genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.241.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76369561--76369587	14	1.9	14	100	0	54	59	0	0	40	0.98
76371132--76371179	25	1.9	25	83	8	62	41	2	4	52	1.32
76371156--76371280	57	2.1	58	82	8	146	52	0	0	46	1.12
76371229--76371314	12	7.8	11	72	25	67	52	0	0	47	1.00
76371204--76371287	15	5.8	15	68	19	54	51	0	0	48	1.00
76371243--76371312	22	3.0	24	75	23	69	48	0	0	51	1.00
76379491--76379589	13	7.5	13	72	17	71	47	2	18	32	1.60
76379501--76379589	40	2.2	40	88	4	135	44	2	19	33	1.63
76380512--76380574	30	2.1	30	90	0	99	20	22	25	31	1.98
76381420--76381457	14	2.5	16	91	8	62	47	0	18	34	1.49
76390446--76390475	15	2.0	15	100	0	60	33	20	0	46	1.51
76390448--76390490	15	2.8	16	86	10	54	34	13	2	48	1.56
76392663--76392859	74	2.7	74	77	3	216	41	15	13	29	1.85
76392818--76392943	63	2.0	63	90	0	198	40	15	13	30	1.85
76395890--76395956	28	2.2	30	80	17	77	50	2	0	46	1.16
76399183--76399383	99	2.0	99	91	0	321	28	26	5	38	1.80
76399440--76399529	38	2.3	39	86	7	119	41	25	0	33	1.56
76401795--76401908	56	2.0	56	96	0	210	31	16	16	35	1.92
76403230--76403324	40	2.4	39	75	11	104	36	34	11	16	1.85
76413673--76413832	78	2.0	81	85	6	220	17	9	16	56	1.65
76418599--76418674	27	2.9	27	90	2	109	30	14	17	38	1.89
76421181--76421358	97	1.9	94	85	5	250	29	18	29	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76421329--76421455	47	2.6	48	81	6	150	23	18	31	25	1.98
76423213--76423289	35	2.2	35	83	4	93	35	19	11	33	1.88
76426994--76427169	46	3.8	46	78	12	198	19	20	30	28	1.97
76426990--76427162	93	1.9	93	93	0	301	20	20	31	27	1.98
76429316--76429345	12	2.4	13	94	5	53	56	0	0	43	0.99
76429418--76429454	19	1.9	19	94	0	65	40	18	2	37	1.65
76429926--76429988	33	1.9	33	84	12	85	68	11	9	11	1.40
76434851--76434948	34	2.9	33	86	10	121	26	23	23	26	2.00
76439743--76439885	43	3.3	43	74	15	120	30	28	17	23	1.97
76439737--76439911	86	2.0	85	82	5	210	34	27	14	23	1.94
76445189--76445227	10	3.8	10	93	6	69	33	17	17	30	1.94
76445188--76445227	21	1.9	21	100	0	80	35	17	17	30	1.93
76453093--76453127	10	3.4	10	92	7	61	31	20	20	28	1.97
76454140--76454199	30	2.0	30	93	6	104	30	21	25	23	1.99
76455174--76455204	13	2.4	13	94	0	53	3	25	0	70	1.02
76475974--76476187	40	5.7	40	82	14	276	30	21	25	23	1.99
76484616--76484843	40	5.7	40	96	0	402	31	20	26	21	1.98
76491561--76491716	43	3.7	41	80	10	161	28	28	17	25	1.98
76491561--76491720	86	1.9	86	85	2	223	28	28	18	25	1.98
76492994--76493049	28	2.0	28	100	0	112	42	14	17	25	1.87
76498606--76498775	43	4.0	42	79	11	157	30	25	18	25	1.98
76499905--76499933	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76503171--76503222	27	2.0	26	85	11	70	15	26	21	36	1.93
76511346--76511505	27	5.9	27	79	12	159	34	21	25	19	1.96
76511364--76511505	54	2.6	54	89	3	214	34	22	24	18	1.96
76513649--76513700	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
76513741--76513800	27	2.3	26	82	2	66	23	21	20	35	1.96
76524874--76524992	44	2.6	46	80	6	136	23	29	19	27	1.98
76524881--76525095	47	4.7	44	72	14	130	22	30	19	27	1.98
76524828--76525101	94	2.9	94	76	10	296	23	30	18	27	1.98
76526630--76526662	10	3.2	10	91	8	57	42	0	0	57	0.98
76526973--76527008	19	1.9	18	88	5	54	41	11	0	47	1.39
76527959--76527985	14	1.9	14	100	0	54	18	22	14	44	1.86
76534507--76534563	29	2.0	29	82	6	71	21	17	3	57	1.54
76541404--76541506	52	2.0	52	98	0	197	19	16	25	38	1.92
76547942--76547987	13	3.3	15	77	17	55	13	13	15	58	1.63
76550795--76550847	26	2.0	26	100	0	106	28	11	22	37	1.89
76558740--76558982	40	6.1	40	94	2	400	27	26	22	23	2.00
76560359--76560384	13	2.0	13	100	0	52	61	7	0	30	1.24
76563684--76563726	19	2.2	20	83	4	52	34	2	20	41	1.65
76564236--76564404	48	3.6	48	84	3	216	28	20	28	21	1.98
76564287--76564546	142	1.9	138	80	8	310	27	17	29	25	1.98
76564236--76564595	48	7.6	49	73	10	153	27	18	28	25	1.98
76566033--76566065	15	2.2	15	100	0	66	42	6	12	39	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76568672--76568724	28	1.9	27	82	17	65	47	16	1	33	1.58
76570050--76570127	37	2.1	37	90	0	120	39	3	8	47	1.53
76570836--76570877	21	2.0	21	85	4	57	30	7	2	59	1.37
76578909--76578942	13	2.6	13	86	13	52	23	0	5	70	1.09
76579490--76579524	17	2.2	16	90	10	54	60	5	14	20	1.54
76582683--76582727	14	3.1	14	87	3	54	35	11	17	35	1.86
76582689--76582731	14	3.0	14	89	3	59	39	11	13	34	1.82
76584116--76584195	32	2.5	32	79	4	81	52	16	3	27	1.60
76586451--76586558	48	2.2	48	86	0	144	27	27	16	27	1.97
76590536--76590573	19	2.0	20	84	5	51	65	10	10	13	1.47
76594859--76594887	13	2.1	14	93	6	51	17	34	6	41	1.76
76600906--76600947	21	2.0	21	85	0	57	19	40	16	23	1.91
76606085--76606121	18	2.1	18	94	0	65	40	13	21	24	1.89
76624680--76624704	13	1.9	13	100	0	50	16	24	40	20	1.91
76648068--76648238	48	3.5	48	78	1	189	28	18	28	24	1.98
76659175--76659208	18	1.9	18	94	5	61	11	26	44	17	1.83
76662155--76662239	24	3.5	23	76	10	73	28	30	12	28	1.93
76672816--76673067	48	5.3	48	85	0	290	26	27	19	27	1.99
76672819--76673067	96	2.6	96	85	0	320	26	26	18	27	1.98
76674419--76674596	27	6.6	27	83	3	178	30	28	14	25	1.95
76674440--76674595	82	1.9	81	89	3	242	30	28	14	26	1.95
76676276--76676543	48	5.6	48	90	0	401	27	28	19	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76685142--76685188	20	2.3	20	100	0	94	38	0	10	51	1.37
76691935--76692146	40	5.3	39	85	4	237	25	21	27	25	1.99
76692014--76692179	79	2.1	79	80	2	181	25	21	28	24	1.99
76699872--76700083	40	5.3	40	87	4	243	25	21	28	25	1.99
76699819--76700083	80	3.3	80	81	6	272	25	21	27	25	1.99
76704047--76704184	40	3.5	40	89	3	199	23	28	23	23	2.00
76711951--76712035	37	2.4	36	84	11	104	22	28	24	24	1.99
76724552--76724723	40	4.3	40	85	2	186	26	28	22	22	1.99
76724708--76724785	40	1.9	41	82	10	97	28	28	20	23	1.99
76728010--76728148	40	3.5	40	94	2	235	25	23	28	22	1.99
76727957--76728221	40	6.7	39	82	7	232	25	20	27	26	1.99
76735974--76736184	40	5.3	39	86	5	255	25	21	28	25	1.99
76735921--76736184	79	3.3	80	81	7	272	25	21	28	25	1.99
76735974--76736217	79	3.1	80	80	6	205	26	21	28	24	1.99
76740242--76740376	45	3.0	45	84	2	182	30	25	17	25	1.97
76763798--76763849	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
76763865--76763928	33	2.0	32	90	3	101	23	21	18	35	1.95
76770581--76770752	87	2.0	87	89	0	263	20	34	22	22	1.97
76775634--76775683	20	2.5	20	86	3	64	36	12	2	50	1.51
76777277--76777310	15	2.1	16	89	10	52	29	0	2	67	1.05
76779248--76779274	13	2.1	13	100	0	54	14	7	0	77	0.97
76782761--76782861	41	2.5	41	98	0	193	22	24	27	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76782955--76782983	13	2.2	13	100	0	58	31	20	6	41	1.79
76783612--76783644	17	2.1	17	88	11	52	18	0	36	45	1.49
76784771--76784869	40	2.5	40	76	7	98	28	23	19	29	1.98
76785064--76785122	23	2.5	24	76	21	61	49	16	0	33	1.47
76785888--76785918	5	6.0	5	92	7	53	61	0	0	38	0.96
76788751--76788802	10	5.1	10	84	11	52	34	0	5	59	1.21
76788750--76788793	22	2.0	22	90	0	70	38	0	4	56	1.20
76792446--76792549	43	2.5	43	82	3	131	30	14	23	31	1.94
76792446--76792568	43	3.0	40	80	3	111	30	14	24	30	1.95
76803395--76803443	20	2.4	20	86	3	62	20	26	22	30	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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