genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.27.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10171431--10171501	21	3.4	21	80	0	79	33	18	45	2	1.64
10171725--10171758	14	2.4	14	95	0	59	17	8	20	52	1.71
10171825--10171987	41	3.9	41	79	6	139	32	20	20	26	1.97
10171827--10172114	126	2.3	125	83	3	344	28	21	20	29	1.98
10171914--10172200	42	6.8	42	90	2	425	24	22	21	32	1.98
10173273--10173311	19	2.1	19	85	0	51	51	0	2	46	1.14
10173341--10173373	16	2.1	16	94	0	57	45	0	3	51	1.16
10174535--10174607	33	2.2	33	92	0	119	32	8	5	53	1.54
10175750--10176138	197	2.0	197	100	0	778	31	12	17	38	1.88
10180998--10181046	18	2.5	19	84	15	57	51	6	8	34	1.57
10181971--10182014	16	2.5	19	75	17	51	59	2	2	36	1.23
10187817--10187862	16	2.9	16	81	12	51	60	2	0	36	1.09
10187817--10187849	17	2.0	17	88	5	50	60	0	0	39	0.97
10192804--10192842	8	4.9	8	83	0	51	41	0	0	58	0.98
10193762--10193819	29	2.0	29	100	0	116	31	13	0	55	1.39
10193951--10194150	72	2.7	72	89	3	285	25	19	9	46	1.80
10196624--10198070	366	3.9	367	86	1	2022	36	16	15	31	1.90
10200604--10204261	368	10.0	366	88	1	5080	36	16	14	32	1.89
10204793--10204856	32	2.0	32	84	6	85	39	9	7	43	1.66
10210019--10210054	18	2.0	18	94	0	63	36	11	22	30	1.89
10210020--10210061	18	2.3	18	87	0	57	38	14	16	30	1.89
10211562--10211605	23	1.9	23	81	9	54	31	13	11	43	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10211645--10211673	15	1.9	15	100	0	58	31	0	0	68	0.89
10220989--10221082	43	2.2	43	90	3	145	53	12	6	27	1.63
10221104--10221143	19	2.2	18	86	13	55	42	15	2	40	1.60
10225729--10225821	43	2.2	43	88	5	143	51	13	6	27	1.66
10225843--10225882	19	2.2	18	86	13	55	42	15	2	40	1.60
10228158--10228438	141	2.0	143	88	4	426	32	18	17	31	1.94
10229073--10229139	15	4.2	15	73	16	55	65	1	2	29	1.16
10236064--10236093	8	3.9	8	95	4	53	0	93	0	6	0.35
10236061--10236094	18	1.9	17	94	5	59	0	91	0	8	0.43
10236062--10236094	14	2.4	14	85	14	50	0	93	0	6	0.33
10236064--10236093	15	1.9	15	93	6	51	0	93	0	6	0.35
10236063--10236094	17	1.9	16	93	6	55	0	93	0	6	0.34
10250395--10250420	13	2.0	13	100	0	52	38	7	0	53	1.30
10253808--10253846	6	6.5	6	93	0	69	33	0	0	66	0.92
10256868--10257006	65	2.1	65	84	4	172	32	13	24	29	1.94
10259054--10259129	36	2.1	36	97	0	143	17	22	11	48	1.79
10259841--10259895	17	3.2	18	79	7	69	47	9	10	32	1.70
10260422--10260475	26	2.0	27	82	10	67	64	3	5	25	1.32
10260484--10260537	18	3.1	17	79	12	56	57	3	3	35	1.34
10260558--10260639	30	2.7	31	75	16	82	59	1	8	30	1.35
10260595--10260645	3	17.0	3	76	8	50	62	1	3	31	1.24
10260924--10260980	30	1.9	30	85	3	80	59	5	8	26	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10269444--10269472	13	2.1	14	93	6	51	51	0	3	44	1.18
10270527--10270570	15	2.9	15	82	0	61	36	2	13	47	1.56
10270877--10270945	27	2.4	28	81	13	79	18	5	33	42	1.75
10273419--10273446	13	2.2	13	100	0	56	78	7	14	0	0.95
10274201--10274257	15	3.9	15	88	2	89	35	0	12	52	1.39
10274628--10274710	21	3.8	23	81	9	84	14	22	25	37	1.92
10274640--10274700	21	2.8	21	90	5	86	13	24	27	34	1.93
10274876--10274916	19	2.2	19	87	12	59	46	0	21	31	1.52
10279965--10279998	18	1.9	17	88	5	50	50	8	8	32	1.64
10280530--10280583	26	2.0	27	82	10	67	64	5	5	24	1.36
10280592--10280645	18	3.1	17	79	12	56	59	1	3	35	1.26
10280703--10280753	3	17.0	3	76	8	50	62	1	3	31	1.24
10281031--10281087	30	1.9	30	85	3	80	59	5	8	26	1.48
10285149--10285203	20	2.8	20	72	10	51	45	3	1	49	1.30
10297953--10298421	235	2.0	225	86	6	638	21	7	19	52	1.70
10298372--10298427	28	2.0	28	82	6	69	16	3	19	60	1.49
10308316--10308361	17	2.8	16	90	6	65	65	2	0	32	1.05
10308316--10308368	17	3.2	16	81	7	63	64	3	0	32	1.12
10314481--10314518	19	2.0	19	89	0	58	42	5	21	31	1.75
10315644--10315681	15	2.5	15	87	8	51	34	2	0	63	1.09
10321733--10321777	22	2.0	22	100	0	90	44	4	0	51	1.21
10337276--10337364	31	2.9	31	75	3	92	53	3	2	40	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10337283--10337389	31	3.5	28	74	14	70	53	5	1	39	1.35
10341648--10341688	20	2.0	20	100	0	82	36	4	19	39	1.73
10343338--10343400	29	2.2	29	91	5	101	31	47	1	19	1.59
10343367--10343441	37	2.0	37	94	0	132	28	53	1	17	1.52
10343383--10343455	18	4.0	18	71	16	60	26	54	1	17	1.51
10343515--10343545	11	2.7	12	95	5	55	25	0	35	38	1.56
10343875--10343911	19	2.0	18	94	5	65	32	0	0	67	0.91
10343883--10343913	14	2.2	14	94	0	53	32	0	0	67	0.91
10344189--10344241	21	2.6	21	81	3	63	28	5	3	62	1.35
10344221--10344271	13	4.0	13	76	5	50	27	3	0	68	1.07
10344370--10344613	126	1.9	126	94	0	434	29	18	15	37	1.91
10345535--10345569	18	1.9	18	88	11	54	28	20	20	31	1.97
10345936--10345982	19	2.5	19	86	6	60	25	25	10	38	1.88
10355758--10355835	25	3.2	25	80	8	88	78	1	20	0	0.83
10355757--10355836	5	15.0	5	71	17	54	77	1	21	0	0.84
10355756--10355835	6	13.7	6	71	18	62	78	1	20	0	0.81
10355770--10355840	23	3.0	23	83	8	79	76	2	21	0	0.92
10355756--10355835	17	4.6	16	76	14	61	78	1	20	0	0.81
10357073--10357761	135	5.2	133	84	8	878	30	21	22	25	1.99
10368690--10368724	18	1.9	18	88	11	54	28	20	20	31	1.97
10369089--10369135	19	2.5	19	86	6	60	25	25	10	38	1.88
10378923--10379004	11	6.8	12	75	15	62	78	1	20	0	0.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10378924--10379005	5	16.0	5	72	16	53	76	1	21	0	0.85
10378923--10379004	6	13.7	6	70	17	55	78	1	20	0	0.83
10380398--10380606	45	4.6	45	69	15	162	31	21	22	25	1.98
10380263--10381285	135	7.6	135	85	3	1343	30	20	21	27	1.98
10380263--10381285	268	3.8	267	88	2	1421	30	20	21	27	1.98
10380801--10381008	45	4.6	45	68	15	151	29	21	23	25	1.99
10380263--10381270	403	2.5	403	89	0	1554	29	20	21	27	1.98
10381498--10381564	29	2.3	29	84	7	91	31	49	1	17	1.56
10381521--10381601	37	2.2	37	93	2	135	27	53	1	18	1.52
10381580--10381615	18	2.0	18	100	0	72	22	61	0	16	1.35
10381674--10381723	12	4.2	12	82	12	59	26	0	36	38	1.57
10381674--10381717	23	1.9	23	86	9	63	25	0	36	38	1.56
10381972--10382010	20	1.9	21	84	5	53	25	2	0	71	0.98
10381944--10382060	61	1.9	62	83	15	154	29	4	4	62	1.33
10382033--10382069	19	2.0	18	94	5	65	32	0	0	67	0.91
10382041--10382071	14	2.2	14	94	0	53	32	0	0	67	0.91
10382274--10382315	21	2.0	21	85	0	57	23	11	7	57	1.59
10382530--10382773	126	1.9	126	94	0	425	29	17	14	37	1.90
10383524--10383673	43	3.5	42	81	12	164	32	24	18	24	1.97
10383516--10383673	44	3.7	41	79	11	167	31	24	18	25	1.97
10384082--10384117	17	2.1	18	94	5	65	61	22	0	16	1.35
10384082--10384117	9	4.1	9	89	7	56	61	22	0	16	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10395580--10395610	12	2.6	12	89	0	53	6	41	38	12	1.69
10399829--10399870	21	2.0	21	100	0	84	28	9	23	38	1.86
10399850--10399995	55	2.6	57	94	2	260	28	11	19	40	1.87
10405121--10405180	29	2.1	29	96	0	111	23	8	11	56	1.61
10409039--10409538	41	11.7	44	72	14	293	26	22	20	31	1.98
10409039--10409414	87	4.3	88	74	9	308	26	22	21	30	1.99
10409000--10409622	44	14.6	43	69	13	249	26	22	19	31	1.98
10409081--10409499	174	2.4	170	85	6	560	26	22	20	30	1.98
10409341--10409624	124	2.3	124	98	0	541	27	20	19	32	1.97
10441927--10442081	47	3.3	46	83	5	184	30	28	15	25	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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