genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.278.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89047268--89047305	15	2.5	15	91	4	58	73	2	0	23	0.95
89055009--89055246	3	78.7	3	74	4	165	61	2	5	29	1.32
89056584--89056720	60	2.3	60	82	8	154	26	24	20	29	1.99
89064020--89064083	21	3.1	21	84	10	89	51	6	21	20	1.69
89065682--89066001	46	7.0	46	91	0	480	22	23	14	38	1.92
89072310--89072346	20	1.9	20	88	5	58	40	0	8	51	1.32
89074507--89074779	46	6.0	46	88	1	343	39	15	23	20	1.91
89074505--89074774	91	2.9	92	87	0	380	40	15	23	20	1.91
89074517--89074797	137	2.1	136	85	4	368	40	16	22	20	1.91
89075996--89076059	21	3.2	20	78	13	69	51	6	20	21	1.69
89079340--89079390	25	2.0	26	84	3	68	39	1	9	49	1.47
89084474--89084542	29	2.4	29	82	2	95	27	5	7	59	1.47
89084896--89085073	90	2.0	90	97	1	340	24	15	8	51	1.71
89085259--89085502	128	1.9	128	94	0	427	25	13	23	38	1.91
89086761--89086806	19	2.4	19	89	10	67	65	4	13	17	1.42
89087632--89087672	5	8.8	5	84	10	52	14	0	2	82	0.76
89087963--89088023	31	2.0	31	86	0	86	42	6	8	42	1.60
89090935--89091103	46	3.5	46	74	16	137	31	28	14	26	1.95
89092185--89092268	21	4.0	21	81	6	89	38	23	23	14	1.92
89092454--89092533	28	2.8	29	86	3	117	47	32	3	16	1.64
89099193--89099704	125	4.1	125	81	4	585	29	15	16	37	1.91
89099193--89099704	249	2.1	246	83	5	642	29	15	16	37	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89099785--89099875	34	2.7	33	83	8	112	42	13	1	42	1.50
89102153--89102588	215	2.0	215	99	0	854	38	7	19	34	1.80
89104529--89104583	12	4.9	11	75	18	51	41	3	1	52	1.29
89106257--89106413	41	3.9	41	81	3	192	35	20	19	24	1.96
89106257--89106413	81	1.9	82	84	3	210	35	20	19	24	1.96
89106501--89106536	17	2.1	18	89	5	56	25	0	13	61	1.33
89107512--89107874	165	2.2	163	84	4	451	34	15	23	25	1.95
89109649--89109678	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
89115616--89115741	59	2.1	58	83	11	150	26	14	13	46	1.81
89115704--89115776	29	2.5	28	82	6	83	27	15	16	41	1.88
89115964--89116009	24	2.0	23	86	4	65	65	2	4	28	1.23
89117284--89117339	28	2.0	29	92	3	96	28	3	7	60	1.40
89117713--89117773	13	4.7	13	74	13	63	42	22	0	34	1.54
89119270--89119462	40	4.8	41	77	8	209	16	24	21	37	1.94
89119270--89119462	82	2.4	81	93	5	338	16	24	21	37	1.94
89119600--89119773	81	2.2	82	93	3	300	28	14	20	36	1.92
89120644--89120680	10	3.7	10	92	0	65	43	0	13	43	1.44
89120747--89120798	27	1.9	27	88	0	77	40	0	9	50	1.35
89122070--89122099	14	2.1	14	100	0	60	26	13	6	53	1.64
89122589--89122625	10	3.7	10	89	10	58	29	10	29	29	1.91
89123770--89123812	17	2.5	17	96	3	77	48	16	0	34	1.46
89123709--89123852	54	2.7	53	90	7	220	43	11	1	43	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89123787--89123887	38	2.6	39	89	6	161	42	11	1	43	1.52
89123787--89123899	39	2.9	39	82	12	117	42	11	1	44	1.51
89123877--89123999	36	3.3	36	85	13	144	34	7	1	56	1.36
89123877--89123999	42	3.1	41	82	17	161	34	7	1	56	1.36
89124249--89124360	20	5.7	20	74	4	111	17	0	0	82	0.68
89124269--89124344	29	2.6	28	82	12	91	22	0	0	77	0.77
89124327--89124361	1	35.0	1	88	0	52	5	0	0	94	0.32
89129730--89129800	21	3.4	21	80	0	79	33	18	45	2	1.64
89130024--89130057	14	2.4	14	95	0	59	17	8	20	52	1.71
89130109--89130495	42	9.2	42	85	5	397	26	20	21	32	1.97
89130124--89130447	125	2.6	123	87	1	360	27	20	20	30	1.98
89130210--89130495	42	6.8	42	91	3	443	23	21	21	33	1.97
89130207--89130495	125	2.3	125	92	1	463	24	21	21	32	1.98
89130814--89130872	25	2.4	25	88	0	82	22	3	33	40	1.70
89151565--89151619	12	4.9	11	75	18	51	41	3	1	52	1.29
89153290--89153446	41	3.9	41	81	3	192	35	20	19	24	1.96
89153290--89153446	81	1.9	82	84	3	210	35	20	19	24	1.96
89153534--89153569	17	2.1	18	89	5	56	25	0	13	61	1.33
89154546--89154907	164	2.2	165	85	3	462	34	16	23	25	1.95
89156685--89156714	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
89162690--89162817	59	2.1	61	83	11	158	25	14	13	46	1.80
89162780--89162852	29	2.5	28	82	6	83	27	15	16	41	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89163042--89163087	24	2.0	23	86	4	65	65	2	4	28	1.23
89164309--89164348	11	3.6	11	79	0	53	20	12	10	57	1.63
89164388--89164446	30	2.0	30	96	0	109	30	3	8	57	1.45
89164832--89164895	13	4.9	13	81	7	85	42	23	0	34	1.55
89166403--89166596	41	4.7	41	80	5	223	16	23	22	38	1.93
89166401--89166596	82	2.4	82	97	1	367	16	23	21	38	1.93
89166736--89166912	82	2.2	82	96	0	327	28	14	20	36	1.92
89167812--89167848	10	3.7	10	92	0	65	43	0	13	43	1.44
89167916--89167967	27	1.9	27	88	0	77	40	0	9	50	1.35
89169281--89169310	14	2.1	14	100	0	60	26	13	6	53	1.64
89169835--89169874	11	3.7	11	90	3	64	35	10	27	27	1.89
89171213--89171511	17	16.6	17	70	24	161	43	11	1	42	1.51
89171230--89171393	40	3.7	40	73	24	157	43	10	1	43	1.50
89171204--89171353	57	2.6	57	95	2	266	44	11	1	42	1.48
89171233--89171544	97	3.2	97	93	4	518	42	10	2	44	1.52
89171330--89171454	57	2.1	60	92	5	211	44	12	1	42	1.51
89171225--89171527	101	3.0	100	93	5	533	42	10	1	44	1.50
89171379--89171494	44	2.7	43	90	5	184	43	11	1	43	1.50
89171423--89171544	57	2.1	57	92	0	199	41	10	2	45	1.52
89171516--89171560	13	3.5	13	87	0	72	40	6	2	51	1.41
89171707--89171856	73	2.1	73	100	0	300	50	1	6	41	1.37
89171708--89171824	38	3.2	38	67	16	118	53	1	7	36	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89171897--89172099	19	11.6	18	66	23	96	46	20	1	32	1.60
89171893--89172196	26	12.1	26	85	8	416	46	20	0	32	1.57
89172188--89172241	9	5.7	10	79	20	55	42	20	0	37	1.52
89171893--89172196	154	2.0	145	88	7	430	46	20	0	32	1.57
89172077--89172241	18	9.5	18	66	30	69	45	20	0	33	1.52
89177684--89177754	21	3.4	21	80	0	79	33	18	45	2	1.64
89177976--89178009	14	2.4	14	95	0	59	17	8	20	52	1.71
89178077--89178527	42	10.9	41	88	4	577	25	21	21	31	1.98
89178077--89178526	166	2.7	165	87	3	604	26	21	21	31	1.98
89194234--89194690	42	10.9	42	90	3	616	32	21	21	25	1.98
89194759--89194792	14	2.4	14	95	0	59	52	20	8	17	1.71
89195015--89195085	21	3.4	21	80	0	79	2	45	18	33	1.64
89200523--89200686	7	19.0	9	65	31	76	33	0	20	45	1.52
89200537--89200851	18	16.6	19	67	22	80	32	0	20	46	1.57
89200568--89200870	26	12.1	26	85	8	416	32	0	20	46	1.57
89200714--89200846	69	1.9	70	95	3	241	33	1	19	45	1.60
89200755--89200851	18	5.4	18	71	20	87	35	2	18	44	1.62
89200665--89200866	19	11.5	19	66	22	95	32	1	19	46	1.59
89200924--89201035	33	3.2	34	67	23	97	42	6	1	49	1.38
89200907--89201050	72	2.0	72	98	1	281	41	6	1	50	1.38
89201200--89201235	13	2.8	13	91	0	54	50	2	8	38	1.47
89201247--89201545	17	16.6	17	70	23	161	42	1	11	43	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89201235--89201554	57	6.1	57	74	21	360	44	1	10	43	1.50
89201264--89201374	44	2.7	40	86	10	177	44	1	10	43	1.50
89201365--89201471	40	2.7	40	94	2	189	43	1	11	42	1.51
89202873--89202912	11	3.7	11	93	3	64	27	27	10	35	1.89
89203435--89203464	14	2.1	14	100	0	60	53	6	13	26	1.64
89204753--89204803	26	1.9	27	88	4	77	49	9	0	41	1.36
89204869--89204905	10	3.7	10	92	0	65	43	13	0	43	1.44
89205789--89205964	83	2.2	81	93	3	300	35	20	15	28	1.93
89206102--89206294	40	4.8	40	74	11	146	37	22	22	17	1.94
89206102--89206294	81	2.4	81	88	9	288	37	22	22	17	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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