genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.217.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68742536--68742619	40	2.1	39	84	2	105	23	19	29	27	1.98
68748443--68748523	42	1.9	42	97	0	153	24	29	28	17	1.97
68749291--68749412	46	2.7	45	83	7	149	22	28	20	27	1.99
68754741--68754960	40	5.4	40	86	6	293	26	25	24	23	2.00
68754741--68754960	83	2.7	80	87	4	300	26	25	24	23	2.00
68762959--68763142	40	4.6	40	85	5	230	25	26	23	25	2.00
68781986--68782011	5	5.2	5	100	0	52	80	0	0	19	0.71
68786094--68786197	20	5.2	20	64	13	61	38	14	29	17	1.89
68786074--68786198	40	3.1	40	82	0	151	36	13	31	18	1.90
68787703--68787787	33	2.6	33	72	10	84	37	12	27	22	1.91
68788383--68788475	34	2.8	33	78	1	105	26	24	21	26	1.99
68802367--68802590	39	5.6	39	85	4	238	24	22	28	25	1.99
68802367--68802590	79	2.8	80	83	6	267	24	22	28	25	1.99
68802367--68802590	40	5.7	40	85	5	260	24	22	28	25	1.99
68802367--68802623	79	3.3	79	81	7	211	25	21	28	24	1.99
68810374--68810558	40	4.7	40	80	7	191	24	22	27	24	2.00
68810374--68810558	79	2.3	80	81	7	207	24	22	27	24	2.00
68810427--68810581	79	2.0	79	81	7	181	25	20	27	25	1.99
68818224--68818280	28	2.0	29	89	3	89	28	33	14	24	1.94
68818494--68818537	16	2.8	16	79	3	54	15	15	11	56	1.66
68825184--68825350	43	3.9	42	77	9	151	29	14	23	32	1.94
68848859--68848960	39	2.6	39	96	0	186	25	27	22	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68851385--68851488	53	2.0	53	100	0	208	23	20	25	31	1.98
68852096--68852163	28	2.4	28	92	0	109	30	33	19	16	1.93
68854397--68854555	39	4.1	39	93	0	255	26	30	21	21	1.98
68858020--68858053	14	2.5	14	95	4	61	23	0	23	52	1.47
68863973--68864090	47	2.5	46	82	4	128	26	15	27	30	1.96
68865658--68865753	27	3.6	26	80	8	102	38	20	21	18	1.93
68865683--68865770	27	3.2	26	82	10	97	34	25	23	17	1.96
68865658--68865770	54	2.1	54	81	6	131	36	22	23	18	1.95
68873499--68873639	27	5.2	28	88	7	184	34	23	25	16	1.95
68873532--68873611	28	3.0	24	82	10	72	33	25	27	13	1.93
68883986--68884087	42	2.3	45	81	10	120	26	12	26	34	1.92
68886026--68886061	19	1.9	18	94	5	63	63	8	0	27	1.23
68887795--68887839	22	2.0	22	87	12	65	17	0	33	48	1.48
68888047--68888707	177	3.7	176	84	4	825	27	25	17	29	1.98
68888047--68888707	353	1.9	353	85	4	922	27	25	17	29	1.98
68888863--68889054	64	3.0	64	96	0	348	39	13	16	31	1.86
68895530--68895565	19	1.9	18	94	5	63	63	8	0	27	1.23
68898079--68898270	40	4.8	40	92	1	296	25	27	22	23	2.00
68898053--68898274	80	2.8	78	87	6	304	25	27	22	25	2.00
68900251--68900285	16	2.1	16	89	5	52	14	11	34	40	1.82
68905903--68905959	17	3.4	17	76	9	71	35	28	3	33	1.74
68905896--68905969	34	2.2	34	95	0	139	39	28	2	29	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68913285--68913315	16	1.9	16	93	0	53	45	0	16	38	1.47
68916392--68916477	27	3.1	27	64	23	70	22	5	30	41	1.77
68916389--68916499	56	2.0	56	98	0	213	20	6	31	41	1.77
68922588--68922619	15	2.1	15	94	0	55	31	3	0	65	1.08
68932877--68933211	47	7.1	47	92	1	544	32	8	29	28	1.88
68932877--68933211	143	2.4	143	92	2	543	32	8	29	28	1.88
68933330--68933408	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
68934620--68934925	40	7.7	40	93	1	506	22	22	29	25	1.99
68938328--68938613	47	6.0	47	92	1	455	32	9	29	28	1.88
68938328--68938613	96	3.0	94	92	2	464	32	9	29	28	1.88
68938328--68938613	143	2.0	141	91	1	464	32	9	29	28	1.88
68938734--68938812	37	2.1	37	88	0	113	24	17	31	26	1.97
68941921--68942070	41	3.7	41	80	1	194	21	22	27	29	1.99
68948434--68948651	39	5.5	40	82	7	216	26	22	27	23	2.00
68956740--68956882	39	3.7	38	91	2	196	27	22	26	23	2.00
68961686--68961835	41	3.7	41	82	1	203	21	22	27	28	1.99
68965296--68965333	8	4.9	8	90	3	60	63	0	34	2	1.09
68967933--68967976	19	2.2	21	84	8	56	54	2	13	29	1.51
68967911--68968035	62	2.0	62	96	0	232	46	6	17	29	1.73
68974993--68975162	43	4.0	43	75	8	132	32	24	14	27	1.95
68975317--68975374	29	2.0	29	96	0	107	34	8	12	44	1.72
68979485--68979575	44	2.0	45	81	6	105	25	19	24	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68979536--68979639	52	2.0	52	88	0	154	23	19	26	30	1.98
68980032--68980058	6	4.5	6	100	0	54	33	0	14	51	1.43
68988238--68988481	125	2.0	125	88	1	364	35	13	29	21	1.92
68989729--68990361	322	2.0	322	93	1	1081	32	14	9	43	1.77
68992252--68992315	22	2.8	22	83	9	74	59	1	0	39	1.07
68992257--68992315	23	2.5	25	78	15	63	57	1	0	40	1.09
68992354--68992413	19	3.1	20	81	11	72	73	3	10	13	1.21
68994723--68994762	19	2.2	18	86	13	55	42	15	2	40	1.60
68999414--68999453	19	2.2	18	86	13	55	42	15	2	40	1.60
69013101--69013278	27	6.6	27	82	3	196	27	15	27	29	1.96
69013098--69013278	82	2.2	81	82	2	220	27	15	27	29	1.96
69025550--69025594	23	2.0	23	86	0	63	48	0	4	46	1.22
69026600--69026641	17	2.5	17	84	0	57	26	9	11	52	1.68
69030055--69030090	3	12.0	3	100	0	72	66	0	0	33	0.92
69030186--69030221	3	11.7	3	94	5	63	63	0	0	36	0.94
69032636--69032831	39	4.9	39	86	4	214	20	22	27	29	1.99
69032636--69032831	78	2.5	79	82	5	245	20	22	27	29	1.99
69035437--69035703	47	5.7	45	73	9	155	30	19	27	22	1.98
69036831--69036870	21	1.9	21	94	0	71	10	37	32	20	1.85
69042812--69042897	26	3.2	26	64	20	68	40	5	18	34	1.75
69042791--69042901	55	2.0	55	100	0	222	36	5	22	36	1.77
69045072--69045134	31	2.0	31	87	0	90	60	3	12	23	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69045256--69045329	36	2.1	36	94	0	130	44	12	5	37	1.65
69046179--69046314	51	2.7	51	82	0	182	39	5	12	41	1.67
69051381--69051516	51	2.7	51	83	0	191	38	5	12	42	1.67
69051413--69051490	19	4.4	19	71	21	62	39	6	11	42	1.67
69059518--69059661	11	14.5	11	63	27	56	59	0	2	38	1.15
69059506--69059633	19	6.6	20	73	14	90	58	0	1	39	1.07
69059550--69059647	28	3.4	29	76	10	94	59	0	2	38	1.09
69059515--69059661	18	7.5	18	74	14	89	58	0	2	38	1.15
69059674--69059716	22	1.9	23	95	4	79	60	0	6	32	1.23
69059675--69059723	22	2.2	22	81	0	62	67	0	6	26	1.14
69060434--69060482	24	2.0	24	84	7	64	38	0	2	59	1.09
69064710--69064762	11	4.9	11	79	11	56	67	5	3	22	1.28
69064710--69064757	10	4.7	10	87	5	60	72	4	4	18	1.17
69065997--69066042	18	2.5	20	79	13	62	67	0	23	8	1.18
69066154--69066198	15	3.1	15	83	3	56	60	6	24	8	1.51
69067332--69067408	27	2.9	27	86	3	102	29	15	16	37	1.90
69067375--69067878	27	18.7	27	85	4	585	32	10	19	37	1.86
69070758--69070819	27	2.3	27	91	0	97	35	11	12	40	1.80
69070771--69071244	27	17.7	27	80	5	414	32	9	19	38	1.84
69074104--69074192	27	3.3	27	100	0	178	33	11	13	41	1.80
69074077--69074192	54	2.1	54	88	0	169	30	12	16	40	1.86
69074104--69074233	27	4.8	27	89	3	156	33	10	16	40	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69075809--69075882	29	2.6	29	86	4	96	25	31	16	27	1.96
69077570--69078014	27	16.6	27	78	8	390	28	9	21	39	1.85
69077573--69078014	54	8.2	54	81	7	452	28	9	21	39	1.85
69077573--69078014	81	5.5	81	79	4	457	28	9	21	39	1.85
69078343--69078420	28	2.8	28	90	0	120	26	37	12	23	1.91
69079717--69079892	46	3.8	46	78	10	196	21	21	28	28	1.98
69079714--69079885	93	1.8	93	92	0	290	21	21	29	27	1.99
69106484--69106668	79	2.3	81	83	7	227	24	27	22	24	2.00
69106484--69106668	40	4.7	40	82	7	225	24	27	22	24	2.00
69117659--69117698	19	2.1	19	95	0	71	35	10	27	27	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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