--63624011	17	3.2	17	76	10	56	3	18	3	73	1.14
63623960--63624017	16	3.5	17	79	6	57	5	18	3	72	1.18
63624049--63624091	8	5.2	8	91	2	68	60	0	2	37	1.10
63624047--63624090	3	15.7	3	84	13	58	61	0	2	36	1.09
63634706--63634838	51	2.6	51	80	2	162	26	20	26	27	1.99
63638200--63638240	21	2.0	21	90	0	64	17	34	24	24	1.96
63640535--63641520	47	20.8	47	92	2	1612	29	28	8	33	1.87
63640535--63641520	143	6.9	141	93	1	1630	29	28	8	33	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63645021--63645324	40	7.6	40	91	0	419	25	25	22	25	2.00
63645382--63645456	38	2.0	38	86	5	107	24	26	18	30	1.98
63647589--63648479	47	18.8	47	93	2	1496	29	29	8	32	1.86
63647589--63648479	96	9.4	94	94	1	1496	29	29	8	32	1.86
63647589--63648479	143	6.3	141	94	2	1496	29	29	8	32	1.86
63663061--63663198	62	2.2	61	86	6	181	26	29	15	28	1.96
63665721--63665792	33	2.2	33	85	9	94	31	22	20	25	1.98
63671212--63671360	56	2.6	58	79	8	153	34	20	15	28	1.93
63672643--63672724	6	13.7	6	98	0	155	1	14	0	84	0.69
63673722--63673761	17	2.4	17	100	0	80	80	0	10	10	0.92
63675891--63675950	27	2.3	26	82	2	66	35	18	23	23	1.96
63680639--63681162	47	11.1	47	93	1	796	31	11	30	26	1.91
63681136--63681272	46	3.0	46	86	0	193	33	8	32	25	1.87
63681457--63681568	37	3.0	37	92	1	188	21	17	30	30	1.96
63687312--63687487	46	3.8	46	77	12	198	19	20	30	29	1.97
63687309--63687480	93	1.8	93	93	0	299	20	20	30	28	1.98
63694878--63695053	46	3.8	46	79	12	207	19	21	30	28	1.98
63694875--63695046	93	1.8	93	94	0	308	20	21	30	27	1.98
63704629--63704712	39	2.2	39	91	0	132	20	9	17	52	1.72
63707872--63707916	20	2.2	20	88	0	63	48	2	11	37	1.51
63710191--63710273	29	2.8	30	84	14	109	26	25	19	28	1.98
63710718--63710822	27	3.9	27	77	7	88	26	20	19	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63710747--63710837	27	3.4	27	80	8	105	28	19	15	36	1.92
63710719--63710850	54	2.5	52	79	6	147	27	20	18	34	1.96
63710897--63711076	27	6.7	27	85	5	213	28	10	22	38	1.87
63710897--63711116	54	4.1	53	83	5	219	29	10	22	37	1.88
63710897--63711101	80	2.6	81	84	5	290	28	10	21	38	1.87
63711085--63711135	27	1.9	27	88	4	77	33	11	21	33	1.90
63711091--63711144	27	2.0	27	82	3	65	35	11	16	37	1.84
63711700--63711748	22	2.2	22	96	0	89	12	32	18	36	1.88
63714972--63715147	46	3.8	45	76	11	160	23	19	27	28	1.99
63714969--63715138	93	1.8	93	91	2	279	24	20	27	27	1.99
63716990--63717047	29	2.0	29	100	0	116	34	6	20	37	1.80
63720535--63720710	46	3.8	46	76	10	187	21	19	28	30	1.98
63720532--63720701	93	1.8	93	92	0	286	22	20	28	28	1.99
63726151--63726340	56	3.4	56	91	0	317	33	24	13	28	1.93
63730760--63730791	10	3.3	10	95	4	57	62	0	6	31	1.20
63730787--63730849	27	2.3	26	76	10	63	50	11	0	38	1.38
63730816--63730845	15	2.0	15	93	0	51	40	10	0	50	1.36
63732380--63732424	15	2.8	16	81	18	58	77	0	0	22	0.76
63738346--63738613	40	6.7	40	96	0	473	20	27	20	30	1.98
63747045--63747309	40	6.7	40	96	1	473	21	27	20	31	1.98
63755650--63755838	39	4.8	40	94	2	328	22	26	20	30	1.98
63755650--63755838	79	2.4	79	95	0	333	22	26	20	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63757005--63757070	30	2.2	29	80	17	73	37	21	3	37	1.69
63768476--63768963	47	10.6	47	87	5	685	33	8	29	29	1.87
63782877--63782934	26	2.2	28	77	22	72	48	13	8	29	1.73
63782882--63782930	26	1.9	25	88	12	73	57	10	10	22	1.62
63784162--63784336	68	2.6	67	80	1	172	30	20	23	26	1.98
63789437--63789572	43	3.2	43	73	10	118	26	25	21	27	1.99
63790353--63790386	6	5.7	6	100	0	68	0	17	0	82	0.67
63804334--63804376	20	2.2	20	86	0	59	62	2	6	27	1.33
63808057--63808116	29	2.1	29	96	0	111	21	15	20	43	1.88
63809453--63809504	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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