Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
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          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   

This is table  82  of  318  ( 38109 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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16
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2.5
14
90
0
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60
2
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20
1.49
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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192
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12
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1.74
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0
1
55
1.10
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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19
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119
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2
2
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2.9
147
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2
639
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20
16
31
1.95
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
28103749--28104167
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5.7
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621
31
20
16
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1.95
28114744--28115044
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15
325
31
18
16
33
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2
2
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13
27
1.86
28134889--28134941
23
2.4
22
76
20
56
9
18
1
69
1.25
28143883--28143907
12
2.1
12
100
0
50
60
0
0
40
0.97
28144206--28144256
18
2.8
18
88
11
70
25
0
1
72
0.95
28144626--28144683
27
2.1
28
84
6
75
55
1
20
22
1.53
28148168--28148332
49
3.6
45
79
13
135
29
26
15
29
1.96
28148203--28148332
49
2.7
47
85
5
163
30
26
15
28
1.96
28148393--28148510
31
3.8
31
89
4
184
24
28
19
27
1.99
28148486--28148614
50
2.5
51
88
5
190
25
20
16
37
1.93
28152284--28152343
19
3.1
19
75
4
57
43
1
8
46
1.43
28153059--28153113
23
2.5
22
75
3
56
27
0
18
54
1.44
28153168--28153197
12
2.6
12
94
5
53
53
0
6
40
1.27
28158440--28158484
20
2.2
20
88
0
63
35
13
2
48
1.54
28161296--28161453
43
3.7
43
79
12
155
31
26
18
22
1.97
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
28164310--28164430
43
2.8
43
84
2
154
36
23
13
26
1.92
28164548--28164574
5
5.4
5
100
0
54
40
18
0
40
1.51
28167786--28167874
43
2.1
43
91
4
144
29
8
13
48
1.73
28171427--28171483
28
2.0
28
100
0
114
52
0
0
47
1.00
28171508--28171547
21
1.9
21
84
0
53
60
2
0
37
1.11
28175148--28175257
26
4.2
26
97
0
184
36
24
5
33
1.79
28180796--28181162
183
2.0
183
100
0
734
31
21
7
38
1.82
28181141--28181250
26
4.2
26
96
0
184
37
23
4
34
1.75
28181710--28181764
27
2.0
27
100
0
110
29
14
10
45
1.79
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13
2.2
13
100
0
56
28
7
10
53
1.62
28187815--28187989
46
3.8
46
77
13
196
29
29
20
20
1.98
28187823--28187993
93
1.8
93
92
0
288
29
29
21
20
1.98
28195641--28195719
41
1.9
42
86
2
115
15
25
17
41
1.88
28200432--28200462
15
2.1
15
93
0
53
77
0
12
9
0.99
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16
3.1
16
78
13
50
62
1
0
35
1.06
28200840--28200919
42
1.9
42
82
2
99
58
3
0
37
1.16
28203392--28203429
14
2.7
14
91
0
58
36
7
18
36
1.80
28203413--28203456
19
2.2
20
96
4
81
27
11
11
50
1.72
28203540--28203616
14
5.6
14
67
23
56
40
2
2
54
1.28
28203544--28203626
27
3.1
26
91
5
130
38
2
2
56
1.25
28203876--28203923
24
2.0
24
100
0
96
41
4
12
41
1.62
28214039--28214086
24
2.0
25
87
4
71
31
0
2
66
1.03
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
28214048--28214089
11
3.3
13
77
16
52
28
0
2
69
1.01
28219035--28219094
20
2.9
21
80
12
61
63
3
1
31
1.20
28219035--28219082
9
4.9
9
78
16
51
62
2
2
33
1.18
28219678--28219795
34
3.5
33
76
12
109
45
9
5
39
1.58
28226073--28226208
41
3.5
39
71
12
118
30
27
19
22
1.98
28231444--28231489
24
1.9
24
86
8
67
80
17
0
2
0.81
28231657--28231717
22
2.8
21
75
7
59
62
18
14
4
1.49
28233217--28233256
19
2.1
19
100
0
80
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15
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14
2.2
14
94
0
53
22
16
6
54
1.64
28234025--28234426
132
3.1
130
80
5
416
28
17
17
36
1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
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