genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.209.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66187814--66188435	45	13.8	43	75	10	410	30	20	22	26	1.98
66188095--66188435	180	1.9	180	87	3	499	31	19	22	26	1.98
66187778--66188435	270	2.4	270	84	5	771	30	20	22	26	1.98
66191185--66191223	21	1.9	19	85	10	51	23	48	17	10	1.78
66194100--66194270	39	4.3	39	80	6	166	26	19	27	26	1.99
66194100--66194268	79	2.1	79	80	4	189	26	19	27	26	1.99
66194047--66194270	40	5.7	40	78	8	190	26	19	27	26	1.99
66196565--66196867	127	2.4	126	80	3	331	26	17	18	37	1.93
66205723--66205764	19	2.2	19	95	0	75	38	19	16	26	1.92
66210093--66210171	28	2.8	28	86	0	104	34	11	25	29	1.91
66210331--66210411	43	1.9	42	87	2	117	27	22	30	19	1.98
66210344--66210492	40	3.6	40	72	6	120	29	20	27	22	1.98
66216955--66217016	28	2.2	28	88	0	88	33	6	25	33	1.82
66216963--66217031	28	2.5	28	81	4	79	40	8	20	30	1.82
66221313--66221452	66	2.1	66	87	0	208	15	31	26	26	1.96
66228553--66228598	22	2.1	22	84	4	58	28	32	26	13	1.93
66231054--66231129	40	1.9	40	83	5	100	35	14	22	27	1.93
66235305--66235934	47	13.4	47	95	0	1098	32	8	29	29	1.87
66236053--66236131	37	2.1	37	86	4	106	25	17	30	26	1.97
66237523--66237597	34	2.2	34	92	2	123	45	20	16	18	1.86
66261058--66261229	49	3.6	47	76	9	132	30	16	27	25	1.96
66268093--66268159	33	2.0	33	97	0	125	22	2	35	38	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66272670--66272699	11	2.6	11	94	5	51	53	0	26	20	1.46
66277541--66277716	46	3.8	46	76	12	189	21	20	28	28	1.98
66284409--66284584	46	3.8	46	79	12	207	20	20	29	29	1.98
66284406--66284577	93	1.8	93	94	0	308	20	20	29	28	1.98
66293429--66293977	47	11.7	47	92	4	882	32	8	30	29	1.87
66293456--66293912	228	2.0	227	96	1	853	31	8	29	29	1.87
66293429--66293967	275	2.0	276	94	1	947	31	8	30	29	1.87
66294096--66294210	37	3.1	37	92	2	178	23	19	31	26	1.98
66296103--66296187	39	2.2	39	82	2	107	28	22	27	22	1.99
66296064--66296207	40	3.6	40	78	10	134	26	22	27	23	2.00
66296182--66296498	40	7.9	40	90	0	454	24	21	27	26	1.99
66296144--66296498	120	3.0	120	89	1	507	24	21	28	25	1.99
66300022--66300514	47	10.7	47	87	9	689	32	9	30	28	1.88
66300226--66300447	38	5.2	40	82	17	238	31	9	30	28	1.88
66300022--66300514	134	3.6	132	90	5	727	32	9	30	28	1.88
66300098--66300446	181	2.0	170	91	6	554	31	10	30	28	1.89
66300330--66300504	85	2.1	85	90	0	269	32	10	32	25	1.89
66300024--66300514	228	2.1	230	85	10	725	32	9	30	28	1.88
66300633--66300748	37	3.1	37	92	0	187	21	18	33	25	1.97
66302174--66302348	40	4.4	40	93	0	305	21	19	29	29	1.98
66302174--66302372	80	2.5	80	87	1	238	22	20	28	28	1.99
66307652--66307749	28	3.5	28	70	18	87	29	33	14	22	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66307642--66307777	56	2.4	56	93	4	229	30	29	14	25	1.95
66307682--66307777	28	3.4	28	72	16	108	29	27	16	27	1.97
66324335--66324400	28	2.3	29	77	15	75	51	0	4	43	1.22
66324339--66324400	27	2.2	28	85	5	81	51	0	4	43	1.23
66330637--66330715	29	2.6	31	80	13	92	43	16	12	27	1.84
66330595--66330739	31	4.7	31	70	10	84	39	18	13	28	1.89
66332923--66333209	54	5.3	54	74	8	244	32	14	16	36	1.88
66332926--66333048	55	2.3	55	82	1	140	34	14	14	36	1.87
66332923--66333243	27	11.9	27	73	11	185	33	14	15	37	1.88
66332914--66333069	82	1.9	82	83	7	201	33	16	16	33	1.91
66332923--66333243	54	5.9	54	73	11	221	33	14	15	37	1.88
66332923--66333227	134	2.3	135	79	7	343	33	14	16	36	1.88
66335261--66335303	21	2.0	20	83	16	52	39	6	0	53	1.28
66337363--66337473	55	2.0	55	98	0	213	37	6	19	36	1.78
66338498--66338670	46	3.8	45	74	13	154	21	19	28	30	1.97
66338492--66338663	93	1.8	93	87	0	254	22	19	27	30	1.98
66341113--66341156	22	2.0	22	82	8	54	36	25	0	38	1.56
66347970--66348009	19	2.1	19	100	0	80	17	32	30	20	1.95
66348609--66348687	26	3.0	26	83	0	86	43	13	7	35	1.73
66358836--66358893	21	2.8	21	89	0	89	37	10	29	22	1.87
66358934--66358978	22	2.0	22	100	0	90	26	8	40	24	1.84
66359117--66359194	22	3.3	22	68	16	66	17	14	3	64	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66359115--66359202	27	3.5	26	68	21	78	18	12	4	64	1.43
66359102--66359200	49	2.0	49	96	0	180	19	12	4	64	1.42
66364117--66364334	45	4.9	45	82	4	228	26	28	21	23	1.99
66364332--66364412	38	2.1	38	88	0	117	34	23	19	22	1.96
66366407--66366582	46	3.8	46	78	12	207	22	21	27	28	1.99
66366404--66366574	93	1.8	93	94	0	306	22	21	28	28	1.99
66370309--66370376	23	3.2	23	60	23	58	11	5	38	44	1.65
66370309--66370388	40	2.0	40	100	0	160	12	5	37	45	1.64
66371066--66371159	27	3.5	27	84	5	102	41	17	17	24	1.89
66371119--66371250	27	4.9	27	78	5	124	28	16	18	36	1.93
66371119--66371238	54	2.2	54	79	8	138	30	15	20	34	1.94
66371585--66371676	27	3.4	27	85	5	98	40	16	18	25	1.91
66371637--66371768	27	4.9	27	78	5	124	28	15	18	36	1.92
66371637--66371756	54	2.2	54	79	8	138	30	15	20	34	1.93
66372084--66372118	18	1.9	18	94	0	61	22	22	11	42	1.85
66377481--66377704	40	5.7	40	85	6	262	25	26	21	25	2.00
66377481--66377704	79	2.8	80	84	7	280	25	26	21	25	2.00
66394212--66399290	608	8.5	617	92	6	8304	37	9	18	34	1.84
66400779--66400961	40	4.6	40	82	5	192	25	21	27	25	1.99
66405271--66405428	42	3.7	42	81	4	174	28	17	24	30	1.97
66408001--66408115	27	4.3	27	80	3	124	22	20	20	35	1.96
66410242--66410436	49	3.9	49	80	7	214	27	17	26	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66415757--66415821	28	2.3	28	91	0	103	32	27	7	32	1.85
66415927--66415989	28	2.2	29	88	8	94	22	22	23	31	1.98
66415937--66416000	28	2.2	28	86	2	83	25	25	18	31	1.98
66416453--66416491	19	2.1	19	85	0	51	15	5	7	71	1.26
66435405--66435629	119	1.9	120	82	6	287	26	27	21	24	1.99
66435386--66435629	40	6.1	40	83	6	282	26	27	21	25	1.99
66438643--66438678	17	2.1	17	100	0	72	30	22	27	19	1.98
66439702--66439727	13	2.0	13	100	0	52	23	23	0	53	1.46
66445312--66445381	35	2.0	35	94	0	122	34	10	18	37	1.84
66448684--66448718	15	2.3	15	90	0	52	65	5	5	22	1.36
66450376--66450441	29	2.3	29	94	0	123	18	39	19	22	1.92
66451131--66451188	18	3.0	20	69	23	52	70	1	25	1	1.06
66451140--66451188	20	2.6	19	78	9	55	71	2	24	2	1.07
66452587--66452621	14	2.3	16	90	9	56	51	0	2	45	1.16
66455249--66455417	39	4.3	40	90	2	225	27	28	20	23	1.99
66455247--66455417	79	2.2	79	84	2	227	27	29	19	23	1.98
66455247--66455470	40	5.7	40	85	5	224	27	28	20	24	1.99
66455285--66455470	79	2.3	79	81	8	207	27	29	19	23	1.99
66455402--66455479	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
66463143--66463326	80	2.3	80	81	5	203	25	27	21	25	1.99
66463143--66463273	40	3.3	40	90	0	190	25	27	22	25	2.00
66468521--66468683	43	3.8	43	83	5	172	25	16	26	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66495615--66495646	12	2.6	13	90	9	50	50	25	6	18	1.70
66497796--66497827	12	2.6	13	90	9	50	50	25	6	18	1.70
66502294--66502387	27	3.5	27	85	4	136	40	24	7	27	1.82
66502309--66502490	54	3.3	53	75	7	150	40	18	9	31	1.83
66502297--66502476	27	6.6	27	73	9	114	39	19	10	31	1.85
66502528--66502616	27	3.3	27	84	3	99	37	17	24	20	1.94
66503424--66503588	26	6.4	26	88	0	242	27	20	23	29	1.98
66503742--66503833	42	2.2	42	92	3	150	29	14	20	35	1.92
66503857--66503926	31	2.3	31	89	0	104	31	14	24	30	1.94
66503875--66504142	133	2.0	133	98	0	518	30	19	23	26	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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