genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.257.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82056844--82056951	38	2.8	38	86	5	148	49	6	5	38	1.52
82072275--82072317	22	1.9	23	90	4	70	51	4	0	44	1.22
82072839--82073043	44	4.6	45	81	6	222	42	13	19	24	1.87
82072885--82073132	45	5.6	44	77	8	209	41	15	18	24	1.89
82072882--82073088	44	4.6	44	79	7	163	42	15	17	23	1.88
82072885--82073090	89	2.3	89	82	7	231	42	15	17	24	1.88
82076077--82076115	14	2.8	14	88	0	51	41	10	17	30	1.83
82076628--82076668	15	2.8	15	79	17	50	48	2	0	48	1.14
82076672--82076717	24	1.9	24	82	8	58	47	0	2	50	1.13
82092376--82092557	60	3.0	60	98	0	355	34	10	3	51	1.53
82092521--82092567	16	2.9	16	72	12	51	42	10	0	46	1.38
82101039--82101092	27	2.0	27	100	0	108	22	11	3	62	1.43
82112783--82112814	10	2.8	12	81	18	50	6	9	31	53	1.58
82119376--82119431	15	3.7	15	80	7	69	12	16	10	60	1.58
82119372--82119431	30	2.0	30	87	6	86	11	15	15	58	1.64
82125891--82126019	36	3.6	35	83	10	147	15	12	30	41	1.84
82136332--82136413	36	2.3	36	82	0	101	19	9	26	43	1.82
82147412--82147505	39	2.4	38	80	3	98	36	5	15	42	1.70
82148356--82148421	19	3.5	20	75	10	66	50	6	3	40	1.43
82148435--82148487	20	2.9	17	80	20	63	66	1	3	28	1.20
82149948--82149980	14	2.2	16	89	10	52	45	6	0	48	1.27
82155306--82155369	22	2.7	22	75	18	58	37	1	4	56	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82155901--82155932	14	2.2	15	94	5	57	40	6	0	53	1.26
82160255--82160289	14	2.5	14	90	0	52	28	0	34	37	1.58
82160263--82160291	14	2.1	14	100	0	58	27	0	27	44	1.54
82163596--82163634	20	2.0	20	90	5	62	48	0	38	12	1.42
82163670--82163720	25	2.0	25	84	3	66	39	1	0	58	1.09
82167358--82167416	6	9.8	6	81	7	75	37	3	30	28	1.74
82168872--82169047	46	3.8	46	79	4	192	27	19	28	23	1.98
82181821--82181877	28	2.0	28	82	0	69	29	29	8	31	1.87
82191211--82191378	46	3.6	44	80	9	174	30	20	26	21	1.98
82191211--82191430	94	2.3	94	79	6	239	30	20	27	21	1.98
82200406--82200593	49	3.8	49	82	2	241	27	18	26	28	1.98
82200401--82200588	100	1.9	100	95	0	340	26	19	26	28	1.99
82202037--82202237	94	2.1	94	78	3	217	30	19	26	22	1.98
82202275--82202391	49	2.4	49	84	4	137	27	22	29	21	1.99
82205122--82205181	31	1.9	31	83	12	79	36	1	18	43	1.60
82205192--82205235	18	2.3	18	80	7	52	36	6	20	36	1.79
82205350--82205491	49	2.8	51	83	2	171	28	15	21	34	1.94
82205379--82205491	51	2.3	49	82	3	127	29	17	19	33	1.95
82210516--82210561	23	2.0	23	100	0	92	30	17	13	39	1.87
82221268--82221311	23	2.0	22	86	4	61	25	0	20	54	1.45
82221516--82221540	13	1.9	13	100	0	50	24	24	24	28	2.00
82225569--82225605	14	2.6	15	83	12	51	35	0	5	59	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82254560--82254604	1	45.0	1	95	0	81	0	0	2	97	0.15
82258138--82258174	14	2.6	15	83	12	51	35	0	5	59	1.20
82270027--82270502	86	5.5	86	79	11	456	27	17	18	36	1.93
82270104--82270502	173	2.3	171	81	8	441	27	17	18	36	1.94
82270098--82270669	87	6.7	82	72	16	352	27	17	18	36	1.93
82270104--82270764	161	3.9	168	73	15	447	27	18	18	35	1.95
82270434--82270467	14	2.4	14	95	0	59	17	17	5	58	1.57
82270027--82270538	89	5.9	90	79	9	503	27	17	17	36	1.93
82270594--82270628	14	2.5	14	90	0	52	25	14	0	60	1.35
82270519--82270748	87	2.7	86	83	4	268	30	17	16	34	1.93
82272113--82272326	46	4.6	46	75	6	184	27	19	28	24	1.98
82277577--82277620	18	2.4	19	88	3	63	43	9	2	45	1.48
82290933--82290970	19	2.0	19	100	0	76	26	10	5	57	1.53
82297761--82297793	16	2.0	17	88	5	50	45	6	0	48	1.27
82298026--82298067	23	1.9	23	85	9	61	47	7	2	42	1.43
82298786--82298819	17	2.0	17	100	0	68	35	0	23	41	1.55
82303000--82303232	49	4.7	50	82	3	283	25	18	26	29	1.98
82303003--82303232	100	2.3	100	86	2	311	25	18	26	30	1.98
82316328--82316354	13	2.1	13	100	0	54	18	14	44	22	1.86
82326530--82326607	27	2.9	27	83	7	79	46	14	11	28	1.79
82334724--82334814	28	3.2	28	80	9	112	25	24	17	32	1.97
82334725--82334842	57	2.1	57	88	0	173	24	24	16	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82334736--82334836	29	3.5	29	77	8	116	24	24	17	32	1.97
82335032--82335241	53	4.0	53	84	2	278	28	23	12	35	1.91
82342302--82342334	17	1.9	17	88	11	50	42	0	15	42	1.46
82352248--82352423	46	3.8	46	78	12	198	21	21	28	28	1.98
82352244--82352416	93	1.9	93	93	0	301	21	21	29	27	1.99
82355359--82355527	90	1.9	90	83	0	221	28	26	19	25	1.99
82355358--82355576	90	2.4	89	78	3	213	27	26	20	24	1.99
82358188--82358251	25	2.6	25	85	5	76	59	1	1	37	1.16
82367513--82367606	33	2.8	33	68	15	77	27	25	21	25	1.99
82370788--82370814	13	2.1	13	100	0	54	48	14	0	37	1.45
82377769--82377813	22	2.1	22	83	4	56	31	11	4	53	1.56
82393099--82393141	21	2.0	21	86	0	59	41	30	0	27	1.56
82399818--82399931	43	2.7	42	86	2	156	29	18	24	27	1.98
82412429--82412470	21	2.0	21	95	0	75	45	7	14	33	1.72
82414054--82414101	20	2.5	20	86	3	62	62	2	8	27	1.35
82414088--82414131	17	2.4	18	77	14	54	56	9	0	34	1.31
82414127--82414159	15	2.2	15	100	0	66	48	12	0	39	1.40
82415740--82415799	7	8.6	7	75	24	56	71	0	1	26	0.95
82415740--82415799	15	4.3	14	73	26	56	71	0	1	26	0.95
82415739--82415799	22	2.8	22	83	16	83	72	0	1	26	0.94
82417577--82417749	46	3.7	46	76	10	190	22	21	26	29	1.99
82417575--82417744	93	1.8	93	92	0	286	22	21	27	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82425156--82425328	46	3.8	45	74	14	165	22	20	27	29	1.98
82425154--82425323	93	1.8	93	89	2	270	22	20	28	28	1.99
82427993--82428180	40	4.7	40	91	3	308	25	27	22	24	2.00
82427960--82428180	119	1.9	119	87	5	331	24	27	22	25	2.00
82428755--82428803	24	2.0	24	100	0	98	40	30	8	20	1.81
82433072--82433119	20	2.5	20	82	3	53	62	4	8	25	1.41
82433145--82433177	15	2.2	15	100	0	66	48	12	0	39	1.40
82443208--82443406	77	2.6	78	82	5	224	32	9	14	43	1.78
82443208--82443418	79	2.7	75	80	10	217	30	10	14	44	1.79
82443281--82443441	79	2.0	80	81	3	191	30	9	13	45	1.76
82445492--82445572	40	2.0	40	97	0	153	38	25	11	24	1.89
82452075--82452108	18	1.9	17	88	5	50	67	0	2	29	1.05
82452361--82452416	26	2.2	26	83	0	67	41	0	33	25	1.56
82452372--82452425	26	2.1	25	93	3	90	31	0	38	29	1.57
82452409--82452446	18	2.1	18	100	0	76	42	0	31	26	1.56
82457624--82458029	115	3.5	113	81	5	442	30	13	17	38	1.89
82461131--82461237	29	3.7	29	80	9	119	29	15	17	36	1.92
82465952--82466021	31	2.3	31	94	0	122	20	22	0	57	1.41
82472989--82473056	33	2.2	30	75	14	73	32	30	16	20	1.94
82473206--82473278	33	2.2	33	78	4	76	28	31	9	30	1.89
82473316--82473386	33	2.2	33	84	5	90	35	23	21	19	1.96
82475415--82475478	31	2.1	31	94	5	112	43	10	15	29	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82480469--82480570	51	2.0	51	100	0	204	31	13	13	41	1.84
82483926--82484017	11	8.5	11	71	8	64	19	5	5	69	1.28
82500621--82500651	15	2.1	15	100	0	62	25	0	6	67	1.14
82502788--82502971	67	2.8	64	75	11	187	29	15	29	24	1.96
82510618--82510648	15	2.1	15	93	0	53	64	6	0	29	1.18
82511136--82511164	14	2.1	14	93	6	51	48	6	0	44	1.29
82511377--82511419	18	2.4	17	84	11	50	53	2	4	39	1.34
82513817--82513911	47	2.0	47	97	0	181	38	7	12	41	1.71
82514639--82514701	32	2.0	32	100	0	126	26	9	15	47	1.76
82516027--82516075	24	2.0	24	100	0	98	53	20	8	18	1.70

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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