genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.281.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89976137--89976202	6	10.8	6	76	15	64	19	19	16	43	1.88
89976127--89976193	31	2.2	31	91	0	107	19	20	14	44	1.86
89976535--89976566	7	4.6	7	100	0	64	40	0	12	46	1.42
89978744--89978821	32	2.5	32	82	2	95	24	29	33	12	1.92
89987051--89987159	43	2.6	43	94	1	184	22	23	29	23	1.99
89992550--89993009	46	10.0	46	89	2	627	40	13	23	21	1.89
89993290--89993322	17	2.0	17	94	5	59	48	0	15	36	1.45
90008936--90008982	18	2.6	18	83	10	60	42	0	2	55	1.12
90008944--90008982	18	2.2	18	90	4	62	43	0	0	56	0.99
90008973--90009009	19	2.0	19	89	5	58	37	0	5	56	1.22
90011868--90011933	6	11.0	6	98	0	123	31	0	0	68	0.90
90011985--90012034	23	2.1	24	81	3	57	44	2	2	52	1.24
90016054--90016098	21	2.1	21	84	8	56	60	4	8	26	1.46
90016001--90016083	28	3.0	27	78	16	91	62	2	4	30	1.28
90016361--90016455	25	3.8	25	85	12	90	43	1	0	55	1.06
90016425--90016489	19	3.6	17	82	13	76	33	3	0	63	1.10
90016387--90016459	25	2.9	25	95	0	128	39	0	0	60	0.97
90017565--90017604	20	2.0	21	90	5	64	50	2	0	47	1.14
90025276--90025354	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
90025473--90025715	47	5.1	47	93	4	396	28	29	8	33	1.87
90025473--90025715	49	5.1	48	93	3	386	28	29	8	33	1.87
90031177--90031286	58	1.9	58	86	0	157	32	25	16	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90031177--90031328	58	2.5	57	80	7	151	31	27	16	24	1.96
90032053--90032126	36	2.1	36	100	0	148	48	18	0	32	1.49
90032309--90032369	8	7.8	8	87	9	90	59	0	1	39	1.08
90036089--90036239	42	3.6	41	81	3	158	17	21	14	46	1.84
90036089--90036243	84	1.8	84	83	2	204	16	21	14	47	1.83
90036119--90036264	42	3.5	42	80	8	136	16	21	15	46	1.84
90036089--90036266	84	2.1	84	81	4	198	17	21	14	46	1.83
90042269--90042307	17	2.4	16	86	4	51	43	0	0	56	0.99
90047181--90047218	2	19.0	2	100	0	76	50	0	50	0	1.00
90048151--90048196	17	2.5	19	74	19	53	45	0	6	47	1.28
90048520--90048561	3	14.0	3	94	0	75	30	0	2	66	1.04
90050302--90050421	20	6.0	20	77	5	118	11	26	20	41	1.86
90050300--90050419	40	3.0	40	85	2	161	11	26	20	40	1.87
90052204--90052264	30	2.0	30	87	6	88	36	8	26	29	1.85
90052910--90053155	49	4.9	50	82	2	298	26	18	26	28	1.98
90055901--90055939	15	2.5	15	91	4	60	15	12	15	56	1.68
90057980--90058038	30	2.0	29	83	9	75	37	6	27	28	1.82
90058679--90058924	49	4.9	50	79	7	268	27	17	26	29	1.97
90058784--90058867	28	3.2	28	65	25	83	23	16	29	29	1.96
90058682--90058924	100	2.4	100	83	4	287	27	17	25	29	1.97
90064130--90064253	62	2.0	62	93	0	212	21	34	19	24	1.96
90067879--90067962	35	2.4	34	79	11	98	33	27	11	27	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90071048--90071097	26	1.9	26	83	0	64	30	16	12	42	1.84
90072536--90072584	25	2.0	24	92	4	80	44	0	0	55	0.99
90072558--90072607	18	2.9	18	76	5	50	46	0	0	54	1.00
90072920--90072961	3	14.0	3	100	0	84	66	0	0	33	0.92
90075633--90075689	24	2.4	24	96	0	105	36	8	15	38	1.79
90088322--90088355	17	2.1	17	88	5	52	29	0	0	70	0.87
90088402--90088460	21	2.8	22	80	7	61	22	0	8	69	1.15
90088431--90088480	26	2.0	24	88	7	73	30	0	6	64	1.18
90091727--90091980	67	3.8	68	79	2	208	33	20	24	22	1.97
90115297--90115357	9	6.4	9	76	14	52	31	3	1	63	1.20
90115296--90115338	10	4.3	10	82	11	52	32	0	0	67	0.91
90116571--90116612	22	1.9	22	85	0	57	38	2	4	54	1.34
90116571--90116628	15	3.9	15	78	17	50	37	1	5	55	1.33
90116728--90116760	17	2.0	17	88	5	50	39	0	0	60	0.97
90117519--90117557	18	2.2	18	85	0	51	35	15	7	41	1.76
90118267--90118302	6	5.7	6	87	12	54	77	2	0	19	0.88
90118270--90118296	14	1.9	14	100	0	54	74	3	0	22	0.98
90118244--90118301	20	2.6	22	81	15	66	72	3	0	24	1.00
90118311--90118387	9	8.6	9	82	5	93	27	9	18	45	1.79
90119471--90119504	16	2.1	16	94	0	59	64	0	0	35	0.94
90121443--90121820	115	3.3	115	90	1	580	22	9	19	48	1.78
90121443--90121871	229	1.9	229	84	2	576	22	9	19	48	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90125588--90125658	34	2.1	34	89	0	106	29	8	22	39	1.83
90125993--90126042	22	2.3	22	82	6	66	36	12	24	28	1.91
90128223--90128305	38	2.2	38	91	4	134	27	13	24	34	1.92
90130448--90130500	29	1.9	26	85	11	70	67	3	1	26	1.17
90132539--90132594	23	2.4	23	79	5	60	39	0	0	60	0.97
90134157--90134217	13	5.2	12	75	15	56	49	8	3	39	1.49
90134164--90134217	23	2.5	20	80	13	63	50	7	3	38	1.48
90150975--90151014	21	1.9	21	90	10	64	47	12	10	30	1.74
90152420--90152499	25	3.2	24	75	16	74	23	17	28	30	1.97
90152430--90152513	25	3.4	24	80	6	87	22	19	27	30	1.98
90154288--90154323	13	2.6	14	91	8	56	75	0	8	16	1.04
90159242--90159285	23	1.9	23	86	9	63	70	2	4	22	1.17
90159248--90159305	29	2.0	29	87	12	84	65	0	6	27	1.18
90159364--90159396	3	11.0	3	87	12	50	66	0	3	30	1.06
90161201--90161262	13	4.8	13	80	5	72	30	4	25	38	1.77
90162467--90162522	28	2.0	28	100	0	112	28	7	28	35	1.84
90162904--90162959	28	2.0	28	96	0	103	21	12	17	48	1.80
90162905--90162970	28	2.4	28	89	5	98	19	13	18	48	1.81
90166689--90166920	126	1.8	126	84	3	315	36	15	15	32	1.89
90167390--90167435	17	2.7	18	83	10	60	76	2	0	21	0.90
90167390--90167431	12	3.7	11	81	15	50	76	2	0	21	0.90
90167392--90167422	6	5.0	6	96	4	53	80	0	0	19	0.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90170601--90170672	35	2.1	35	97	0	135	40	8	13	37	1.75
90170747--90171090	129	2.7	127	90	3	512	30	8	15	45	1.77
90171518--90171553	18	2.0	18	88	0	54	69	8	0	22	1.15
90171636--90171698	30	2.1	30	93	0	108	58	12	4	23	1.53
90180948--90182093	419	2.7	416	79	7	1198	41	12	19	26	1.86
90188327--90188369	22	1.9	23	85	4	61	37	0	4	58	1.19
90192667--90192711	14	3.2	14	74	0	54	46	33	0	20	1.51
90192697--90192740	23	1.9	23	90	0	70	38	43	0	18	1.50
90192730--90192779	22	2.4	21	86	6	66	40	40	0	20	1.52
90193221--90193409	41	4.7	40	85	2	243	30	22	22	24	1.99
90193221--90193409	81	2.3	82	86	2	256	30	22	22	24	1.99
90193382--90193504	41	3.0	42	83	8	148	21	20	21	37	1.95
90193704--90193766	31	2.1	29	82	11	74	34	1	0	63	1.04
90194724--90194780	16	3.6	15	76	19	62	38	21	5	35	1.76
90197864--90197960	22	4.4	22	73	20	62	35	17	16	30	1.92
90198188--90198250	18	3.6	18	80	4	56	30	23	25	20	1.99
90201151--90201201	18	2.9	18	94	2	86	49	37	0	13	1.43
90201612--90201650	17	2.3	17	86	8	53	17	10	0	71	1.12
90201698--90201751	13	4.0	14	79	11	51	72	3	0	24	1.01
90202398--90202440	11	3.9	11	81	0	50	34	0	4	60	1.17
90214763--90215664	73	11.7	73	72	14	535	31	16	19	32	1.94
90215076--90215669	74	7.6	82	78	13	384	31	16	20	32	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90214850--90215664	158	5.2	156	83	7	857	31	16	19	32	1.94
90215309--90215669	74	4.8	74	86	5	456	32	17	19	31	1.94
90215309--90215664	150	2.4	149	85	4	466	32	17	19	30	1.94
90216735--90216773	17	2.3	17	86	8	53	17	10	0	71	1.12
90216971--90217005	11	3.2	11	88	11	54	0	54	0	45	0.99
90217491--90217531	11	3.9	11	84	6	50	39	0	4	56	1.21
90222798--90222971	75	2.3	75	84	5	226	24	20	18	36	1.95
90222845--90222971	40	3.3	40	69	12	104	25	19	18	36	1.94
90222837--90223033	75	2.6	75	84	4	238	24	17	19	37	1.94
90224056--90224108	24	2.2	24	89	0	79	52	32	13	1	1.51

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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