genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.172.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100714657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54318367--54318557	54	3.5	54	87	0	256	40	7	21	29	1.81
54318367--54318557	81	2.4	81	87	1	276	40	7	21	29	1.81
54318367--54318587	81	2.7	81	84	1	255	39	6	22	31	1.80
54318538--54318601	27	2.4	27	84	7	85	29	4	23	42	1.74
54318539--54318625	27	3.3	27	81	9	72	28	5	22	42	1.77
54323481--54323601	32	3.8	32	85	2	154	27	17	24	30	1.97
54323481--54323601	63	1.9	64	82	1	154	27	17	24	30	1.97
54325962--54326035	36	2.1	36	97	0	139	25	18	21	33	1.96
54326994--54327031	19	2.1	19	85	5	51	57	18	2	21	1.52
54327787--54327820	17	1.9	17	88	5	50	14	44	29	11	1.81
54334121--54334371	68	3.8	64	75	8	195	29	16	30	24	1.96
54344038--54344135	27	3.6	27	85	0	133	34	17	11	36	1.85
54344133--54344246	27	4.2	27	78	9	72	39	17	18	24	1.92
54344168--54344249	27	3.0	27	83	0	110	39	15	19	25	1.91
54347658--54347708	18	2.8	18	74	11	59	21	19	19	39	1.93
54353156--54353326	50	3.7	47	77	12	183	22	31	19	26	1.98
54358489--54358527	20	1.9	20	84	5	51	41	0	5	53	1.23
54359970--54360030	30	2.0	30	87	0	86	31	22	8	37	1.84
54361322--54361497	46	3.8	46	79	14	209	20	20	29	29	1.98
54361319--54361490	93	1.8	93	95	2	310	20	20	29	28	1.98
54368896--54369071	46	3.8	46	78	14	200	20	19	29	30	1.97
54368893--54369064	93	1.8	93	93	2	301	20	20	29	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54377802--54377896	27	3.4	28	85	5	113	26	12	26	34	1.92
54377830--54377912	27	3.0	27	84	5	69	31	12	22	33	1.91
54388763--54388975	47	4.6	47	94	1	358	26	28	12	32	1.93
54388832--54388954	22	5.3	22	64	27	67	25	29	13	31	1.94
54391860--54391963	23	4.4	24	88	3	149	30	22	19	27	1.98
54392013--54392053	20	2.0	20	95	0	73	36	21	9	31	1.86
54394317--54394507	40	4.7	40	89	5	269	22	20	24	32	1.98
54394317--54394507	82	2.4	82	89	5	291	22	20	24	32	1.98
54399080--54399197	49	2.4	49	81	5	132	30	20	25	23	1.98
54407389--54407543	53	2.9	54	84	1	195	29	21	8	40	1.82
54407389--54407543	80	1.9	81	88	1	231	29	21	8	40	1.82
54407389--54407543	27	5.8	27	87	1	195	29	21	8	40	1.82
54407523--54407855	27	12.3	27	79	6	237	41	19	8	30	1.81
54407451--54407572	54	2.3	54	81	1	147	32	17	8	41	1.79
54407523--54407825	81	3.7	80	78	5	270	42	19	7	30	1.78
54407873--54407964	26	3.5	26	73	14	66	35	19	20	23	1.95
54415400--54415462	24	2.6	25	87	5	85	33	30	15	20	1.94
54428689--54428733	22	2.0	24	86	8	67	24	2	2	71	1.09
54428689--54428740	22	2.4	21	81	15	54	23	1	1	73	1.04
54437420--54437467	14	3.5	14	85	2	62	14	6	35	43	1.71
54437492--54437523	15	2.1	15	94	0	55	65	0	6	28	1.16
54437498--54437578	37	2.2	37	97	0	153	56	0	2	40	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54439470--54439552	38	2.2	38	93	4	141	22	12	16	48	1.80
54441020--54441145	60	2.1	60	98	0	243	34	7	13	45	1.71
54441470--54442004	106	5.2	105	89	5	804	34	6	4	54	1.48
54441470--54442002	210	2.6	209	89	5	805	33	6	4	54	1.48
54442089--54442371	9	30.7	9	66	21	72	46	15	3	35	1.62
54442092--54442334	18	13.0	18	67	13	100	45	14	3	35	1.63
54460369--54460556	49	3.8	49	81	2	241	29	26	18	26	1.98
54460374--54460561	100	1.9	100	94	0	331	29	26	19	25	1.98
54460800--54460863	27	2.4	27	81	0	74	37	15	7	39	1.77
54462138--54462186	26	2.0	26	84	8	66	28	0	8	63	1.23
54468110--54468152	13	3.5	13	78	18	56	48	13	0	37	1.43
54468108--54468154	23	2.0	23	95	0	85	46	14	0	38	1.45
54471820--54472071	33	7.7	33	79	4	190	31	22	12	33	1.92
54471828--54471907	32	2.5	31	82	8	97	33	22	12	31	1.91
54472718--54472760	20	2.0	22	86	8	63	30	25	0	44	1.55
54474925--54475149	40	5.7	40	84	5	278	24	21	27	25	1.99
54474925--54475182	119	2.2	119	80	6	274	25	21	27	25	1.99
54481370--54481494	66	1.9	65	80	11	148	29	22	15	32	1.94
54481401--54481645	33	7.5	32	77	10	167	31	21	12	34	1.90
54481401--54481625	66	3.4	65	79	4	229	32	22	12	33	1.90
54482289--54482331	20	2.0	22	86	8	63	30	25	0	44	1.55
54482524--54482618	47	2.0	47	97	0	181	42	6	11	40	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54486249--54486445	50	3.9	50	88	0	304	30	27	16	24	1.96
54486250--54486485	100	2.3	102	90	2	370	32	27	15	24	1.95
54488957--54489358	43	9.7	42	75	11	303	31	22	19	26	1.98
54488957--54489352	85	4.8	86	75	10	272	31	22	19	26	1.98
54489168--54489230	32	1.9	33	84	9	85	31	17	17	33	1.93
54489051--54489340	161	1.8	160	84	5	397	31	22	18	27	1.97
54489125--54489273	75	2.0	76	85	6	205	30	21	19	28	1.98
54489082--54489295	118	1.8	119	84	7	292	33	21	18	26	1.96
54489202--54489376	86	2.0	84	85	5	235	34	22	18	24	1.96
54493029--54493226	50	4.0	49	76	4	182	39	18	11	30	1.85
54493032--54493226	100	2.0	100	84	4	259	38	18	11	31	1.86
54498108--54498285	27	6.6	27	82	3	178	29	27	15	27	1.96
54498129--54498284	82	1.9	81	86	3	224	29	27	15	27	1.96
54503365--54503430	27	2.4	27	97	0	123	40	12	27	19	1.87
54508362--54508405	23	2.0	22	86	4	61	25	0	20	54	1.45
54518061--54518239	40	4.5	40	85	2	227	24	28	24	22	2.00
54521444--54521487	23	2.0	22	86	4	61	25	0	20	54	1.45
54525251--54525322	28	2.5	29	86	2	101	29	29	15	26	1.96
54529241--54529366	9	14.0	9	72	17	84	32	2	18	46	1.62
54529259--54529345	38	2.4	37	87	9	126	34	3	17	44	1.65
54529583--54529643	15	4.2	14	75	6	59	47	0	3	49	1.18
54529583--54529643	29	2.1	29	93	0	104	47	0	3	49	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54529408--54529808	195	2.1	194	93	0	687	49	4	10	35	1.59
54529922--54529952	14	2.2	14	94	0	53	32	6	22	38	1.80
54530184--54530230	24	2.0	24	95	0	85	42	0	21	36	1.53
54532687--54532723	17	2.1	19	85	10	51	48	2	8	40	1.47
54532860--54532946	7	12.0	7	78	11	86	32	42	0	25	1.55
54532836--54532941	30	3.6	30	82	3	92	32	46	0	20	1.58
54532864--54532941	22	3.6	21	80	11	86	33	43	0	23	1.54
54532898--54532977	7	11.1	7	81	10	63	37	38	0	23	1.55
54533192--54533230	14	2.7	15	80	11	55	41	38	0	20	1.53
54532849--54533425	304	1.9	302	86	4	831	40	22	2	34	1.68
54533597--54533690	40	2.3	40	83	3	109	26	21	20	31	1.98
54533750--54533855	40	2.7	40	80	0	122	29	19	22	28	1.98
54536454--54536504	21	2.4	22	81	18	72	54	0	23	21	1.44
54543611--54543671	19	3.2	19	83	2	77	42	19	26	11	1.85
54544586--54544621	18	2.1	18	89	5	56	33	25	0	41	1.55
54554504--54554696	43	4.5	43	84	6	257	26	29	18	25	1.98
54556057--54556380	43	7.5	43	87	0	450	28	26	18	26	1.98
54558705--54558876	46	3.7	46	75	13	174	22	19	27	30	1.98
54558702--54558871	93	1.8	92	89	3	270	21	19	28	30	1.98
54567845--54568017	46	3.7	46	75	14	167	23	19	26	30	1.98
54567842--54568011	93	1.8	93	88	2	261	23	18	27	30	1.98
54571211--54571260	26	1.9	26	95	0	91	22	28	22	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54574279--54574602	43	7.5	43	82	2	355	30	26	15	27	1.96
54582140--54582179	18	2.1	20	86	9	57	25	12	17	45	1.83
54584203--54584408	40	5.2	40	88	0	288	29	27	20	22	1.99
54587391--54587674	40	7.2	40	91	2	430	29	27	20	22	1.98
54595468--54595652	40	4.7	40	95	0	309	28	26	21	23	1.99
54597461--54597673	40	5.3	40	89	3	281	27	20	25	25	1.99
54603157--54603236	24	3.3	24	82	0	88	11	31	10	47	1.72
54603203--54603257	18	3.1	18	74	10	58	7	29	14	49	1.70
54607200--54607246	21	2.2	21	88	7	69	27	23	27	21	1.99
54608965--54609121	40	4.0	40	94	0	271	22	17	29	29	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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