genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.72.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25025886--25025946	22	2.8	22	80	12	63	57	4	3	34	1.36
25025984--25026033	16	3.2	15	80	8	55	60	2	2	36	1.20
25025966--25026035	18	3.9	17	77	18	63	61	1	2	34	1.20
25025969--25026035	21	3.1	21	74	21	59	59	1	2	35	1.22
25026523--25026568	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
25026530--25026574	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
25030087--25030135	20	2.5	21	77	12	59	55	8	6	30	1.54
25030139--25030196	27	2.0	30	87	9	86	53	6	6	32	1.54
25030768--25030864	3	31.7	3	70	15	56	60	6	3	29	1.36
25030399--25030788	137	2.8	135	80	10	377	57	6	4	30	1.44
25030768--25030825	16	3.6	16	86	4	73	62	5	3	29	1.33
25032176--25032258	24	3.3	24	72	19	64	55	3	6	34	1.42
25032638--25032699	21	2.8	23	70	22	60	51	12	3	32	1.56
25032649--25032709	23	2.7	23	84	0	86	50	11	1	36	1.48
25032649--25032722	23	3.1	23	81	11	71	51	10	1	36	1.46
25032649--25032711	25	2.7	25	85	9	80	50	11	1	36	1.47
25035065--25035107	23	1.9	23	90	4	70	27	4	0	67	1.10
25036409--25036462	23	2.3	23	81	12	65	33	9	1	55	1.42
25037497--25037570	31	2.4	32	77	6	89	41	4	10	43	1.58
25043939--25043988	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
25048578--25048627	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
25049163--25049232	35	2.0	35	100	0	140	34	14	5	45	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25049833--25049891	28	2.1	27	84	3	73	55	20	6	16	1.63
25053704--25053740	7	5.3	7	100	0	74	27	0	13	59	1.35
25053730--25053760	16	1.9	16	93	0	53	22	0	9	67	1.19
25053730--25053773	19	2.5	19	85	10	58	27	0	9	63	1.24
25069070--25069110	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
25072411--25072458	24	2.0	24	84	8	62	56	6	6	31	1.49
25073085--25073129	19	2.3	20	84	3	56	57	2	4	35	1.31
25077383--25077633	131	1.9	132	91	0	414	30	19	18	31	1.96
25077383--25077665	131	2.2	132	87	0	406	31	18	17	32	1.94
25077391--25077738	131	2.7	131	81	3	326	29	18	18	33	1.95
25077693--25078008	130	2.4	130	78	2	319	26	19	18	35	1.95
25089513--25090288	263	2.9	263	86	3	1024	30	18	24	27	1.98
25089513--25090288	132	5.9	132	87	2	1010	30	18	24	27	1.98
25091211--25091259	21	2.4	20	82	3	53	14	22	20	42	1.88
25093672--25093712	19	2.1	20	95	4	75	70	4	24	0	1.06
25095833--25095878	10	4.5	10	81	5	56	15	23	21	39	1.92
25095830--25095878	21	2.4	20	89	3	71	14	22	22	40	1.90
25096103--25096127	13	1.9	13	100	0	50	28	0	8	64	1.22
25099510--25099760	131	1.9	132	92	0	423	29	19	18	31	1.96
25099518--25099865	131	2.7	130	82	3	374	29	19	18	33	1.95
25099817--25100136	130	2.4	130	80	2	336	26	19	19	35	1.95
25106155--25106204	18	2.5	19	81	15	57	36	10	12	42	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25108097--25108152	3	18.7	3	85	7	78	67	0	30	1	1.01
25113372--25113990	303	2.1	301	81	6	711	40	10	13	35	1.78
25115646--25115747	3	34.0	3	78	7	109	32	3	1	61	1.25
25115628--25115718	42	2.2	42	87	0	128	31	6	1	60	1.29
25122882--25122952	18	3.9	17	75	10	61	46	23	1	28	1.61
25122879--25122967	36	2.5	36	85	3	108	46	22	3	28	1.68
25122911--25122967	18	3.2	17	73	9	51	43	22	5	28	1.75
25124651--25124717	32	2.1	31	83	8	82	40	7	0	52	1.30
25125175--25125210	15	2.4	15	90	0	54	33	2	0	63	1.08
25128496--25128524	13	2.2	13	100	0	58	44	48	0	6	1.29
25128927--25128956	14	2.2	14	94	5	53	13	6	0	80	0.91
25129565--25129613	22	2.2	21	80	16	55	36	0	0	63	0.95
25129702--25129758	25	2.2	27	84	6	73	35	1	7	56	1.37
25129675--25129758	25	3.2	25	76	8	71	35	3	4	55	1.38
25130015--25130081	24	2.8	25	84	8	86	25	5	4	64	1.36
25139716--25139756	20	2.0	20	85	0	55	51	19	19	9	1.74
25142474--25142636	73	2.2	73	84	5	204	26	14	20	37	1.92
25142900--25142935	15	2.5	14	86	8	54	16	13	8	61	1.56
25142907--25142936	15	2.0	15	100	0	60	20	13	6	60	1.55
25142546--25143059	191	2.8	185	80	10	525	27	16	18	37	1.92
25142730--25143054	89	3.7	89	83	6	394	27	15	19	37	1.92
25142990--25143024	13	2.6	14	95	4	63	31	8	5	54	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25143058--25143091	14	2.5	14	90	4	52	26	5	2	64	1.30
25143276--25143420	44	3.3	43	87	2	191	26	18	23	31	1.98
25143400--25143574	88	2.0	89	86	1	244	35	17	18	29	1.93
25143855--25143883	13	2.2	13	100	0	58	44	48	0	6	1.29
25144286--25144315	14	2.2	14	94	5	53	13	6	0	80	0.91
25144925--25144964	19	2.0	21	90	9	66	20	12	5	62	1.48
25145078--25145147	29	2.7	25	78	12	70	37	1	4	57	1.27
25145101--25145166	31	2.1	33	86	10	95	36	1	6	56	1.34
25145418--25145488	24	3.0	24	82	8	76	26	5	2	64	1.29
25145423--25145497	24	3.2	24	79	5	64	28	5	4	62	1.35
25147037--25147066	13	2.2	13	94	5	51	16	0	0	83	0.65
25149497--25149556	16	3.6	16	70	12	50	40	3	3	53	1.34
25149974--25150056	2	41.5	2	100	0	166	0	49	0	50	1.00
25162475--25162552	36	2.2	36	81	6	97	20	32	24	23	1.98
25162475--25162601	33	3.7	35	75	10	93	22	28	24	25	1.99
25162895--25162957	14	4.6	14	79	15	60	26	47	6	19	1.73
25167870--25168029	85	1.9	84	90	3	259	21	14	10	53	1.70
25174097--25174463	46	8.0	46	91	1	522	37	15	24	21	1.93
25176610--25176718	37	2.9	37	90	0	164	25	32	19	22	1.97
25176881--25177113	47	5.0	47	90	0	358	27	29	11	32	1.92
25176921--25177088	22	7.2	22	63	26	62	25	29	13	31	1.93
25176948--25177134	94	2.0	90	82	8	225	31	26	10	31	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25180087--25180139	20	2.7	19	78	16	56	33	1	1	62	1.17
25180272--25180302	15	2.1	15	100	0	62	35	0	6	58	1.24
25180285--25180360	22	3.4	21	80	8	71	40	2	2	53	1.28
25180318--25180363	23	2.2	20	84	11	56	32	2	2	63	1.19
25180409--25180450	22	2.0	22	86	9	61	21	2	2	73	1.06
25180438--25180488	9	5.3	9	77	13	57	21	3	0	74	0.98
25186000--25186033	12	2.8	12	81	0	50	23	0	11	64	1.26
25186207--25186241	3	11.7	3	100	0	70	31	0	0	68	0.90
25190513--25190558	23	2.1	21	88	8	65	43	0	2	54	1.12
25195740--25195885	37	4.0	37	90	1	224	25	22	15	36	1.94
25195849--25196215	46	7.6	46	84	10	455	29	22	13	34	1.92
25195892--25196209	52	6.3	52	85	9	444	29	22	12	35	1.91
25195866--25196215	98	3.6	98	94	0	592	30	21	13	34	1.92
25211671--25211695	8	3.1	8	100	0	50	12	0	88	0	0.53
25214096--25214191	29	3.4	28	76	13	74	60	6	0	33	1.22
25214151--25214227	10	8.0	10	72	5	61	63	2	1	32	1.16
25214147--25214218	27	2.7	26	79	12	67	59	4	1	34	1.25
25214153--25214220	28	2.4	29	80	14	79	61	2	1	33	1.20
25217422--25217467	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
25217429--25217473	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
25220869--25220996	42	3.1	40	82	8	141	46	14	24	14	1.83
25220883--25220996	21	5.4	21	85	4	124	45	14	23	15	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25226229--25226285	28	2.0	28	83	6	71	68	1	3	26	1.15
25229945--25229982	17	2.2	17	100	0	76	23	7	18	50	1.73
25230188--25230221	6	5.7	6	96	0	59	32	2	17	47	1.63
25231045--25231071	2	13.5	2	100	0	54	51	0	48	0	1.00
25236394--25236424	16	1.9	16	93	0	53	54	3	6	35	1.42
25236956--25236991	3	11.7	3	88	5	54	69	0	2	27	1.02
25238567--25238897	87	3.8	87	91	1	475	24	21	22	30	1.99
25238597--25239067	44	10.9	43	72	10	302	24	21	21	32	1.98
25238567--25239067	174	2.9	174	83	4	482	25	21	21	31	1.98
25250733--25250770	5	7.4	5	91	8	51	23	0	0	76	0.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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