genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.276.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88496223--88496267	21	2.1	21	84	8	56	31	2	0	66	1.04
88496632--88496687	18	3.1	18	80	14	71	69	3	0	26	1.04
88496779--88496846	31	2.1	32	83	5	84	26	11	13	48	1.76
88502396--88502449	26	2.1	26	96	0	99	53	16	7	22	1.67
88504116--88504144	5	5.8	5	100	0	58	82	0	17	0	0.66
88512556--88512594	15	2.5	15	91	4	60	15	12	15	56	1.68
88514539--88514712	49	3.5	48	76	4	150	26	16	25	31	1.96
88524502--88524561	8	7.5	8	85	7	68	65	3	1	30	1.19
88524711--88524775	25	2.8	24	88	6	98	55	6	4	33	1.45
88524793--88524832	16	2.4	18	80	16	50	52	0	7	40	1.30
88524750--88524867	59	2.0	60	82	14	147	55	2	7	33	1.42
88524802--88524927	25	5.2	25	69	15	84	55	2	6	35	1.38
88525476--88525596	30	4.0	30	96	0	224	20	3	49	26	1.64
88526477--88526508	14	2.3	14	94	0	55	65	6	12	15	1.44
88526334--88526681	191	1.8	190	92	3	592	39	18	16	25	1.92
88526613--88526758	74	1.9	75	87	4	213	28	22	22	26	1.99
88526832--88526861	15	2.0	15	100	0	60	66	6	13	13	1.43
88526664--88527022	88	4.1	85	83	9	411	35	19	19	25	1.95
88526929--88527142	75	2.9	75	90	2	326	31	21	17	28	1.96
88527085--88527200	58	2.0	58	86	3	162	31	24	18	26	1.97
88527146--88527436	71	3.9	72	83	7	343	30	20	16	31	1.95
88534873--88534902	10	3.0	10	90	0	51	53	6	0	40	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88546641--88546679	20	1.9	20	84	5	51	7	17	17	56	1.64
88549500--88549677	27	6.6	26	80	6	169	26	16	28	28	1.97
88549501--88549656	82	1.9	81	86	3	224	26	16	28	28	1.97
88549497--88549677	82	2.2	81	82	2	220	26	16	28	28	1.97
88560805--88560918	56	2.0	56	98	0	219	49	10	22	17	1.77
88578242--88578636	46	8.8	46	88	6	524	41	13	24	21	1.89
88578422--88578494	36	2.0	36	100	0	146	39	8	27	24	1.84
88578376--88578540	82	2.0	82	97	0	312	38	11	26	23	1.89
88580430--88580586	43	3.7	43	76	9	142	31	26	20	22	1.98
88585399--88585446	23	2.1	23	100	0	96	20	16	8	54	1.68
88585403--88585451	23	2.2	22	92	7	82	20	16	10	53	1.72
88586189--88586228	16	2.5	15	84	8	53	67	2	2	27	1.16
88586163--88586337	24	6.7	25	68	15	86	60	2	1	35	1.22
88586240--88586347	27	4.0	27	76	13	89	62	2	1	32	1.20
88586271--88586314	19	2.3	19	88	7	63	65	0	0	34	0.93
88586292--88586346	26	2.2	26	90	9	87	63	3	1	30	1.22
88586246--88586346	26	3.9	24	78	13	85	65	2	0	30	1.14
88587835--88587869	10	3.5	10	92	0	52	11	34	5	48	1.63
88589705--88589763	25	2.4	25	88	0	82	22	27	15	35	1.94
88591663--88591838	43	4.0	44	77	8	180	26	23	17	32	1.96
88591668--88591858	88	2.2	87	85	3	249	25	24	17	31	1.97
88593120--88593181	25	2.6	24	82	12	74	66	0	0	33	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88609625--88609664	21	1.9	21	84	0	53	45	12	10	32	1.75
88613930--88614042	47	2.4	47	92	0	190	48	23	12	15	1.79
88620347--88620391	23	2.0	23	82	4	56	40	8	2	48	1.47
88625120--88625206	20	4.4	19	80	12	70	37	19	32	10	1.86
88625120--88625206	40	2.2	40	89	0	129	37	19	32	10	1.86
88625130--88625208	20	4.0	20	85	9	108	40	18	30	10	1.84
88629853--88630610	23	33.2	23	76	7	564	37	24	5	32	1.78
88629865--88630588	46	15.8	46	79	7	631	38	23	5	32	1.77
88629853--88630541	183	3.8	182	86	5	846	38	23	5	32	1.77
88629861--88630587	206	3.5	203	85	7	893	38	24	5	32	1.77
88634707--88634760	7	7.9	7	95	4	101	12	0	0	87	0.56
88634707--88634760	20	2.7	20	97	2	74	12	0	0	87	0.56
88635368--88635425	20	3.0	20	72	20	61	51	22	1	24	1.57
88635777--88635825	22	2.3	21	78	3	53	46	32	0	20	1.51
88636351--88636384	18	1.9	18	88	5	52	29	0	5	64	1.17
88637924--88637963	21	1.9	21	84	0	53	65	0	7	27	1.20
88639872--88640297	44	9.6	45	76	3	344	30	18	16	34	1.93
88639872--88640303	89	4.9	89	82	3	442	30	18	16	34	1.93
88639922--88640327	178	2.3	179	82	5	493	29	18	16	34	1.93
88648787--88648860	38	1.9	38	88	0	112	24	17	13	44	1.85
88660434--88660485	19	2.7	19	82	5	61	50	15	1	32	1.55
88664109--88664156	3	16.0	3	100	0	96	66	0	0	33	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88666830--88666864	12	2.9	12	91	0	52	65	0	0	34	0.93
88671213--88671291	23	3.3	23	77	7	77	11	24	24	40	1.87
88671322--88671366	23	2.0	23	86	0	63	15	26	22	35	1.94
88673886--88674015	35	3.6	35	71	15	111	32	13	21	33	1.92
88678430--88678464	18	1.9	18	100	0	70	34	5	20	40	1.76
88678638--88678814	50	3.5	50	88	0	264	36	16	21	25	1.94
88678790--88678938	31	4.8	31	85	3	219	27	18	26	26	1.98
88678960--88679124	49	3.6	47	82	8	182	28	13	26	30	1.94
88679041--88679165	42	3.0	42	86	0	169	28	13	26	32	1.94
88680824--88680959	47	2.9	50	78	17	180	29	29	19	21	1.98
88686569--88686745	50	3.5	50	89	0	264	36	16	20	25	1.94
88686721--88686900	31	5.8	31	88	2	272	27	20	27	25	1.99
88686922--88687083	49	3.5	48	82	8	178	29	14	26	29	1.95
88687014--88687126	42	2.7	43	86	4	158	30	14	25	30	1.95
88688846--88688885	20	2.0	20	90	4	64	40	7	5	47	1.54
88692776--88692885	38	2.9	38	77	8	98	30	21	15	32	1.94
88693279--88693348	29	2.4	29	92	0	113	20	15	24	40	1.91
88693308--88693529	70	3.2	67	79	8	212	23	20	22	32	1.98
88694709--88694760	23	2.4	21	75	15	52	23	5	5	65	1.36
88695028--88695339	70	4.5	70	79	4	297	24	20	22	33	1.97
88695073--88695183	35	3.2	35	67	27	90	21	18	22	36	1.95
88707253--88707324	23	3.1	23	66	4	63	34	12	8	44	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88709067--88709154	42	2.1	42	93	2	151	39	10	10	39	1.73
88713551--88713649	50	2.1	47	83	11	121	52	5	3	39	1.39
88716359--88716622	130	2.0	130	100	0	528	39	11	15	33	1.84
88731832--88731891	30	2.0	30	90	0	93	71	6	5	16	1.25
88742825--88742892	35	1.9	35	87	0	100	38	26	19	16	1.92
88752707--88752818	57	2.0	57	96	0	206	34	8	14	41	1.77
88758630--88758806	35	5.1	35	84	5	223	28	13	22	36	1.92
88762972--88763024	26	2.0	26	82	7	63	32	28	9	30	1.88
88768993--88769127	49	2.7	49	80	3	146	22	28	16	32	1.96
88780347--88780391	20	2.2	20	80	0	54	33	24	8	33	1.86
88793497--88793540	22	2.0	23	86	8	65	40	0	0	59	0.98
88793491--88793541	22	2.3	23	80	13	61	39	0	3	56	1.18
88796196--88796239	21	2.1	21	82	0	52	13	20	27	38	1.90
88796331--88796538	43	4.9	43	92	0	319	31	27	17	23	1.97
88800899--88800938	16	2.6	16	88	7	57	45	0	35	20	1.51
88801258--88801356	47	2.1	48	96	1	182	46	0	7	46	1.30
88801342--88801394	25	2.1	26	82	3	63	18	3	5	71	1.21
88801341--88801394	19	2.8	18	78	10	54	20	3	5	70	1.23
88801712--88801766	7	7.7	7	79	4	65	32	47	0	20	1.50
88801711--88801791	21	3.8	21	74	8	74	33	43	0	23	1.54
88802044--88802110	14	4.9	14	74	7	57	32	41	1	23	1.64
88802133--88802165	14	2.3	15	94	5	59	36	33	0	30	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88802731--88803530	145	5.5	145	94	1	1381	24	17	14	43	1.86
88802730--88803530	289	2.8	289	94	1	1390	24	16	14	43	1.86
88803526--88803694	73	2.3	72	86	2	230	26	23	24	26	2.00
88803762--88803787	12	2.2	12	100	0	52	46	30	15	7	1.74
88805231--88805261	14	2.2	14	94	0	53	25	0	3	70	1.02
88807977--88808019	3	14.3	3	100	0	86	67	0	0	32	0.91
88809059--88809101	3	14.3	3	95	0	77	2	0	30	67	1.03
88809049--88809098	12	4.2	12	92	5	66	4	2	28	66	1.21
88823905--88824341	50	8.7	50	75	5	362	27	17	25	29	1.98
88823906--88824343	101	4.4	100	73	8	359	27	17	26	29	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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