genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.244.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77403834--77403858	9	2.8	9	100	0	50	32	0	0	68	0.90
77410801--77410844	21	2.1	21	100	0	88	27	4	18	50	1.66
77411422--77411602	46	3.9	46	76	9	152	28	17	18	35	1.94
77411917--77411950	2	17.0	2	100	0	68	0	0	50	50	1.00
77414463--77414546	41	2.0	41	100	0	168	41	14	22	21	1.89
77415784--77415845	21	3.0	21	87	0	97	11	33	27	27	1.91
77415944--77416000	27	2.1	27	100	0	114	43	7	12	36	1.69
77425663--77425695	5	6.6	5	100	0	66	18	0	0	81	0.68
77427507--77427569	17	3.8	16	75	10	63	76	1	19	3	1.01
77427509--77427563	23	2.4	23	78	6	58	76	1	18	3	1.02
77430412--77430545	54	2.5	54	96	0	241	28	21	21	28	1.99
77432234--77432374	39	3.6	39	91	0	210	31	2	19	46	1.64
77443377--77443506	21	6.2	21	70	7	93	48	16	20	15	1.81
77443377--77443511	42	3.2	42	80	5	130	46	17	20	15	1.84
77451320--77451345	1	26.0	1	100	0	52	0	0	0	100	0.00
77455946--77455975	5	6.0	5	100	0	60	80	0	0	20	0.72
77460409--77460674	103	2.6	104	91	0	426	19	20	30	29	1.97
77464233--77464266	10	3.4	10	100	0	68	50	8	11	29	1.69
77465140--77465254	44	2.6	44	85	2	149	35	13	22	27	1.92
77465140--77465273	46	3.0	45	82	4	153	35	14	23	26	1.93
77470305--77470376	5	14.8	5	74	21	64	38	1	4	55	1.28
77470334--77470376	19	2.3	19	92	8	70	41	2	0	55	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77470387--77470421	18	1.9	18	94	0	61	80	0	17	2	0.84
77470387--77470421	9	3.9	9	84	0	52	80	0	17	2	0.84
77471381--77471495	44	2.6	44	85	2	149	35	13	22	27	1.92
77471381--77471514	46	3.0	45	82	4	153	35	14	23	26	1.93
77472792--77472867	31	2.5	31	86	0	98	44	11	14	28	1.80
77476864--77476922	25	2.4	24	77	8	64	22	10	1	66	1.31
77481410--77481450	6	6.8	6	97	0	73	53	0	29	17	1.44
77485160--77485234	27	2.8	27	85	0	87	22	16	21	40	1.91
77485175--77485245	27	2.6	27	82	8	74	23	18	19	38	1.93
77485375--77485408	17	1.9	17	88	5	50	14	44	29	11	1.81
77494503--77494615	57	2.0	57	85	5	156	45	7	18	29	1.76
77496189--77496219	16	1.9	16	93	0	53	29	0	9	61	1.28
77500631--77500707	39	2.0	39	92	0	127	31	25	6	36	1.82
77501383--77501433	3	17.0	3	84	8	59	68	3	0	27	1.07
77503328--77503378	16	3.2	16	86	10	77	41	5	27	25	1.78
77503357--77503452	46	2.1	45	85	11	126	34	4	21	39	1.73
77503563--77503593	6	5.3	6	92	7	55	83	0	0	16	0.64
77503563--77503593	11	2.7	12	95	5	55	83	0	0	16	0.64
77510184--77510211	13	2.2	13	100	0	56	39	7	21	32	1.80
77511593--77511632	20	2.0	20	85	9	55	10	17	2	70	1.27
77512825--77512878	18	3.1	17	87	10	74	38	1	0	59	1.08
77515926--77516110	96	1.9	96	84	0	244	11	30	18	39	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77533690--77533726	19	1.9	19	88	0	56	29	2	8	59	1.40
77538575--77538615	20	2.0	20	100	0	82	39	9	9	41	1.71
77539429--77539602	87	2.0	87	100	0	348	49	18	16	16	1.80
77543158--77543203	19	2.5	19	89	3	67	21	10	54	13	1.69
77543169--77543211	19	2.3	19	100	0	86	20	9	53	16	1.70
77544499--77544578	18	4.4	18	87	0	97	38	20	11	30	1.87
77544490--77544578	36	2.4	36	86	3	115	38	20	11	30	1.87
77544731--77544822	44	2.1	44	83	4	114	31	22	22	22	1.98
77546547--77546804	47	5.4	48	72	12	164	28	18	29	24	1.98
77549862--77549944	3	29.0	3	70	18	61	57	1	0	40	1.06
77549862--77549944	13	6.5	12	75	17	71	57	1	0	40	1.06
77550405--77550451	19	2.4	19	76	20	51	36	19	4	40	1.71
77552708--77552760	25	2.1	25	89	0	79	35	0	24	39	1.56
77559160--77559442	68	4.2	67	76	8	252	34	12	21	32	1.90
77559263--77559577	134	2.3	136	81	2	366	34	14	21	29	1.93
77559195--77559679	68	7.2	68	74	1	330	34	13	22	30	1.92
77560982--77561039	30	1.9	30	82	6	73	15	29	31	24	1.95
77562116--77562155	21	2.0	21	90	5	64	22	27	37	12	1.90
77563396--77563709	48	6.6	47	74	5	207	24	28	18	27	1.98
77563480--77563698	96	2.3	96	81	3	262	25	29	17	27	1.98
77565713--77565749	18	2.1	18	94	0	65	32	27	5	35	1.79
77572365--77572591	113	2.0	112	96	1	418	35	15	20	28	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77581156--77581378	48	4.6	48	79	3	243	24	28	18	27	1.98
77586291--77586323	15	2.2	15	100	0	66	18	12	42	27	1.85
77606368--77606408	20	2.0	20	95	0	73	41	9	12	36	1.76
77610239--77610265	12	2.2	12	100	0	54	51	7	0	40	1.30
77610739--77610916	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
77610740--77610895	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
77610736--77610916	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
77631910--77632148	29	8.2	29	82	3	273	37	15	23	23	1.93
77631927--77632148	88	2.5	87	85	4	286	36	15	24	23	1.93
77631918--77632149	117	2.0	117	88	1	349	37	15	23	23	1.92
77636711--77636838	63	2.0	63	98	0	247	36	23	24	15	1.94
77643418--77643595	40	4.5	40	89	3	236	23	24	28	24	2.00
77644961--77644993	16	2.1	16	94	0	57	42	24	24	9	1.83
77645218--77645284	28	2.4	28	87	0	89	22	16	37	23	1.94
77646540--77646573	18	1.9	18	94	5	61	44	11	14	29	1.81
77661520--77661552	17	1.9	17	93	0	57	27	0	18	54	1.44
77661526--77661561	17	2.1	17	89	0	54	33	2	13	50	1.57
77682694--77682732	18	2.2	18	86	9	53	61	0	7	30	1.24
77688437--77688652	39	5.5	39	89	1	324	28	27	22	20	1.99
77688437--77688740	39	7.7	39	84	5	267	27	26	21	23	1.99
77688439--77688701	78	3.4	79	85	4	313	27	26	21	23	1.99
77688606--77688776	39	4.4	39	83	5	195	26	25	19	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77708282--77708306	4	6.2	4	100	0	50	24	52	0	24	1.48
77719332--77719534	109	1.9	109	84	2	273	23	20	25	30	1.98
77719442--77719633	62	3.1	62	90	0	285	19	24	27	28	1.99
77729344--77729388	6	7.5	6	81	18	58	82	0	2	15	0.77
77729344--77729388	19	2.5	17	89	7	63	82	0	2	15	0.77
77731195--77731233	20	2.0	20	90	10	62	10	2	58	28	1.44
77735819--77735875	30	1.9	30	89	7	89	17	28	31	22	1.97
77736195--77736661	62	7.5	61	79	3	443	22	25	25	26	2.00
77736222--77736661	124	3.5	124	82	0	520	23	25	25	26	2.00
77736193--77736662	186	2.5	186	83	2	559	22	25	25	25	2.00
77738276--77738567	160	1.8	160	82	4	383	32	13	11	42	1.81
77743861--77743930	36	1.9	36	97	0	131	61	12	12	12	1.57
77751090--77751170	4	20.0	4	76	16	62	2	23	3	70	1.16
77751082--77751169	22	4.0	21	76	17	74	3	23	3	69	1.19
77754010--77754116	26	4.2	26	92	1	180	36	24	6	32	1.81
77761149--77761200	27	1.9	27	92	0	86	34	32	3	28	1.76
77763522--77763612	4	22.0	4	78	14	64	2	23	5	69	1.21
77763514--77763604	22	3.9	21	76	19	67	2	24	5	68	1.22
77763560--77763589	5	5.8	5	96	4	51	0	20	16	63	1.31
77768283--77768311	9	3.3	9	95	4	51	20	0	0	79	0.74
77769771--77769924	42	3.7	42	85	8	190	45	18	20	15	1.85
77771975--77772040	31	2.1	31	83	10	82	54	4	0	40	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77773107--77773133	14	1.9	14	100	0	54	51	11	7	29	1.64
77773377--77773583	82	2.5	82	90	2	328	50	14	7	27	1.70
77778712--77778747	18	2.0	18	94	0	63	22	63	0	13	1.29
77778866--77778900	17	2.1	17	100	0	70	37	34	0	28	1.58
77781217--77781253	9	4.0	9	89	3	56	21	2	8	67	1.29
77782702--77782735	6	5.7	6	85	0	50	64	0	20	14	1.28
77783165--77783227	30	2.1	30	90	0	99	55	14	4	25	1.58
77783566--77783628	26	2.5	25	89	2	90	38	12	14	34	1.84
77786962--77787006	24	2.0	22	83	12	56	42	6	0	51	1.28
77788640--77788805	53	3.1	53	87	6	212	26	15	27	30	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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