genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.194.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61070858--61071090	49	4.7	49	80	6	254	32	27	16	24	1.96
61077456--61077499	22	2.0	23	86	4	63	65	2	0	31	1.05
61077454--61077504	22	2.4	21	75	9	59	64	1	0	33	1.05
61079121--61079249	66	2.0	66	96	0	240	32	8	20	38	1.83
61083329--61083585	53	4.9	53	77	9	233	27	22	12	37	1.90
61092398--61092575	27	6.6	26	80	6	160	27	15	28	28	1.96
61092399--61092554	82	1.9	81	84	3	206	27	16	28	28	1.97
61092426--61092575	55	2.8	54	81	4	158	28	15	28	28	1.96
61092395--61092575	82	2.2	81	80	2	202	27	16	27	28	1.97
61092480--61092586	27	3.9	27	85	1	70	26	14	28	30	1.95
61105420--61105454	16	2.2	16	94	0	61	40	5	22	31	1.78
61112909--61113353	88	5.1	88	89	1	635	35	12	17	34	1.88
61113641--61113685	22	2.0	22	100	0	90	33	26	22	17	1.96
61118612--61118646	17	2.1	17	94	0	61	42	20	17	20	1.89
61120428--61120481	28	1.9	28	85	7	74	59	3	1	35	1.26
61126308--61126485	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
61126329--61126484	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
61139814--61139869	22	2.7	21	78	8	60	48	3	3	44	1.37
61140257--61140286	10	2.9	10	95	5	51	73	6	0	20	1.05
61140931--61140963	14	2.3	15	90	10	52	54	0	3	42	1.15
61142191--61142232	22	1.9	22	90	0	66	11	19	7	61	1.52
61142905--61142937	15	2.2	15	100	0	66	39	18	0	42	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61146044--61146069	7	3.7	7	100	0	52	61	0	15	23	1.33
61146275--61146323	25	2.0	25	87	0	71	28	8	16	46	1.75
61146653--61146690	18	2.1	18	95	0	67	42	44	0	13	1.43
61146693--61146758	19	3.5	19	71	8	53	71	6	0	22	1.08
61146775--61146844	18	3.9	18	80	0	77	30	7	18	44	1.76
61153876--61153959	43	2.0	43	90	4	134	19	17	32	30	1.95
61154406--61154470	32	2.0	32	100	0	130	41	12	21	24	1.87
61159468--61159513	24	1.9	24	100	0	92	34	26	6	32	1.82
61164019--61164185	43	3.9	43	77	6	169	27	14	24	32	1.95
61171584--61171691	43	2.5	43	83	0	135	26	12	24	37	1.90
61181516--61181634	57	2.1	57	96	0	220	26	24	9	39	1.85
61182782--61182828	22	2.1	22	84	0	58	42	17	2	38	1.61
61182988--61183095	53	2.1	53	94	1	191	31	1	4	62	1.26
61183968--61184027	29	2.1	29	90	0	93	35	8	8	48	1.63
61184015--61184046	7	4.6	7	92	0	55	28	3	12	56	1.51
61184546--61184640	30	3.2	30	80	0	109	32	41	12	13	1.82
61187625--61187649	12	2.1	12	100	0	50	36	40	8	16	1.77
61188220--61188466	125	2.0	125	92	1	415	29	17	17	35	1.93
61188515--61188673	30	5.5	28	69	23	80	38	16	1	42	1.60
61188602--61188654	22	2.4	22	93	0	88	39	16	1	41	1.60
61188538--61188701	86	1.9	86	83	2	213	40	16	1	40	1.59
61189605--61189633	15	1.9	15	100	0	58	34	0	0	65	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61189947--61189980	13	2.5	14	85	9	52	55	5	2	35	1.39
61190193--61190230	18	2.1	18	95	0	67	50	5	10	34	1.59
61190700--61190731	15	2.1	15	100	0	64	37	0	6	56	1.25
61193333--61193535	40	5.1	40	91	3	270	25	28	22	24	1.99
61200596--61200880	40	7.2	40	89	3	373	24	28	22	23	1.99
61203625--61203670	23	2.1	23	84	11	62	45	0	4	50	1.21
61203943--61203989	13	3.5	14	80	5	53	76	2	8	12	1.09
61204749--61204857	40	2.8	39	80	8	114	34	8	20	36	1.82
61205057--61205162	45	2.4	45	87	3	151	24	16	16	43	1.87
61205141--61205181	18	2.2	19	86	4	57	24	21	9	43	1.83
61205194--61205228	18	1.9	18	94	0	61	31	20	22	25	1.98
61210445--61210488	23	1.9	23	90	0	70	36	22	22	18	1.95
61218444--61218922	239	2.0	240	97	0	897	40	7	12	39	1.72
61219397--61219463	23	2.9	24	73	13	68	59	1	4	34	1.26
61219677--61219746	32	2.2	32	82	9	90	60	1	2	35	1.21
61232541--61232804	99	2.8	98	78	13	264	21	29	20	28	1.98
61232540--61232810	46	5.7	47	79	8	250	20	30	21	27	1.98
61233520--61233544	12	2.1	12	100	0	50	60	16	8	16	1.58
61238279--61238317	14	2.8	14	100	0	78	58	12	7	20	1.58
61249509--61249775	46	5.7	45	74	13	175	22	29	20	28	1.98
61250489--61250513	12	2.1	12	100	0	50	60	16	8	16	1.58
61252648--61252748	50	2.0	50	94	0	175	36	20	19	22	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61256306--61256348	21	2.0	21	95	0	77	18	41	16	23	1.89
61260338--61260383	25	1.9	23	86	8	65	39	6	0	54	1.26
61260488--61260513	12	2.2	12	100	0	52	57	7	7	26	1.54
61262408--61262446	20	2.0	20	85	10	53	33	7	12	46	1.71
61269403--61269449	23	2.0	23	100	0	94	53	8	12	25	1.67
61273820--61273958	73	1.9	73	89	0	215	33	14	10	42	1.79
61273893--61274736	88	9.7	89	82	5	772	33	11	11	42	1.78
61273893--61274712	178	4.7	177	82	6	867	33	11	11	43	1.77
61280193--61280252	29	2.1	29	96	0	111	40	11	16	31	1.85
61284636--61284799	42	3.9	42	79	7	172	27	24	15	32	1.96
61296979--61297148	46	3.7	46	77	13	195	27	28	21	21	1.99
61296984--61297154	93	1.8	93	92	0	288	27	29	22	21	1.99
61300016--61300132	24	4.9	24	77	9	98	24	23	17	34	1.96
61300016--61300136	23	5.1	22	76	14	102	25	22	19	33	1.97
61300300--61300370	20	3.6	19	78	14	63	36	14	12	36	1.84
61300294--61300398	40	2.6	39	78	10	113	37	12	13	37	1.82
61303692--61303737	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
61303699--61303743	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
61320686--61321131	242	1.8	242	90	1	723	29	12	16	41	1.85
61321466--61321764	35	8.6	35	79	8	292	25	23	14	37	1.92
61321466--61321764	70	4.3	70	80	8	324	25	23	14	37	1.92
61321466--61321763	104	2.8	103	84	6	375	25	23	14	37	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61322372--61322426	24	2.3	24	87	0	74	12	34	5	47	1.65
61324500--61324550	15	3.2	16	80	5	50	60	5	1	31	1.31
61325394--61325479	29	2.9	29	96	3	154	37	6	18	37	1.78
61325357--61325419	19	3.3	19	90	0	108	36	9	17	36	1.82
61325448--61325492	21	2.1	21	95	0	81	35	8	22	33	1.85
61325409--61325458	5	10.2	5	79	12	59	38	4	20	38	1.71
61327341--61327373	8	4.2	8	96	3	59	39	0	0	60	0.97
61329338--61329534	42	4.7	42	82	5	218	46	17	20	15	1.84
61329338--61329534	84	2.3	84	81	5	245	46	17	20	15	1.84
61329336--61329523	21	9.0	21	70	10	107	45	17	21	16	1.86
61355238--61355309	24	2.9	24	89	4	99	22	23	20	33	1.97
61358758--61358825	21	3.2	21	72	0	64	16	20	16	47	1.83
61358765--61358875	42	2.6	42	83	10	147	18	23	14	44	1.86
61358810--61358866	21	2.7	21	69	0	60	21	24	14	40	1.90
61361625--61361658	17	1.9	18	94	5	61	29	5	0	64	1.17
61365003--61365034	15	2.1	16	94	5	57	28	43	18	9	1.81
61375347--61375390	20	2.2	20	87	0	61	47	2	13	36	1.56
61375740--61375785	23	2.0	23	100	0	92	21	4	26	47	1.69
61378311--61378366	28	2.0	28	100	0	112	42	7	21	28	1.79
61385144--61385240	47	2.1	47	98	0	185	22	21	18	37	1.95
61394411--61394467	6	9.5	6	86	0	51	8	12	0	78	0.95
61394429--61394462	12	2.8	12	95	0	59	2	11	0	85	0.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61394409--61394462	18	3.0	18	80	0	63	7	12	0	79	0.92
61398040--61398746	69	10.2	69	80	3	508	20	22	21	36	1.95
61398040--61398746	207	3.4	206	76	4	634	20	22	21	36	1.95
61402468--61402711	50	4.9	50	82	3	301	25	18	26	29	1.98
61402469--61402711	101	2.4	100	84	3	301	25	18	25	29	1.98
61407467--61407508	22	1.9	22	95	0	75	21	21	26	30	1.98
61409916--61409972	12	4.5	12	75	16	53	49	0	1	49	1.11
61410149--61410182	18	1.9	17	94	5	59	44	0	5	50	1.26
61410175--61410579	216	1.9	215	85	2	558	40	7	7	45	1.60
61410591--61410644	15	3.2	17	82	10	58	46	5	1	46	1.37

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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